seq1 = pF1KE5824.tfa, 3276 bp
seq2 = pF1KE5824/gi568815585f_30521141.tfa (gi568815585f:30521141_30759353), 238213 bp

>pF1KE5824 3276
>gi568815585f:30521141_30759353 (Chr13)

1-99  (100001-100099)   100% ->
100-228  (100624-100752)   100% ->
229-868  (109695-110334)   99% ->
869-982  (116604-116717)   100% ->
983-1112  (121488-121617)   100% ->
1113-1238  (125792-125917)   100% ->
1239-1396  (132008-132165)   100% ->
1397-3276  (136334-138213)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGGATTCTCCGAAGATTGGAAATGGTTTGCCAGTGATTGGACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGGATTCTCCGAAGATTGGAAATGGTTTGCCAGTGATTGGACCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACTGATATAGGGATATCTTCACTCCACATGGTGGGGTATTTGGGAAAA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100051 GACTGATATAGGGATATCTTCACTCCACATGGTGGGGTATTTGGGAAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100         AATTTTGATTCAGCTAAAGTTCCATCAGATGAGTATTGCCCT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TT...TAGAATTTTGATTCAGCTAAAGTTCCATCAGATGAGTATTGCCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTTGTAGAGAGAAGGGAAAGTTAAAAGCCTTAAAGACTTACCGAATTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100666 GCTTGTAGAGAGAAGGGAAAGTTAAAAGCCTTAAAGACTTACCGAATTAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTTTCAAGAATCTATCTTTTTGTGTGAGGATCTGCAG         TGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100716 TTTTCAAGAATCTATCTTTTTGTGTGAGGATCTGCAGGTA...CAGTGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCTATCCTTTGGGCTCTAAATCACTTAATAACCTAATTTCTCCTGATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109699 TCTATCCTTTGGGCTCTAAATCACTTAATAACCTAATTTCTCCTGATTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAGAATGTCACACTCCACATAAGCCTCAGAAAAGGAAGAGCTTAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109749 GAAGAATGTCACACTCCACATAAGCCTCAGAAAAGGAAGAGCTTAGAAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAGCTATAAGGATTCACTTCTTTTAGCAAATTCCAAAAAGACTAGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109799 CAGCTATAAGGATTCACTTCTTTTAGCAAATTCCAAAAAGACTAGAAATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATATTGCTATTGACGGTGGAAAAGTTTTGAACAGCAAACATAATGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109849 ATATTGCTATTGACGGTGGAAAAGTTTTGAACAGCAAACATAATGGAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTATATGACGAAACCTCGTCAAACTTACCTGATAGTAGTGGTCAACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109899 GTATATGACGAAACCTCGTCAAACTTACCTGATAGTAGTGGTCAACAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TCCAATTAGGACAGCTGATTCCTTGGAGCGGAATGAGATTTTGGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109949 TCCAATTAGGACAGCTGATTCCTTGGAGCGGAATGAGATTTTGGAAGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ATACTGTTGACATGGCTACTACAAAAGATCCTGCTACAGTTGATGTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109999 ATACTGTTGACATGGCTACTACAAAAGATCCTGCTACAGTTGATGTCTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GGAACTGGCAGACCTTCCCCTCAAAATGAAGGATGTACATCTAAGCTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 110049 GGAACTGGCAGACCTTCCCCTCAAAATGAAGGATGTACATCTAAACTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AATGCCACTGGAGAGCAAATGTACATCATTTCCCCAGGCTTTATGTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110099 AATGCCACTGGAGAGCAAATGTACATCATTTCCCCAGGCTTTATGTGTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGTGGAAAAATGCTTATGCTCTCTGTTGGTTAGACTGTATCCTGTCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110149 AGTGGAAAAATGCTTATGCTCTCTGTTGGTTAGACTGTATCCTGTCAGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TTGGTGCACTCGGAAGAGTTAAAGAACACCGTGACTGGACTGTGCTCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110199 TTGGTGCACTCGGAAGAGTTAAAGAACACCGTGACTGGACTGTGCTCGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GGAGGAATCTATATTCTGGCGGTTGCTTACAAAATATAATCAAGCAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110249 GGAGGAATCTATATTCTGGCGGTTGCTTACAAAATATAATCAAGCAAATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CACTTCTATATACCAGTCAATTGAGTGGTGTTAAAG         ATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 110299 CACTTCTATATACCAGTCAATTGAGTGGTGTTAAAGGTT...TAGATGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GATTGTAAAAAACTTACCTCAGAAATATTTGCAGAGATAGAGACCTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116609 GATTGTAAAAAACTTACCTCAGAAATATTTGCAGAGATAGAGACCTGTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GAATGAAGTTAGAGATGAAATTTTTATTAGCCTTCAGCCCCAGCTTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116659 GAATGAAGTTAGAGATGAAATTTTTATTAGCCTTCAGCCCCAGCTTAGAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GCACATTAG         GTGATATGGAAAGCCCTGTGTTTGCATTTCCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 116709 GCACATTAGGTA...AAGGTGATATGGAAAGCCCTGTGTTTGCATTTCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CTGCTCTTAAAACTAGAAACCCACATTGAAAAGCTCTTCCTATATTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121520 CTGCTCTTAAAACTAGAAACCCACATTGAAAAGCTCTTCCTATATTCTTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TTCTTGGGACTTTGAATGTTCGCAGTGTGGACACCAATATCAAAACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 121570 TTCTTGGGACTTTGAATGTTCGCAGTGTGGACACCAATATCAAAACAGGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1113        GCATATGAAGAGTCTGGTCACCTTTACAAATGTCATCCCTGAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121620 T...TAGGCATATGAAGAGTCTGGTCACCTTTACAAATGTCATCCCTGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TGGCACCCACTTAATGCTGCCCATTTTGGTCCATGTAACAATTGCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125835 TGGCACCCACTTAATGCTGCCCATTTTGGTCCATGTAACAATTGCAACAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 TAAATCACAAATAAGAAAAATGGTATTAGAAAA         AGTATCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 125885 TAAATCACAAATAAGAAAAATGGTATTAGAAAAGTG...CAGAGTATCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CCATATTCATGTTGCACTTTGTAGAAGGCTTACCACAGAATGACTTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132016 CCATATTCATGTTGCACTTTGTAGAAGGCTTACCACAGAATGACTTGCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 CACTATGCATTTCATTTTGAAGGCTGTCTTTATCAGATAACTTCTGTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132066 CACTATGCATTTCATTTTGAAGGCTGTCTTTATCAGATAACTTCTGTAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 TCAGTATCGAGCAAATAATCATTTTATAACATGGATTTTAGATGCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132116 TCAGTATCGAGCAAATAATCATTTTATAACATGGATTTTAGATGCTGATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397          GAAGTTGGCTGGAATGTGATGACTTAAAAGGCCCATGTTCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132166 GTA...CAGGAAGTTGGCTGGAATGTGATGACTTAAAAGGCCCATGTTCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 GAAAGGCACAAGAAATTTGAAGTTCCTGCTTCAGAGATACATATTGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136375 GAAAGGCACAAGAAATTTGAAGTTCCTGCTTCAGAGATACATATTGTTAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 TTGGGAAAGAAAAATATCCCAAGTGACAGATAAAGAAGCTGCCTGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136425 TTGGGAAAGAAAAATATCCCAAGTGACAGATAAAGAAGCTGCCTGCCTTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 CACTTAAAAAGACTAATGACCAACACGCTCTCAGTAATGAGAAACCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136475 CACTTAAAAAGACTAATGACCAACACGCTCTCAGTAATGAGAAACCAGTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 TCTTCAACATCGTGTTCTGTGGGTGATGCTGCCTCAGCTGAAACAGCCTC
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136525 TCTTTAACATCGTGTTCTGTGGGTGATGCTGCCTCAGCTGAAACAGCCTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 AGTAACTCACCCTAAAGATATATCAGTTGCCCCTCGTACTCTTTCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136575 AGTAACTCACCCTAAAGATATATCAGTTGCCCCTCGTACTCTTTCACAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 ACACAGCTGTAACTCATGGAGATCATTTACTTTCAGGTCCAAAAGGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136625 ACACAGCTGTAACTCATGGAGATCATTTACTTTCAGGTCCAAAAGGTTTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 GTTGACAATATTTTACCTCTGACACTTGAAGAAACTATCCAGAAAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136675 GTTGACAATATTTTACCTCTGACACTTGAAGAAACTATCCAGAAAACAGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 CTCAGTTTCACAGTTAAATTCTGAAGCTTTCCTGTTAGAAAATAAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136725 CTCAGTTTCACAGTTAAATTCTGAAGCTTTCCTGTTAGAAAATAAACCTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 TAGCAGAAAATACAGGAATTCTCAAAACCAATACTTTGCTATCACAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136775 TAGCAGAAAATACAGGAATTCTCAAAACCAATACTTTGCTATCACAAGAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888 TCACTAATGGCTTCTTCAGTATCAGCTCCATGTAATGAAAAGCTTATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136825 TCACTAATGGCTTCTTCAGTATCAGCTCCATGTAATGAAAAGCTTATTCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1938 AGACCAATTTGTGGACATAAGTTTTCCATCCCAAGTTGTAAATACAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136875 AGACCAATTTGTGGACATAAGTTTTCCATCCCAAGTTGTAAATACAAACA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1988 TGCAGTCAGTACAGCTGAATACAGAAGATACTGTAAATACTAAATCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136925 TGCAGTCAGTACAGCTGAATACAGAAGATACTGTAAATACTAAATCTGTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2038 AATAATACTGATGCTACTGGTCTTATACAGGGAGTGAAGTCAGTAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136975 AATAATACTGATGCTACTGGTCTTATACAGGGAGTGAAGTCAGTAGAAAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2088 TGAGAAGGACGCTCAGTTAAAACAATTCCTTACACCAAAAACTGAACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137025 TGAGAAGGACGCTCAGTTAAAACAATTCCTTACACCAAAAACTGAACAAT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2138 TAAAACCAGAACGTGTCACATCTCAGGTATCTAATTTGAAGAAAAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137075 TAAAACCAGAACGTGTCACATCTCAGGTATCTAATTTGAAGAAAAAAGAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2188 ACTACAGCAGATTCTCAAACCACAACATCTAAGTCATTACAGAATCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137125 ACTACAGCAGATTCTCAAACCACAACATCTAAGTCATTACAGAATCAGTC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2238 TCTGAAAGAAAATCAGAAGAAGCCATTTGTGGGAAGTTGGGTTAAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137175 TCTGAAAGAAAATCAGAAGAAGCCATTTGTGGGAAGTTGGGTTAAAGGCT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2288 TAATAAGCAGGGGTGCTTCTTTTATGCCACTCTGTGTTTCAGCTCATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137225 TAATAAGCAGGGGTGCTTCTTTTATGCCACTCTGTGTTTCAGCTCATAAT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2338 AGAAACACTATAACTGATTTACAACCTTCAGTTAAAGGGGTAAATAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137275 AGAAACACTATAACTGATTTACAACCTTCAGTTAAAGGGGTAAATAATTT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2388 TGGTGGCTTTAAAACTAAAGGTATAAACCAGAAGGCCAGCCACGTATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137325 TGGTGGCTTTAAAACTAAAGGTATAAACCAGAAGGCCAGCCACGTATCCA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2438 AGAAAGCTCGTAAGAGTGCAAGTAAGCCTCCTCCCATCAGTAAGCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137375 AGAAAGCTCGTAAGAGTGCAAGTAAGCCTCCTCCCATCAGTAAGCCACCA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2488 GCAGGCCCTCCATCGTCTAATGGCACAGCTGCCCACCCACATGCTCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137425 GCAGGCCCTCCATCGTCTAATGGCACAGCTGCCCACCCACATGCTCATGC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2538 TGCTTCAGAAGTTTTGGAAAAGTCTGGAAGCACCTCATGTGGAGCTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137475 TGCTTCAGAAGTTTTGGAAAAGTCTGGAAGCACCTCATGTGGAGCTCAAC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2588 TCAACCACAGTTCTTATGGGAATGGTATTTCTTCAGCAAACCATGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137525 TCAACCACAGTTCTTATGGGAATGGTATTTCTTCAGCAAACCATGAAGAC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2638 TTGGTGGAAGGTCAGATTCATAAACTTCGTCTAAAACTTCGTAAAAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137575 TTGGTGGAAGGTCAGATTCATAAACTTCGTCTAAAACTTCGTAAAAAGCT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2688 AAAGGCAGAAAAGAAGAAATTAGCTGCTCTTATGTCTTCCCCGCAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137625 AAAGGCAGAAAAGAAGAAATTAGCTGCTCTTATGTCTTCCCCGCAAAGCA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2738 GAACAGTTCGAAGTGAAAATCTAGAACAGGTGCCCCAGGATGGGTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137675 GAACAGTTCGAAGTGAAAATCTAGAACAGGTGCCCCAGGATGGGTCTCCA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2788 AATGATTGTGAATCAATAGAGGACTTGTTAAATGAGCTACCATATCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137725 AATGATTGTGAATCAATAGAGGACTTGTTAAATGAGCTACCATATCCAAT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2838 TGATATTGCCAATGAGTCTGCATGCACCACTGTTCCTGGTGTTTCCCTGT
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137775 TGATATTGCCAGTGAGTCTGCATGCACCACTGTTCCTGGTGTTTCCCTGT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2888 ACAGTAGTCAAACTCATGAAGAAATTTTAGCGGAATTATTGTCTCCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137825 ACAGTAGTCAAACTCATGAAGAAATTTTAGCGGAATTATTGTCTCCTACA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2938 CCTGTTTCAACAGAGCTGTCAGAAAATGGGGAAGGTGACTTTAGGTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137875 CCTGTTTCAACAGAGCTGTCAGAAAATGGGGAAGGTGACTTTAGGTATTT

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2988 GGGAATGGGAGATAGTCATATCCCACCACCAGTACCAAGTGAATTCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137925 GGGAATGGGAGATAGTCATATCCCACCACCAGTACCAAGTGAATTCAATG

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3038 ATGTTTCCCAGAACACACATCTGAGACAGGACCATAATTATTGTAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137975 ATGTTTCCCAGAACACACATCTGAGACAGGACCATAATTATTGTAGCCCC

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3088 ACCAAGAAAAATCCATGTGAAGTTCAGCCAGACTCTCTGACAAATAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138025 ACCAAGAAAAATCCATGTGAAGTTCAGCCAGACTCTCTGACAAATAATGC

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3138 CTGCGTTAGAACATTAAACTTGGAGAGTCCGATGAAGACTGATATTTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138075 CTGCGTTAGAACATTAAACTTGGAGAGTCCGATGAAGACTGATATTTTCG

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3188 ATGAGTTTTTTTCCTCCTCAGCATTAAATGCTTTAGCAAATGACACATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138125 ATGAGTTTTTTTCCTCCTCAGCATTAAATGCTTTAGCAAATGACACATTA

   3300     .    :    .    :    .    :    .
   3238 GACCTACCTCATTTCGATGAATATCTGTTTGAGAATTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138175 GACCTACCTCATTTCGATGAATATCTGTTTGAGAATTAT