seq1 = pF1KE5768.tfa, 2829 bp
seq2 = pF1KE5768/gi568815597f_86324248.tfa (gi568815597f:86324248_86555524), 231277 bp

>pF1KE5768 2829
>gi568815597f:86324248_86555524 (Chr1)

1-186  (100001-100186)   100% ->
187-324  (101092-101229)   100% ->
325-475  (104171-104321)   100% ->
476-584  (106615-106723)   100% ->
585-744  (108122-108281)   100% ->
745-972  (110271-110498)   100% ->
973-1203  (114629-114859)   100% ->
1204-1381  (115901-116078)   100% ->
1382-1488  (117190-117296)   100% ->
1489-1713  (119540-119764)   100% ->
1714-1984  (123261-123531)   100% ->
1985-2155  (126316-126486)   100% ->
2156-2389  (129122-129355)   100% ->
2390-2829  (130838-131277)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCCAAAGGAGCATTGCAGGTCCTATTTGCAACCTGAAGTTTGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCCAAAGGAGCATTGCAGGTCCTATTTGCAACCTGAAGTTTGTGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTCCTGGTTGCCTTAAGTTCAGAACTCCCATTCCTGGGAGCTGGAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTCCTGGTTGCCTTAAGTTCAGAACTCCCATTCCTGGGAGCTGGAGTAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCTTCAAGACAATGGGTATAATGGATTGCTCATTGCAATTAATCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCTTCAAGACAATGGGTATAATGGATTGCTCATTGCAATTAATCCTCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTACCTGAGAATCAGAACCTCATCTCAAACATTAAG         GAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100151 GTACCTGAGAATCAGAACCTCATCTCAAACATTAAGGTG...TAGGAAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GATAACTGAAGCTTCATTTTACCTATTTAATGCTACCAAGAGAAGAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101097 GATAACTGAAGCTTCATTTTACCTATTTAATGCTACCAAGAGAAGAGTAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTTTCAGAAATATAAAGATTTTAATACCTGCCACATGGAAAGCTAATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101147 TTTTCAGAAATATAAAGATTTTAATACCTGCCACATGGAAAGCTAATAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AACAGCAAAATAAAACAAGAATCATATGAAAAG         GCAAATGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101197 AACAGCAAAATAAAACAAGAATCATATGAAAAGGTA...TAGGCAAATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATAGTGACTGACTGGTATGGGGCACATGGAGATGATCCATACACCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104179 CATAGTGACTGACTGGTATGGGGCACATGGAGATGATCCATACACCCTAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AATACAGAGGGTGTGGAAAAGAGGGAAAATACATTCATTTCACACCTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104229 AATACAGAGGGTGTGGAAAAGAGGGAAAATACATTCATTTCACACCTAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTCCTACTGAATGATAACTTAACAGCTGGCTACGGATCACGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 104279 TTCCTACTGAATGATAACTTAACAGCTGGCTACGGATCACGAGGTA...C

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    476   GCCGAGTGTTTGTCCATGAATGGGCCCACCTCCGTTGGGGTGTGTTCG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106613 AGGCCGAGTGTTTGTCCATGAATGGGCCCACCTCCGTTGGGGTGTGTTCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATGAGTATAACAATGACAAACCTTTCTACATAAATGGGCAAAATCAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106663 ATGAGTATAACAATGACAAACCTTTCTACATAAATGGGCAAAATCAAATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AAAGTGACAAG         GTGTTCATCTGACATCACAGGCATTTTTGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 106713 AAAGTGACAAGGTT...TAGGTGTTCATCTGACATCACAGGCATTTTTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GTGTGAAAAAGGTCCTTGCCCCCAAGAAAACTGTATTATTAGTAAGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108152 GTGTGAAAAAGGTCCTTGCCCCCAAGAAAACTGTATTATTAGTAAGCTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTAAAGAAGGATGCACCTTTATCTACAATAGCACCCAAAATGCAACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108202 TTAAAGAAGGATGCACCTTTATCTACAATAGCACCCAAAATGCAACTGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TCAATAATGTTCATGCAAAGTTTATCTTCT         GTGGTTGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 108252 TCAATAATGTTCATGCAAAGTTTATCTTCTGTA...CAGGTGGTTGAATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TTGTAATGCAAGTACCCACAACCAAGAAGCACCAAACCTACAGAACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110282 TTGTAATGCAAGTACCCACAACCAAGAAGCACCAAACCTACAGAACCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGTGCAGCCTCAGAAGTGCATGGGATGTAATCACAGACTCTGCTGACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110332 TGTGCAGCCTCAGAAGTGCATGGGATGTAATCACAGACTCTGCTGACTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CACCACAGCTTTCCCATGAATGGGACTGAGCTTCCACCTCCTCCCACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110382 CACCACAGCTTTCCCATGAATGGGACTGAGCTTCCACCTCCTCCCACATT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CTCGCTTGTACAGGCTGGTGACAAAGTGGTCTGTTTAGTGCTGGATGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110432 CTCGCTTGTACAGGCTGGTGACAAAGTGGTCTGTTTAGTGCTGGATGTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CCAGCAAGATGGCAGAG         GCTGACAGACTCCTTCAACTACAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 110482 CCAGCAAGATGGCAGAGGTA...TAGGCTGACAGACTCCTTCAACTACAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CAAGCCGCAGAATTTTATTTGATGCAGATTGTTGAAATTCATACCTTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114653 CAAGCCGCAGAATTTTATTTGATGCAGATTGTTGAAATTCATACCTTCGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GGGCATTGCCAGTTTCGACAGCAAAGGAGAGATCAGAGCCCAGCTACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114703 GGGCATTGCCAGTTTCGACAGCAAAGGAGAGATCAGAGCCCAGCTACACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AAATTAACAGCAATGATGATCGAAAGTTGCTGGTTTCATATCTGCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114753 AAATTAACAGCAATGATGATCGAAAGTTGCTGGTTTCATATCTGCCCACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ACTGTATCAGCTAAAACAGACATCAGCATTTGTTCAGGGCTTAAGAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114803 ACTGTATCAGCTAAAACAGACATCAGCATTTGTTCAGGGCTTAAGAAAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 ATTTGAG         GTGGTTGAAAAACTGAATGGAAAAGCTTATGGCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114853 ATTTGAGGTA...CAGGTGGTTGAAAAACTGAATGGAAAAGCTTATGGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CTGTGATGATATTAGTGACCAGCGGAGATGATAAGCTTCTTGGCAATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115935 CTGTGATGATATTAGTGACCAGCGGAGATGATAAGCTTCTTGGCAATTGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TTACCCACTGTGCTCAGCAGTGGTTCAACAATTCACTCCATTGCCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115985 TTACCCACTGTGCTCAGCAGTGGTTCAACAATTCACTCCATTGCCCTGGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 TTCATCTGCAGCCCCAAATCTGGAGGAATTATCACGTCTTACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 116035 TTCATCTGCAGCCCCAAATCTGGAGGAATTATCACGTCTTACAGGTA...

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1382    GAGGTTTAAAGTTCTTTGTTCCAGATATATCAAACTCCAATAGCATG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117187 CAGGAGGTTTAAAGTTCTTTGTTCCAGATATATCAAACTCCAATAGCATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 ATTGATGCTTTCAGTAGAATTTCCTCTGGAACTGGAGACATTTTCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117237 ATTGATGCTTTCAGTAGAATTTCCTCTGGAACTGGAGACATTTTCCAGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 ACATATTCAG         CTTGAAAGTACAGGTGAAAATGTCAAACCTC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 117287 ACATATTCAGGTC...CAGCTTGAAAGTACAGGTGAAAATGTCAAACCTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 ACCATCAATTGAAAAACACAGTGACTGTGGATAATACTGTGGGCAACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119571 ACCATCAATTGAAAAACACAGTGACTGTGGATAATACTGTGGGCAACGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 ACTATGTTTCTAGTTACGTGGCAGGCCAGTGGTCCTCCTGAGATTATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119621 ACTATGTTTCTAGTTACGTGGCAGGCCAGTGGTCCTCCTGAGATTATATT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 ATTTGATCCTGATGGACGAAAATACTACACAAATAATTTTATCACCAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119671 ATTTGATCCTGATGGACGAAAATACTACACAAATAATTTTATCACCAATC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 TAACTTTTCGGACAGCTAGTCTTTGGATTCCAGGAACAGCTAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 119721 TAACTTTTCGGACAGCTAGTCTTTGGATTCCAGGAACAGCTAAGGTA...

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1714    CCTGGGCACTGGACTTACACCCTGAACAATACCCATCATTCTCTGCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123258 CAGCCTGGGCACTGGACTTACACCCTGAACAATACCCATCATTCTCTGCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 AGCCCTGAAAGTGACAGTGACCTCTCGCGCCTCCAACTCAGCTGTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123308 AGCCCTGAAAGTGACAGTGACCTCTCGCGCCTCCAACTCAGCTGTGCCCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 CAGCCACTGTGGAAGCCTTTGTGGAAAGAGACAGCCTCCATTTTCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123358 CAGCCACTGTGGAAGCCTTTGTGGAAAGAGACAGCCTCCATTTTCCTCAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 CCTGTGATGATTTATGCCAATGTGAAACAGGGATTTTATCCCATTCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123408 CCTGTGATGATTTATGCCAATGTGAAACAGGGATTTTATCCCATTCTTAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 TGCCACTGTCACTGCCACAGTTGAGCCAGAGACTGGAGATCCTGTTACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123458 TGCCACTGTCACTGCCACAGTTGAGCCAGAGACTGGAGATCCTGTTACGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 TGAGACTCCTTGATGATGGAGCAG         GTGCTGATGTTATAAAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 123508 TGAGACTCCTTGATGATGGAGCAGGTA...CAGGTGCTGATGTTATAAAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 AATGATGGAATTTACTCGAGGTATTTTTTCTCCTTTGCTGCAAATGGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126333 AATGATGGAATTTACTCGAGGTATTTTTTCTCCTTTGCTGCAAATGGTAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 ATATAGCTTGAAAGTGCATGTCAATCACTCTCCCAGCATAAGCACCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126383 ATATAGCTTGAAAGTGCATGTCAATCACTCTCCCAGCATAAGCACCCCAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2102 CCCACTCTATTCCAGGGAGTCATGCTATGTATGTACCAGGTTACACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126433 CCCACTCTATTCCAGGGAGTCATGCTATGTATGTACCAGGTTACACAGCA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2152 AACG         GTAATATTCAGATGAATGCTCCAAGGAAATCAGTAGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126483 AACGGTA...CAGGTAATATTCAGATGAATGCTCCAAGGAAATCAGTAGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2193 CAGAAATGAGGAGGAGCGAAAGTGGGGCTTTAGCCGAGTCAGCTCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129159 CAGAAATGAGGAGGAGCGAAAGTGGGGCTTTAGCCGAGTCAGCTCAGGAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2243 GCTCCTTTTCAGTGCTGGGAGTTCCAGCTGGCCCCCACCCTGATGTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129209 GCTCCTTTTCAGTGCTGGGAGTTCCAGCTGGCCCCCACCCTGATGTGTTT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2293 CCACCATGCAAAATTATTGACCTGGAAGCTGTAAAAGTAGAAGAGGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129259 CCACCATGCAAAATTATTGACCTGGAAGCTGTAAAAGTAGAAGAGGAATT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2343 GACCCTATCTTGGACAGCACCTGGAGAAGACTTTGATCAGGGCCAGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 129309 GACCCTATCTTGGACAGCACCTGGAGAAGACTTTGATCAGGGCCAGGGTA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2390       CTACAAGCTATGAAATAAGAATGAGTAAAAGTCTACAGAATATC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129359 ...CAGCTACAAGCTATGAAATAAGAATGAGTAAAAGTCTACAGAATATC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2434 CAAGATGACTTTAACAATGCTATTTTAGTAAATACATCAAAGCGAAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130882 CAAGATGACTTTAACAATGCTATTTTAGTAAATACATCAAAGCGAAATCC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2484 TCAGCAAGCTGGCATCAGGGAGATATTTACGTTCTCACCCCAAATTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130932 TCAGCAAGCTGGCATCAGGGAGATATTTACGTTCTCACCCCAAATTTCCA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2534 CGAATGGACCTGAACATCAGCCAAATGGAGAAACACATGAAAGCCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130982 CGAATGGACCTGAACATCAGCCAAATGGAGAAACACATGAAAGCCACAGA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2584 ATTTATGTTGCAATACGAGCAATGGATAGGAACTCCTTACAGTCTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131032 ATTTATGTTGCAATACGAGCAATGGATAGGAACTCCTTACAGTCTGCTGT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2634 ATCTAACATTGCCCAGGCGCCTCTGTTTATTCCCCCCAATTCTGATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131082 ATCTAACATTGCCCAGGCGCCTCTGTTTATTCCCCCCAATTCTGATCCTG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2684 TACCTGCCAGAGATTATCTTATATTGAAAGGAGTTTTAACAGCAATGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131132 TACCTGCCAGAGATTATCTTATATTGAAAGGAGTTTTAACAGCAATGGGT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2734 TTGATAGGAATCATTTGCCTTATTATAGTTGTGACACATCATACTTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131182 TTGATAGGAATCATTTGCCTTATTATAGTTGTGACACATCATACTTTAAG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2784 CAGGAAAAAGAGAGCAGACAAGAAAGAGAATGGAACAAAATTATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131232 CAGGAAAAAGAGAGCAGACAAGAAAGAGAATGGAACAAAATTATTA