seq1 = pF1KE5777.tfa, 1896 bp
seq2 = pF1KE5777/gi568815575f_152538203.tfa (gi568815575f:152538203_152753278), 215076 bp

>pF1KE5777 1896
>gi568815575f:152538203_152753278 (ChrX)

1-149  (100001-100149)   100% ->
150-238  (102176-102264)   100% ->
239-306  (107325-107392)   100% ->
307-527  (108746-108966)   100% ->
528-610  (111049-111131)   100% ->
611-748  (111540-111677)   100% ->
749-901  (112226-112378)   100% ->
902-1158  (113324-113580)   100% ->
1159-1896  (114339-115076)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCATCCGAGGCATGCTGCGAGCCGCAGTGATCCTGCTGCTCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCATCCGAGGCATGCTGCGAGCCGCAGTGATCCTGCTGCTCATCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACCTGGCTCGCGGAGGGCAACTACCCCAGTCCCATCCCGAAATTCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GACCTGGCTCGCGGAGGGCAACTACCCCAGTCCCATCCCGAAATTCCACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGAGTTCTCCTCTGCTGTGCCCGAAGTCGTCCTGAACCTCTTCAACTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100101 TCGAGTTCTCCTCTGCTGTGCCCGAAGTCGTCCTGAACCTCTTCAACTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    150         CAAAAATTGTGCAAATGAAGCTGTGGTTCAAAAGATTTTGGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TA...CAGCAAAAATTGTGCAAATGAAGCTGTGGTTCAAAAGATTTTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGGGTGCTGTCAAGATACGATGTCCGCCTGAGACCGAATTTTGGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 102218 CAGGGTGCTGTCAAGATACGATGTCCGCCTGAGACCGAATTTTGGAGGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    239       GTGCCCCTGTGCCTGTGAGAATATCTATTTATGTCACGAGCATT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102268 ...TAGGTGCCCCTGTGCCTGTGAGAATATCTATTTATGTCACGAGCATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAACAGATCTCAGAAATGAATATG         GACTACACGATCACGAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 107369 GAACAGATCTCAGAAATGAATATGGTA...CAGGACTACACGATCACGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTTTTTTCATCAGACTTGGAAAGATTCACGCTTAGCATACTATGAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108763 GTTTTTTCATCAGACTTGGAAAGATTCACGCTTAGCATACTATGAGACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCCTGAACTTGACCCTGGACTATCGGATGCATGAGAAGTTGTGGGTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108813 CCCTGAACTTGACCCTGGACTATCGGATGCATGAGAAGTTGTGGGTCCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GACTGCTACTTTCTGAACAGCAAGGATGCTTTCGTGCATGATGTGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108863 GACTGCTACTTTCTGAACAGCAAGGATGCTTTCGTGCATGATGTGACTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGAGAATCGCGTGTTTCAGCTTCACCCAGATGGAACGGTGCGGTACGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108913 GGAGAATCGCGTGTTTCAGCTTCACCCAGATGGAACGGTGCGGTACGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCCG         ACTCACCACTACAGCAGCTTGTTCCCTGGATCTGCAT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108963 TCCGGTG...CAGACTCACCACTACAGCAGCTTGTTCCCTGGATCTGCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAATTCCCTATGGACAAGCAGGCCTGCAACCTGGTGGTAGAGAGCT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 111086 AAATTCCCTATGGACAAGCAGGCCTGCAACCTGGTGGTAGAGAGCTGTA.

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    611      ATGGTTACACGGTTGAAGACATCATATTATTCTGGGATGACAATG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111136 ..CAGATGGTTACACGGTTGAAGACATCATATTATTCTGGGATGACAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGAACGCCATCCACATGACTGAGGAGCTGCATATCCCTCAGTTCACTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111585 GGAACGCCATCCACATGACTGAGGAGCTGCATATCCCTCAGTTCACTTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGGGAAGGACGATTACTAGCAAGGAGGTGTATTTCTACACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 111635 CTGGGAAGGACGATTACTAGCAAGGAGGTGTATTTCTACACAGGTG...C

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    749   GTTCCTACATACGCCTGATACTGAAGTTCCAGGTTCAGAGGGAAGTTA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112224 AGGTTCCTACATACGCCTGATACTGAAGTTCCAGGTTCAGAGGGAAGTTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACAGCTACCTTGTGCAAGTCTACTGGCCTACTGTCCTCACCACTATTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112274 ACAGCTACCTTGTGCAAGTCTACTGGCCTACTGTCCTCACCACTATTACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TCTTGGATATCGTTTTGGATGAACTATGATTCCTCTGCAGCCAGGGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112324 TCTTGGATATCGTTTTGGATGAACTATGATTCCTCTGCAGCCAGGGTGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AATTG         GCTTAACTTCAATGCTCATCCTGACCACCATCGACT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112374 AATTGGTA...CAGGCTTAACTTCAATGCTCATCCTGACCACCATCGACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CACATCTGCGGGATAAGCTCCCCAACATTTCCTGTATCAAGGCCATTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113360 CACATCTGCGGGATAAGCTCCCCAACATTTCCTGTATCAAGGCCATTGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATCTATATCCTCGTGTGCTTGTTCTTTGTGTTCCTGTCCTTGCTGGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113410 ATCTATATCCTCGTGTGCTTGTTCTTTGTGTTCCTGTCCTTGCTGGAGTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGTCTACATCAACTATCTTTTCTACAGTCGAGGACCTCGGCGCCAGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113460 TGTCTACATCAACTATCTTTTCTACAGTCGAGGACCTCGGCGCCAGCCTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GGCGACACAGGAGACCCCGAAGAGTCATTGCCCGCTACCGCTACCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113510 GGCGACACAGGAGACCCCGAAGAGTCATTGCCCGCTACCGCTACCAGCAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GTGGTGGTAGGAAACGTGCAG         GATGGCCTGATTAACGTGGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 113560 GTGGTGGTAGGAAACGTGCAGGTT...AAGGATGGCCTGATTAACGTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AGACGGAGTCAGCTCTCTCCCCATCACCCCAGCGCAGGCCCCCCTGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114359 AGACGGAGTCAGCTCTCTCCCCATCACCCCAGCGCAGGCCCCCCTGGCAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GCCCGGAAAGCCTCGGTTCTTTGACGTCCACCTCCGAGCAGGCCCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114409 GCCCGGAAAGCCTCGGTTCTTTGACGTCCACCTCCGAGCAGGCCCAGCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GCCACCTCGGAAAGCCTCAGCCCACTCACTTCTCTCTCAGGCCAGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114459 GCCACCTCGGAAAGCCTCAGCCCACTCACTTCTCTCTCAGGCCAGGCCCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CCTGGCCACTGGAGAAAGCCTGAGCGATCTCCCCTCCACCTCAGAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114509 CCTGGCCACTGGAGAAAGCCTGAGCGATCTCCCCTCCACCTCAGAGCAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CCCGGCACAGCTATGGTGTTCGCTTTAATGGTTTCCAGGCTGATGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114559 CCCGGCACAGCTATGGTGTTCGCTTTAATGGTTTCCAGGCTGATGACAGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 ATTATTCCTACCGAAATCCGCAACCGTGTCGAAGCCCATGGCCATGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114609 ATTATTCCTACCGAAATCCGCAACCGTGTCGAAGCCCATGGCCATGGTGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 TACCCATGACCATGAAGATTCCAATGAGAGCTTGAGCTCGGATGAGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114659 TACCCATGACCATGAAGATTCCAATGAGAGCTTGAGCTCGGATGAGCGCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 ATGGCCATGGCCCCAGTGGGAAGCCCATGCTTCACCATGGCGAGAAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114709 ATGGCCATGGCCCCAGTGGGAAGCCCATGCTTCACCATGGCGAGAAGGGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 GTGCAAGAAGCAGGCTGGGACCTTGATGACAACAATGACAAGAGCGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114759 GTGCAAGAAGCAGGCTGGGACCTTGATGACAACAATGACAAGAGCGACTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 CCTTGCCATTAAGGAGCAATTCAAGTGTGATACTAACAGTACCTGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114809 CCTTGCCATTAAGGAGCAATTCAAGTGTGATACTAACAGTACCTGGGGCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 TTAATGATGATGAGCTCATGGCCCATGGCCAAGAGAAGGACAGTAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114859 TTAATGATGATGAGCTCATGGCCCATGGCCAAGAGAAGGACAGTAGCTCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 GAGTCTGAGGATAGTTGCCCCCCAAGCCCTGGGTGCTCCTTCACTGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114909 GAGTCTGAGGATAGTTGCCCCCCAAGCCCTGGGTGCTCCTTCACTGAAGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 GTTCTCCTTCGATCTCTTTAATCCTGACTACGTCCCAAAGGTCGACAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114959 GTTCTCCTTCGATCTCTTTAATCCTGACTACGTCCCAAAGGTCGACAAGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 GGTCCCGGTTCCTCTTCCCTCTGGCCTTTGGGTTGTTCAACATTGTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115009 GGTCCCGGTTCCTCTTCCCTCTGGCCTTTGGGTTGTTCAACATTGTTTAC

   1950     .    :    .
   1879 TGGGTATACCATATGTAT
        ||||||||||||||||||
 115059 TGGGTATACCATATGTAT