seq1 = pF1KE5787.tfa, 2253 bp
seq2 = pF1KE5787/gi568815595f_158544635.tfa (gi568815595f:158544635_158791464), 246830 bp

>pF1KE5787 2253
>gi568815595f:158544635_158791464 (Chr3)

1-81  (100001-100081)   100% ->
82-234  (100995-101147)   100% ->
235-367  (101531-101663)   100% ->
368-572  (102109-102313)   100% ->
573-689  (104407-104523)   100% ->
690-840  (107462-107612)   100% ->
841-998  (108676-108833)   100% ->
999-1083  (109913-109997)   100% ->
1084-1221  (114288-114425)   100% ->
1222-1323  (116240-116341)   100% ->
1324-1380  (117994-118050)   100% ->
1381-1518  (120703-120840)   100% ->
1519-1601  (121670-121752)   100% ->
1602-1764  (137361-137523)   100% ->
1765-1909  (139890-140034)   100% ->
1910-2070  (145529-145689)   100% ->
2071-2124  (146505-146558)   100% ->
2125-2253  (146702-146830)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGACTCCTGGGAGCTGCAGCCGTCGCGGCTCTGGGGCGCGGAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGACTCCTGGGAGCTGCAGCCGTCGCGGCTCTGGGGCGCGGAAGGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCCGCCTCCCTAGGCTGGCAGAGGAAGCAG         GTTAATTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100051 CCCCGCCTCCCTAGGCTGGCAGAGGAAGCAGGTA...CAGGTTAATTGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGCCTGCCGATGGTCTTCATCAGGGGTGATTCCTAATGAAAAAATACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101005 AGGCCTGCCGATGGTCTTCATCAGGGGTGATTCCTAATGAAAAAATACGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATATTGGAATCTCAGCTCACATTGATTCTGGGAAAACTACATTAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101055 AATATTGGAATCTCAGCTCACATTGATTCTGGGAAAACTACATTAACAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACGAGTCCTTTACTACACTGGCAGAATTGCAAAGATGCATGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 101105 ACGAGTCCTTTACTACACTGGCAGAATTGCAAAGATGCATGAGGTA...T

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    235   GTGAAAGGTAAAGATGGAGTTGGTGCTGTCATGGATTCCATGGAACTA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101529 AGGTGAAAGGTAAAGATGGAGTTGGTGCTGTCATGGATTCCATGGAACTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGAGACAAAGAGGAATCACTATTCAGTCAGCAGCCACTTACACCATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101579 GAGAGACAAAGAGGAATCACTATTCAGTCAGCAGCCACTTACACCATGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAAGATGTCAATATTAACATTATAGATACTCCTG         GGCATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 101629 GAAAGATGTCAATATTAACATTATAGATACTCCTGGTG...CAGGGCATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGGACTTCACAATAGAAGTGGAAAGGGCCCTGAGAGTGTTGGATGGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102115 TGGACTTCACAATAGAAGTGGAAAGGGCCCTGAGAGTGTTGGATGGTGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTCCTTGTTCTCTGTGCTGTTGGAGGGGTACAGTGCCAGACCATGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102165 GTCCTTGTTCTCTGTGCTGTTGGAGGGGTACAGTGCCAGACCATGACTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAATCGTCAGATGAAGCGCTACAACGTTCCGTTTCTAACTTTTATTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102215 CAATCGTCAGATGAAGCGCTACAACGTTCCGTTTCTAACTTTTATTAACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AATTGGACCGAATGGGCTCCAACCCAGCCAGGGCCCTGCAGCAAATGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 102265 AATTGGACCGAATGGGCTCCAACCCAGCCAGGGCCCTGCAGCAAATGAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    573         GTCTAAACTAAATCATAATGCAGCGTTTATGCAGATACCCAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102315 TA...CAGGTCTAAACTAAATCATAATGCAGCGTTTATGCAGATACCCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGGTTTGGAGGGTAATTTTAAAGGTATTGTAGATCTTATTGAGGAACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104449 GGGTTTGGAGGGTAATTTTAAAGGTATTGTAGATCTTATTGAGGAACGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCATCTATTTTGATGGAGACTTTGG         TCAGATTGTTCGATAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 104499 CCATCTATTTTGATGGAGACTTTGGGTA...TAGTCAGATTGTTCGATAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GGTGAGATTCCAGCTGAATTAAGGGCGGCGGCCACTGACCACCGGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107478 GGTGAGATTCCAGCTGAATTAAGGGCGGCGGCCACTGACCACCGGCAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCTAATTGAATGTGTTGCCAATTCAGATGAACAGCTTGGTGAGATGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107528 GCTAATTGAATGTGTTGCCAATTCAGATGAACAGCTTGGTGAGATGTTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGGAAGAAAAAATCCCCTCGATTTCTGATTTAAAG         CTAGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 107578 TGGAAGAAAAAATCCCCTCGATTTCTGATTTAAAGGCA...TAGCTAGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATTCGAAGAGCTACTCTGAAAAGATCATTTACTCCTGTATTTTTGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108682 ATTCGAAGAGCTACTCTGAAAAGATCATTTACTCCTGTATTTTTGGGAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CGCCTTGAAGAACAAAGGAGTTCAGCCTCTTTTAGATGCTGTTTTAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108732 CGCCTTGAAGAACAAAGGAGTTCAGCCTCTTTTAGATGCTGTTTTAGAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACCTCCCAAATCCATCTGAAGTCCAGAACTATGCTATTCTCAATAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108782 ACCTCCCAAATCCATCTGAAGTCCAGAACTATGCTATTCTCAATAAAGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GA         TGACTCAAAAGAGAAAACCAAAATCCTAATGAACTCCAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108832 GAGTA...AAGTGACTCAAAAGAGAAAACCAAAATCCTAATGAACTCCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TAGAGACAATTCCCACCCATTTGTAGGCCTGGCTTTTAAACTGGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 109952 TAGAGACAATTCCCACCCATTTGTAGGCCTGGCTTTTAAACTGGAGGTA.

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084      GTAGGTCGATTTGGACAATTAACTTATGTTCGCAGTTATCAGGGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110002 ..TAGGTAGGTCGATTTGGACAATTAACTTATGTTCGCAGTTATCAGGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAGCTAAAGAAGGGTGACACCATCTATAACACAAGGACAAGAAAGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114333 GAGCTAAAGAAGGGTGACACCATCTATAACACAAGGACAAGAAAGAAAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 ACGGTTGCAACGGCTGGCTCGCATGCATGCCGACATGATGGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 114383 ACGGTTGCAACGGCTGGCTCGCATGCATGCCGACATGATGGAGGCA...T

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1222   GATGTTGAGGAAGTATATGCCGGAGACATCTGTGCATTGTTTGGCATT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116238 AGGATGTTGAGGAAGTATATGCCGGAGACATCTGTGCATTGTTTGGCATT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GACTGTGCTAGTGGAGACACATTCACAGACAAAGCCAACAGCGGCCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116288 GACTGTGCTAGTGGAGACACATTCACAGACAAAGCCAACAGCGGCCTTTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TATG         GAGTCAATTCATGTTCCTGATCCTGTCATTTCAATAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116338 TATGGTA...TAGGAGTCAATTCATGTTCCTGATCCTGTCATTTCAATAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CAATGAAGCCTTCTAACAAG         AACGATCTGGAAAAATTTTCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 118031 CAATGAAGCCTTCTAACAAGGTA...AAGAACGATCTGGAAAAATTTTCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AAAGGTATTGGCAGGTTTACAAGAGAAGATCCCACATTTAAAGTATACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120724 AAAGGTATTGGCAGGTTTACAAGAGAAGATCCCACATTTAAAGTATACTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TGACACTGAGAACAAAGAGACAGTTATATCTGGAATGGGAGAATTACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120774 TGACACTGAGAACAAAGAGACAGTTATATCTGGAATGGGAGAATTACACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TGGAAATCTATGCTCAG         AGGCTGGAAAGAGAGTATGGCTGT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 120824 TGGAAATCTATGCTCAGGTA...TAGAGGCTGGAAAGAGAGTATGGCTGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CCTTGTATCACAGGAAAGCCAAAAGTTGCCTTTCGAGAGACCATTACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121694 CCTTGTATCACAGGAAAGCCAAAAGTTGCCTTTCGAGAGACCATTACTGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CCCTGTCCC         GTTTGACTTTACACATAAAAAACAATCAGGTG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 121744 CCCTGTCCCGTA...CAGGTTTGACTTTACACATAAAAAACAATCAGGTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 GTGCAGGCCAGTATGGAAAAGTAATAGGTGTCCTGGAGCCTCTGGACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137393 GTGCAGGCCAGTATGGAAAAGTAATAGGTGTCCTGGAGCCTCTGGACCCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GAGGACTACACTAAATTGGAATTTTCAGATGAAACATTCGGATCAAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137443 GAGGACTACACTAAATTGGAATTTTCAGATGAAACATTCGGATCAAATAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 TCCAAAGCAGTTTGTGCCTGCTGTAGAAAAG         GGGTTTTTAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 137493 TCCAAAGCAGTTTGTGCCTGCTGTAGAAAAGGTA...CAGGGGTTTTTAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 ATGCCTGCGAGAAGGGCCCTCTTTCTGGTCACAAGCTCTCTGGGCTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139900 ATGCCTGCGAGAAGGGCCCTCTTTCTGGTCACAAGCTCTCTGGGCTCCGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 TTTGTCCTGCAAGATGGAGCACACCACATGGTTGATTCTAATGAAATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139950 TTTGTCCTGCAAGATGGAGCACACCACATGGTTGATTCTAATGAAATCTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 TTTCATCCGAGCAGGAGAAGGTGCTCTTAAACAAG         CCTTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 140000 TTTCATCCGAGCAGGAGAAGGTGCTCTTAAACAAGGTA...CAGCCTTGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 CAAATGCAACATTATGTATTCTTGAACCTATTATGGCTGTGGAAGTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145535 CAAATGCAACATTATGTATTCTTGAACCTATTATGGCTGTGGAAGTTGTA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 GCTCCAAATGAATTTCAGGGACAAGTAATTGCAGGAATTAACCGACGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145585 GCTCCAAATGAATTTCAGGGACAAGTAATTGCAGGAATTAACCGACGCCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 TGGGGTAATCACTGGGCAAGATGGAGTTGAGGACTATTTTACACTGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145635 TGGGGTAATCACTGGGCAAGATGGAGTTGAGGACTATTTTACACTGTATG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 CAGAT         GTCCCTCTAAATGATATGTTTGGTTATTCCACTGAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145685 CAGATGTA...CAGGTCCCTCTAAATGATATGTTTGGTTATTCCACTGAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 CTTAGGTCATGCACAGAG         GGAAAGGGAGAATACACAATGGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 146541 CTTAGGTCATGCACAGAGGTA...TAGGGAAAGGGAGAATACACAATGGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 GTATAGCAGGTATCAGCCATGTTTACCATCCACACAAGAAGACGTCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146725 GTATAGCAGGTATCAGCCATGTTTACCATCCACACAAGAAGACGTCATTA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 ATAAGTATTTGGAAGCTACAGGTCAACTTCCTGTTAAAAAAGGAAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146775 ATAAGTATTTGGAAGCTACAGGTCAACTTCCTGTTAAAAAAGGAAAAGCC

   2400     .
   2248 AAGAAC
        ||||||
 146825 AAGAAC