seq1 = pF1KE5786.tfa, 2121 bp
seq2 = pF1KE5786/gi568815585f_49360106.tfa (gi568815585f:49360106_49591833), 231728 bp

>pF1KE5786 2121
>gi568815585f:49360106_49591833 (Chr13)

1-16  (91789-91804)   100% ->
17-142  (100002-100127)   100% ->
143-208  (100992-101057)   100% ->
209-305  (107759-107855)   100% ->
306-869  (116371-116934)   99% ->
870-986  (120114-120230)   100% ->
987-1156  (120842-121011)   100% ->
1157-1382  (122632-122857)   99% ->
1383-1482  (123359-123458)   99% ->
1483-1576  (125525-125618)   100% ->
1577-1917  (128185-128525)   100% ->
1918-2006  (130717-130805)   100% ->
2007-2121  (131627-131741)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAGAAAAAAATG         GCGATGCAAAAACTTTCTGGATGGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
  91789 ATGGGAGAAAAAAATGGTA...TAGGCGATGCAAAAACTTTCTGGATGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCTAGAAGATGATGGAAAAGTGGACTTCATTTTTGAACAAGTACAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100027 GCTAGAAGATGATGGAAAAGTGGACTTCATTTTTGAACAAGTACAAAATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGCTGCAGTCACTGAAACAAAAGATCAAAGATGGGTCTGCCACCAATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100077 TGCTGCAGTCACTGAAACAAAAGATCAAAGATGGGTCTGCCACCAATAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 G         AATACATCCAAGCAATGATTCTAGTGAATGAAGCAACTAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100127 GGTA...CAGAATACATCCAAGCAATGATTCTAGTGAATGAAGCAACTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AATTAACAGTTCAACATCAATAAAGG         ATCCTATGCCTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 101032 AATTAACAGTTCAACATCAATAAAGGGTA...TAGATCCTATGCCTGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CTCAGAAGGAACAGGAAAACAAATCCAATGCATTTCCCTCTACATCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107774 CTCAGAAGGAACAGGAAAACAAATCCAATGCATTTCCCTCTACATCATGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAAAACTCCTTTCCAGAAGACTGTACATTTCT         AACAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||| 
 107824 GAAAACTCCTTTCCAGAAGACTGTACATTTCTGTA...CAGAACAACAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AAATAAGGAAATTCTCTCTCTTGAAGATAAAGTTGTAGACTTTAGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116380 AAATAAGGAAATTCTCTCTCTTGAAGATAAAGTTGTAGACTTTAGAGAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AAGACTCATCTTCGAATTTATCTTACCAAAGTCATGACTGCTCTGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116430 AAGACTCATCTTCGAATTTATCTTACCAAAGTCATGACTGCTCTGGTGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TGTCTGATGAAAATGCCACTGAACTTGAAGGGAGAAAACCCTCTGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116480 TGTCTGATGAAAATGCCACTGAACTTGAAGGGAGAAAACCCTCTGCAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCCAATCAAATGTCACTTCCAAAGACGACATGCAAAGACAAACTCTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116530 GCCAATCAAATGTCACTTCCAAAGACGACATGCAAAGACAAACTCTCATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTTCAGCACTCCACGTGAGTTATAAAACCCCTTGTGGAAGGAGTCTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116580 CTTCAGCACTCCACGTGAGTTATAAAACCCCTTGTGGAAGGAGTCTACGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AACGTGGAGGAAGTTTTTCGTTACCTGCTTGAGACAGAGTGTAACTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116630 AACGTGGAGGAAGTTTTTCGTTACCTGCTTGAGACAGAGTGTAACTTTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ATTTACAGATAACTTTTCTTTCAATACCTATGTTCAGTTGGCTCGGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116680 ATTTACAGATAACTTTTCTTTCAATACCTATGTTCAGTTGGCTCGGAATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACCCAAAGCAAAAAGAAGTTGTTTCTGATGTGGATATTAGCAATGGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116730 ACCCAAAGCAAAAAGAAGTTGTTTCTGATGTGGATATTAGCAATGGAGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GAATCAGTGCCCATTTCTTTCTGTAATGAAATTGACAGTAGAAAGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116780 GAATCAGTGCCCATTTCTTTCTGTAATGAAATTGACAGTAGAAAGCTCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 ACAGTTTAAGTACAGAAAGACTGTGTGGCCTCGAGCATATAATCTAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116830 ACAGTTTAAGTACAGAAAGACTGTGTGGCCTCGAGCATATAATCTAACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ACTTTTCCAGCATGTTTACTGATTCCTGTGACTGCTCTGAGGGCTGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116880 ACTTTTCCAGCATGTTTACTGATTCCTGTGACTGCTCTGAGGGCTGCATA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GACAT         AACAAAATGTGCATGTCTTCAACTGACAGCAAGGAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116930 GACATGTG...TAGAACAAAATGTGCATGTCTTCAACTGACAGCAAGGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGCCAAAACTTCCCCCTTGTCAAGTGACAAAATAACCACTGGATATAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120150 TGCCAAAACTTCCCCCTTGTCAAGTGACAAAATAACCACTGGATATAAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ATAAAAGACTACAGAGACAGATTCCTACTGG         CATTTATGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 120200 ATAAAAGACTACAGAGACAGATTCCTACTGGGTA...CAGCATTTATGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TGCAGCCTTTTGTGCAAATGTAATCGACAATTGTGTCAAAACCGAGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120852 TGCAGCCTTTTGTGCAAATGTAATCGACAATTGTGTCAAAACCGAGTTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CCAACATGGTCCTCAAGTGAGGTTACAGGTGTTCAAAACTGAGCAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120902 CCAACATGGTCCTCAAGTGAGGTTACAGGTGTTCAAAACTGAGCAGAAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GATGGGGTGTACGCTGTCTAGATGACATTGACAGAGGGACATTTGTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120952 GATGGGGTGTACGCTGTCTAGATGACATTGACAGAGGGACATTTGTTTGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ATTTATTCAG         GAAGATTACTAAGCAGAGCTAACACTGAAAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 121002 ATTTATTCAGGTA...TAGGAAGATTACTAAGCAGAGCTAACACTGAAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 ATCTTATGGTATTGATGAAAACGGGAGAGATGAGAATACTATGAAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122663 ATCTTATGGTATTGATGAAAACGGGAGAGATGAGAATACTATGAAAAATA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TATTTTCAAAAAAGAGGAAATTAGAAGTTGCATGTTCAGATTGTGAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122713 TATTTTCAAAAAAGAGGAAATTAGAAGTTGCATGTTCAGATTGTGAAGTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GAAGTTCTCCCATTAGGATTGGAAACACATCCTAGAACTGCTAAAACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122763 GAAGTTCTCCCATTAGGATTGGAAACACATCCTAGAACTGCTAAAACTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GAAATGTCCACCAAAGTTCAGTAATAATCCCAAGGAGCTTACTAT     
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |>>>..
 122813 GAAATGTCCACCAAAGTTCAGTAATAATCCCAAGGAGCTTACTGTGTA..

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383     GGAAACGAAATATGATAATATTTCAAGAATTCAGTATCATTCAGTT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 122863 .TAGGGAAACGAAATATGATAATATTTCAAGAATTCAATATCATTCAGTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 ATTAGAGATCCTGAATCCAAGACAGCCATTTTTCAACACAATGGGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123405 ATTAGAGATCCTGAATCCAAGACAGCCATTTTTCAACACAATGGGAAAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 AATG         GAATTTGTTTCCTCGGAGTCTGTCACTCCAGAAGATA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123455 AATGGTA...AAGGAATTTGTTTCCTCGGAGTCTGTCACTCCAGAAGATA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 ATGATGGATTTAAACCACCCCGAGAGCATCTGAACTCTAAAACCAAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125562 ATGATGGATTTAAACCACCCCGAGAGCATCTGAACTCTAAAACCAAGGGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GCACAAA         AGGACTCAAGTTCAAACCATGTTGATGAGTTTGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125612 GCACAAAGTA...TAGAGGACTCAAGTTCAAACCATGTTGATGAGTTTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 AGATAATCTGCTGATTGAATCAGATGTGATAGATATAACTAAATATAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128219 AGATAATCTGCTGATTGAATCAGATGTGATAGATATAACTAAATATAGAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 AAGAAACTCCACCAAGGAGCAGATGTAACCAGGCGACCACATTGGATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128269 AAGAAACTCCACCAAGGAGCAGATGTAACCAGGCGACCACATTGGATAAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 CAGAATATTAAAAAGGCAATTGAGGTTCAAATTCAGAAACCCCAAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128319 CAGAATATTAAAAAGGCAATTGAGGTTCAAATTCAGAAACCCCAAGAGGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 ACGATCTACAGCATGTCAAAGACAGCAGGTATTTTGTGATGAAGAGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128369 ACGATCTACAGCATGTCAAAGACAGCAGGTATTTTGTGATGAAGAGTTGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 TAAGTGAAACCAAGAATACTTCATCTGATTCTCTAACAAAGTTCAATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128419 TAAGTGAAACCAAGAATACTTCATCTGATTCTCTAACAAAGTTCAATAAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 GGGAATGTGTTTTTATTGGATGCCACAAAAGAAGGAAATGTCGGCCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128469 GGGAATGTGTTTTTATTGGATGCCACAAAAGAAGGAAATGTCGGCCGCTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 CCTTAAT         CATAGTTGTTGCCCAAATCTCTTGGTACAGAATG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128519 CCTTAATGTG...CAGCATAGTTGTTGCCCAAATCTCTTGGTACAGAATG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 TTTTTGTAGAAACACACAACAGGAATTTTCCATTGGTGGCATTCTTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130751 TTTTTGTAGAAACACACAACAGGAATTTTCCATTGGTGGCATTCTTCACC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 AACAG         GTATGTGAAAGCAAGAACAGAGCTAACATGGGATTA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130801 AACAGGTT...TAGGTATGTGAAAGCAAGAACAGAGCTAACATGGGATTA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 TGGCTATGAAGCTGGGACTGTGCCTGAGAAGGAAATCTTCTGCCAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131663 TGGCTATGAAGCTGGGACTGTGCCTGAGAAGGAAATCTTCTGCCAATGTG

   2200     .    :    .    :    .
   2093 GGGTTAATAAATGTAGAAAAAAAATATTA
        |||||||||||||||||||||||||||||
 131713 GGGTTAATAAATGTAGAAAAAAAATATTA