seq1 = pF1KE5815.tfa, 2595 bp
seq2 = pF1KE5815/gi568815592r_35843903.tfa (gi568815592r:35843903_36119707), 275805 bp

>pF1KE5815 2595
>gi568815592r:35843903_36119707 (Chr6)

(complement)

1-188  (100001-100188)   100% ->
189-328  (107336-107475)   99% ->
329-445  (119600-119716)   100% ->
446-627  (121789-121970)   100% ->
628-710  (137505-137587)   100% ->
711-858  (142357-142504)   100% ->
859-972  (144220-144333)   100% ->
973-1050  (150754-150831)   100% ->
1051-1146  (157087-157182)   100% ->
1147-1253  (158609-158715)   100% ->
1254-1323  (158796-158865)   100% ->
1324-1416  (159902-159994)   100% ->
1417-1548  (160117-160248)   100% ->
1549-1917  (164188-164556)   99% ->
1918-1972  (168209-168263)   100% ->
1973-2157  (168361-168545)   100% ->
2158-2595  (175368-175805)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCACAACTAGAGAGGAGCGCCATCTCTGGCTTCAGCTCTAAGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCACAACTAGAGAGGAGCGCCATCTCTGGCTTCAGCTCTAAGTCCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGAAACTCATTCGCATATGATGTTAAGCGTGAAGTATACAATGAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGAAACTCATTCGCATATGATGTTAAGCGTGAAGTATACAATGAGGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTTTCAACAGGAACACAAAAGGAAGGCCTCCTCTTCTGGGAACATGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTTTCAACAGGAACACAAAAGGAAGGCCTCCTCTTCTGGGAACATGAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCAACATCACCACCTTCAGACACCACGTCCAGTGCCG         CTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100151 ATCAACATCACCACCTTCAGACACCACGTCCAGTGCCGGTG...CAGCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTCATGGCACAGGTTCCTACGATGCATGCTTACAATCTTTCCCTTCCTAG
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 107339 CTCATGGCACAGGTTCCTACGATGCGTGCTTACAATCTTTCCCTTCCTAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AATGGATGTGTATGTATCGATTAAAGGATTGGCTTCTGGGAGACTTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107389 AATGGATGTGTATGTATCGATTAAAGGATTGGCTTCTGGGAGACTTACTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCTGGTATAAGTGTTGGCCTTGTGCAAGTTCCCCAAG         GCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 107439 GCTGGTATAAGTGTTGGCCTTGTGCAAGTTCCCCAAGGTA...CAGGCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GACACTTAGTTTGCTGGCAAGGCAACTGATTCCTCCTCTCAACATCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119604 GACACTTAGTTTGCTGGCAAGGCAACTGATTCCTCCTCTCAACATCGCTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGCAGCTTTCTGTTCTTCGGTAATCTATGTAATTTTTGGATCGTGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119654 ATGCAGCTTTCTGTTCTTCGGTAATCTATGTAATTTTTGGATCGTGTCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAAATGTCCATTG         GTTCCTTCTTCCTGGTGAGTGCTCTGCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 119704 CAAATGTCCATTGGTG...CAGGTTCCTTCTTCCTGGTGAGTGCTCTGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GATCAACGTTCTGAAAGTGAGCCCATTCAACAACGGTCAACTGGTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121817 GATCAACGTTCTGAAAGTGAGCCCATTCAACAACGGTCAACTGGTCATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GATCTTTCGTCAAGAATGAGTTTTCGGCCCCCTCCTACCTTATGGGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121867 GATCTTTCGTCAAGAATGAGTTTTCGGCCCCCTCCTACCTTATGGGCTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AATAAATCCTTGAGTGTGGTGGCAACCACAACTTTTCTGACTGGGATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121917 AATAAATCCTTGAGTGTGGTGGCAACCACAACTTTTCTGACTGGGATTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TCAG         ATTATTGGCTTCACTGTGATTGCAAACAAGATAAGCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121967 TCAGGTA...CAGATTATTGGCTTCACTGTGATTGCAAACAAGATAAGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGGCCACAGAAACCAGCCAGACGCTTATTGACATGATTCCTTATAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 137542 TGGCCACAGAAACCAGCCAGACGCTTATTGACATGATTCCTTATAGGTC.

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    711      CTTTCTGCTTCCTGTAACACCAGATTTCAGCCTTCTTCCCAAGAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137592 ..CAGCTTTCTGCTTCCTGTAACACCAGATTTCAGCCTTCTTCCCAAGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AATTTTACAAGCCTTCTCCTTATCTTTGGTGAGCTCCTTTCTGCTCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142402 AATTTTACAAGCCTTCTCCTTATCTTTGGTGAGCTCCTTTCTGCTCATAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TTCTGGGCAAGAAGATTGCCAGTCTTCACAATTACAGTGTCAATTCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142452 TTCTGGGCAAGAAGATTGCCAGTCTTCACAATTACAGTGTCAATTCCAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CAG         GATTTAATAGCCATCGGCCTTTGCAATGTCGTCAGTTC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142502 CAGGTG...CAGGATTTAATAGCCATCGGCCTTTGCAATGTCGTCAGTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ATTTTTCAGATCTTGTGTGTTTACTGGTGCTATTGCTAGGACTATTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144258 ATTTTTCAGATCTTGTGTGTTTACTGGTGCTATTGCTAGGACTATTATCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGGATAAATCTGGAGGAAGACAACAG         TTTGCATCTCTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 144308 AGGATAAATCTGGAGGAAGACAACAGGTA...CAGTTTGCATCTCTGGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GGCGCAGGTGTGATGCTGCTCCTGATGGTGAAGATGGGACACTTTTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150769 GGCGCAGGTGTGATGCTGCTCCTGATGGTGAAGATGGGACACTTTTTCTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CACACTGCCAAAT         GCTGTGCTGGCTGGTATTATTCTGAGCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 150819 CACACTGCCAAATGTA...CAGGCTGTGCTGGCTGGTATTATTCTGAGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ACGTCATTCCCTACCTTGAAACCATTTCTAACCTACCCAGCCTGTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157115 ACGTCATTCCCTACCTTGAAACCATTTCTAACCTACCCAGCCTGTGGAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CAGGACCAATATGACTGT         GCTCTTTGGATGATGACATTCTC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 157165 CAGGACCAATATGACTGTGTG...AAGGCTCTTTGGATGATGACATTCTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 ATCTTCAATTTTCCTGGGACTGGACATTGGACTAATTATCTCAGTAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158632 ATCTTCAATTTTCCTGGGACTGGACATTGGACTAATTATCTCAGTAGTTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CTGCTTTCTTCATCACCACTGTTCGTTCACACAG         AGCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 158682 CTGCTTTCTTCATCACCACTGTTCGTTCACACAGGTA...CAGAGCTAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ATTCTTCTCCTGGGTCAAATCCCTAACACCAACATTTATAGAAGCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158803 ATTCTTCTCCTGGGTCAAATCCCTAACACCAACATTTATAGAAGCATCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TGATTATCGGGAG         ATCATCACCATTCCTGGGGTGAAAATCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 158853 TGATTATCGGGAGGTA...CAGATCATCACCATTCCTGGGGTGAAAATCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TCCAGTGCTGCAGCTCAATTACATTTGTAAATGTTTACTACCTAAAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159930 TCCAGTGCTGCAGCTCAATTACATTTGTAAATGTTTACTACCTAAAGCAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AAGCTGTTAAAAGAG         GTTGATATGGTAAAGGTGCCTCTTAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 159980 AAGCTGTTAAAAGAGGTA...CAGGTTGATATGGTAAAGGTGCCTCTTAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 AGAAGAAGAAATTTTCAGCTTGTTTAATTCAAGTGACACCAATCTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160143 AGAAGAAGAAATTTTCAGCTTGTTTAATTCAAGTGACACCAATCTACAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GAGGAAAGATTTGCAGGTGTTTCTGCAACTGTGATGATCTGGAGCCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160193 GAGGAAAGATTTGCAGGTGTTTCTGCAACTGTGATGATCTGGAGCCGCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CCCAGG         ATTCTTTACACAGAGCGATTTGAAAATAAACTGGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160243 CCCAGGGTT...CAGATTCTTTACACAGAGCGATTTGAAAATAAACTGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TCCCGAAGCATCCTCCGTTAACCTGATTCACTGCTCACATTTTGAGAGCA
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 164223 TCCCGAAGCATCCTCCATTAACCTGATTCACTGCTCACATTTTGAGAGCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TGAACACAAGCCAAACTGCATCCGAAGACCAAGTGCCATACACAGTATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164273 TGAACACAAGCCAAACTGCATCCGAAGACCAAGTGCCATACACAGTATCG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 TCCGTGTCTCAGAAAAATCAAGGGCAACAGTATGAGGAGGTGGAGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164323 TCCGTGTCTCAGAAAAATCAAGGGCAACAGTATGAGGAGGTGGAGGAAGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 TTGGCTTCCTAATAACTCATCAAGAAACAGCTCACCAGGACTGCCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164373 TTGGCTTCCTAATAACTCATCAAGAAACAGCTCACCAGGACTGCCTGATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 TGGCGGAAAGCCAGGGGAGGAGATCACTCATCCCTTACTCAGATGCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164423 TGGCGGAAAGCCAGGGGAGGAGATCACTCATCCCTTACTCAGATGCGTCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 CTACTGCCCAGTGTCCACACCATCATCCTGGATTTCTCCATGGTACACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164473 CTACTGCCCAGTGTCCACACCATCATCCTGGATTTCTCCATGGTACACTA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 CGTGGATTCACGGGGGTTAGTCGTATTAAGACAG         ATATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 164523 CGTGGATTCACGGGGGTTAGTCGTATTAAGACAGGTA...CAGATATGCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 ATGCCTTTCAAAACGCCAACATTTTGATACTCATTGCAGGGTGTCACT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 168216 ATGCCTTTCAAAACGCCAACATTTTGATACTCATTGCAGGGTGTCACTGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1973        CTTCCATAGTCAGGGCATTTGAGAGGAATGATTTCTTTGACGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168266 G...TAGCTTCCATAGTCAGGGCATTTGAGAGGAATGATTTCTTTGACGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 TGGCATCACCAAGACCCAGCTGTTCCTCAGCGTTCACGACGCCGTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168404 TGGCATCACCAAGACCCAGCTGTTCCTCAGCGTTCACGACGCCGTGCTGT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 TTGCCTTGTCAAGGAAGGTCATAGGCTCCTCTGAGTTAAGCATCGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168454 TTGCCTTGTCAAGGAAGGTCATAGGCTCCTCTGAGTTAAGCATCGATGAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 TCCGAGACAGTGATACGGGAAACCTACTCAGAAACAGACAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 168504 TCCGAGACAGTGATACGGGAAACCTACTCAGAAACAGACAAGGTC...CA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2158  AATGACAATTCAAGATATAAAATGAGCAGCAGTTTTCTAGGAAGCCAAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175367 GAATGACAATTCAAGATATAAAATGAGCAGCAGTTTTCTAGGAAGCCAAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 AAAATGTAAGTCCAGGCTTCATCAAGATCCAACAGCCTGTAGAAGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175417 AAAATGTAAGTCCAGGCTTCATCAAGATCCAACAGCCTGTAGAAGAGGAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 TCGGAGTTGGATTTGGAGCTGGAATCAGAACAAGAGGCTGGGCTGGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175467 TCGGAGTTGGATTTGGAGCTGGAATCAGAACAAGAGGCTGGGCTGGGTCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2307 GGACCTAGACCTGGATCGGGAGCTGGAGCCTGAAATGGAGCCCAAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175517 GGACCTAGACCTGGATCGGGAGCTGGAGCCTGAAATGGAGCCCAAGGCTG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2357 AGACCGAGACCAAGACCCAGACCGAGATGGAGCCCCAGCCTGAGACTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175567 AGACCGAGACCAAGACCCAGACCGAGATGGAGCCCCAGCCTGAGACTGAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2407 CCTGAGATGGAGCCCAACCCCAAATCTAGGCCAAGAGCTCACACTTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175617 CCTGAGATGGAGCCCAACCCCAAATCTAGGCCAAGAGCTCACACTTTTCC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2457 TCAGCAGCGTTACTGGCCTATGTATCATCCGTCTATGGCTTCCACCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175667 TCAGCAGCGTTACTGGCCTATGTATCATCCGTCTATGGCTTCCACCCAGT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2507 CTCAGACTCAGACTCGGACATGGTCAGTGGAGAGGAGACGCCATCCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175717 CTCAGACTCAGACTCGGACATGGTCAGTGGAGAGGAGACGCCATCCTATG

   2700     .    :    .    :    .    :    .
   2557 GATTCATACTCACCAGAGGGCAACAGCAATGAAGATGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175767 GATTCATACTCACCAGAGGGCAACAGCAATGAAGATGTC