seq1 = pF1KE5772.tfa, 1779 bp
seq2 = pF1KE5772/gi568815587f_66410660.tfa (gi568815587f:66410660_66632034), 221375 bp

>pF1KE5772 1779
>gi568815587f:66410660_66632034 (Chr11)

1-47  (100001-100047)   100% ->
48-124  (100354-100430)   100% ->
125-159  (100546-100580)   100% ->
160-432  (103747-104019)   100% ->
433-479  (104881-104927)   100% ->
480-518  (105034-105072)   100% ->
519-591  (105202-105274)   100% ->
592-723  (108958-109089)   100% ->
724-830  (110611-110717)   100% ->
831-951  (112797-112917)   100% ->
952-1110  (113065-113223)   100% ->
1111-1180  (115464-115533)   100% ->
1181-1339  (115990-116148)   100% ->
1340-1473  (119160-119293)   100% ->
1474-1608  (120235-120369)   100% ->
1609-1695  (120997-121083)   100% ->
1696-1779  (121292-121375)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCTGCGTCCTCATCGGATTCCGACGCCTGCGGAGCTGAGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100001 ATGGCCGCTGCGTCCTCATCGGATTCCGACGCCTGCGGAGCTGAGAGGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     48       CAATGAGGCCAATTCGAAGTGGTTGGATGCGCACTACGACCCAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ...CAGCAATGAGGCCAATTCGAAGTGGTTGGATGCGCACTACGACCCAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGCCAATATCCACACCTTTTCTGCCTGCCTAG         CGCTGGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100398 TGGCCAATATCCACACCTTTTCTGCCTGCCTAGGTG...CAGCGCTGGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GATTTACATGGGGATGGGGAATACAAG         CTGGTGGTAGGGGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100554 GATTTACATGGGGATGGGGAATACAAGGTA...CAGCTGGTGGTAGGGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 CCTTGGCCCTGGTGGGCAGCAGCCCCGCCTGAAGGTGCTCAAAGGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103761 CCTTGGCCCTGGTGGGCAGCAGCCCCGCCTGAAGGTGCTCAAAGGACCAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TGGTGATGACCGAAAGCCCGCTACCTGCTCTGCCAGCTGCTGCTGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103811 TGGTGATGACCGAAAGCCCGCTACCTGCTCTGCCAGCTGCTGCTGCCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTCCTCATGGAGCAACATGAGCCCCGGACCCCAGCTCTGGCACTTGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103861 TTCCTCATGGAGCAACATGAGCCCCGGACCCCAGCTCTGGCACTTGCTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGGCCCTTGTGTCTATGTGTATAAGAATCTCAGACCCTACTTCAAGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103911 AGGCCCTTGTGTCTATGTGTATAAGAATCTCAGACCCTACTTCAAGTTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCCTGCCCCAATTGCCTCCAAATCCTCTGGAACAAGACCTTTGGAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103961 GCCTGCCCCAATTGCCTCCAAATCCTCTGGAACAAGACCTTTGGAACCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCCAAAGAG         GACCGAATCGACCCCTTAACCCTGAAGGAGAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 104011 GCCAAAGAGGTA...CAGGACCGAATCGACCCCTTAACCCTGAAGGAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCTGGAGAGCATCCG         GGAGACGGCAGAGGAGCCTTTGTCCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 104913 GCTGGAGAGCATCCGGTG...CAGGGAGACGGCAGAGGAGCCTTTGTCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TCCAGTCACTCAG         GTTTCTGCAGCTGGAGCTAAGTGAAATG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 105060 TCCAGTCACTCAGGTA...TAGGTTTCTGCAGCTGGAGCTAAGTGAAATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GAGGCATTTGTAAACCAACACAAGTCCAACTCCATCAAGCGGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 105230 GAGGCATTTGTAAACCAACACAAGTCCAACTCCATCAAGCGGCAGGTA..

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592     ACAGTCATCACCACCATGACCACCTTGAAGAAGAACCTGGCTGACG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105280 .TAGACAGTCATCACCACCATGACCACCTTGAAGAAGAACCTGGCTGACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AGGATGCTGTGTCTTGCCTGGTGCTGGGCACCGAGAACAAGGAGCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109004 AGGATGCTGTGTCTTGCCTGGTGCTGGGCACCGAGAACAAGGAGCTCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GTGCTTGACCCCGAGGCCTTCACCATTTTAGCCAAG         ATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 109054 GTGCTTGACCCCGAGGCCTTCACCATTTTAGCCAAGGTC...CAGATGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CCTTCCCAGCGTCCCCGTCTTCCTAGAGGTTTCTGGCCAGTTTGATGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110616 CCTTCCCAGCGTCCCCGTCTTCCTAGAGGTTTCTGGCCAGTTTGATGTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AGTTCCGGCTTGCCGCGGCCTGCCGCAATGGAAACATCTATATTCTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110666 AGTTCCGGCTTGCCGCGGCCTGCCGCAATGGAAACATCTATATTCTGAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AG         AGACTCCAAGCACCCCAAGTACTGCATCGAGCTGAGCGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110716 AGGTA...CAGAGACTCCAAGCACCCCAAGTACTGCATCGAGCTGAGCGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CCAGCCTGTGGGACTTATCCGGGTACACAAGGTCCTAGTGGTGGGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112836 CCAGCCTGTGGGACTTATCCGGGTACACAAGGTCCTAGTGGTGGGCAGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CCCAAGACAGCCTGCATGGCTTCACCCACAAG         GGGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 112886 CCCAAGACAGCCTGCATGGCTTCACCCACAAGGTG...CAGGGGAAGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CTGTGGACAGTGCAGATGCCCGCAGCCATCCTGACCATGAACCTCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113074 CTGTGGACAGTGCAGATGCCCGCAGCCATCCTGACCATGAACCTCCTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GCAGCATTCCCGGGGCCTGCAGGCCGTCATGGCTGGGCTGGCCAATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113124 GCAGCATTCCCGGGGCCTGCAGGCCGTCATGGCTGGGCTGGCCAATGGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 AGGTCCGCATTTATCGTGACAAGGCCCTGCTCAATGTCATCCACACCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113174 AGGTCCGCATTTATCGTGACAAGGCCCTGCTCAATGTCATCCACACCCCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111          GATGCAGTGACCAGCCTTTGCTTTGGCCGGTACGGGCGGGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113224 GTG...TAGGATGCAGTGACCAGCCTTTGCTTTGGCCGGTACGGGCGGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GGACAACACCCTCATCATGACCACTCGAG         GTGGTGGCCTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 115505 GGACAACACCCTCATCATGACCACTCGAGGTG...TAGGTGGTGGCCTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 TCATCAAGATCCTGAAGCGTACAGCAGTGTTTGTAGAGGGAGGAAGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116002 TCATCAAGATCCTGAAGCGTACAGCAGTGTTTGTAGAGGGAGGAAGTGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GTGGGTCCCCCACCAGCCCAGGCCATGAAACTCAATGTGCCCCGAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116052 GTGGGTCCCCCACCAGCCCAGGCCATGAAACTCAATGTGCCCCGAAAGAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CCGGCTTTACGTGGATCAGACACTGCGAGAGCGGGAGGCTGGCACCG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 116102 CCGGCTTTACGTGGATCAGACACTGCGAGAGCGGGAGGCTGGCACCGGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1340       CCATGCACCGGGCCTTCCAGACAGACCTATACCTGCTGCGCCTA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116152 ...CAGCCATGCACCGGGCCTTCCAGACAGACCTATACCTGCTGCGCCTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 CGTGCTGCCCGCGCCTACCTGCAGGCCCTCGAGTCCAGCCTGAGCCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119204 CGTGCTGCCCGCGCCTACCTGCAGGCCCTCGAGTCCAGCCTGAGCCCCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 GTCCACGACAGCCCGAGAGCCACTCAAGCTGCACGCCGTG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 119254 GTCCACGACAGCCCGAGAGCCACTCAAGCTGCACGCCGTGGTG...TAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 TTCAGGGCCTTGGCCCCACCTTTAAGCTCACACTTCACCTGCAGAACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120236 TTCAGGGCCTTGGCCCCACCTTTAAGCTCACACTTCACCTGCAGAACACC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 TCAACAACCCGTCCTGTCCTGGGGCTGCTGGTCTGCTTCCTGTACAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120286 TCAACAACCCGTCCTGTCCTGGGGCTGCTGGTCTGCTTCCTGTACAACGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 GGCGCTCTATTCCCTGCCCCGGGCCTTCTTCAAG         GTACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 120336 GGCGCTCTATTCCCTGCCCCGGGCCTTCTTCAAGGTA...TAGGTACCCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 TGCTGGTGCCAGGGCTCAACTACCCCCTGGAGACCTTTGTGGAGAGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121004 TGCTGGTGCCAGGGCTCAACTACCCCCTGGAGACCTTTGTGGAGAGTCTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 AGTAACAAGGGCATCTCAGACATCATCAAG         GTGCTGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 121054 AGTAACAAGGGCATCTCAGACATCATCAAGGTA...TAGGTGCTGGTGCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 TCGAGAAGGCCAAAGTGCACCCCTGCTGAGTGCCCACGTCAACATGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121303 TCGAGAAGGCCAAAGTGCACCCCTGCTGAGTGCCCACGTCAACATGCCTG

   1900     .    :    .    :
   1757 GGAGCGAGGGGCTGGCGGCCGCC
        |||||||||||||||||||||||
 121353 GGAGCGAGGGGCTGGCGGCCGCC