seq1 = pF1KE5927.tfa, 933 bp
seq2 = pF1KE5927/gi568815587f_59264459.tfa (gi568815587f:59264459_59465391), 200933 bp

>pF1KE5927 933
>gi568815587f:59264459_59465391 (Chr11)

1-933  (100001-100933)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTGGGGGAGGAAATATTACAGAAATCACCTATTTCATCCTGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTGGGGGAGGAAATATTACAGAAATCACCTATTTCATCCTGCTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTCTCAGATTTTCCCAGGATCATAAAAGTGCTCTTCACTATATTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATTCTCAGATTTTCCCAGGATCATAAAAGTGCTCTTCACTATATTCCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGATCTACATTACATCTCTGGCCTGGAACCTCTCCCTCATTGTTTTAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGATCTACATTACATCTCTGGCCTGGAACCTCTCCCTCATTGTTTTAATA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGGATGGATTCCCACCTCCATACACCCATGTATTTCTTCCTCAGTAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGGATGGATTCCCACCTCCATACACCCATGTATTTCTTCCTCAGTAACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTCCTTCATAGATGTCTGCTATATCAGCTCCACAGTCCCCAAGATGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTCCTTCATAGATGTCTGCTATATCAGCTCCACAGTCCCCAAGATGCTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCAACCTCTTACAGGAACAGCAAACTATCACTTTTGTTGGTTGTATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCAACCTCTTACAGGAACAGCAAACTATCACTTTTGTTGGTTGTATTATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGTACTTTATCTTTTCAACGATGGGACTGAGTGAGTCTTGTCTCATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGTACTTTATCTTTTCAACGATGGGACTGAGTGAGTCTTGTCTCATGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGCCATGGCTTATGATCGTTATGCTGCCATTTGTAACCCCCTGCTCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGCCATGGCTTATGATCGTTATGCTGCCATTTGTAACCCCCTGCTCTATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CATCCATCATGTCACCCACCCTCTGTGTTTGGATGGTACTGGGAGCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CATCCATCATGTCACCCACCCTCTGTGTTTGGATGGTACTGGGAGCCTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATGACTGGCCTCACTGCTTCTTTATTCCAAATTGGTGCTTTGCTTCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATGACTGGCCTCACTGCTTCTTTATTCCAAATTGGTGCTTTGCTTCAACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCACTTCTGTGGGTCTAATGTCATCAGACATTTCTTCTGTGACATGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCACTTCTGTGGGTCTAATGTCATCAGACATTTCTTCTGTGACATGCCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AACTGTTAATCTTGTCCTGTACTGACACTTTCTTTGTACAGGTCATGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AACTGTTAATCTTGTCCTGTACTGACACTTTCTTTGTACAGGTCATGACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCTATATTAACCATGTTCTTTGGGATAGCAAGTGCCCTAGTTATCATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCTATATTAACCATGTTCTTTGGGATAGCAAGTGCCCTAGTTATCATGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 ATCCTATGGCTATATTGGCATCTCCATCATGAAGATCACTTCAGCTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 ATCCTATGGCTATATTGGCATCTCCATCATGAAGATCACTTCAGCTAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCAGGTCCAAGGCATTCAACACCTGTGCTTCTCATCTAACAGCTGTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCAGGTCCAAGGCATTCAACACCTGTGCTTCTCATCTAACAGCTGTTTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTCTTCTATACATCAGGAATCTTTGTCTATTTGAGTTCCAGCTCTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTCTTCTATACATCAGGAATCTTTGTCTATTTGAGTTCCAGCTCTGGAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TTCTTCAAGCTTTGACAGATTTGCATCTGTTTTCTACACTGTGGTCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TTCTTCAAGCTTTGACAGATTTGCATCTGTTTTCTACACTGTGGTCATTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CCATGTTAAATCCCTTCATTTACAGTTTGAGGAACAAAGAAATTAAAGAT
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CCATGTTAAATCCCTTGATTTACAGTTTGAGGAACAAAGAAATTAAAGAT

    900     .    :    .    :    .    :
    901 GCCTTAAAGAGGTTGCAAAAGAGAAAGTGCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GCCTTAAAGAGGTTGCAAAAGAGAAAGTGCTGC