seq1 = pF1KE5784.tfa, 2094 bp
seq2 = pF1KE5784/gi568815595f_48350069.tfa (gi568815595f:48350069_48565551), 215483 bp

>pF1KE5784 2094
>gi568815595f:48350069_48565551 (Chr3)

1-102  (100001-100102)   100% ->
103-273  (101661-101831)   100% ->
274-392  (104232-104350)   100% ->
393-550  (107191-107348)   100% ->
551-646  (109291-109386)   100% ->
647-776  (109719-109848)   100% ->
777-1466  (110042-110731)   100% ->
1467-1603  (113677-113813)   100% ->
1604-1695  (113973-114064)   100% ->
1696-1776  (114514-114594)   100% ->
1777-2029  (114763-115015)   99% ->
2030-2094  (115419-115483)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAAAAAATCCTTCAGGGAAAAACAGAGAAACTGTTCCAATTAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAAAAAATCCTTCAGGGAAAAACAGAGAAACTGTTCCAATTAAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAATTTCGAATTAGAGGTACTTCAGGCACAATACAAAGAACTTAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAATTTCGAATTAGAGGTACTTCAGGCACAATACAAAGAACTTAAAGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AG         ATGAAAGTAATGGAAGAAGAAGTTCTCATTAAGAATGGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGTA...CAGATGAAAGTAATGGAAGAAGAAGTTCTCATTAAGAATGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAATTAAAATTTTGCGAGACTCACTACATCAGACGGAATCCGTTCTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101700 GAAATTAAAATTTTGCGAGACTCACTACATCAGACGGAATCCGTTCTAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAACAGAGAAGATCACATTTTCTTCTTGAGCAAGAGAAAACCCAAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101750 GGAACAGAGAAGATCACATTTTCTTCTTGAGCAAGAGAAAACCCAAGCAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCAGTGACAAGGAAAAGGAATTCTCCAAAAAG         CTCCAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101800 TCAGTGACAAGGAAAAGGAATTCTCCAAAAAGGTG...CAGCTCCAATCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTGCAGTCTGAACTCCAGTTTAAAGATGCAGAGATGAATGAATTAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104241 TTGCAGTCTGAACTCCAGTTTAAAGATGCAGAGATGAATGAATTAAGGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAAGCTCCAGACCAGTGAACGAGCAAATAAACTGGCTGCTCCCTCTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104291 AAAGCTCCAGACCAGTGAACGAGCAAATAAACTGGCTGCTCCCTCTGTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCCATGTCAG         TCCTAGGAAAAACCCTTCTGTGGTTATAAAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 104341 CCCATGTCAGGTA...CAGTCCTAGGAAAAACCCTTCTGTGGTTATAAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCAGAAGCATGTTCTCCACAATTTGGAAAAACATCTTTTCCTACAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107222 CCAGAAGCATGTTCTCCACAATTTGGAAAAACATCTTTTCCTACAAAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTCTTTTAGTGCTAACATGTCCCTTCCCCACCCCTGCCAGACGGAGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107272 GTCTTTTAGTGCTAACATGTCCCTTCCCCACCCCTGCCAGACGGAGTCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GATACAAGCCTCTGGTGGGCAGAGAGG         ATAGTAAGCCCCAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 107322 GATACAAGCCTCTGGTGGGCAGAGAGGGTA...CAGATAGTAAGCCCCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGTCTGAGAGGTGACTCCATAAAACAAGAAGAGGCCCAGAAAAGCTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109305 AGTCTGAGAGGTGACTCCATAAAACAAGAAGAGGCCCAGAAAAGCTTTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGACAGCTGGAGACAGAGATCAAACACTCAAG         GTTCCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 109355 TGACAGCTGGAGACAGAGATCAAACACTCAAGGTA...CAGGTTCCATTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGATAAACCTGCTCCTGAAGCAGCCTTTGATCCCAGGGTCATCCCTAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109728 TGATAAACCTGCTCCTGAAGCAGCCTTTGATCCCAGGGTCATCCCTAAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTTTGCCACCTCCTGAGTAGTAGTTCTGAGTCTCCTGCTGGCACCCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109778 CTTTGCCACCTCCTGAGTAGTAGTTCTGAGTCTCCTGCTGGCACCCCCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCAGCCACCAGGGTTTGGCAG         TACCTTGGCTGGAATGTCAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 109828 GCAGCCACCAGGGTTTGGCAGGTA...CAGTACCTTGGCTGGAATGTCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GCCTCAGGACCACAGGTTCTTATGATGGGTCATTTTCCCTCTCAGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110062 GCCTCAGGACCACAGGTTCTTATGATGGGTCATTTTCCCTCTCAGCCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AGAGAAGCACAGAACCTGGCATTCACTGGACTGAATCTGGTTGCCCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110112 AGAGAAGCACAGAACCTGGCATTCACTGGACTGAATCTGGTTGCCCGGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGAGTGCTCACGTGATGGAGACCCAGCAGAGGGAGGCAGAAGGGCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110162 TGAGTGCTCACGTGATGGAGACCCAGCAGAGGGAGGCAGAAGGGCCTTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CACTCTGCCAGCTTCCTGGAGCCGTGCATTTCCTCCCCCTTGTACAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110212 CACTCTGCCAGCTTCCTGGAGCCGTGCATTTCCTCCCCCTTGTACAGTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TTCATCGGCTTACACTGCCAGGCCCTGCAGGACTTGGCAGCTGCTAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110262 TTCATCGGCTTACACTGCCAGGCCCTGCAGGACTTGGCAGCTGCTAAGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AAGCGGAGCACCTGGGGACTCACCGACACATTCCTCCTGCGTGAGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110312 AAGCGGAGCACCTGGGGACTCACCGACACATTCCTCCTGCGTGAGCTCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GGGTAGAGACCAACCCTGAGGACTCAGTGTGCATCCTGGAAGGCTTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110362 GGGTAGAGACCAACCCTGAGGACTCAGTGTGCATCCTGGAAGGCTTCTCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GTGACTGCACTTAGCATTCTTCAGCACCTGGTGTGCCACAGCGGAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110412 GTGACTGCACTTAGCATTCTTCAGCACCTGGTGTGCCACAGCGGAGCAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CGTCTCCCTATTACTGTCAGGAGTGGGGGCAGATTCTGCTGCTGGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110462 CGTCTCCCTATTACTGTCAGGAGTGGGGGCAGATTCTGCTGCTGGGGAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GAAACAGGAGCCTGGTTCACAGGCTTAGTGATGGAGATATGACCTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110512 GAAACAGGAGCCTGGTTCACAGGCTTAGTGATGGAGATATGACCTCAGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 CTAAGGGGGGTTGCTGATGACCAAGGACAGCACCCACTGTTGAAGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110562 CTAAGGGGGGTTGCTGATGACCAAGGACAGCACCCACTGTTGAAGATGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 TCTTCACCTGTTGGCTTTCTCTTCTGCAGCAACAGGTCACCTTCAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110612 TCTTCACCTGTTGGCTTTCTCTTCTGCAGCAACAGGTCACCTTCAAGCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 GTGTCCTGACCCAGTGCCTTAAGGTTTTGGTGAAATTAGCCGAAAACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110662 GTGTCCTGACCCAGTGCCTTAAGGTTTTGGTGAAATTAGCCGAAAACACT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 TCCTGTGATTTCTTGCCCAG         GTTCCAGTGTGTGTTCCAAGT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 110712 TCCTGTGATTTCTTGCCCAGGTA...TAGGTTCCAGTGTGTGTTCCAAGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 GCTGCCAAAGTGCCTCAGCCCAGAGACACCCCTGCCTAGCGTGCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113698 GCTGCCAAAGTGCCTCAGCCCAGAGACACCCCTGCCTAGCGTGCTGCTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 CTGTTGAGCTCCTCTCCCTGCTGGCGGACCACGACCAGCTGGCACCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113748 CTGTTGAGCTCCTCTCCCTGCTGGCGGACCACGACCAGCTGGCACCTCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 CTCTGTTCCCACTCAG         AAGGCTGCCTCCTGCTGCTGCTGTA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 113798 CTCTGTTCCCACTCAGGTA...CAGAAGGCTGCCTCCTGCTGCTGCTGTA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 CATGTACATCACATCACGGCCTGACAGAGTGGCCTTGGAGACACAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113998 CATGTACATCACATCACGGCCTGACAGAGTGGCCTTGGAGACACAATGGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 TCCAGCTGGAACAAGAG         GTGGTGTGGCTCCTGGCTAAGCTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 114048 TCCAGCTGGAACAAGAGGTA...TAGGTGGTGTGGCTCCTGGCTAAGCTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 GGTGTGCAGAGCCCCTTGCCCCCAGTCACTGGCTCCAACTGCCAGTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114538 GGTGTGCAGAGCCCCTTGCCCCCAGTCACTGGCTCCAACTGCCAGTGTAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 TGTGGAG         GTAATCAGAGCGCTCACGGTGATGTTGCACAGAC
        |||||||>>>...>>>||  ||||||||||||||||||||||||||||||
 114588 TGTGGAGGTG...CAGGTGGTCAGAGCGCTCACGGTGATGTTGCACAGAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 AGTGGCTGACAGTGCGGAGGGCAGGGGGACCCCCAAGGACCGACCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114797 AGTGGCTGACAGTGCGGAGGGCAGGGGGACCCCCAAGGACCGACCAGCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 AGGCGGACAGTGCGCTGTCTGCGGGACACGGTGCTGCTGCTGCACGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114847 AGGCGGACAGTGCGCTGTCTGCGGGACACGGTGCTGCTGCTGCACGGCCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 ATCGCAGAAGGACAAGCTCTTCATGATGCACTGCGTGGAGGTCCTGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114897 ATCGCAGAAGGACAAGCTCTTCATGATGCACTGCGTGGAGGTCCTGCATC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 AGTTTGACCAGGTGATGCCGGGGGTCAGCATGCTCATCCGAGGGCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114947 AGTTTGACCAGGTGATGCCGGGGGTCAGCATGCTCATCCGAGGGCTTCCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 GATGTGACGGACTGTGAAG         AGGCAGCCCTGGATGACCTCTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 114997 GATGTGACGGACTGTGAAGGTA...CAGAGGCAGCCCTGGATGACCTCTG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 TGCCGCGGAAACCGATGTGGAAGACCCCGAGGTGGAGTGTGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115441 TGCCGCGGAAACCGATGTGGAAGACCCCGAGGTGGAGTGTGGC