seq1 = pF1KE5827.tfa, 2751 bp
seq2 = pF1KE5827/gi568815589f_113401577.tfa (gi568815589f:113401577_113696950), 295374 bp

>pF1KE5827 2751
>gi568815589f:113401577_113696950 (Chr9)

1-54  (100001-100054)   100% ->
55-136  (103866-103947)   100% ->
137-242  (104812-104917)   100% ->
243-594  (105711-106062)   100% ->
595-634  (106965-107004)   100% ->
635-831  (112882-113078)   100% ->
832-915  (115965-116048)   100% ->
916-1027  (121354-121465)   100% ->
1028-1071  (127645-127688)   100% ->
1072-1194  (135220-135342)   100% ->
1195-2172  (181874-182851)   99% ->
2173-2237  (189757-189821)   100% ->
2238-2339  (192854-192955)   100% ->
2340-2401  (193343-193404)   100% ->
2402-2568  (194023-194189)   100% ->
2569-2751  (195192-195374)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACCGCTTCAATGGGCTCTGCAAGGTGTGCTCGGAGCGCCGCTACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACCGCTTCAATGGGCTCTGCAAGGTGTGCTCGGAGCGCCGCTACCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAG         ATCACCATCCCGAGGGGAAAGGACGGCTTTGGCTTCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGGTG...TAGATCACCATCCCGAGGGGAAAGGACGGCTTTGGCTTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCATCTGCTGCGACTCTCCAGTTCGAGTCCAGGCCGTGGATTCCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 103903 CCATCTGCTGCGACTCTCCAGTTCGAGTCCAGGCCGTGGATTCCGGTA..

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    137     GGGGTCCGGCGGAACGGGCAGGGCTGCAGCAGCTGGACACGGTGCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103953 .CAGGGGGTCCGGCGGAACGGGCAGGGCTGCAGCAGCTGGACACGGTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCAGCTGAATGAGAGGCCTGTGGAGCACTGGAAATGTGTGGAGCTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104858 GCAGCTGAATGAGAGGCCTGTGGAGCACTGGAAATGTGTGGAGCTGGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACGAGATCCG         GAGCTGCCCCAGTGAGATCATCCTACTCGTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 104908 ACGAGATCCGGTG...CAGGAGCTGCCCCAGTGAGATCATCCTACTCGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TGGCGCATGGTCCCCCAGGTCAAGCCAGGACCAGATGGCGGGGTCCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105742 TGGCGCATGGTCCCCCAGGTCAAGCCAGGACCAGATGGCGGGGTCCTGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCGGGCCTCCTGCAAGTCGACACATGACCTCCAGTCACCCCCCAACAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105792 GCGGGCCTCCTGCAAGTCGACACATGACCTCCAGTCACCCCCCAACAAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGGAGAAGAACTGCACCCATGGGGTCCAGGCACGGCCTGAGCAGCGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105842 GGGAGAAGAACTGCACCCATGGGGTCCAGGCACGGCCTGAGCAGCGCCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGCTGCCACCTGGTATGTGACAGCTCTGATGGGCTGCTGCTCGGCGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105892 AGCTGCCACCTGGTATGTGACAGCTCTGATGGGCTGCTGCTCGGCGGCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGAGCGCTACACCGAGGTGGCCAAGCGCGGGGGCCAGCACACCCTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105942 GGAGCGCTACACCGAGGTGGCCAAGCGCGGGGGCCAGCACACCCTGCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CACTGTCCCGTGCCACTGCCCCCACCGACCCCAACTACATCATCCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105992 CACTGTCCCGTGCCACTGCCCCCACCGACCCCAACTACATCATCCTGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCGCTGAATCCTGGGAGCCAG         CTGCTCCGGCCTGTGTACCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 106042 CCGCTGAATCCTGGGAGCCAGGTA...CAGCTGCTCCGGCCTGTGTACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGAGGATACCATCCCCGAAG         AATCAGGGAGTCCCAGTAAAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 106985 GGAGGATACCATCCCCGAAGGTG...CAGAATCAGGGAGTCCCAGTAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGAAGTCCTACACAGGCCTGGGGAAGAAGTCCCGGCTGATGAAGACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112903 GGAAGTCCTACACAGGCCTGGGGAAGAAGTCCCGGCTGATGAAGACAGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CAGACCATGAAGGGCCACGGGAACTACCAAAACTGCCCGGTTGTGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112953 CAGACCATGAAGGGCCACGGGAACTACCAAAACTGCCCGGTTGTGAGGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCATGCCACGCACTCAAGCTATGGCACCTACGTCACCCTGGCCCCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113003 GCATGCCACGCACTCAAGCTATGGCACCTACGTCACCCTGGCCCCCAAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TCCTGGTGTTCCCTGTCTTTGTTCAG         CCTCTAGATCTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 113053 TCCTGGTGTTCCCTGTCTTTGTTCAGGTG...CAGCCTCTAGATCTCTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AATCCTGCCCGGACCCTCCTGCTGTCAGAGGAGCTGCTGCTGTATGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115980 AATCCTGCCCGGACCCTCCTGCTGTCAGAGGAGCTGCTGCTGTATGAAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GAGGAACAAGGCTGCCGAG         GTGACACTGTTTGCCTATTCGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 116030 GAGGAACAAGGCTGCCGAGGTA...CAGGTGACACTGTTTGCCTATTCGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACCTGCTGCTCTTCACCAAGGAGGACGAGCCTGGCCGCTGCGACGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121376 ACCTGCTGCTCTTCACCAAGGAGGACGAGCCTGGCCGCTGCGACGTCCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AGGAACCCCCTCTACCTCCAGAGTGTGAAGCTGCAGGAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 121426 AGGAACCCCCTCTACCTCCAGAGTGTGAAGCTGCAGGAAGGTA...AAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TTCTTCAGAAGACCTGAAATTCTGCGTGCTCTATCTAGCAGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 127646 TTCTTCAGAAGACCTGAAATTCTGCGTGCTCTATCTAGCAGAGGTG...C

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1072   AAGGCAGAGTGCTTATTCACTTTGGAAGCGCACTCGCAGGAGCAGAAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135218 AGAAGGCAGAGTGCTTATTCACTTTGGAAGCGCACTCGCAGGAGCAGAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AAGAGAGTGTGCTGGTGCCTGTCGGAGAACATCGCCAAGCAGCAACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135268 AAGAGAGTGTGCTGGTGCCTGTCGGAGAACATCGCCAAGCAGCAACAGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GGCAGCATCACCCCCGGACAGCAAG         ATGTTTGAGACGGAGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 135318 GGCAGCATCACCCCCGGACAGCAAGGTA...CAGATGTTTGAGACGGAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CAGATGAGAAGAGGGAGATGGCCTTGGAGGAAGGGAAGGGGCCTGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181890 CAGATGAGAAGAGGGAGATGGCCTTGGAGGAAGGGAAGGGGCCTGGTGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GAGGATTCCCCACCCAGCAAGGAGCCCTCTCCTGGCCAGGAGCTTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181940 GAGGATTCCCCACCCAGCAAGGAGCCCTCTCCTGGCCAGGAGCTTCCTCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 AGGACAAGACCTTCCACCCAGCAAGGACTCCCCTTCTGGGCAGGAACCCG
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 181990 AGGACAAGACCTTCCACCCAACAAGGACTCCCCTTCTGGGCAGGAACCCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CTCCCAGCCAAGAACCACTGTCCAGCAAAGACTCAGCTACCTCTGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182040 CTCCCAGCCAAGAACCACTGTCCAGCAAAGACTCAGCTACCTCTGAAGGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TCCCCTCCAGGCCCAGATGCTCCGCCCAGCAAGGATGTGCCACCATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182090 TCCCCTCCAGGCCCAGATGCTCCGCCCAGCAAGGATGTGCCACCATGCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GGAACCCCCTCCAGCCCAAGACCTCTCACCCTGCCAGGACCTACCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182140 GGAACCCCCTCCAGCCCAAGACCTCTCACCCTGCCAGGACCTACCTGCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 GTCAAGAACCCCTGCCTCACCAGGACCCTCTACTCACCAAAGACCTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182190 GTCAAGAACCCCTGCCTCACCAGGACCCTCTACTCACCAAAGACCTCCCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GCCATCCAGGAATCCCCCACCCGGGACCTTCCACCCTGTCAAGATCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182240 GCCATCCAGGAATCCCCCACCCGGGACCTTCCACCCTGTCAAGATCTGCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TCCTAGCCAGGTCTCCCTGCCAGCCAAGGCCCTTACTGAGGACACCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182290 TCCTAGCCAGGTCTCCCTGCCAGCCAAGGCCCTTACTGAGGACACCATGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 GCTCCGGGGACCTACTAGCAGCTACTGGGGACCCACCTGCGGCCCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182340 GCTCCGGGGACCTACTAGCAGCTACTGGGGACCCACCTGCGGCCCCCAGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 CCAGCCTTCGTGATCCCTGAGGTCCGGCTGGATAGCACCTACAGCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182390 CCAGCCTTCGTGATCCCTGAGGTCCGGCTGGATAGCACCTACAGCCAGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 GGCAGGGGCAGAGCAGGGCTGCTCGGGAGATGAGGAGGATGCAGAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182440 GGCAGGGGCAGAGCAGGGCTGCTCGGGAGATGAGGAGGATGCAGAAGAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 CCGAGGAGGTGGAGGAGGGGGAGGAAGGGGAGGAGGACGAGGATGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182490 CCGAGGAGGTGGAGGAGGGGGAGGAAGGGGAGGAGGACGAGGATGAGGAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 ACCAGCGATGACAACTACGGAGAGCGCAGTGAGGCCAAGCGCAGCAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182540 ACCAGCGATGACAACTACGGAGAGCGCAGTGAGGCCAAGCGCAGCAGCAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 GATCGAGACGGGCCAGGGGGCTGAGGGTGGCCTCTCACTGCGTGTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182590 GATCGAGACGGGCCAGGGGGCTGAGGGTGGCCTCTCACTGCGTGTGCAGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 ACTCGCTGCGGCGCCGGACGCACAGCGAGGGCAGCCTGCTGCAGGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182640 ACTCGCTGCGGCGCCGGACGCACAGCGAGGGCAGCCTGCTGCAGGAGCCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 CGAGGGCCCTGCTTTGCCTCCGACACCACCTTGCACTGCTCAGACGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182690 CGAGGGCCCTGCTTTGCCTCCGACACCACCTTGCACTGCTCAGACGGTGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 GGGCGCCGCCTCCACCTGGGGCATGCCTTCGCCCAGCACCCTCAAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182740 GGGCGCCGCCTCCACCTGGGGCATGCCTTCGCCCAGCACCCTCAAGAAAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 AGCTGGGCCGCAATGGTGGCTCCATGCACCACCTTTCCCTCTTCTTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182790 AGCTGGGCCGCAATGGTGGCTCCATGCACCACCTTTCCCTCTTCTTCACA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2161 GGACACAGGAAG         ATGAGCGGGGCTGACACCGTTGGGGATGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 182840 GGACACAGGAAGGTG...CAGATGAGCGGGGCTGACACCGTTGGGGATGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 TGACGAAGCCTCCCGGAAGAGAAAGAGCAAAAACCT         AGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 189786 TGACGAAGCCTCCCGGAAGAGAAAGAGCAAAAACCTGTA...CAGAGCCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2243 AGGACATGAAGAACAAGCTGGGGATCTTCAGACGGCGGAATGAGTCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192859 AGGACATGAAGAACAAGCTGGGGATCTTCAGACGGCGGAATGAGTCCCCT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2293 GGAGCCCCTCCCGCGGGCAAGGCAGACAAAATGATGAAGTCATTCAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 192909 GGAGCCCCTCCCGCGGGCAAGGCAGACAAAATGATGAAGTCATTCAAGTA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2340       GCCCACCTCAGAGGAAGCCCTCAAGTGGGGCGAGTCCTTGGAGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192959 ...CAGGCCCACCTCAGAGGAAGCCCTCAAGTGGGGCGAGTCCTTGGAGA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2384 AGCTGCTGGTTCACAAAT         ACGGGTTAGCAGTGTTCCAAGCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 193387 AGCTGCTGGTTCACAAATGTA...CAGACGGGTTAGCAGTGTTCCAAGCC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2425 TTCCTTCGCACTGAGTTCAGTGAGGAGAATCTGGAGTTCTGGTTGGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194046 TTCCTTCGCACTGAGTTCAGTGAGGAGAATCTGGAGTTCTGGTTGGCTTG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2475 TGAGGACTTCAAGAAGGTCAAGTCACAGTCCAAGATGGCATCCAAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194096 TGAGGACTTCAAGAAGGTCAAGTCACAGTCCAAGATGGCATCCAAGGCCA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2525 AGAAGATCTTTGCTGAATACATCGCGATCCAGGCATGCAAGGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 194146 AGAAGATCTTTGCTGAATACATCGCGATCCAGGCATGCAAGGAGGTA...

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2569    GTCAACCTGGACTCCTACACGCGGGAGCACACCAAGGACAACCTGCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195189 CAGGTCAACCTGGACTCCTACACGCGGGAGCACACCAAGGACAACCTGCA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2616 GAGCGTCACGCGGGGCTGCTTCGACCTGGCACAGAAGCGCATCTTCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195239 GAGCGTCACGCGGGGCTGCTTCGACCTGGCACAGAAGCGCATCTTCGGGC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2666 TCATGGAAAAGGACTCGTACCCTCGCTTTCTCCGTTCTGACCTCTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195289 TCATGGAAAAGGACTCGTACCCTCGCTTTCTCCGTTCTGACCTCTACCTG

   2850     .    :    .    :    .    :    .
   2716 GACCTTATTAACCAGAAGAAGATGAGTCCCCCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195339 GACCTTATTAACCAGAAGAAGATGAGTCCCCCGCTT