seq1 = pF1KE5788.tfa, 2340 bp
seq2 = pF1KE5788/gi568815587f_107933799.tfa (gi568815587f:107933799_108204381), 270583 bp

>pF1KE5788 2340
>gi568815587f:107933799_108204381 (Chr11)

1-24  (75551-75574)   100% ->
25-134  (100004-100113)   100% ->
135-234  (112472-112571)   99% ->
235-411  (116092-116268)   100% ->
412-553  (118862-119003)   100% ->
554-699  (120849-120994)   100% ->
700-780  (121077-121157)   100% ->
781-874  (136298-136391)   100% ->
875-1005  (138534-138664)   100% ->
1006-1113  (139592-139699)   100% ->
1114-1178  (144378-144442)   100% ->
1179-1311  (154729-154861)   100% ->
1312-1443  (155694-155825)   100% ->
1444-1567  (160593-160716)   100% ->
1568-1743  (161014-161189)   100% ->
1744-1905  (161732-161893)   100% ->
1906-2024  (163838-163956)   100% ->
2025-2148  (164608-164731)   100% ->
2149-2340  (170392-170583)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGACGTCTAATCTGTTAAAG         AATAAAGGTTCTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
  75551 ATGGCGACGTCTAATCTGTTAAAGGTA...AAGAATAAAGGTTCTCTTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GTTTGAAGACAAATGGGATTTTATGCGCCCGATTGTTTTGAAGCTTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100021 GTTTGAAGACAAATGGGATTTTATGCGCCCGATTGTTTTGAAGCTTTTAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCAGGAATCTGTTACAAAACAGCAGTGGTTTGATCTGTTTTC       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100071 GCCAGGAATCTGTTACAAAACAGCAGTGGTTTGATCTGTTTTCGTA...C

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    135   GGATGTGCATGCAGTCTGTCTTTGGGATGATAAAGGCCCAGCAAAAAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112470 AGGGATGTGCATGCAGTCTGTCTTTGGGATGATAAAGGCCCAGCAAAAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCATCAGGCTTTAAAAGAAGATATTCTTGAGTTTATTAAGCAGGCACAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 112520 TCATCAGGCTTTAAAAGAAGATATTCTTGAGTTTATTAAGCAAGCACAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CA         CGAGTACTGAGCCATCAAGATGATACGGCTTTGCTAAAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112570 CAGTA...CAGCGAGTACTGAGCCATCAAGATGATACGGCTTTGCTAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCATATATTGTTGAATGGCGAAAGTTCTTTACACAATGTGATATTTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116131 GCATATATTGTTGAATGGCGAAAGTTCTTTACACAATGTGATATTTTACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AAAACCTTTTTGTCAACTAGAGATTACTTTAATGGGTAAACAGGGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116181 AAAACCTTTTTGTCAACTAGAGATTACTTTAATGGGTAAACAGGGCAGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATAAAAAATCAAATGTGGAAGACAGTATTGTTCGAAAG         CTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 116231 ATAAAAAATCAAATGTGGAAGACAGTATTGTTCGAAAGGTA...TAGCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATGCTTGATACATGGAATGAGTCAATCTTTTCAAACATAAAAAACAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118865 ATGCTTGATACATGGAATGAGTCAATCTTTTCAAACATAAAAAACAGACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCAAGATAGTGCAATGAAGCTGGTACATGCTGAGAGATTGGGAGAAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118915 CCAAGATAGTGCAATGAAGCTGGTACATGCTGAGAGATTGGGAGAAGCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTGATTCTCAGCTGGTTATTGGAGTAAGAGAATCCTATG         TT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 118965 TTGATTCTCAGCTGGTTATTGGAGTAAGAGAATCCTATGGTA...CAGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AACCTTTGTTCTAATCCTGAGGATAAACTTCAAATTTATAGGGACAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120851 AACCTTTGTTCTAATCCTGAGGATAAACTTCAAATTTATAGGGACAATTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGAGAAGGCATACTTGGATTCAACAGAGAGATTTTATAGAACACAAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120901 TGAGAAGGCATACTTGGATTCAACAGAGAGATTTTATAGAACACAAGCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCTCGTATTTACAACAAAATGGTGTACAGAATTATATGAAATAT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 120951 CCTCGTATTTACAACAAAATGGTGTACAGAATTATATGAAATATGTA...

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    700    GCAGATGCTAAATTAAAAGAAGAAGAAAAACGAGCACTACGTTATTT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121074 CAGGCAGATGCTAAATTAAAAGAAGAAGAAAAACGAGCACTACGTTATTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGAAACAAGACGAGAATGTAACTCCGTTGAAGCA         CTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 121124 AGAAACAAGACGAGAATGTAACTCCGTTGAAGCAGTA...CAGCTCATGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AATGCTGTGTAAATGCCCTGGTGACATCATTTAAAGAGACTATCTTAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136305 AATGCTGTGTAAATGCCCTGGTGACATCATTTAAAGAGACTATCTTAGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAGTGCCAAGGCATGATCAAGAGAAATGAAACTGAAA         AATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 136355 GAGTGCCAAGGCATGATCAAGAGAAATGAAACTGAAAGTA...CAGAATT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 ACATTTAATGTTTTCATTGATGGACAAAGTTCCTAATGGTATAGAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138538 ACATTTAATGTTTTCATTGATGGACAAAGTTCCTAATGGTATAGAGCCAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGTTGAAAGACTTGGAGGAACATATCATTAGTGCTGGCCTGGCAGATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138588 TGTTGAAAGACTTGGAGGAACATATCATTAGTGCTGGCCTGGCAGATATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GTAGCAGCTGCTGAAACTATTACTACT         GACTCTGAGAAATA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 138638 GTAGCAGCTGCTGAAACTATTACTACTGTA...TAGGACTCTGAGAAATA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CGTTGAGCAGTTACTTACACTATTTAATAGATTTAGTAAACTCGTCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139606 CGTTGAGCAGTTACTTACACTATTTAATAGATTTAGTAAACTCGTCAAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AAGCTTTTCAAGATGATCCACGATTTCTTACTGCAAGAGATAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 139656 AAGCTTTTCAAGATGATCCACGATTTCTTACTGCAAGAGATAAGGTA...

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1114    GCGTATAAAGCAGTTGTTAATGATGCTACCATATTTAAACTTGAATT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144375 CAGGCGTATAAAGCAGTTGTTAATGATGCTACCATATTTAAACTTGAATT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 ACCTTTGAAGCAGAAGGG         GGTGGGATTAAAAACTCAGCCTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 144425 ACCTTTGAAGCAGAAGGGGTA...TAGGGTGGGATTAAAAACTCAGCCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 AATCAAAATGCCCTGAGCTGCTTGCCAATTACTGTGACATGTTGCTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154752 AATCAAAATGCCCTGAGCTGCTTGCCAATTACTGTGACATGTTGCTAAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 AAAACACCATTAAGCAAAAAACTAACCTCTGAAGAGATTGAAGCAAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154802 AAAACACCATTAAGCAAAAAACTAACCTCTGAAGAGATTGAAGCAAAGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TAAAGAAGTG         CTCTTGGTACTTAAGTATGTACAGAACAAAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 154852 TAAAGAAGTGGTA...CAGCTCTTGGTACTTAAGTATGTACAGAACAAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 ATGTTTTTATGAGGTATCATAAAGCTCATTTGACACGACGTCTTATATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155725 ATGTTTTTATGAGGTATCATAAAGCTCATTTGACACGACGTCTTATATTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GACATCTCTGCCGATAGTGAAATTGAAGAAAACATGGTAGAGTGGCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155775 GACATCTCTGCCGATAGTGAAATTGAAGAAAACATGGTAGAGTGGCTAAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 A         GAAGTTGGTATGCCAGCGGATTATGTAAACAAGCTTGCTA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155825 AGTA...TAGGAAGTTGGTATGCCAGCGGATTATGTAAACAAGCTTGCTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 GAATGTTTCAGGACATAAAAGTATCTGAAGATTTGAACCAAGCTTTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160633 GAATGTTTCAGGACATAAAAGTATCTGAAGATTTGAACCAAGCTTTTAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GAAATGCACAAAAATAATAAATTGGCATTACCAG         CTGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 160683 GAAATGCACAAAAATAATAAATTGGCATTACCAGGTA...TAGCTGATTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 AGTTAATATAAAAATTCTGAATGCTGGCGCCTGGTCAAGAAGTTCTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161021 AGTTAATATAAAAATTCTGAATGCTGGCGCCTGGTCAAGAAGTTCTGAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 AAGTCTTTGTCTCACTTCCTACTGAACTGGAGGACTTGATACCGGAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161071 AAGTCTTTGTCTCACTTCCTACTGAACTGGAGGACTTGATACCGGAAGTA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 GAAGAATTCTACAAAAAAAATCATAGTGGTAGAAAATTACATTGGCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161121 GAAGAATTCTACAAAAAAAATCATAGTGGTAGAAAATTACATTGGCATCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 TCTCATGTCAAATGGAATT         ATAACATTTAAGAATGAAGTTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 161171 TCTCATGTCAAATGGAATTGTA...TAGATAACATTTAAGAATGAAGTTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 GTCAATATGATTTGGAGGTAACCACGTTTCAGCTCGCTGTATTGTTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161754 GTCAATATGATTTGGAGGTAACCACGTTTCAGCTCGCTGTATTGTTTGCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 TGGAACCAAAGACCCAGAGAGAAAATCAGCTTTGAAAATCTTAAGCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161804 TGGAACCAAAGACCCAGAGAGAAAATCAGCTTTGAAAATCTTAAGCTTGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 AACTGAACTCCCTGATGCTGAACTTAGGAGGACTTTATGG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 161854 AACTGAACTCCCTGATGCTGAACTTAGGAGGACTTTATGGGTT...TAGT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 CTTTAGTAGCTTTCCCAAAACTCAAACGGCAAGTTTTGTTGTATGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163839 CTTTAGTAGCTTTCCCAAAACTCAAACGGCAAGTTTTGTTGTATGAACCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 CAAGTCAACTCACCCAAAGACTTTACAGAAGGTACCCTCTTCTCAGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163889 CAAGTCAACTCACCCAAAGACTTTACAGAAGGTACCCTCTTCTCAGTGAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 CCAGGAGTTCAGTTTAAT         AAAAAATGCAAAGGTTCAGAAAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 163939 CCAGGAGTTCAGTTTAATGTA...TAGAAAAAATGCAAAGGTTCAGAAAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 GGGGTAAAATCAACTTGATTGGACGTTTGCAGCTCACTACAGAAAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164631 GGGGTAAAATCAACTTGATTGGACGTTTGCAGCTCACTACAGAAAGGATG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 AGAGAAGAAGAGAATGAAGGAATAGTTCAACTACGAATACTAAGAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164681 AGAGAAGAAGAGAATGAAGGAATAGTTCAACTACGAATACTAAGAACCCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 G         GAAGCTATCATACAAATAATGAAAATGAGAAAGAAAATTA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164731 GGTT...TAGGAAGCTATCATACAAATAATGAAAATGAGAAAGAAAATTA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 GTAATGCTCAGCTGCAGACTGAATTAGTAGAAATTTTGAAAAACATGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170432 GTAATGCTCAGCTGCAGACTGAATTAGTAGAAATTTTGAAAAACATGTTC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2239 TTGCCACAAAAGAAAATGATAAAAGAGCAAATAGAGTGGCTAATAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170482 TTGCCACAAAAGAAAATGATAAAAGAGCAAATAGAGTGGCTAATAGAGCA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 CAAATACATCAGAAGAGATGAATCTGATATCAACACTTTCATATATATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170532 CAAATACATCAGAAGAGATGAATCTGATATCAACACTTTCATATATATGG

   2500 
   2339 CA
        ||
 170582 CA