seq1 = pF1KE5926.tfa, 933 bp
seq2 = pF1KE5926/gi568815587f_59403576.tfa (gi568815587f:59403576_59604508), 200933 bp

>pF1KE5926 933
>gi568815587f:59403576_59604508 (Chr11)

1-933  (100001-100933)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTTGGGAAATGTCACCAGAGTAAAAGAATTTATATTTCTGGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGTTGGGAAATGTCACCAGAGTAAAAGAATTTATATTTCTGGGACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TACTCAATCCCAAGACCAGAGTTTGGTCTTGTTTCTTTTTTTATGTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TACTCAATCCCAAGACCAGAGTTTGGTCTTGTTTCTTTTTTTATGTCTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTACATGACGACTCTGCTGGGAAACCTCCTCATCATGGTCACCGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTACATGACGACTCTGCTGGGAAACCTCCTCATCATGGTCACCGTGACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGTGAGTCTCGCCTTCACACCCCCATGTACTTCCTGCTCCGCAATCTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGTGAGTCTCGCCTTCACACCCCCATGTACTTCCTGCTCCGCAATCTAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATCCTTGACATCTGCTTCTCCTCCACAACTGCTCCTAAAGTCTTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATCCTTGACATCTGCTTCTCCTCCACAACTGCTCCTAAAGTCTTGCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCTTCTGTCAAAGAAAAAGACCATATCCTATACAAGCTGCATGACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACCTTCTGTCAAAGAAAAAGACCATATCCTATACAAGCTGCATGACACAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATATTTCTCTTCCACCTCCTTGGTGGGGCAGACATTTTTTCTCTCTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATATTTCTCTTCCACCTCCTTGGTGGGGCAGACATTTTTTCTCTCTCTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GATGGCGTTTGACTGCTACATGGCCATCTCCAAGCCCCTGCACTATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GATGGCGTTTGACTGCTACATGGCCATCTCCAAGCCCCTGCACTATGTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCATCATGAGTAGAGGGCAATGCACTGCCCTCATCTCTGCCTCTTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCATCATGAGTAGAGGGCAATGCACTGCCCTCATCTCTGCCTCTTGGATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGGGGCTTTGTCCACTCCATCGTGCAGATCTCCCTGTTGCTGCCTCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGGGGCTTTGTCCACTCCATCGTGCAGATCTCCCTGTTGCTGCCTCTCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TTTCTGTGGACCCAATGTTCTTGACACTTTCTACTGCGATGTCCCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TTTCTGTGGACCCAATGTTCTTGACACTTTCTACTGCGATGTCCCCCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCCTCAAACTCACTTGCACTGACACTTTTGCTCTTGAGTTCTTGATGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCCTCAAACTCACTTGCACTGACACTTTTGCTCTTGAGTTCTTGATGATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TCCAACAATGGCCTGGTCACTACCCTGTGGTTTATCTTCCTGCTTGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TCCAACAATGGCCTGGTCACTACCCTGTGGTTTATCTTCCTGCTTGTGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTACACAGTCATCCTAATGACGCTGAGGTCTCAGGCAGGAGGGGGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTACACAGTCATCCTAATGACGCTGAGGTCTCAGGCAGGAGGGGGCAGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GGAAAGCCATCTCCACTTGCACCTCCCACATCACTGTGGTGACCCTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GGAAAGCCATCTCCACTTGCACCTCCCACATCACTGTGGTGACCCTGCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTTGTGCCCTGCATCTATGTCTATGCCCGGCCCTTCACTGCCCTCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTTGTGCCCTGCATCTATGTCTATGCCCGGCCCTTCACTGCCCTCCCCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGAAAAGGCCATCTCTGTCACCTTCACTGTCATCTCCCCTCTGCTGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AGAAAAGGCCATCTCTGTCACCTTCACTGTCATCTCCCCTCTGCTGAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTTTGATCTACACTCTGAGGAACCAGGAAATGAAGTCAGCCATGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CTTTGATCTACACTCTGAGGAACCAGGAAATGAAGTCAGCCATGAGAAGA

    900     .    :    .    :    .    :
    901 CTGAAGAGAAGACTCGTGCCTTCTGAAAGGGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTGAAGAGAAGACTCGTGCCTTCTGAAAGGGAA