seq1 = pF1KE5783.tfa, 2043 bp
seq2 = pF1KE5783/gi568815590f_94541319.tfa (gi568815590f:94541319_94796923), 255605 bp

>pF1KE5783 2043
>gi568815590f:94541319_94796923 (Chr8)

1-132  (100001-100132)   100% ->
133-261  (100638-100766)   100% ->
262-375  (101985-102098)   100% ->
376-490  (104850-104964)   100% ->
491-589  (120954-121052)   100% ->
590-644  (121183-121237)   100% ->
645-755  (123379-123489)   100% ->
756-888  (123609-123741)   100% ->
889-931  (123836-123878)   100% ->
932-1233  (126631-126932)   99% ->
1234-1452  (130135-130353)   100% ->
1453-1651  (132990-133188)   100% ->
1652-1820  (136885-137053)   99% ->
1821-1971  (151359-151509)   100% ->
1972-2043  (155534-155605)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACGGCCTCTCCGGATTACTTGGTGGTGCTTTTTGGGATCACTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACGGCCTCTCCGGATTACTTGGTGGTGCTTTTTGGGATCACTGCTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCACCGGGGCCAAGCTAGGCTCGGATGAGAAGGAGTTGATCCTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCACCGGGGCCAAGCTAGGCTCGGATGAGAAGGAGTTGATCCTGCTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTGGAAAGTCGTGGATCTGGCCAACAAGAAG         GTGGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100101 TCTGGAAAGTCGTGGATCTGGCCAACAAGAAGGTA...GAGGTGGGACAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTGCACGAAGTGCTAGTTAGACCGGATCAGTTGGAACTGACGGAGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100647 TTGCACGAAGTGCTAGTTAGACCGGATCAGTTGGAACTGACGGAGGACTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAAGAAGAAACTAAAATAGACGTCGAAAGCCTGTCCTCGGCGTCGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100697 CAAAGAAGAAACTAAAATAGACGTCGAAAGCCTGTCCTCGGCGTCGCAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGACCAAGCCCTCCGACAG         TTTAACCAGTCAGTGAGCAAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100747 TGGACCAAGCCCTCCGACAGGTG...CAGTTTAACCAGTCAGTGAGCAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAACTGAATATTGGAGTAGGGACTTCCTTCTGTCTCTGTACTGATGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102006 GAACTGAATATTGGAGTAGGGACTTCCTTCTGTCTCTGTACTGATGGGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCTTCATGTCAGGCAAATCCTGCATCCTGAGGCTTCCAAGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 102056 GCTTCATGTCAGGCAAATCCTGCATCCTGAGGCTTCCAAGAAGGTA...C

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    376   AATGTACTATTACCTGAATGCTTCTATTCCTTTTTTGATCTTCGAAAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104848 AGAATGTACTATTACCTGAATGCTTCTATTCCTTTTTTGATCTTCGAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAATTCAAGAAATGTTGCCCTGGTTCACCTGATATTGACAAACTGGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104898 GAATTCAAGAAATGTTGCCCTGGTTCACCTGATATTGACAAACTGGACGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGCCACAATGACAGAGT         ATTTAAATTTTGAGAAGAGTAGTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 104948 TGCCACAATGACAGAGTGTA...CAGATTTAAATTTTGAGAAGAGTAGTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAGTCTCTCGATATGGAGCCTCTCAAGTTGAAGATATGGGGAATATAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120978 CAGTCTCTCGATATGGAGCCTCTCAAGTTGAAGATATGGGGAATATAATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTAGCAATGATTTCAGAGCCTTATA         ATCACAGGTTTTCAGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 121028 TTAGCAATGATTTCAGAGCCTTATAGTA...TAGATCACAGGTTTTCAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TCCAGAGAGAGTGAATTACAAGTTTGAAAGTGGAACTTG         CA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 121199 TCCAGAGAGAGTGAATTACAAGTTTGAAAGTGGAACTTGGTA...CAGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GCAAGATGGAACTTATTGATGATAACACCGTAGTCAGGGCACGAGGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123381 GCAAGATGGAACTTATTGATGATAACACCGTAGTCAGGGCACGAGGTTTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCATGGCAGTCTTCAGATCAAGATATTGCAAGATTCTTCAAAGGACTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123431 CCATGGCAGTCTTCAGATCAAGATATTGCAAGATTCTTCAAAGGACTCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TATTGCCAA         GGGAGGTGCAGCACTTTGTCTGAATGCTCAGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 123481 TATTGCCAAGTT...AAGGGGAGGTGCAGCACTTTGTCTGAATGCTCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GTCGAAGGAACGGAGAAGCTCTGGTTAGGTTTGTAAGTGAGGAGCACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123641 GTCGAAGGAACGGAGAAGCTCTGGTTAGGTTTGTAAGTGAGGAGCACCGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GACCTAGCACTACAGAGGCACAAACATCACATGGGGACCCGGTATATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123691 GACCTAGCACTACAGAGGCACAAACATCACATGGGGACCCGGTATATTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 G         GTTTACAAAGCAACAGGTGAAGATTTCCTTAAAATTGCTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123741 GGTA...CAGGTTTACAAAGCAACAGGTGAAGATTTCCTTAAAATTGCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GTG         GTACTTCCAATGAGGTAGCCCAGTTTCTCTCCAAGGAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123876 GTGGTA...TAGGTACTTCCAATGAGGTAGCCCAGTTTCTCTCCAAGGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AATCAAGTCATTGTTCGCATGCGGGGGCTCCCTTTCACGGCCACAGCTGA
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126669 AATCAAGTCATTGTCCGCATGCGGGGGCTCCCTTTCACGGCCACAGCTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGAAGTGGTGGCCTTCTTTGGACAGCATTGCCCTATTACTGGGGGAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126719 AGAAGTGGTGGCCTTCTTTGGACAGCATTGCCCTATTACTGGGGGAAAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AAGGCATCCTCTTTGTCACCTACCCAGATGGTAGGCCAACAGGGGACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126769 AAGGCATCCTCTTTGTCACCTACCCAGATGGTAGGCCAACAGGGGACGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TTTGTCCTCTTTGCCTGTGAGGAATATGCACAGAATGCGTTGAGGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126819 TTTGTCCTCTTTGCCTGTGAGGAATATGCACAGAATGCGTTGAGGAAGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TAAAGACTTGTTGGGTAAAAGATACATTGAACTCTTCAGGAGCACAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126869 TAAAGACTTGTTGGGTAAAAGATACATTGAACTCTTCAGGAGCACAGCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CTGAAGTTCAGCAG         GTGCTGAATCGATTCTCCTCGGCCCCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 126919 CTGAAGTTCAGCAGGTT...CAGGTGCTGAATCGATTCTCCTCGGCCCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CTCATTCCACTTCCAACCCCTCCCATTATTCCAGTACTACCTCAGCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130162 CTCATTCCACTTCCAACCCCTCCCATTATTCCAGTACTACCTCAGCAATT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TGTGCCCCCTACAAATGTTAGAGACTGTATACGCCTTCGAGGTCTTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130212 TGTGCCCCCTACAAATGTTAGAGACTGTATACGCCTTCGAGGTCTTCCCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ATGCAGCCACAATTGAGGACATCCTGGATTTCCTGGGGGAGTTCGCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130262 ATGCAGCCACAATTGAGGACATCCTGGATTTCCTGGGGGAGTTCGCCACA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GATATTCGTACTCATGGGGTTCACATGGTTTTGAATCACCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 130312 GATATTCGTACTCATGGGGTTCACATGGTTTTGAATCACCAGGTA...CA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1453  GGCCGCCCATCAGGAGATGCCTTTATCCAGATGAAGTCTGCGGACAGAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132989 GGGCCGCCCATCAGGAGATGCCTTTATCCAGATGAAGTCTGCGGACAGAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CATTTATGGCTGCACAGAAGTGTCATAAAAAAAACATGAAGGACAGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133039 CATTTATGGCTGCACAGAAGTGTCATAAAAAAAACATGAAGGACAGATAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GTTGAAGTCTTTCAGTGTTCAGCTGAGGAGATGAACTTTGTGTTAATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133089 GTTGAAGTCTTTCAGTGTTCAGCTGAGGAGATGAACTTTGTGTTAATGGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GGGCACTTTAAATCGAAATGGCTTATCCCCACCGCCATGTAAGTTACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133139 GGGCACTTTAAATCGAAATGGCTTATCCCCACCGCCATGTAAGTTACCAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652          GCCTGTCTCCTCCCTCCTACACATTTCCAGCTCCTGCTGCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133189 GTA...TAGGCCTGTCTCCTCCCTCCTACACATTTCCAGCTCCTGCTGCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GTTATTCCTACAGAAGCTGCCATTTACCAGCCCTCTGTGATTTTGAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136926 GTTATTCCTACAGAAGCTGCCATTTACCAGCCCTCTGTGATTTTGAATCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 ACGAGCACTGCAGCCCTCCACAGCGTACTACCCAGCAGGCACTCAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136976 ACGAGCACTGCAGCCCTCCACAGCGTACTACCCAGCAGGCACTCAGCTCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 TCATGAACTACACAGCGTACTATCCCAG         CCCCCCAGGTTCG
        ||||||| ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 137026 TCATGAATTACACAGCGTACTATCCCAGGTA...TAGCCCCCCAGGTTCG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 CCTAATAGTCTTGGCTACTTCCCTACAGCTGCTAATCTTAGCGGTGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151372 CCTAATAGTCTTGGCTACTTCCCTACAGCTGCTAATCTTAGCGGTGTCCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 TCCACAGCCTGGCACGGTGGTCAGAATGCAGGGCCTGGCCTACAATACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151422 TCCACAGCCTGGCACGGTGGTCAGAATGCAGGGCCTGGCCTACAATACTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 GAGTTAAGGAAATTCTTAACTTCTTCCAAGGTTACCAG         TAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 151472 GAGTTAAGGAAATTCTTAACTTCTTCCAAGGTTACCAGGTC...TAGTAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 GCAACCGAGGATGGACTTATACACACAAATGACCAGGCCAGGACTCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155537 GCAACCGAGGATGGACTTATACACACAAATGACCAGGCCAGGACTCTACC

   2150     .    :    .
   2025 CAAAGAATGGGTTTGTATT
        |||||||||||||||||||
 155587 CAAAGAATGGGTTTGTATT