seq1 = pF1KE5774.tfa, 1866 bp
seq2 = pF1KE5774/gi568815593f_55783042.tfa (gi568815593f:55783042_56017117), 234076 bp

>pF1KE5774 1866
>gi568815593f:55783042_56017117 (Chr5)

1-28  (89383-89410)   100% ->
29-180  (100003-100154)   100% ->
181-346  (106929-107094)   100% ->
347-426  (113309-113388)   100% ->
427-643  (116875-117091)   100% ->
644-826  (123065-123247)   100% ->
827-928  (124318-124419)   100% ->
929-1075  (125224-125370)   100% ->
1076-1216  (127491-127631)   100% ->
1217-1310  (130436-130529)   100% ->
1311-1392  (131806-131887)   100% ->
1393-1866  (133603-134076)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACATACTGGAGATTAGAGAACATAG         CGAAAACTGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
  89383 ATGACATACTGGAGATTAGAGAACATAGGTA...CAGCGAAAACTGAACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ACCTAAGATTTTCCGTGTGAAACCAGTTTTGGGCATCAAACGAATGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100016 ACCTAAGATTTTCCGTGTGAAACCAGTTTTGGGCATCAAACGAATGATTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAATTGAATGGATAAAGCCTGAGTTGGCGCCTGTTTCATCTGATTTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100066 AAATTGAATGGATAAAGCCTGAGTTGGCGCCTGTTTCATCTGATTTAAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACACACTTCGATTCAGGACAGTCAACAGTACCAGCTGG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100116 TACACACTTCGATTCAGGACAGTCAACAGTACCAGCTGGGTA...TAGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGAAGTCAACTTCGCTAAGAACCGTAAGGATAAAAACCAAACGTACAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106931 GGAAGTCAACTTCGCTAAGAACCGTAAGGATAAAAACCAAACGTACAACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCACGGGGCTGCAGCCTTTTACAGAATATGTCATAGCTCTGCGATGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106981 TCACGGGGCTGCAGCCTTTTACAGAATATGTCATAGCTCTGCGATGTGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTCAAGGAGTCAAAGTTCTGGAGTGACTGGAGCCAAGAAAAAATGGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107031 GTCAAGGAGTCAAAGTTCTGGAGTGACTGGAGCCAAGAAAAAATGGGAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GACTGAGGAAGAAG         CTCCATGTGGCCTGGAACTGTGGAGAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 107081 GACTGAGGAAGAAGGCA...CAGCTCCATGTGGCCTGGAACTGTGGAGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCCTGAAACCAGCTGAGGCGGATGGAAGAAGGCCAGTGCGGTTGTTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113336 TCCTGAAACCAGCTGAGGCGGATGGAAGAAGGCCAGTGCGGTTGTTATGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAG         AAGGCAAGAGGAGCCCCAGTCCTAGAGAAAACACTTGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113386 AAGGTG...CAGAAGGCAAGAGGAGCCCCAGTCCTAGAGAAAACACTTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTACAACATATGGTACTATCCAGAAAGCAACACTAACCTCACAGAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116913 CTACAACATATGGTACTATCCAGAAAGCAACACTAACCTCACAGAAACAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGAACACTACTAACCAGCAGCTTGAACTGCATCTGGGAGGCGAGAGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116963 TGAACACTACTAACCAGCAGCTTGAACTGCATCTGGGAGGCGAGAGCTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TGGGTGTCTATGATTTCTTATAATTCTCTTGGGAAGTCTCCAGTGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117013 TGGGTGTCTATGATTTCTTATAATTCTCTTGGGAAGTCTCCAGTGGCCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCTGAGGATTCCAGCTATTCAAGAAAAAT         CATTTCAGTGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 117063 CCTGAGGATTCCAGCTATTCAAGAAAAATGTA...CAGCATTTCAGTGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTGAGGTCATGCAGGCCTGCGTTGCTGAGGACCAGCTAGTGGTGAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123077 TTGAGGTCATGCAGGCCTGCGTTGCTGAGGACCAGCTAGTGGTGAAGTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CAAAGCTCTGCTCTAGACGTGAACACTTGGATGATTGAATGGTTTCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123127 CAAAGCTCTGCTCTAGACGTGAACACTTGGATGATTGAATGGTTTCCGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGTGGACTCAGAGCCCACCACCCTTTCCTGGGAATCTGTGTCTCAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123177 TGTGGACTCAGAGCCCACCACCCTTTCCTGGGAATCTGTGTCTCAGGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CGAACTGGACGATCCAGCAAG         ATAAATTAAAACCTTTCTGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 123227 CGAACTGGACGATCCAGCAAGGTA...CAGATAAATTAAAACCTTTCTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TGCTATAACATCTCTGTGTATCCAATGTTGCATGACAAAGTTGGCGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124338 TGCTATAACATCTCTGTGTATCCAATGTTGCATGACAAAGTTGGCGAGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ATATTCCATCCAGGCTTATGCCAAAGAAGGCG         TTCCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 124388 ATATTCCATCCAGGCTTATGCCAAAGAAGGCGGTA...CAGTTCCATCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AAGGTCCTGAGACCAAGGTGGAGAACATTGGCGTGAAGACGGTCACGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125233 AAGGTCCTGAGACCAAGGTGGAGAACATTGGCGTGAAGACGGTCACGATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ACATGGAAAGAGATTCCCAAGAGTGAGAGAAAGGGTATCATCTGCAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125283 ACATGGAAAGAGATTCCCAAGAGTGAGAGAAAGGGTATCATCTGCAACTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CACCATCTTTTACCAAGCTGAAGGTGGAAAAGGATTCT         CCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 125333 CACCATCTTTTACCAAGCTGAAGGTGGAAAAGGATTCTGTA...TAGCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGACAGTCAATTCCAGCATCTTGCAGTACGGCCTGGAGTCCCTGAAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127494 AGACAGTCAATTCCAGCATCTTGCAGTACGGCCTGGAGTCCCTGAAACGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AAGACCTCTTACATTGTTCAGGTCATGGCCAGCACCAGTGCTGGGGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127544 AAGACCTCTTACATTGTTCAGGTCATGGCCAGCACCAGTGCTGGGGGAAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CAACGGGACCAGCATAAATTTCAAGACATTGTCATTCA         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 127594 CAACGGGACCAGCATAAATTTCAAGACATTGTCATTCAGTG...AAGGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TCTTTGAGATTATCCTCATAACTTCTCTGATTGGTGGAGGCCTTCTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130439 TCTTTGAGATTATCCTCATAACTTCTCTGATTGGTGGAGGCCTTCTTATT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CTCATTATCCTGACAGTGGCATATGGTCTCAAAAAACCCAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 130489 CTCATTATCCTGACAGTGGCATATGGTCTCAAAAAACCCAAGTG...TAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CAAATTGACTCATCTGTGTTGGCCCACCGTTCCCAACCCTGCTGAAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131806 CAAATTGACTCATCTGTGTTGGCCCACCGTTCCCAACCCTGCTGAAAGTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GTATAGCCACATGGCATGGAGATGATTTCAAG         GATAAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 131856 GTATAGCCACATGGCATGGAGATGATTTCAAGGTA...CAGGATAAGCTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AACCTGAAGGAGTCTGATGACTCTGTGAACACAGAAGACAGGATCTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133612 AACCTGAAGGAGTCTGATGACTCTGTGAACACAGAAGACAGGATCTTAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 ACCATGTTCCACCCCCAGTGACAAGTTGGTGATTGACAAGTTGGTGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133662 ACCATGTTCCACCCCCAGTGACAAGTTGGTGATTGACAAGTTGGTGGTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 ACTTTGGGAATGTTCTGCAAGAAATTTTCACAGATGAAGCCAGAACGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133712 ACTTTGGGAATGTTCTGCAAGAAATTTTCACAGATGAAGCCAGAACGGGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 CAGGAAAACAATTTAGGAGGGGAAAAGAATGGGTATGTGACCTGCCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133762 CAGGAAAACAATTTAGGAGGGGAAAAGAATGGGTATGTGACCTGCCCCTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CAGGCCTGATTGTCCCCTGGGGAAAAGTTTTGAGGAGCTCCCAGTTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133812 CAGGCCTGATTGTCCCCTGGGGAAAAGTTTTGAGGAGCTCCCAGTTTCAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 CTGAGATTCCGCCCAGAAAATCCCAATACCTACGTTCGAGGATGCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133862 CTGAGATTCCGCCCAGAAAATCCCAATACCTACGTTCGAGGATGCCAGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 GGGACCCGCCCAGAAGCCAAAGAGCAGCTTCTCTTTTCTGGTCAAAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133912 GGGACCCGCCCAGAAGCCAAAGAGCAGCTTCTCTTTTCTGGTCAAAGTTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 AGTACCAGATCATCTGTGTGAGGAAGGAGCCCCAAATCCATATTTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133962 AGTACCAGATCATCTGTGTGAGGAAGGAGCCCCAAATCCATATTTGAAAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 ATTCAGTGACAGCCAGGGAATTTCTTGTGTCTGAAAAACTTCCAGAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134012 ATTCAGTGACAGCCAGGGAATTTCTTGTGTCTGAAAAACTTCCAGAGCAC

   1950     .    :    .
   1852 ACCAAGGGAGAAGTC
        |||||||||||||||
 134062 ACCAAGGGAGAAGTC