seq1 = pF1KE5782.tfa, 2052 bp
seq2 = pF1KE5782/gi568815592r_134866329.tfa (gi568815592r:134866329_135154691), 288363 bp

>pF1KE5782 2052
>gi568815592r:134866329_135154691 (Chr6)

(complement)

1-43  (100001-100043)   100% ->
44-109  (104045-104110)   100% ->
110-235  (112566-112691)   100% ->
236-430  (114925-115119)   100% ->
431-539  (151850-151958)   100% ->
540-799  (157036-157295)   100% ->
800-965  (157750-157915)   100% ->
966-1083  (160817-160934)   100% ->
1084-1230  (166901-167047)   100% ->
1231-1305  (167882-167956)   100% ->
1306-1423  (168509-168626)   100% ->
1424-1492  (169283-169351)   100% ->
1493-1597  (172130-172234)   100% ->
1598-1688  (175424-175514)   100% ->
1689-1797  (175905-176013)   100% ->
1798-1898  (185354-185454)   100% ->
1899-2046  (188219-188366)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCGGCATCGGAATGTTCGAGGCTATAACTACGATGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100001 ATGGCCCGGCATCGGAATGTTCGAGGCTATAACTACGATGAAGGTA...T

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     44   ATTTTGAAGATGATGATCTCTACGGCCAGTCTGTAGAGGATGATTATT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104043 AGATTTTGAAGATGATGATCTCTACGGCCAGTCTGTAGAGGATGATTATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTATTTCGCCGTCAACAG         CTGCTCAGTTTATTTATTCACGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 104093 GTATTTCGCCGTCAACAGGTG...TAGCTGCTCAGTTTATTTATTCACGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CGTGACAAACCTTCCGTTGAGCCTGTGGAAGAATATGATTATGAAGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112589 CGTGACAAACCTTCCGTTGAGCCTGTGGAAGAATATGATTATGAAGATCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAAAGAATCTTCCAATTCTGTTTCAAACCATCAGCTCAGTGGATTTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112639 GAAAGAATCTTCCAATTCTGTTTCAAACCATCAGCTCAGTGGATTTGATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAG         CTCGTCTTTATTCATGCCTTGATCACATGAGAGAGGTA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112689 AAGGTA...TAGCTCGTCTTTATTCATGCCTTGATCACATGAGAGAGGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTTGGAGATGCTGTGCCAGATGAAATATTAATTGAAGCAGTTCTGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114963 CTTGGAGATGCTGTGCCAGATGAAATATTAATTGAAGCAGTTCTGAAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAAGTTTGATGTGCAGAAGGCTTTGTCAGGGGTTCTGGAACAAGATAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115013 CAAGTTTGATGTGCAGAAGGCTTTGTCAGGGGTTCTGGAACAAGATAGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGCAGAGTTTGAAGGACAAGAATGAGGCAACAGTATCTACAGGAAAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115063 TGCAGAGTTTGAAGGACAAGAATGAGGCAACAGTATCTACAGGAAAGATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCAAAAG         GAAAACCAGTAGATTCCCAGACATCGCGAAGTGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115113 GCAAAAGGTA...TAGGAAAACCAGTAGATTCCCAGACATCGCGAAGTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ATCTGAAATTGTGCCAAAAGTTGCTAAAATGACTGTATCTGGAAAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151884 ATCTGAAATTGTGCCAAAAGTTGCTAAAATGACTGTATCTGGAAAGAAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAACTATGGGATTTGAAGTGCCTGG         AGTATCTTCTGAAGAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 151934 AAACTATGGGATTTGAAGTGCCTGGGTA...TAGAGTATCTTCTGAAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AATGGTCATAGTTTCCACACACCTCAAAAAGGACCGCCCATTGAAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157052 AATGGTCATAGTTTCCACACACCTCAAAAAGGACCGCCCATTGAAGATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CATTGCTTCTTCCGATGTTCTTGAGACTGCTTCTAAATCTGCTAATCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157102 CATTGCTTCTTCCGATGTTCTTGAGACTGCTTCTAAATCTGCTAATCCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCCACACGATTCAAGCATCAGAAGAGCAGAGTTCAACCCCAGCACCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157152 CCCACACGATTCAAGCATCAGAAGAGCAGAGTTCAACCCCAGCACCGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAAAAGTCTGGCAAGCTGAGGCAGCAAATAGATGTGAAGGCGGAACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157202 AAAAAGTCTGGCAAGCTGAGGCAGCAAATAGATGTGAAGGCGGAACTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GAAGCGGCAAGGAGGGAAGCAGCTACTCAACTTAGTGGTCATTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 157252 GAAGCGGCAAGGAGGGAAGCAGCTACTCAACTTAGTGGTCATTGGTA...

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    800    GTCATGTTGATGCTGGGAAAAGTACTCTGATGGGCCATATGCTTTAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157747 TAGGTCATGTTGATGCTGGGAAAAGTACTCTGATGGGCCATATGCTTTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTTCTGGGTAATATAAACAAAAGAACTATGCATAAGTATGAACAGGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157797 CTTCTGGGTAATATAAACAAAAGAACTATGCATAAGTATGAACAGGAGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TAAAAAGGCTGGCAAAGCTTCGTTTGCATATGCATGGGTCTTGGATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157847 TAAAAAGGCTGGCAAAGCTTCGTTTGCATATGCATGGGTCTTGGATGAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CTGGCGAAGAAAGGGAAAG         GGGAGTAACCATGGATGTTGGT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 157897 CTGGCGAAGAAAGGGAAAGGTA...AAGGGGAGTAACCATGGATGTTGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATGACAAAGTTTGAAACCACAACCAAAGTTATTACATTAATGGATGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160839 ATGACAAAGTTTGAAACCACAACCAAAGTTATTACATTAATGGATGCTCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGGCCATAAGGACTTCATTCCAAATATGATTACAGGAGCAGCCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 160889 AGGCCATAAGGACTTCATTCCAAATATGATTACAGGAGCAGCCCAGGTA.

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084      GCGGATGTAGCTGTTTTAGTTGTAGATGCCAGCAGGGGAGAGTTT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160939 ..TAGGCGGATGTAGCTGTTTTAGTTGTAGATGCCAGCAGGGGAGAGTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAAGCTGGATTTGAGACTGGAGGACAAACACGAGAGCATGGACTCTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166946 GAAGCTGGATTTGAGACTGGAGGACAAACACGAGAGCATGGACTCTTGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCGTTCTCTGGGAGTGACGCAGCTTGCAGTTGCAGTTAATAAAATGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166996 CCGTTCTCTGGGAGTGACGCAGCTTGCAGTTGCAGTTAATAAAATGGATC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AG         GTTAATTGGCAACAAGAAAGGTTTCAAGAGATTACTGGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167046 AGGTA...CAGGTTAATTGGCAACAAGAAAGGTTTCAAGAGATTACTGGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AAACTTGGGCACTTTCTTAAGCAAGCAGGTTTTAAG         GAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 167921 AAACTTGGGCACTTTCTTAAGCAAGCAGGTTTTAAGGTA...TAGGAGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TGATGTAGGTTTTATTCCTACAAGTGGTCTCAGTGGTGAAAATCTAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168514 TGATGTAGGTTTTATTCCTACAAGTGGTCTCAGTGGTGAAAATCTAATCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CAAGATCTCAGTCAAGTGAACTCACAAAATGGTATAAAGGACTATGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168564 CAAGATCTCAGTCAAGTGAACTCACAAAATGGTATAAAGGACTATGTTTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TTAGAACAAATTG         ATTCCTTTAAGCCTCCCCAGCGATCTAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 168614 TTAGAACAAATTGGTA...CAGATTCCTTTAAGCCTCCCCAGCGATCTAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TGACAAACCTTTTAGATTATGTGTGTCCGATGTTTTCAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 169311 TGACAAACCTTTTAGATTATGTGTGTCCGATGTTTTCAAAGGTA...CAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 ATCAAGGATCTGGATTTTGCATAACTGGTAAAATAGAAGCTGGTTATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172130 ATCAAGGATCTGGATTTTGCATAACTGGTAAAATAGAAGCTGGTTATATC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CAAACTGGTGACCGACTACTGGCAATGCCTCCTAATGAAACTTGTACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172180 CAAACTGGTGACCGACTACTGGCAATGCCTCCTAATGAAACTTGTACCGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GAAAG         GAATCACTCTGCATGATGAACCTGTCGACTGGGCGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172230 GAAAGGTA...CAGGAATCACTCTGCATGATGAACCTGTCGACTGGGCGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 CAGCAGGCGATCATGTTAGTCTTACTTTGGTTGGGATGGATATCATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175460 CAGCAGGCGATCATGTTAGTCTTACTTTGGTTGGGATGGATATCATCAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 ATCAA         TGTTGGCTGCATATTTTGTGGCCCCAAAGTACCCAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175510 ATCAAGTG...CAGTGTTGGCTGCATATTTTGTGGCCCCAAAGTACCCAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 TAAAGCTTGCACTCGTTTCAGAGCCCGAATCCTCATCTTTAATATTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175941 TAAAGCTTGCACTCGTTTCAGAGCCCGAATCCTCATCTTTAATATTGAAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 TTCCTATCACTAAAGGATTTCCT         GTGCTGTTACACTACCAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 175991 TTCCTATCACTAAAGGATTTCCTGTA...TAGGTGCTGTTACACTACCAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 ACTGTCAGTGAACCCGCCGTTATTAAACGATTGATTAGTGTCTTAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185372 ACTGTCAGTGAACCCGCCGTTATTAAACGATTGATTAGTGTCTTAAACAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 AAGCACGGGTGAAGTCACAAAGAAAAAGCCTAA         GTTTTTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 185422 AAGCACGGGTGAAGTCACAAAGAAAAAGCCTAAGTG...TAGGTTTTTGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 CTAAAGGCCAGAATGCATTGGTAGAGCTACAGACACAAAGACCAATAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188227 CTAAAGGCCAGAATGCATTGGTAGAGCTACAGACACAAAGACCAATAGCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 CTTGAGCTATATAAAGACTTTAAAGAGCTGGGGAGGTTCATGCTACGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188277 CTTGAGCTATATAAAGACTTTAAAGAGCTGGGGAGGTTCATGCTACGTTA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 CGGTGGTTCTACAATAGCTGCTGGTGTTGTCACTGAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 188327 CGGTGGTTCTACAATAGCTGCTGGTGTTGTCACTGAGGTA