seq1 = pF1KE5785.tfa, 2289 bp
seq2 = pF1KE5785/gi568815581f_42751344.tfa (gi568815581f:42751344_42974366), 223023 bp

>pF1KE5785 2289
>gi568815581f:42751344_42974366 (Chr17)

1-1600  (100001-101600)   100% ->
1601-1886  (103105-103390)   100% ->
1887-2016  (104101-104230)   100% ->
2017-2289  (104932-105204)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACCAGAAGACAATCCTCGTGCTCCTCATTCTGGCCGTCATCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACCAGAAGACAATCCTCGTGCTCCTCATTCTGGCCGTCATCACCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTTGCCTTGGTTTGTGTCCTGCTGGTGGGCAGGGGTGGAGATGGGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTTGCCTTGGTTTGTGTCCTGCTGGTGGGCAGGGGTGGAGATGGGGGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AACCCAGCCAGCTTCCCCATTGCCCCTCTGTATCTCCCAGTGCCCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AACCCAGCCAGCTTCCCCATTGCCCCTCTGTATCTCCCAGTGCCCAGCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGGACACACCCTGGCCAGAGCCAGCTGTTTGCAGACCTGAGCCGAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGGACACACCCTGGCCAGAGCCAGCTGTTTGCAGACCTGAGCCGAGAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTGACGGCTGTGATGCGCTTTCTGACCCAGCGGCTGGGGCCAGGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCTGACGGCTGTGATGCGCTTTCTGACCCAGCGGCTGGGGCCAGGGCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGATGCAGCCCAGGCCCGGCCCTCGGACAACTGTGTCTTCTCAGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGATGCAGCCCAGGCCCGGCCCTCGGACAACTGTGTCTTCTCAGTGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTGCAGCTGCCTCCCAAGGCTGCAGCCCTGGCTCACTTGGACAGGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTGCAGCTGCCTCCCAAGGCTGCAGCCCTGGCTCACTTGGACAGGGGGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCCCCCACCTGCCCGGGAGGCACTGGCCATCGTCTTCTTTGGCAGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCCCCCACCTGCCCGGGAGGCACTGGCCATCGTCTTCTTTGGCAGGCAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCCAGCCCAACGTGAGTGAGCTGGTGGTGGGGCCACTGCCTCACCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCCAGCCCAACGTGAGTGAGCTGGTGGTGGGGCCACTGCCTCACCCCTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TACATGCGGGACGTGACTGTGGAGCGTCATGGAGGCCCCCTGCCCTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TACATGCGGGACGTGACTGTGGAGCGTCATGGAGGCCCCCTGCCCTATCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCGACGCCCCGTGCTGTTCCAAGAGTACCTGGACATAGACCAGATGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCGACGCCCCGTGCTGTTCCAAGAGTACCTGGACATAGACCAGATGATCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCAACAGAGAGCTGCCCCAGGCTTCTGGGCTTCTCCACCACTGTTGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCAACAGAGAGCTGCCCCAGGCTTCTGGGCTTCTCCACCACTGTTGCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TACAAGCACCGGGGACGGAACCTGGTGACAATGACCACGGCTCCCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TACAAGCACCGGGGACGGAACCTGGTGACAATGACCACGGCTCCCCGTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TCTGCAATCAGGGGACCGGGCCACCTGGTTTGGCCTCTACTACAACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TCTGCAATCAGGGGACCGGGCCACCTGGTTTGGCCTCTACTACAACATCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CGGGCGCTGGGTTCTTCCTGCACCACGTGGGCTTGGAGCTGCTAGTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CGGGCGCTGGGTTCTTCCTGCACCACGTGGGCTTGGAGCTGCTAGTGAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CACAAGGCCCTTGACCCTGCCCGCTGGACTATCCAGAAGGTGTTCTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CACAAGGCCCTTGACCCTGCCCGCTGGACTATCCAGAAGGTGTTCTATCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGGCCGCTACTACGACAGCCTGGCCCAGCTGGAGGCCCAGTTTGAGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AGGCCGCTACTACGACAGCCTGGCCCAGCTGGAGGCCCAGTTTGAGGCCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GCCTGGTGAATGTGGTGCTGATCCCAGACAATGGCACAGGTGGGTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GCCTGGTGAATGTGGTGCTGATCCCAGACAATGGCACAGGTGGGTCCTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TCCCTGAAGTCCCCTGTGCCCCCGGGTCCAGCTCCCCCTCTACAGTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TCCCTGAAGTCCCCTGTGCCCCCGGGTCCAGCTCCCCCTCTACAGTTCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TCCCCAAGGCCCCCGCTTCAGTGTCCAGGGAAGTCGAGTGGCCTCCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TCCCCAAGGCCCCCGCTTCAGTGTCCAGGGAAGTCGAGTGGCCTCCTCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TGTGGACTTTCTCCTTTGGCCTCGGAGCATTCAGTGGCCCAAGGATCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TGTGGACTTTCTCCTTTGGCCTCGGAGCATTCAGTGGCCCAAGGATCTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GACGTTCGCTTCCAAGGAGAAAGACTAGTTTATGAGATAAGCCTCCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GACGTTCGCTTCCAAGGAGAAAGACTAGTTTATGAGATAAGCCTCCAAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GGCCTTGGCCATCTATGGTGGAAATTCCCCAGCAGCAATGACGACCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GGCCTTGGCCATCTATGGTGGAAATTCCCCAGCAGCAATGACGACCCGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 ATGTGGATGGAGGCTTTGGCATGGGCAAGTACACCACGCCCCTGACCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 ATGTGGATGGAGGCTTTGGCATGGGCAAGTACACCACGCCCCTGACCCGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GGGGTGGACTGCCCCTACTTGGCCACCTACGTGGACTGGCACTTCCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 GGGGTGGACTGCCCCTACTTGGCCACCTACGTGGACTGGCACTTCCTTTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 GGAGTCCCAGGCCCCCAAGACAATACGTGATGCCTTTTGTGTGTTTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 GGAGTCCCAGGCCCCCAAGACAATACGTGATGCCTTTTGTGTGTTTGAAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 AGAACCAGGGCCTCCCCCTGCGGCGACACCACTCAGATCTCTACTCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 AGAACCAGGGCCTCCCCCTGCGGCGACACCACTCAGATCTCTACTCGCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 TACTTTGGGGGTCTTGCGGAAACGGTGCTGGTCGTCAGATCTATGTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 TACTTTGGGGGTCTTGCGGAAACGGTGCTGGTCGTCAGATCTATGTCCAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 CTTGCTCAACTATGACTATGTGTGGGATACGGTCTTCCACCCCAGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 CTTGCTCAACTATGACTATGTGTGGGATACGGTCTTCCACCCCAGTGGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 CCATAGAAATACGATTCTATGCCACGGGCTACATCAGCTCGGCATTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 CCATAGAAATACGATTCTATGCCACGGGCTACATCAGCTCGGCATTCCTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 TTTGGTGCTACTGGGAAGTACGGGAACCAAGTGTCAGAGCACACCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 TTTGGTGCTACTGGGAAGTACGGGAACCAAGTGTCAGAGCACACCCTGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 CACGGTCCACACCCACAGCGCCCACTTCAAGGTGGATCTGGATGTAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 CACGGTCCACACCCACAGCGCCCACTTCAAGGTGGATCTGGATGTAGCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601          GACTGGAGAACTGGGTCTGGGCCGAGGATATGGTCTTTGTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 GTA...CAGGACTGGAGAACTGGGTCTGGGCCGAGGATATGGTCTTTGTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 CCCATGGCTGTGCCCTGGAGCCCTGAGCACCAGCTGCAGAGGCTGCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103146 CCCATGGCTGTGCCCTGGAGCCCTGAGCACCAGCTGCAGAGGCTGCAGGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 GACCCGGAAGCTGCTGGAGATGGAGGAGCAGGCCGCCTTCCTCGTGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103196 GACCCGGAAGCTGCTGGAGATGGAGGAGCAGGCCGCCTTCCTCGTGGGAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742 GCGCCACCCCTCGCTACCTGTACCTGGCCAGCAACCACAGCAACAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103246 GCGCCACCCCTCGCTACCTGTACCTGGCCAGCAACCACAGCAACAAGTGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792 GGTCACCCCCGGGGCTACCGCATCCAGATGCTCAGCTTTGCTGGAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103296 GGTCACCCCCGGGGCTACCGCATCCAGATGCTCAGCTTTGCTGGAGAGCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1842 GCTGCCCCAAAACAGCTCCATGGCGAGAGGCTTCAGCTGGGAGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 103346 GCTGCCCCAAAACAGCTCCATGGCGAGAGGCTTCAGCTGGGAGAGGTG..

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1887     GTACCAGCTGGCTGTGACCCAGCGGAAGGAGGAGGAGCCCAGTAGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103396 .TAGGTACCAGCTGGCTGTGACCCAGCGGAAGGAGGAGGAGCCCAGTAGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1933 AGCAGCGTTTTCAATCAGAATGACCCTTGGGCCCCCACTGTGGATTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104147 AGCAGCGTTTTCAATCAGAATGACCCTTGGGCCCCCACTGTGGATTTCAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1983 TGACTTCATCAACAATGAGACCATTGCTGGAAAG         GATTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 104197 TGACTTCATCAACAATGAGACCATTGCTGGAAAGGTC...TAGGATTTGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2024 TGGCCTGGGTGACAGCTGGTTTTCTGCATATCCCACATGCAGAGGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104939 TGGCCTGGGTGACAGCTGGTTTTCTGCATATCCCACATGCAGAGGACATT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2074 CCTAACACAGTGACTGTGGGGAACGGCGTGGGCTTCTTCCTCCGACCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104989 CCTAACACAGTGACTGTGGGGAACGGCGTGGGCTTCTTCCTCCGACCCTA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2124 TAACTTCTTTGACGAAGACCCCTCCTTCTACTCTGCCGACTCCATCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105039 TAACTTCTTTGACGAAGACCCCTCCTTCTACTCTGCCGACTCCATCTACT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2174 TCCGAGGGGACCAGGATGCTGGGGCCTGCGAGGTCAACCCCCTAGCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105089 TCCGAGGGGACCAGGATGCTGGGGCCTGCGAGGTCAACCCCCTAGCTTGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2224 CTGCCCCAGGCTGCTGCCTGTGCCCCCGACCTCCCTGCCTTCTCCCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105139 CTGCCCCAGGCTGCTGCCTGTGCCCCCGACCTCCCTGCCTTCTCCCACGG

   2300     .    :    .
   2274 GGGCTTCTCTCACAAC
        ||||||||||||||||
 105189 GGGCTTCTCTCACAAC