seq1 = pF1KE5776.tfa, 1872 bp
seq2 = pF1KE5776/gi568815594r_107514252.tfa (gi568815594r:107514252_107820179), 305928 bp

>pF1KE5776 1872
>gi568815594r:107514252_107820179 (Chr4)

(complement)

1-60  (100001-100060)   98% ->
61-175  (118895-119009)   100% ->
176-411  (126174-126409)   100% ->
412-550  (133003-133141)   100% ->
551-669  (138047-138165)   100% ->
670-783  (160108-160221)   100% ->
784-895  (163173-163284)   100% ->
896-1101  (165280-165485)   100% ->
1102-1237  (166554-166689)   100% ->
1238-1506  (175110-175378)   100% ->
1507-1736  (188320-188549)   100% ->
1737-1872  (205793-205928)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGATCCCCGGGAGCCTGTGCAAGAAAGTCAAGCTGAGCAATAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 100001 ATGGAGATCCCCGGGAGCCTGTGCAAGAAAGTCAAACTGAGCAATAACGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGAACTGG         GGAATGCAGAGAGCAACCAATGTCACCTACC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGAACTGGGTA...TAGGGAATGCAGAGAGCAACCAATGTCACCTACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGCCCATCATGTCAGCAGGAACAAGAGAGGTCAGGTGGTGGGGACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118926 AAGCCCATCATGTCAGCAGGAACAAGAGAGGTCAGGTGGTGGGGACCAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGTGGCTTTCGTGGTTGCACAGTTTGGCTAACAG         GCTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 118976 GGTGGCTTTCGTGGTTGCACAGTTTGGCTAACAGGTA...TAGGCTTGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGGAGCGGGAAAGACTACTGTGAGCATGGCCTTGGAGGAGTACCTGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126181 TGGAGCGGGAAAGACTACTGTGAGCATGGCCTTGGAGGAGTACCTGGTTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTCATGGTATTCCATGCTACACTCTGGATGGTGACAATATTCGTCAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126231 GTCATGGTATTCCATGCTACACTCTGGATGGTGACAATATTCGTCAAGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTCAATAAAAATCTTGGCTTTAGTCCTGAAGACAGAGAAGAGAATGTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126281 CTCAATAAAAATCTTGGCTTTAGTCCTGAAGACAGAGAAGAGAATGTTCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACGCATCGCAGAAGTTGCTAAACTGTTTGCAGATGCTGGCTTAGTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126331 ACGCATCGCAGAAGTTGCTAAACTGTTTGCAGATGCTGGCTTAGTGTGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCACAAGTTTCATATCACCTTACACTCAG         GATCGCAACAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 126381 TCACAAGTTTCATATCACCTTACACTCAGGTA...AAGGATCGCAACAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCAAGGCAAATTCATGAAGGTGCAAGTTTACCGTTTTTTGAAGTATTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133015 GCAAGGCAAATTCATGAAGGTGCAAGTTTACCGTTTTTTGAAGTATTTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGATGCTCCTCTGCATGTTTGTGAACAGAGGGATGTCAAAGGACTCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133065 TGATGCTCCTCTGCATGTTTGTGAACAGAGGGATGTCAAAGGACTCTACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAAAAGCCCGGGCAGGAGAAATTAAAG         GTTTCACTGGGATC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 133115 AAAAAGCCCGGGCAGGAGAAATTAAAGGTC...CAGGTTTCACTGGGATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GATTCTGAATATGAAAAGCCAGAGGCCCCTGAGTTGGTGCTGAAAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138061 GATTCTGAATATGAAAAGCCAGAGGCCCCTGAGTTGGTGCTGAAAACAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTCCTGTGATGTAAATGACTGTGTCCAGCAAGTTGTGGAACTTCTACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138111 CTCCTGTGATGTAAATGACTGTGTCCAGCAAGTTGTGGAACTTCTACAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AACGG         GATATTGTACCTGTGGATGCATCTTATGAAGTAAAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138161 AACGGGTA...TAGGATATTGTACCTGTGGATGCATCTTATGAAGTAAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAACTATATGTGCCAGAAAATAAACTTCATTTGGCAAAAACAGATGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160144 GAACTATATGTGCCAGAAAATAAACTTCATTTGGCAAAAACAGATGCGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AACATTACCAGCACTGAAAATTAATAAA         GTGGATATGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 160194 AACATTACCAGCACTGAAAATTAATAAAGTA...TAGGTGGATATGCAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GGGTGCAGGTTTTGGCAGAAGGTTGGGCAACCCCATTGAATGGCTTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163186 GGGTGCAGGTTTTGGCAGAAGGTTGGGCAACCCCATTGAATGGCTTTATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AGAGAGAGGGAGTACTTGCAGTGCCTTCATTTTGATTGTCTTCTGGATG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 163236 AGAGAGAGGGAGTACTTGCAGTGCCTTCATTTTGATTGTCTTCTGGATGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    896         GAGGTGTCATTAACTTGTCAGTACCTATAGTTCTGACTGCGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163286 TA...CAGGAGGTGTCATTAACTTGTCAGTACCTATAGTTCTGACTGCGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CTCATGAAGATAAAGAGAGGCTGGACGGCTGTACAGCATTTGCTCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165322 CTCATGAAGATAAAGAGAGGCTGGACGGCTGTACAGCATTTGCTCTGATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TATGAGGGCCGCCGTGTGGCCATTCTTCGCAATCCAGAGTTTTTTGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165372 TATGAGGGCCGCCGTGTGGCCATTCTTCGCAATCCAGAGTTTTTTGAGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAGGAAAGAGGAGCGCTGTGCCAGACAGTGGGGAACGACATGCAAGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165422 CAGGAAAGAGGAGCGCTGTGCCAGACAGTGGGGAACGACATGCAAGAACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACCCCTATATTAAG         ATGGTGATGGAACAAGGAGATTGGCTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 165472 ACCCCTATATTAAGGTG...TAGATGGTGATGGAACAAGGAGATTGGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ATTGGAGGAGATCTTCAAGTCTTGGATCGAGTTTATTGGAATGATGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166581 ATTGGAGGAGATCTTCAAGTCTTGGATCGAGTTTATTGGAATGATGGTCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGATCAGTATCGTCTTACTCCTACTGAGCTAAAGCAGAAATTTAAAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166631 TGATCAGTATCGTCTTACTCCTACTGAGCTAAAGCAGAAATTTAAAGATA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TGAATGCTG         ATGCTGTCTTTGCATTTCAACTACGCAACCCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 166681 TGAATGCTGGTA...CAGATGCTGTCTTTGCATTTCAACTACGCAACCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GTGCACAATGGACATGCCCTGTTAATGCAGGATACCCATAAGCAACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175142 GTGCACAATGGACATGCCCTGTTAATGCAGGATACCCATAAGCAACTTCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AGAGAGGGGCTACCGGCGCCCTGTCCTCCTCCTCCACCCTCTGGGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175192 AGAGAGGGGCTACCGGCGCCCTGTCCTCCTCCTCCACCCTCTGGGTGGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 GGACAAAGGATGACGATGTTCCTTTGATGTGGCGTATGAAGCAGCATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175242 GGACAAAGGATGACGATGTTCCTTTGATGTGGCGTATGAAGCAGCATGCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GCAGTGTTGGAGGAAGGAGTTCTGAATCCTGAGACGACAGTGGTGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175292 GCAGTGTTGGAGGAAGGAGTTCTGAATCCTGAGACGACAGTGGTGGCCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CTTCCCATCTCCCATGATGTATGCTGGACCAACTGAG         GTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 175342 CTTCCCATCTCCCATGATGTATGCTGGACCAACTGAGGTA...TAGGTCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 AGTGGCATTGCAGAGCACGGATGGTTGCAGGAGCCAACTTTTACATTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188324 AGTGGCATTGCAGAGCACGGATGGTTGCAGGAGCCAACTTTTACATTGTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GGACGAGACCCTGCTGGCATGCCTCATCCAGAAACAGGGAAGGATCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188374 GGACGAGACCCTGCTGGCATGCCTCATCCAGAAACAGGGAAGGATCTTTA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TGAGCCAAGTCATGGTGCCAAAGTGCTGACGATGGCCCCTGGTTTAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188424 TGAGCCAAGTCATGGTGCCAAAGTGCTGACGATGGCCCCTGGTTTAATCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 CTTTGGAAATAGTTCCCTTTCGAGTTGCAGCTTACAACAAGAAAAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188474 CTTTGGAAATAGTTCCCTTTCGAGTTGCAGCTTACAACAAGAAAAAGAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 CGTATGGACTACTATGACTCTGAACA         CCATGAAGACTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 188524 CGTATGGACTACTATGACTCTGAACAGTA...TAGCCATGAAGACTTTGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 ATTTATTTCAGGAACACGAATGCGCAAACTTGCTCGAGAAGGCCAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205808 ATTTATTTCAGGAACACGAATGCGCAAACTTGCTCGAGAAGGCCAGAAAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 CACCTGAAGGTTTCATGGCTCCCAAGGCTTGGACCGTGCTGACAGAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205858 CACCTGAAGGTTTCATGGCTCCCAAGGCTTGGACCGTGCTGACAGAATAC

   1950     .    :    .    :
   1852 TACAAATCCTTGGAGAAAGCT
        |||||||||||||||||||||
 205908 TACAAATCCTTGGAGAAAGCT