seq1 = pF1KE5770.tfa, 1800 bp
seq2 = pF1KE5770/gi568815586f_123502149.tfa (gi568815586f:123502149_123720137), 217989 bp

>pF1KE5770 1800
>gi568815586f:123502149_123720137 (Chr12)

1-108  (100001-100108)   100% ->
109-159  (103783-103833)   100% ->
160-246  (103925-104011)   100% ->
247-338  (105284-105375)   100% ->
339-401  (105452-105514)   100% ->
402-551  (106532-106681)   100% ->
552-741  (107791-107980)   100% ->
742-824  (111022-111104)   100% ->
825-956  (113037-113168)   100% ->
957-1049  (114363-114455)   100% ->
1050-1164  (115610-115724)   100% ->
1165-1333  (116521-116689)   100% ->
1334-1626  (117284-117576)   100% ->
1627-1800  (117816-117989)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCATGTGACAGAGGGCTCCTGGGAGTCGCTGCCTGTGCCGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCATGTGACAGAGGGCTCCTGGGAGTCGCTGCCTGTGCCGCTGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCGCAGGTGCTGGGCGCGCTGCGGGAGCTGGGCTTCCCGTACATGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCGCAGGTGCTGGGCGCGCTGCGGGAGCTGGGCTTCCCGTACATGACGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGTGCAG         TCCGCAACCATCCCTCTGTTCATGCGAAACAAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGTGCAGGTA...TAGTCCGCAACCATCCCTCTGTTCATGCGAAACAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATGTCGCTGCAGAAGCG         GTCACAGGTAGTGGCAAAACACT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 103816 GATGTCGCTGCAGAAGCGGTG...CAGGTCACAGGTAGTGGCAAAACACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CGCTTTTGTCATCCCCATCCTGGAAATTCTTCTGAGAAGAGAAGAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103948 CGCTTTTGTCATCCCCATCCTGGAAATTCTTCTGAGAAGAGAAGAGAAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TAAAAAAGAGTCAG         GTTGGAGCCATAATCATCACCCCCACT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 103998 TAAAAAAGAGTCAGGTG...TAGGTTGGAGCCATAATCATCACCCCCACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CGAGAGCTGGCCATTCAAATAGACGAGGTCCTGTCGCATTTCACGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105311 CGAGAGCTGGCCATTCAAATAGACGAGGTCCTGTCGCATTTCACGAAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTTCCCCGAGTTCAG         CCAGATTCTTTGGATCGGAGGCAGGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 105361 CTTCCCCGAGTTCAGGTG...TAGCCAGATTCTTTGGATCGGAGGCAGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATCCTGGAGAAGATGTTGAGAGGTTTAAGCAACAAGG         TGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 105478 ATCCTGGAGAAGATGTTGAGAGGTTTAAGCAACAAGGGTG...AAGTGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 AACATCATTGTGGCCACTCCAGGCCGCTTGGAGGACATGTTCCGGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106536 AACATCATTGTGGCCACTCCAGGCCGCTTGGAGGACATGTTCCGGAGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GGCCGAAGGCTTGGATCTGGCCAGCTGTGTGCGATCCCTGGATGTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106586 GGCCGAAGGCTTGGATCTGGCCAGCTGTGTGCGATCCCTGGATGTCCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGTTGGATGAGGCAGACAGACTTCTGGACATGGGGTTTGAGGCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 106636 TGTTGGATGAGGCAGACAGACTTCTGGACATGGGGTTTGAGGCAAGGTA.

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    552      CATCAACACCATTCTGGAGTTTTTGCCAAAGCAGAGGAGAACAGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106686 ..CAGCATCAACACCATTCTGGAGTTTTTGCCAAAGCAGAGGAGAACAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CCTTTTCTCTGCCACTCAGACGCAGGAAGTGGAGAACCTGGTGAGAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107836 CCTTTTCTCTGCCACTCAGACGCAGGAAGTGGAGAACCTGGTGAGAGCGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GCCTCCGGAACCCTGTCCGGGTCTCAGTGAAGGAGAAGGGCGTGGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107886 GCCTCCGGAACCCTGTCCGGGTCTCAGTGAAGGAGAAGGGCGTGGCAGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AGCAGTGCCCAGAAGACCCCCTCCCGCCTGGAAAACTACTACATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 107936 AGCAGTGCCCAGAAGACCCCCTCCCGCCTGGAAAACTACTACATGGTA..

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742     GTATGCAAGGCAGATGAGAAATTTAATCAGCTGGTCCATTTTCTTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107986 .CAGGTATGCAAGGCAGATGAGAAATTTAATCAGCTGGTCCATTTTCTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GCAATCATAAGCAGGAGAAACACCTGGTCTTCTTCAG         CACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 111068 GCAATCATAAGCAGGAGAAACACCTGGTCTTCTTCAGGTA...CAGCACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TGTGCCTGTGTGGAATACTATGGGAAGGCTCTGGAAGTGCTGGTGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113041 TGTGCCTGTGTGGAATACTATGGGAAGGCTCTGGAAGTGCTGGTGAAGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CGTGAAGATTATGTGCATTCACGGAAAGATGAAATATAAACGCAATAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113091 CGTGAAGATTATGTGCATTCACGGAAAGATGAAATATAAACGCAATAAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TCTTCATGGAGTTCCGCAAATTGCAAAG         TGGGATTTTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 113141 TCTTCATGGAGTTCCGCAAATTGCAAAGGTG...TAGTGGGATTTTAGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TGCACTGATGTGATGGCCCGGGGAATTGATATTCCTGAAGTCAACTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114376 TGCACTGATGTGATGGCCCGGGGAATTGATATTCCTGAAGTCAACTGGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TTTGCAGTATGACCCTCCCAGCAATGCAAG         TGCCTTCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 114426 TTTGCAGTATGACCCTCCCAGCAATGCAAGGTA...CAGTGCCTTCGTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 ATCGCTGCGGTCGCACAGCTCGCATTGGCCACGGGGGCAGCGCTCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115621 ATCGCTGCGGTCGCACAGCTCGCATTGGCCACGGGGGCAGCGCTCTGGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TTCCTCCTGCCCATGGAAGAGTCATACATCAATTTCCTTGCAATTAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115671 TTCCTCCTGCCCATGGAAGAGTCATACATCAATTTCCTTGCAATTAACCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AAAA         TGCCCCCTGCAGGAGATGAAGCCCCAGAGAAACACAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115721 AAAAGTA...TAGTGCCCCCTGCAGGAGATGAAGCCCCAGAGAAACACAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CGGACCTTCTGCCAAAACTCAAGTCCATGGCCCTGGCTGACAGAGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116558 CGGACCTTCTGCCAAAACTCAAGTCCATGGCCCTGGCTGACAGAGCTGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TTTGAAAAGGGCATGAAAGCTTTTGTGTCATATGTCCAAGCTTATGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116608 TTTGAAAAGGGCATGAAAGCTTTTGTGTCATATGTCCAAGCTTATGCAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GCATGAATGCAACCTGATTTTCAGATTAAAGG         ATCTTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 116658 GCATGAATGCAACCTGATTTTCAGATTAAAGGGTA...CAGATCTTGATT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TTGCCAGCCTTGCTCGAGGTTTTGCCCTGCTGAGGATGCCCAAGATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117293 TTGCCAGCCTTGCTCGAGGTTTTGCCCTGCTGAGGATGCCCAAGATGCCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GAATTGAGAGGAAAGCAGTTTCCAGATTTTGTGCCCGTGGACGTTAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117343 GAATTGAGAGGAAAGCAGTTTCCAGATTTTGTGCCCGTGGACGTTAATAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CGACACGATTCCATTTAAAGATAAAATCAGAGAAAAGCAGAGGCAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117393 CGACACGATTCCATTTAAAGATAAAATCAGAGAAAAGCAGAGGCAGAAAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TCCTGGAGCAACAAAGAAGAGAGAAAACAGAAAATGAAGGGAGAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117443 TCCTGGAGCAACAAAGAAGAGAGAAAACAGAAAATGAAGGGAGAAGAAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 TTCATAAAAAATAAAGCTTGGTCAAAGCAGAAGGCCAAAAAAGAAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117493 TTCATAAAAAATAAAGCTTGGTCAAAGCAGAAGGCCAAAAAAGAAAAGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GAAAAAAATGAATGAGAAAAGGAAAAGGGAAGAG         GGTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 117543 GAAAAAAATGAATGAGAAAAGGAAAAGGGAAGAGGTA...TAGGGTTCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 ATATTGAAGATGAGGACATGGAAGAACTTCTTAATGACACAAGACTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117823 ATATTGAAGATGAGGACATGGAAGAACTTCTTAATGACACAAGACTCTTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 AAAAAACTTAAGAAAGGCAAAATAACTGAAGAAGAATTTGAGAAGGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117873 AAAAAACTTAAGAAAGGCAAAATAACTGAAGAAGAATTTGAGAAGGGCTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 GTTGACAACTGGCAAAAGAACAATCAAGACAGTGGATTTAGGGATCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117923 GTTGACAACTGGCAAAAGAACAATCAAGACAGTGGATTTAGGGATCTCAG

   1900     .    :    .
   1784 ATTTGGAAGATGACTGC
        |||||||||||||||||
 117973 ATTTGGAAGATGACTGC