seq1 = pF1KE5908.tfa, 930 bp
seq2 = pF1KE5908/gi568815587f_55472128.tfa (gi568815587f:55472128_55673057), 200930 bp

>pF1KE5908 930
>gi568815587f:55472128_55673057 (Chr11)

1-930  (100001-100930)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAACTGAATAATAATGTGACTGAGTTCATTCTGCTTGGATTGACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAACTGAATAATAATGTGACTGAGTTCATTCTGCTTGGATTGACACA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGATCCTTTTTGGAAGAAAATATTGTTTGTTATTTTTTTGCGTCTCTATT
        |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
 100051 GGATCCTTTTTGGAAGAAAATAGTGTTTGTTATTTTTTTGCGTCTCTACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGGAACACTGTTGGGTAATTTGCTAATCATTATTAGTGTCAAGACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGGAACACTGTTGGGTAATTTGCTAATCATTATTAGTGTCAAGACCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGGCACTTAAGAACCCAATGTTCTTCTTCCTTTTCTACTTATCCTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGGCACTTAAGAACCCAATGTTCTTCTTCCTTTTCTACTTATCCTTATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGATACTTGCCTCTCTACTTCCATAGCCCCTAGAATGATTGTGGATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 100201 TGATACTTGCCTCTCTACTTCCATAACCCCTAGAATGATTGTGGATGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTTTGAAGAAGACAACTATCTCCTTCAGCGAGTGCATGATCCAAGTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTTTGAAGAAGACAACTATCTCCTTCAGCGAGTGCATGATCCAAGTCTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCATCCCATGTCTTTGGCTGCCTGGAGATCTTCATCCTCATCCTCACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TCATCCCATGTCTTTGGCTGCCTGGAGATCTTCATCCTCATCCTCACGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGTTGACCGCTATGTGGACATCTGTAAGCCCCTGCACTACATGACCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGTTGACCGCTATGTGGACATCTGTAAGCCCCTGCACTACATGACCATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TAAGCCAGTGGGTCTGTGGTGTTTTGATGGCTGTGGCCTGGGTGGGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TAAGCCAGTGGGTCTGTGGTGTTTTGATGGCTGTGGCCTGGGTGGGATCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TGTGTGCATTCTTTAGTTCAGATTTTTCTTGCCCTGAGTTTGCCATTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TGTGTGCATTCTTTAGTTCAGATTTTTCTTGCCCTGAGTTTGCCATTCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGGCCCCAATGTGATCAATCACTGTTTCTGTGACTTGCAGCCCTTGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGGCCCCAATGTGATCAATCACTGTTTCTGTGACTTGCAGCCCTTGTTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AACAAGCCTGTTCAGAAACCTATGTGGTTAACCTACTCCTGGTTTCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AACAAGCCTGTTCAGAAACCTATGTGGTTAACCTACTCCTGGTTTCCAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AGTGGGGCCATTTGTGCAGTGAGTTATGTCATGCTAATATTCTCCTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AGTGGGGCCATTTGTGCAGTGAGTTATGTCATGCTAATATTCTCCTATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CATCTTCTTGCATTCTCTGAGAAACCACAGTGCTGAAGTGATAAAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CATCTTCTTGCATTCTCTGAGAAACCACAGTGCTGAAGTGATAAAGAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CACTTTCCACATGTGTCTCCCACATCATTGTGGTCATCTTGTTCTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CACTTTCCACATGTGTCTCCCACATCATTGTGGTCATCTTGTTCTTTGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CCTTGCATATTTATGTACACATGCCTTGCAACCGTATTCCCCATGGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CCTTGCATATTTATGTACACATGCCTTGCAACCGTATTCCCCATGGATAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GATGATAGCTGTATTTTATACAGTTGGAACATCTTTTCTCAACCCTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GATGATAGCTGTATTTTATACAGTTGGAACATCTTTTCTCAACCCTGTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TTTACACGCTGAAGAATACAGAAGTGAAAAGTGCCATGAGGAAGCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TTTACACGCTGAAGAATACAGAAGTGAAAAGTGCCATGAGGAAGCTTTGG

    900     .    :    .    :    .    :
    901 AGCAAGAAATTGATCACAGATGACAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AGCAAGAAATTGATCACAGATGACAAAAGA