seq1 = pF1KE5778.tfa, 1875 bp
seq2 = pF1KE5778/gi568815594f_186167137.tfa (gi568815594f:186167137_186388611), 221475 bp

>pF1KE5778 1875
>gi568815594f:186167137_186388611 (Chr4)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-218  (104473-104635)   100% ->
219-325  (105935-106041)   100% ->
326-485  (106980-107139)   100% ->
486-595  (108651-108760)   100% ->
596-755  (109095-109254)   100% ->
756-865  (112876-112985)   100% ->
866-1028  (113087-113249)   100% ->
1029-1135  (113338-113444)   100% ->
1136-1304  (116956-117124)   100% ->
1305-1480  (118502-118677)   100% ->
1481-1576  (119279-119374)   100% ->
1577-1716  (120548-120687)   100% ->
1717-1875  (121317-121475)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATTTTCTTATATCAAGTGGTACATTTCATTTTATTTACTTCAGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATTTTCTTATATCAAGTGGTACATTTCATTTTATTTACTTCAGTTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGTG         AATGTGTGACTCAGTTGTTGAAGGACACCTGCTTTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGTGGTA...CAGAATGTGTGACTCAGTTGTTGAAGGACACCTGCTTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGGAGGGGACATTACTACGGTCTTCACACCAAGCGCCAAGTACTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104509 AAGGAGGGGACATTACTACGGTCTTCACACCAAGCGCCAAGTACTGCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTAGTCTGCACTTACCACCCAAGATGTTTACTCTTCACTTTCACGGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104559 GTAGTCTGCACTTACCACCCAAGATGTTTACTCTTCACTTTCACGGCGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATCACCATCTGAGGATCCCACCCGATG         GTTTACTTGTGTCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 104609 ATCACCATCTGAGGATCCCACCCGATGGTA...CAGGTTTACTTGTGTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGAAAGACAGTGTTACAGAAACACTGCCAAGAGTGAATAGGACAGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105949 TGAAAGACAGTGTTACAGAAACACTGCCAAGAGTGAATAGGACAGCAGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATTTCTGGGTATTCTTTCAAGCAATGCTCACACCAAATAAGCG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 105999 ATTTCTGGGTATTCTTTCAAGCAATGCTCACACCAAATAAGCGGTA...C

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    326   CTTGCAACAAAGACATTTATGTGGACCTAGACATGAAGGGCATAAACT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106978 AGCTTGCAACAAAGACATTTATGTGGACCTAGACATGAAGGGCATAAACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATAACAGCTCAGTTGCCAAGAGTGCTCAAGAATGCCAAGAAAGATGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107028 ATAACAGCTCAGTTGCCAAGAGTGCTCAAGAATGCCAAGAAAGATGCACG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GATGACGTCCACTGCCACTTTTTCACGTACGCCACAAGGCAGTTTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107078 GATGACGTCCACTGCCACTTTTTCACGTACGCCACAAGGCAGTTTCCCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCTGGAGCATCG         TAACATTTGTCTACTGAAGCACACCCAAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 107128 CCTGGAGCATCGGTG...CAGTAACATTTGTCTACTGAAGCACACCCAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAGGGACACCAACCAGAATAACGAAGCTCGATAAAGTGGTGTCTGGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108680 CAGGGACACCAACCAGAATAACGAAGCTCGATAAAGTGGTGTCTGGATTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCACTGAAATCCTGTGCACTTTCTAATCTGG         CTTGTATTAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 108730 TCACTGAAATCCTGTGCACTTTCTAATCTGGGTA...CAGCTTGTATTAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGACATTTTCCCTAATACGGTGTTTGCAGACAGCAACATCGACAGTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109105 GGACATTTTCCCTAATACGGTGTTTGCAGACAGCAACATCGACAGTGTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGGCTCCCGATGCTTTTGTCTGTGGCCGAATCTGCACTCATCATCCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109155 TGGCTCCCGATGCTTTTGTCTGTGGCCGAATCTGCACTCATCATCCCGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TGCTTGTTTTTTACCTTCTTTTCCCAGGAATGGCCCAAAGAATCTCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109205 TGCTTGTTTTTTACCTTCTTTTCCCAGGAATGGCCCAAAGAATCTCAAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756          AAATCTTTGTCTCCTTAAAACATCTGAGAGTGGATTGCCCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109255 GTA...TAGAAATCTTTGTCTCCTTAAAACATCTGAGAGTGGATTGCCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GTACACGCATTAAAAAGAGCAAAGCTCTTTCTGGTTTCAGTCTACAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112917 GTACACGCATTAAAAAGAGCAAAGCTCTTTCTGGTTTCAGTCTACAAAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TGCAGGCACAGCATCCCAG         TGTTCTGCCATTCTTCATTTTA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 112967 TGCAGGCACAGCATCCCAGGTA...TAGTGTTCTGCCATTCTTCATTTTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCATGACACTGATTTCTTGGGAGAAGAACTGGATATTGTTGCTGCAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113109 CCATGACACTGATTTCTTGGGAGAAGAACTGGATATTGTTGCTGCAAAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GTCACGAGGCCTGCCAGAAACTGTGCACCAATGCCGTCCGCTGCCAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113159 GTCACGAGGCCTGCCAGAAACTGTGCACCAATGCCGTCCGCTGCCAGTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TTTACCTATACCCCAGCCCAAGCATCCTGCAACGAAGGGAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 113209 TTTACCTATACCCCAGCCCAAGCATCCTGCAACGAAGGGAAGTA...CAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGGCAAGTGTTACTTAAAGCTTTCTTCAAACGGATCTCCAACTAAAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113338 GGGCAAGTGTTACTTAAAGCTTTCTTCAAACGGATCTCCAACTAAAATAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTCACGGGAGAGGAGGCATCTCTGGATACACATTAAGGTTGTGTAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113388 TTCACGGGAGAGGAGGCATCTCTGGATACACATTAAGGTTGTGTAAAATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GATAATG         AGTGTACCACCAAAATCAAGCCCAGGATCGTTGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113438 GATAATGGTG...CAGAGTGTACCACCAAAATCAAGCCCAGGATCGTTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AGGAACTGCGTCTGTTCGTGGTGAGTGGCCGTGGCAGGTGACCCTGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116990 AGGAACTGCGTCTGTTCGTGGTGAGTGGCCGTGGCAGGTGACCCTGCACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CAACCTCACCCACTCAGAGACACCTGTGTGGAGGCTCCATCATTGGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117040 CAACCTCACCCACTCAGAGACACCTGTGTGGAGGCTCCATCATTGGAAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CAGTGGATATTAACAGCCGCTCACTGTTTCTATGG         GGTAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 117090 CAGTGGATATTAACAGCCGCTCACTGTTTCTATGGGTC...TAGGGTAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GTCACCTAAGATTTTGCGTGTCTACAGTGGCATTTTAAATCAATCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118508 GTCACCTAAGATTTTGCGTGTCTACAGTGGCATTTTAAATCAATCTGAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TAAAAGAGGACACATCTTTCTTTGGGGTTCAAGAAATAATAATCCATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118558 TAAAAGAGGACACATCTTTCTTTGGGGTTCAAGAAATAATAATCCATGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CAGTATAAAATGGCAGAAAGCGGGTATGATATTGCCTTGTTGAAACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118608 CAGTATAAAATGGCAGAAAGCGGGTATGATATTGCCTTGTTGAAACTGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 AACCACAGTGAATTACACAG         ATTCTCAACGACCCATATGCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 118658 AACCACAGTGAATTACACAGGTA...TAGATTCTCAACGACCCATATGCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TGCCTTCCAAAGGAGATAGAAATGTAATATACACTGATTGCTGGGTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119300 TGCCTTCCAAAGGAGATAGAAATGTAATATACACTGATTGCTGGGTGACT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GGATGGGGGTACAGAAAACTAAGAG         ACAAAATACAAAATAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 119350 GGATGGGGGTACAGAAAACTAAGAGGTA...CAGACAAAATACAAAATAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TCTCCAGAAAGCCAAGATACCCTTAGTGACCAACGAAGAGTGCCAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120564 TCTCCAGAAAGCCAAGATACCCTTAGTGACCAACGAAGAGTGCCAGAAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 GATACAGAGGACATAAAATAACCCATAAGATGATCTGTGCCGGCTACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120614 GATACAGAGGACATAAAATAACCCATAAGATGATCTGTGCCGGCTACAGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GAAGGAGGGAAGGACGCTTGCAAG         GGAGATTCGGGAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 120664 GAAGGAGGGAAGGACGCTTGCAAGGTA...TAGGGAGATTCGGGAGGCCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 TCTGTCCTGCAAACACAATGAGGTCTGGCATCTGGTAGGCATCACGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121334 TCTGTCCTGCAAACACAATGAGGTCTGGCATCTGGTAGGCATCACGAGCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 GGGGCGAAGGCTGTGCTCAAAGGGAGCGGCCAGGTGTTTACACCAACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121384 GGGGCGAAGGCTGTGCTCAAAGGGAGCGGCCAGGTGTTTACACCAACGTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 GTCGAGTACGTGGACTGGATTCTGGAGAAAACTCAAGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121434 GTCGAGTACGTGGACTGGATTCTGGAGAAAACTCAAGCAGTG