seq1 = pF1KE5754.tfa, 2208 bp
seq2 = pF1KE5754/gi568815596f_60660134.tfa (gi568815596f:60660134_60897157), 237024 bp

>pF1KE5754 2208
>gi568815596f:60660134_60897157 (Chr2)

1-17  (96346-96362)   100% ->
18-179  (100001-100162)   100% ->
180-246  (101608-101674)   100% ->
247-328  (108337-108418)   100% ->
329-438  (108648-108757)   100% ->
439-492  (110325-110378)   100% ->
493-604  (111386-111497)   100% ->
605-694  (114901-114990)   100% ->
695-833  (119504-119642)   100% ->
834-906  (120574-120646)   100% ->
907-1027  (121752-121872)   100% ->
1028-1112  (122553-122637)   100% ->
1113-1166  (123023-123076)   100% ->
1167-1286  (126814-126933)   100% ->
1287-1396  (127378-127487)   100% ->
1397-1518  (131628-131749)   100% ->
1519-1679  (131996-132156)   100% ->
1680-1768  (133494-133582)   100% ->
1769-1989  (133838-134058)   100% ->
1990-2055  (134577-134642)   100% ->
2056-2112  (134831-134887)   100% ->
2113-2208  (136929-137024)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAAGAGATGTCTGC         AAACACCGTGCTGGACAGCCAGCG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
  96346 ATGAAAGAGATGTCTGCGTA...CAGAAACACCGTGCTGGACAGCCAGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TCAACAAAAGCATTATGGAATTACCTCCCCAATTAGTTTGGCATCTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100025 TCAACAAAAGCATTATGGAATTACCTCCCCAATTAGTTTGGCATCTCCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGAAATTGATCATATTTACACACAGAAATTAATTGACGCCATGAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100075 AAGAAATTGATCATATTTACACACAGAAATTAATTGACGCCATGAAACCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTGGAGTGTTTGAAGATGAGGAAGAATTGAACCACAG         GCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100125 TTTGGAGTGTTTGAAGATGAGGAAGAATTGAACCACAGGTA...TAGGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGTGGTTCTTGGTAAATTGAACAATTTAGTAAAAGAATGGATTTCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101611 GGTGGTTCTTGGTAAATTGAACAATTTAGTAAAAGAATGGATTTCTGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCAGCGAGAGTAAG         AACCTCCCACCTTCTGTTGTGGCTACT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 101661 TCAGCGAGAGTAAGGTA...TAGAACCTCCCACCTTCTGTTGTGGCTACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTTGGTGGTAAAATTTTCACATTTGGATCCTATAGGCTTGGAGTACACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108364 GTTGGTGGTAAAATTTTCACATTTGGATCCTATAGGCTTGGAGTACACAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAAAG         GAGCTGACATTGATGCACTTTGTGTAGCTCCAAGAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108414 CAAAGGTA...CAGGAGCTGACATTGATGCACTTTGTGTAGCTCCAAGAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATGTGGAAAGATCTGATTTTTTTCAGTCTTTTTTTGAAAAATTGAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108684 ATGTGGAAAGATCTGATTTTTTTCAGTCTTTTTTTGAAAAATTGAAACAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CAAGATGGCATTAGAAACTTAAGA         GCTGTAGAAGATGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 108734 CAAGATGGCATTAGAAACTTAAGAGTA...TAGGCTGTAGAAGATGCCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGTACCTGTTATAAAATTTGAATTTGATGGTATTGAA         ATTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 110342 TGTACCTGTTATAAAATTTGAATTTGATGGTATTGAAGTA...AAGATTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 ATCTAGTCTTTGCAAGACTGGCAATACAAACCATATCAGATAATTTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111390 ATCTAGTCTTTGCAAGACTGGCAATACAAACCATATCAGATAATTTAGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CTAAGAGACGACTCTCGCCTGAGAAGCCTTGATATAAGGTGTATTCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111440 CTAAGAGACGACTCTCGCCTGAGAAGCCTTGATATAAGGTGTATTCGCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CTTAAATG         GTTGTAGAGTTACTGATGAAATTTTGCATTTAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 111490 CTTAAATGGTA...CAGGTTGTAGAGTTACTGATGAAATTTTGCATTTAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TGCCAAATAAAGAAACTTTTAGACTCACCCTAAGAGCTGTCAAATTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114934 TGCCAAATAAAGAAACTTTTAGACTCACCCTAAGAGCTGTCAAATTATGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GCAAAAC         GACGTGGTATTTATTCCAACATGCTAGGATTCCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114984 GCAAAACGTA...TAGGACGTGGTATTTATTCCAACATGCTAGGATTCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TGGTGGTGTCTCCTGGGCAATGCTAGTTGCAAGAACTTGCCAATTGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119538 TGGTGGTGTCTCCTGGGCAATGCTAGTTGCAAGAACTTGCCAATTGTATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CAAATGCAGCAGCATCTACTTTAGTTCATAAGTTCTTTTTAGTTTTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119588 CAAATGCAGCAGCATCTACTTTAGTTCATAAGTTCTTTTTAGTTTTTTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AAGTG         GGAATGGCCAAATCCTGTGCTGCTGAAGCAACCAGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119638 AAGTGGTA...CAGGGAATGGCCAAATCCTGTGCTGCTGAAGCAACCAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 AGAAAGCAATTTGAATTTGCCTGTCTGGGATCCTCGG         GTAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 120610 AGAAAGCAATTTGAATTTGCCTGTCTGGGATCCTCGGGTA...CAGGTAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 ATCCATCAGATAGGTATCATCTCATGCCCATAATCACCCCTGCCTACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121756 ATCCATCAGATAGGTATCATCTCATGCCCATAATCACCCCTGCCTACCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CAACAGAATTCTACGTATAATGTGTCCACATCAACTCGAACAGTAATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121806 CAACAGAATTCTACGTATAATGTGTCCACATCAACTCGAACAGTAATGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 AGAAGAATTTAAACAAG         GTCTTGCAGTCACAGATGAAATTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 121856 AGAAGAATTTAAACAAGGTA...TAGGTCTTGCAGTCACAGATGAAATTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 TTCAAGGAAAGTCAGATTGGTCCAAACTACTTGAGCCACCGAATTTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122577 TTCAAGGAAAGTCAGATTGGTCCAAACTACTTGAGCCACCGAATTTCTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CAAAAGTATAG         ACATTATATAGTATTGACTGCCAGCGCATC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 122627 CAAAAGTATAGGTA...CAGACATTATATAGTATTGACTGCCAGCGCATC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 AACAGAAGAAAACCATCTAGAGTG         GGTTGGATTAGTAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 123053 AACAGAAGAAAACCATCTAGAGTGGTA...TAGGGTTGGATTAGTAGAAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 CTAAAATCCGTGTACTTGTTGGAAACTTGGAACGGAATGAATTTATTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126831 CTAAAATCCGTGTACTTGTTGGAAACTTGGAACGGAATGAATTTATTACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 CTTGCCCATGTGAATCCCCAGTCATTCCCAGGGAATAAGGAACATCATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126881 CTTGCCCATGTGAATCCCCAGTCATTCCCAGGGAATAAGGAACATCATAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 AGA         CAACAATTACGTATCAATGTGGTTCCTTGGGATAATTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126931 AGAGTA...TAGCAACAATTACGTATCAATGTGGTTCCTTGGGATAATTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 TTCGGAGAGTAGAAAATGCAGAAAGTGTCAACATAGACTTGACATATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127416 TTCGGAGAGTAGAAAATGCAGAAAGTGTCAACATAGACTTGACATATGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 ATACAGTCATTTACTGATACAG         TGTACAGACAGGCAAACAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 127466 ATACAGTCATTTACTGATACAGGTA...CAGTGTACAGACAGGCAAACAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 TATAAATATGCTAAAGGAGGGAATGAAAATTGAAGCAACTCATGTAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131647 TATAAATATGCTAAAGGAGGGAATGAAAATTGAAGCAACTCATGTAAAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 AAAAACAACTTCACCACTACCTTCCTGCAGAAATTCTTCAAAAGAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131697 AAAAACAACTTCACCACTACCTTCCTGCAGAAATTCTTCAAAAGAAGAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 AAG         CAAAGTCTCTCTGATGTCAATCGAAGCTCGGGCGGACT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131747 AAGGTG...CAGCAAAGTCTCTCTGATGTCAATCGAAGCTCGGGCGGACT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557 TCAATCCAAAAGATTGTCTCTGGATAGCAGTTGTCTGGATAGCTCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132034 TCAATCCAAAAGATTGTCTCTGGATAGCAGTTGTCTGGATAGCTCCAGAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 ACACTGATAATGGAACACCTTTTAATTCTCCAGCGTCCAAGTCTGATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132084 ACACTGATAATGGAACACCTTTTAATTCTCCAGCGTCCAAGTCTGATAGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 CCTTCTGTAGGAGAAACAGAAAG         GAATAGTGCTGAGCCTGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 132134 CCTTCTGTAGGAGAAACAGAAAGGTC...TAGGAATAGTGCTGAGCCTGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 TGCTGTAATTGTGGAGAAGCCACTGAGTGTACCACCAGCCCAAGGACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133512 TGCTGTAATTGTGGAGAAGCCACTGAGTGTACCACCAGCCCAAGGACTTT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1748 CCATTCCAGTGATTGGCGCAA         AAGTTGACTCTACAGTAAAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 133562 CCATTCCAGTGATTGGCGCAAGTA...CAGAAGTTGACTCTACAGTAAAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1789 ACTGTATCACCCCCCACTGTGTGTACCATTCCTACCGTAGTAGGACGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133858 ACTGTATCACCCCCCACTGTGTGTACCATTCCTACCGTAGTAGGACGAAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1839 TGTCATTCCTAGAATCACAACACCTCACAACCCTGCCCAGGGACAACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133908 TGTCATTCCTAGAATCACAACACCTCACAACCCTGCCCAGGGACAACCGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1889 ATCTGAATGGAATGTCAAATATAACTAAGACTGTTACACCTAAGAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133958 ATCTGAATGGAATGTCAAATATAACTAAGACTGTTACACCTAAGAGATCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1939 CATTCCCCATCCATAGATGGGACTCCTAAGAGGTTGAAAGACGTAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134008 CATTCCCCATCCATAGATGGGACTCCTAAGAGGTTGAAAGACGTAGAAAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1989 G         TTTATTCGACTTGAATCAACATTTAAGGACCCCCGCACTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134058 GGTA...TAGTTTATTCGACTTGAATCAACATTTAAGGACCCCCGCACTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2030 CTGAAGAAAGAAAAAGAAAATCAGTG         GATGCCATTGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 134617 CTGAAGAAAGAAAAAGAAAATCAGTGGTA...TAGGATGCCATTGGAGGA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2071 GAATCTATGCCTATTCCAACTATTGATACATCACGCAAAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 134846 GAATCTATGCCTATTCCAACTATTGATACATCACGCAAAAAGGTA...TA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2113  AGACTACCCAGTAAAGAACTACCAGATTCATCATCTCCAGTTCCAGCAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136928 GAGACTACCCAGTAAAGAACTACCAGATTCATCATCTCCAGTTCCAGCAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2162 ACAACATCCGTGTCATCAAAAATTCCATTCGACTGACCCTTAATCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136978 ACAACATCCGTGTCATCAAAAATTCCATTCGACTGACCCTTAATCGG