seq1 = pF1KE5816.tfa, 2586 bp
seq2 = pF1KE5816/gi568815593r_136113438.tfa (gi568815593r:136113438_136457385), 343948 bp

>pF1KE5816 2586
>gi568815593r:136113438_136457385 (Chr5)

(complement)

1-780  (99999-100778)   99% ->
781-963  (141607-141789)   100% ->
964-1128  (182549-182713)   100% ->
1129-1345  (190950-191166)   100% ->
1346-1579  (205504-205737)   100% ->
1580-1844  (209651-209915)   100% ->
1845-2040  (225837-226032)   100% ->
2041-2262  (231131-231352)   100% ->
2263-2343  (232032-232112)   100% ->
2344-2419  (241111-241186)   100% ->
2420-2586  (243782-243948)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTGAGGAACAGCACCTTCAAAAACATGCAGCGCCGGCACACAACGCT
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99999 AGGTTGAGGAACAGCACCTTCAAAAACATGCAGCGCCGGCACACAACGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGGGAGAAGGGCCGTCGCCAGGCCATCCGGGATCCCGCCTACATGTTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 100049 GAGGGAGAAGGGCCGTCGCCAGGCCATCCGGGGTCCCGCCTACATGTTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACGAGAAGGGCACCAGTCTGACGCCCGAGGAGGAGCGCTTCCTGGACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 ACGAGAAGGGCACCAGTCTGACGCCCGAGGAGGAGCGCTTCCTGGACTCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTGAGTATGGCAACATCCCGGTGGTCCGGAAAATGCTGGAGGAGTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100149 GCTGAGTATGGCAACATCCCGGTGGTCCGGAAAATGCTGGAGGAGTCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GACCCTTAACTTCAACTGTGTGGACTACATGGGGCAGAACGCTCTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100199 GACCCTTAACTTCAACTGTGTGGACTACATGGGGCAGAACGCTCTGCAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGCCGTGGGCAACGAGCACCTAGAGGTCACGGAGCTGCTGCTGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100249 TGGCCGTGGGCAACGAGCACCTAGAGGTCACGGAGCTGCTGCTGAAGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAGAACCTGGCACGGGTGGGGGACGCGCTGCTGCTGGCCATCAGCAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100299 GAGAACCTGGCACGGGTGGGGGACGCGCTGCTGCTGGCCATCAGCAAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTATGTGCGCATCGTGGAGGCCATCCTCAACCACCCGGCCTTCGCGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100349 CTATGTGCGCATCGTGGAGGCCATCCTCAACCACCCGGCCTTCGCGCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCCAGCGCCTGACGCTCAGCCCGCTGGAACAGGAGCTGCGCGACGACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100399 GCCAGCGCCTGACGCTCAGCCCGCTGGAACAGGAGCTGCGCGACGACGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTCTATGCCTACGACGAGGACGGCACGCGCTTCTCCCACGACATCACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100449 TTCTATGCCTACGACGAGGACGGCACGCGCTTCTCCCACGACATCACGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TATCATCCTGGCGGCGCACTGCCAGGAGTATGAGATCGTGCACATCCTGC
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100499 CATCATCCTGGCGGCGCACTGCCAGGAGTATGAGATCGTGCACATCCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGCTCAAGGGCGCCCGCATCGAGCGGCCCCACGACTACTTCTGCAAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100549 TGCTCAAGGGCGCCCGCATCGAGCGGCCCCACGACTACTTCTGCAAGTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AATGAGTGCACCGAGAAACAGCGGAAAGACTCCTTCAGCCACTCGCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100599 AATGAGTGCACCGAGAAACAGCGGAAAGACTCCTTCAGCCACTCGCGCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCGCATGAACGCCTACAAAGGACTGGCGAGTGCTGCCTACTTGTCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100649 GCGCATGAACGCCTACAAAGGACTGGCGAGTGCTGCCTACTTGTCCCTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCAGCGAAGACCCTGTCCTCACCGCCCTGGAGCTCAGCAACGAGTTAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100699 CCAGCGAAGACCCTGTCCTCACCGCCCTGGAGCTCAGCAACGAGTTAGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AGACTAGCCAACATTGAGACTGAATTTAAG         AACGATTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100749 AGACTAGCCAACATTGAGACTGAATTTAAGGTA...TAGAACGATTACAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GAAGTTATCTATGCAATGCAAGGATTTTGTAGTGGGCGTGCTGGACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141618 GAAGTTATCTATGCAATGCAAGGATTTTGTAGTGGGCGTGCTGGACCTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GCCGAGACACAGAAGAGGTGGAAGCAATTTTAAACGGTGATGTGAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141668 GCCGAGACACAGAAGAGGTGGAAGCAATTTTAAACGGTGATGTGAACTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CAAGTCTGGTCCGACCACCACCGTCCAAGTCTGAGCCGGATCAAACTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141718 CAAGTCTGGTCCGACCACCACCGTCCAAGTCTGAGCCGGATCAAACTCGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CATTAAATATGAAGTCAAGAAG         TTCGTTGCTCATCCTAACT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 141768 CATTAAATATGAAGTCAAGAAGGTA...CAGTTCGTTGCTCATCCTAACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GTCAGCAGCAATTGCTTACCATGTGGTATGAAAATCTCTCAGGCTTACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182568 GTCAGCAGCAATTGCTTACCATGTGGTATGAAAATCTCTCAGGCTTACGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CAACAGTCTATCGCTGTGAAATTCCTGGCTGTCTTTGGAGTCTCCATAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182618 CAACAGTCTATCGCTGTGAAATTCCTGGCTGTCTTTGGAGTCTCCATAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CCTCCCTTTTCTCGCCATAGCCTATTGGATTGCTCCGTGCAGCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 182668 CCTCCCTTTTCTCGCCATAGCCTATTGGATTGCTCCGTGCAGCAAGGTA.

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129      CTAGGACGAACCCTGAGGAGCCCTTTCATGAAGTTTGTAGCTCAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182718 ..CAGCTAGGACGAACCCTGAGGAGCCCTTTCATGAAGTTTGTAGCTCAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GCAGTTTCTTTTACAATCTTCTTGGGATTATTAGTTGTGAATGCATCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190995 GCAGTTTCTTTTACAATCTTCTTGGGATTATTAGTTGTGAATGCATCTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 CCGATTTGAAGGTGTTAAAACCCTGCCAAACGAAACCTTCACAGACTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191045 CCGATTTGAAGGTGTTAAAACCCTGCCAAACGAAACCTTCACAGACTACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 CAAAACAAATCTTCAGAGTGAAAACCACACAGTTCTCCTGGACAGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191095 CAAAACAAATCTTCAGAGTGAAAACCACACAGTTCTCCTGGACAGAAATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 CTCATTATGAAGTGGGTCTTAG         GAATGATTTGGTCCGAATG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 191145 CTCATTATGAAGTGGGTCTTAGGTA...CAGGAATGATTTGGTCCGAATG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 CAAGGAAATCTGGGAGGAGGGGCCACGGGAGTACGTGCTGCACTTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205523 CAAGGAAATCTGGGAGGAGGGGCCACGGGAGTACGTGCTGCACTTGTGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 ACCTGCTAGATTTCGGGATGCTGTCCATCTTCGTGGCCTCCTTCACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205573 ACCTGCTAGATTTCGGGATGCTGTCCATCTTCGTGGCCTCCTTCACAGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 CGCTTCATGGCCTTCCTGAAGGCCACGGAGGCACAGCTGTACGTGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205623 CGCTTCATGGCCTTCCTGAAGGCCACGGAGGCACAGCTGTACGTGGACCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 GCACGTGCAGGACGACACGCTGCACAATGTCTCGCTTCCGCCGGAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205673 GCACGTGCAGGACGACACGCTGCACAATGTCTCGCTTCCGCCGGAAGTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 CATACTTCACCTACG         CCAGGGACAAGTGGTGGCCTTCAGAC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 205723 CATACTTCACCTACGGTG...TAGCCAGGGACAAGTGGTGGCCTTCAGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 CCTCAGATCATATCGGAAGGGCTCTACGCGATAGCCGTCGTGCTGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209677 CCTCAGATCATATCGGAAGGGCTCTACGCGATAGCCGTCGTGCTGAGCTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 CTCTCGCATTGCATACATTCTGCCAGCCAACGAGAGTTTTGGGCCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209727 CTCTCGCATTGCATACATTCTGCCAGCCAACGAGAGTTTTGGGCCCCTGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 AGATCTCGCTAGGGAGAACTGTGAAAGATATCTTCAAGTTCATGGTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209777 AGATCTCGCTAGGGAGAACTGTGAAAGATATCTTCAAGTTCATGGTCATT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 TTCATCATGGTATTTGTGGCCTTCATGATTGGGATGTTCAACCTGTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209827 TTCATCATGGTATTTGTGGCCTTCATGATTGGGATGTTCAACCTGTACTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 TTACTACCGAGGTGCCAAATACAACCCAGCGTTTACAAC         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 209877 TTACTACCGAGGTGCCAAATACAACCCAGCGTTTACAACGTG...CAGGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1847 TTGAAGAAAGTTTTAAAACTTTGTTTTGGTCCATATTCGGCTTATCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225839 TTGAAGAAAGTTTTAAAACTTTGTTTTGGTCCATATTCGGCTTATCTGAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 GTAATCTCAGTGGTGCTGAAATACGACCACAAATTCATCGAGAACATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225889 GTAATCTCAGTGGTGCTGAAATACGACCACAAATTCATCGAGAACATTGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1947 CTACGTTCTCTACGGCGTTTATAACGTCACCATGGTGGTAGTGTTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225939 CTACGTTCTCTACGGCGTTTATAACGTCACCATGGTGGTAGTGTTGCTCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1997 ACATGCTAATAGCCATGATAAACAACTCCTATCAGGAAATTGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 225989 ACATGCTAATAGCCATGATAAACAACTCCTATCAGGAAATTGAGGTA...

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2041    GAGGATGCAGATGTGGAATGGAAGTTCGCCCGAGCAAAACTCTGGCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231128 CAGGAGGATGCAGATGTGGAATGGAAGTTCGCCCGAGCAAAACTCTGGCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2088 GTCTTACTTTGATGAAGGAAGAACTCTACCTGCTCCTTTTAATCTAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231178 GTCTTACTTTGATGAAGGAAGAACTCTACCTGCTCCTTTTAATCTAGTGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2138 CAAGTCCTAAATCATTTTATTATCTCATAATGAGAATCAAGATGTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231228 CAAGTCCTAAATCATTTTATTATCTCATAATGAGAATCAAGATGTGCCTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2188 ATAAAACTCTGCAAATCTAAGGCCAAAAGCTGTGAAAATGACCTTGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231278 ATAAAACTCTGCAAATCTAAGGCCAAAAGCTGTGAAAATGACCTTGAAAT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2238 GGGCATGCTGAATTCCAAATTCAAG         AAGACTCGCTACCAGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 231328 GGGCATGCTGAATTCCAAATTCAAGGTA...CAGAAGACTCGCTACCAGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2279 CTGGCATGAGGAATTCTGAAAATCTGACAGCAAATAACACTTTGAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232048 CTGGCATGAGGAATTCTGAAAATCTGACAGCAAATAACACTTTGAGCAAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2329 CCCACCAGATACCAG         AAAATCATGAAACGGCTCATAAAAAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 232098 CCCACCAGATACCAGGTA...CAGAAAATCATGAAACGGCTCATAAAAAG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2370 ATACGTCCTGAAAGCCCAGGTGGACAGAGAAAATGACGAAGTCAATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241137 ATACGTCCTGAAAGCCCAGGTGGACAGAGAAAATGACGAAGTCAATGAAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2420          GCGAGCTGAAGGAAATCAAGCAAGATATCTCCAGCCTGCGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241187 GTA...CAGGCGAGCTGAAGGAAATCAAGCAAGATATCTCCAGCCTGCGC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2461 TATGAGCTTCTTGAGGAAAAATCTCAAGCTACTGGTGAGCTGGCAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243823 TATGAGCTTCTTGAGGAAAAATCTCAAGCTACTGGTGAGCTGGCAGACCT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2511 GATTCAACAACTCAGCGAGAAGTTTGGAAAGAACTTAAACAAAGACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243873 GATTCAACAACTCAGCGAGAAGTTTGGAAAGAACTTAAACAAAGACCACC

   2650     .    :    .    :    .
   2561 TGAGGGTGAACAAGGGCAAAGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||
 243923 TGAGGGTGAACAAGGGCAAAGACATT