seq1 = pF1KE5909.tfa, 930 bp
seq2 = pF1KE5909/gi568815587f_58079445.tfa (gi568815587f:58079445_58280374), 200930 bp

>pF1KE5909 930
>gi568815587f:58079445_58280374 (Chr11)

1-930  (100001-100930)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGAGATGAACCTCACCTTGGTGACCGAGTTCCTCCTTATTGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGAGATGAACCTCACCTTGGTGACCGAGTTCCTCCTTATTGCATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACTGAATATCCTGAATGGGCACTCCCTCTCTTCCTCTTGTTTTTATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACTGAATATCCTGAATGGGCACTCCCTCTCTTCCTCTTGTTTTTATTTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTATCTCATCACCGTATTGGGGAACTTAGAGATGATTATTCTGATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTATCTCATCACCGTATTGGGGAACTTAGAGATGATTATTCTGATCCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGGATCACCAGCTCCACGCTCCAATGTATTTCCTTCTGAGTCACCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATGGATCACCAGCTCCACGCTCCAATGTATTTCCTTCTGAGTCACCTCGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTTCATGGACGTCTGCTACTCATCTATCACTGTCCCCCAGATGCTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTTCATGGACGTCTGCTACTCATCTATCACTGTCCCCCAGATGCTGGCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCTGCTGGAGCATGGGGCAGCTTTATCTTACACACGCTGTGCTGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCTGCTGGAGCATGGGGCAGCTTTATCTTACACACGCTGTGCTGCTCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTCTTTCTGTTCACCTTCTTTGGTTCCATCGACTGCTACCTCTTGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTCTTTCTGTTCACCTTCTTTGGTTCCATCGACTGCTACCTCTTGGCCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CATGGCCTATGACCGCTACTTGGCTGTGTGCCAGCCCCTGCTTTATGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CATGGCCTATGACCGCTACTTGGCTGTGTGCCAGCCCCTGCTTTATGTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCATCCTGACACAGCAGGCCCGCTTGAGTCTTGTGGCTGGGGCTTACGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCATCCTGACACAGCAGGCCCGCTTGAGTCTTGTGGCTGGGGCTTACGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCTGGTCTCATCAGTGCCTTGGTGCGGACAGTCTCAGCCTTCACTCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCTGGTCTCATCAGTGCCTTGGTGCGGACAGTCTCAGCCTTCACTCTCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTCTGTGGAACCAGTGAGATTGACTTTATTTTCTGTGACCTCCCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTTCTGTGGAACCAGTGAGATTGACTTTATTTTCTGTGACCTCCCTCCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGTTAAAGTTGACCTGTGGGGAGAGCTACACTCAAGAAGTGCTGATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGTTAAAGTTGACCTGTGGGGAGAGCTACACTCAAGAAGTGCTGATTATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATGTTTGCCATTTTTGTCATCCCTGCTTCCATGGTGGTGATCTTGGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATGTTTGCCATTTTTGTCATCCCTGCTTCCATGGTGGTGATCTTGGTGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTACCTGTTTATCATCGTGGCCATCATGGGGATCCCTGCTGGAAGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTACCTGTTTATCATCGTGGCCATCATGGGGATCCCTGCTGGAAGCCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCAAGACCTTCTCCACCTGCACCTCCCACCTCACTGCTGTGTCACTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCAAGACCTTCTCCACCTGCACCTCCCACCTCACTGCTGTGTCACTCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTTGGTACCCTCATCTTCATGTACTTGAGAGGTAACTCAGATCAGTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTTGGTACCCTCATCTTCATGTACTTGAGAGGTAACTCAGATCAGTCTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGAGAAGAATCGGGTAGTGTCTGTGCTTTACACAGAGGTCATCCCCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GGAGAAGAATCGGGTAGTGTCTGTGCTTTACACAGAGGTCATCCCCATGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGAATCCCCTCATCTACAGCCTGAGGAACAAGGAAGTGAAGGAGGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGAATCCCCTCATCTACAGCCTGAGGAACAAGGAAGTGAAGGAGGCCCTG

    900     .    :    .    :    .    :
    901 AGAAAAATTCTCAATAGAGCCAAGTTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AGAAAAATTCTCAATAGAGCCAAGTTGTCC