seq1 = pF1KE5751.tfa, 2124 bp
seq2 = pF1KE5751/gi568815585r_98584727.tfa (gi568815585r:98584727_98826449), 241723 bp

>pF1KE5751 2124
>gi568815585r:98584727_98826449 (Chr13)

(complement)

1-21  (99587-99607)   90% ->
22-103  (100001-100082)   100% ->
104-245  (100186-100327)   100% ->
246-365  (102419-102538)   100% ->
366-465  (104547-104646)   100% ->
466-556  (104865-104955)   100% ->
557-640  (107130-107213)   100% ->
641-723  (110490-110572)   100% ->
724-810  (113866-113952)   100% ->
811-900  (114507-114596)   100% ->
901-945  (116539-116583)   100% ->
946-978  (116676-116708)   96% ->
979-1067  (116790-116878)   100% ->
1068-1149  (117683-117764)   100% ->
1150-1269  (120197-120316)   100% ->
1270-1416  (122015-122161)   99% ->
1417-1466  (123921-123970)   100% ->
1467-1574  (137873-137980)   100% ->
1575-1683  (138094-138202)   100% ->
1684-1827  (138726-138869)   100% ->
1828-1935  (140153-140260)   100% ->
1936-2124  (141535-141723)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAATGTCCAAATCACAC         AGTTTCTTTGGTTATCCCCT
         | ||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
  99587 TTAGGAATGTCCAAATCACACGTG...CAGAGTTTCTTTGGTTATCCCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GAGCATCTTCTTCATCGTGGTCAATGAGTTTTGCGAAAGATTTTCCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100021 GAGCATCTTCTTCATCGTGGTCAATGAGTTTTGCGAAAGATTTTCCTACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGGAATGCGAG         CAATCCTGATTCTGTACTTCACAAATTTC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100071 ATGGAATGCGAGGTA...AAGCAATCCTGATTCTGTACTTCACAAATTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ATCAGCTGGGATGATAACCTGTCCACCGCCATCTACCATACGTTTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100215 ATCAGCTGGGATGATAACCTGTCCACCGCCATCTACCATACGTTTGTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCTGTGCTACCTGACGCCAATTCTCGGAGCTCTTATCGCCGACTCGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100265 TCTGTGCTACCTGACGCCAATTCTCGGAGCTCTTATCGCCGACTCGTGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGGAAAGTTCAA         GACCATTGTGTCGCTCTCCATTGTCTAC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100315 TGGGAAAGTTCAAGTG...CAGGACCATTGTGTCGCTCTCCATTGTCTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ACAATTGGACAAGCAGTCACCTCAGTAAGCTCCATTAATGACCTCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102447 ACAATTGGACAAGCAGTCACCTCAGTAAGCTCCATTAATGACCTCACAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCACAACCATGATGGCACCCCCGACAGCCTTCCTGTGCACGT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 102497 CCACAACCATGATGGCACCCCCGACAGCCTTCCTGTGCACGTGTG...CA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    366  GGTGCTGTCCTTGATCGGCCTGGCCCTGATAGCTCTCGGGACTGGAGGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104546 GGGTGCTGTCCTTGATCGGCCTGGCCCTGATAGCTCTCGGGACTGGAGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATCAAACCCTGTGTGTCTGCGTTTGGTGGAGATCAGTTTGAAGAGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104596 ATCAAACCCTGTGTGTCTGCGTTTGGTGGAGATCAGTTTGAAGAGGGCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 G         GAGAAACAAAGAAACAGATTTTTTTCCATCTTTTACTTGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104646 GGTA...CAGGAGAAACAAAGAAACAGATTTTTTTCCATCTTTTACTTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTATTAATGCTGGAAGTTTGCTTTCCACAATCATCACACCCATGCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104905 CTATTAATGCTGGAAGTTTGCTTTCCACAATCATCACACCCATGCTCAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 G         TTCAACAATGTGGAATTCACAGTAAACAAGCTTGTTACCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104955 GGTA...CAGTTCAACAATGTGGAATTCACAGTAAACAAGCTTGTTACCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ACTGGCCTTTGGGGTTCCTGCTGCTCTCATGGCTGTAGCCCTGA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 107170 ACTGGCCTTTGGGGTTCCTGCTGCTCTCATGGCTGTAGCCCTGAGTA...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    641    TTGTGTTTGTCCTTGGCAGTGGGATGTACAAGAAGTTCAAGCCACAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110487 TAGTTGTGTTTGTCCTTGGCAGTGGGATGTACAAGAAGTTCAAGCCACAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GGCAACATCATGGGTAAAGTGGCCAAGTGCATCGGT         TTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 110537 GGCAACATCATGGGTAAAGTGGCCAAGTGCATCGGTGTA...CAGTTTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CATCAAAAATAGATTTAGGCATCGGAGTAAGGCATTTCCCAAGAGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113871 CATCAAAAATAGATTTAGGCATCGGAGTAAGGCATTTCCCAAGAGGGAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ACTGGCTGGACTGGGCTAAAGAGAAATACGAT         GAGCGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 113921 ACTGGCTGGACTGGGCTAAAGAGAAATACGATGTA...CAGGAGCGGCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 ATCTCCCAAATTAAGATGGTTACGAGGGTGATGTTCCTGTATATTCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114516 ATCTCCCAAATTAAGATGGTTACGAGGGTGATGTTCCTGTATATTCCACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CCCAATGTTCTGGGCCTTGTTTGACCAGCAG         GGCTCCAGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 114566 CCCAATGTTCTGGGCCTTGTTTGACCAGCAGGTA...AAGGGCTCCAGGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 GGACACTGCAGGCAACAACTATGTCCGGGAAAATC         GGAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 116549 GGACACTGCAGGCAACAACTATGTCCGGGAAAATCGTA...TAGGGAGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 GTTGAAATTCAGCCCGATCAGATGCAG         ACCGTGAACGCCAT
         ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 116682 CTTGAAATTCAGCCCGATCAGATGCAGGTA...CAGACCGTGAACGCCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 CCTGATCGTGATCATGGTCCCGATCTTCGATGCTGTGCTGTACCCTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116804 CCTGATCGTGATCATGGTCCCGATCTTCGATGCTGTGCTGTACCCTCTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 TTGCAAAATGTGGCTTCAATTTCAC         CTCCTTGAAGAAGATG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 116854 TTGCAAAATGTGGCTTCAATTTCACGTA...CAGCTCCTTGAAGAAGATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084 GCAGTTGGCATGGTCCTGGCCTCCATGGCCTTTGTGGTGGCTGCCATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117699 GCAGTTGGCATGGTCCTGGCCTCCATGGCCTTTGTGGTGGCTGCCATCGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 GCAGGTGGAAATCGAT         AAAACTCTTCCAGTCTTCCCCAAAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 117749 GCAGGTGGAAATCGATGTG...CAGAAAACTCTTCCAGTCTTCCCCAAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1175 GAAACGAAGTCCAAATTAAAGTTTTGAATATAGGAAACAATACCATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120222 GAAACGAAGTCCAAATTAAAGTTTTGAATATAGGAAACAATACCATGAAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225 ATATCTCTTCCTGGAGAGATGGTGACACTTGGCCCAATGTCTCAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 120272 ATATCTCTTCCTGGAGAGATGGTGACACTTGGCCCAATGTCTCAAGTA..

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270     ACAAATGCATTTATGACTTTTGATGTAAACAAACTGACAAGGATAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120322 .TAGACAAATGCATTTATGACTTTTGATGTAAACAAACTGACAAGGATAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1316 ACATTTCTTCTCCTGGATCACCAGTCACTGCCGTAACTGACGACTTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 122061 ACATTTCTTCTCCTGGATCACCAGTCACTGCTGTAACTGACGACTTCAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 CAGGGCCAACGCCACACGCTTCTAGTGTGGGCCCCCAATCACTACCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122111 CAGGGCCAACGCCACACGCTTCTAGTGTGGGCCCCCAATCACTACCAGGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 G         GTAAAGGATGGTCTTAACCAGAAGCCAGAAAAAGGGGAAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122161 GGTA...CAGGTAAAGGATGGTCTTAACCAGAAGCCAGAAAAAGGGGAAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 ATGGAATCAG         ATTTGTAAATACTTTTAACGAGCTCATCACC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 123961 ATGGAATCAGGTA...CAGATTTGTAAATACTTTTAACGAGCTCATCACC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1498 ATCACAATGAGTGGGAAAGTTTATGCAAACATCAGCAGCTACAATGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137904 ATCACAATGAGTGGGAAAGTTTATGCAAACATCAGCAGCTACAATGCCAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1548 CACATACCAGTTTTTTCCTTCTGGCAT         AAAAGGCTTCACAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 137954 CACATACCAGTTTTTTCCTTCTGGCATGTA...TAGAAAAGGCTTCACAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1589 TAAGCTCAACAGAGATTCCGCCACAATGTCAACCTAATTTCAATACTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138108 TAAGCTCAACAGAGATTCCGCCACAATGTCAACCTAATTTCAATACTTTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1639 TACCTTGAATTTGGTAGTGCTTATACCTATATAGTCCAAAGGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 138158 TACCTTGAATTTGGTAGTGCTTATACCTATATAGTCCAAAGGAAGGTT..

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684     AATGACAGCTGCCCTGAAGTGAAGGTGTTTGAAGATATTTCAGCCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138208 .CAGAATGACAGCTGCCCTGAAGTGAAGGTGTTTGAAGATATTTCAGCCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1730 ACACAGTTAACATGGCTCTGCAAATCCCGCAGTATTTTCTTCTCACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138772 ACACAGTTAACATGGCTCTGCAAATCCCGCAGTATTTTCTTCTCACCTGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1780 GGCGAAGTGGTCTTCTCTGTCACGGGATTGGAATTCTCATATTCTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 138822 GGCGAAGTGGTCTTCTCTGTCACGGGATTGGAATTCTCATATTCTCAGGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1828        GCTCCTTCCAACATGAAGTCGGTGCTTCAGGCAGGATGGCTGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138872 T...CAGGCTCCTTCCAACATGAAGTCGGTGCTTCAGGCAGGATGGCTGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1871 TGACCGTGGCTGTTGGCAACATCATTGTGCTCATCGTGGCAGGGGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140196 TGACCGTGGCTGTTGGCAACATCATTGTGCTCATCGTGGCAGGGGCAGGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1921 CAGTTCAGCAAACAG         TGGGCCGAGTACATTCTATTTGCCGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 140246 CAGTTCAGCAAACAGGTA...AAGTGGGCCGAGTACATTCTATTTGCCGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1962 GTTGCTTCTGGTCGTCTGTGTAATTTTTGCCATCATGGCTCGGTTCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141561 GTTGCTTCTGGTCGTCTGTGTAATTTTTGCCATCATGGCTCGGTTCTATA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2012 CTTACATCAACCCAGCGGAGATCGAAGCTCAATTTGATGAGGATGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141611 CTTACATCAACCCAGCGGAGATCGAAGCTCAATTTGATGAGGATGAAAAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2062 AAAAACAGACTGGAAAAGAGTAACCCATATTTCATGTCAGGGGCCAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141661 AAAAACAGACTGGAAAAGAGTAACCCATATTTCATGTCAGGGGCCAATTC

   2300     .    :
   2112 ACAGAAACAGATG
        |||||||||||||
 141711 ACAGAAACAGATG