seq1 = pF1KE5747.tfa, 1914 bp
seq2 = pF1KE5747/gi568815597f_1184025.tfa (gi568815597f:1184025_1391607), 207583 bp

>pF1KE5747 1914
>gi568815597f:1184025_1391607 (Chr1)

1-66  (100001-100066)   100% ->
67-419  (101902-102254)   100% ->
420-627  (102744-102951)   100% ->
628-818  (103085-103275)   100% ->
819-907  (103484-103572)   100% ->
908-1071  (103649-103812)   100% ->
1072-1170  (103915-104013)   100% ->
1171-1288  (106247-106364)   100% ->
1289-1367  (106453-106531)   100% ->
1368-1425  (106613-106670)   100% ->
1426-1484  (106871-106929)   100% ->
1485-1560  (107041-107116)   100% ->
1561-1914  (107230-107583)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGAGCACCGAAGCATGGACGGGAGAATGGAAGCAGCCACACGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGAGCACCGAAGCATGGACGGGAGAATGGAAGCAGCCACACGGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCTCTCACCTCCAG         GCTGCAGCCCAGACGCCCCCCAGGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGCTCTCACCTCCAGGTA...CAGGCTGCAGCCCAGACGCCCCCCAGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGGGGCCACCATCAGCACCACCACCACCACCCAAGGAGGGGCACCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101927 CGGGGCCACCATCAGCACCACCACCACCACCCAAGGAGGGGCACCAGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGGCTGGTGGAGCTGCCCGCCTCGTTCCGGGAGCTGCTCACCTTCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101977 GGGCTGGTGGAGCTGCCCGCCTCGTTCCGGGAGCTGCTCACCTTCTTCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACCAATGCCACCATCCACGGCGCCATCCGCCTGGTCTGCTCCCGCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102027 CACCAATGCCACCATCCACGGCGCCATCCGCCTGGTCTGCTCCCGCGGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACCGCCTCAAGACGACGTCCTGGGGGCTGCTGTCCCTGGGAGCCCTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102077 ACCGCCTCAAGACGACGTCCTGGGGGCTGCTGTCCCTGGGAGCCCTGGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCGCTCTGCTGGCAGCTGGGGCTCCTCTTTGAGCGTCACTGGCACCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102127 GCGCTCTGCTGGCAGCTGGGGCTCCTCTTTGAGCGTCACTGGCACCGCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGTCCTCATGGCCGTCTCTGTGCACTCGGAGCGCAAGCTGCTCCCGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102177 GGTCCTCATGGCCGTCTCTGTGCACTCGGAGCGCAAGCTGCTCCCGCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCACCCTGTGTGACGGGAACCCACGTCG         GCCGAGTCCGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 102227 TCACCCTGTGTGACGGGAACCCACGTCGGTG...CAGGCCGAGTCCGGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTCCGCCATCTGGAGCTGCTGGACGAGTTTGCCAGGGAGAACATTGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102757 CTCCGCCATCTGGAGCTGCTGGACGAGTTTGCCAGGGAGAACATTGACTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCTGTACAACGTCAACCTCAGCAAAGGCAGAGCCGCCCTCTCCGCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102807 CCTGTACAACGTCAACCTCAGCAAAGGCAGAGCCGCCCTCTCCGCCACTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCCCCCGCCACGAGCCCCCCTTCCACCTGGACCGGGAGATCCGTCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102857 TCCCCCGCCACGAGCCCCCCTTCCACCTGGACCGGGAGATCCGTCTGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AGGCTGAGCCACTCGGGCAGCCGGGTCAGAGTGGGGTTCAGACTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102907 AGGCTGAGCCACTCGGGCAGCCGGGTCAGAGTGGGGTTCAGACTGGTG..

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    628     TGCAACAGCACGGGCGGCGACTGCTTTTACCGAGGCTACACGTCAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102957 .CAGTGCAACAGCACGGGCGGCGACTGCTTTTACCGAGGCTACACGTCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCGTGGCGGCTGTCCAGGACTGGTACCACTTCCACTATGTGGATATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103131 GCGTGGCGGCTGTCCAGGACTGGTACCACTTCCACTATGTGGATATCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GCCCTGCTGCCCGCGGCATGGGAGGACAGCCACGGGAGCCAGGACGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103181 GCCCTGCTGCCCGCGGCATGGGAGGACAGCCACGGGAGCCAGGACGGCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CTTCGTCCTCTCCTGCAGTTACGATGGCCTGGACTGCCAGGCCCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 103231 CTTCGTCCTCTCCTGCAGTTACGATGGCCTGGACTGCCAGGCCCGGTG..

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    819     ACAGTTCCGGACCTTCCACCACCCCACCTACGGCAGCTGCTACACG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103281 .CAGACAGTTCCGGACCTTCCACCACCCCACCTACGGCAGCTGCTACACG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GTCGATGGCGTCTGGACAGCTCAGCGCCCCGGCATCACCCACG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 103530 GTCGATGGCGTCTGGACAGCTCAGCGCCCCGGCATCACCCACGGTG...C

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    908   GAGTCGGCCTGGTCCTCAGGGTTGAGCAGCAGCCTCACCTCCCTCTGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103647 AGGAGTCGGCCTGGTCCTCAGGGTTGAGCAGCAGCCTCACCTCCCTCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TGTCCACGCTGGCCGGCATCAGGGTCATGGTTCACGGCCGTAACCACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103697 TGTCCACGCTGGCCGGCATCAGGGTCATGGTTCACGGCCGTAACCACACG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CCCTTCCTGGGGCACCACAGCTTCAGCGTCCGGCCAGGGACGGAGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103747 CCCTTCCTGGGGCACCACAGCTTCAGCGTCCGGCCAGGGACGGAGGCCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CATCAGCATCCGAGAG         GACGAGGTGCACCGGCTCGGGAGCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103797 CATCAGCATCCGAGAGGTG...CAGGACGAGGTGCACCGGCTCGGGAGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CCTACGGCCACTGCACCGCCGGCGGGGAAGGCGTGGAGGTGGAGCTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103940 CCTACGGCCACTGCACCGCCGGCGGGGAAGGCGTGGAGGTGGAGCTGCTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CACAACACCTCCTACACCAGGCAG         GCCTGCCTGGTGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 103990 CACAACACCTCCTACACCAGGCAGGTG...CAGGCCTGCCTGGTGTCCTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CTTCCAGCAGCTGATGGTGGAGACCTGCTCCTGTGGCTACTACCTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106264 CTTCCAGCAGCTGATGGTGGAGACCTGCTCCTGTGGCTACTACCTCCACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CTCTGCCGGCGGGGGCTGAGTACTGCAGCTCTGCCCGGCACCCTGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106314 CTCTGCCGGCGGGGGCTGAGTACTGCAGCTCTGCCCGGCACCCTGCCTGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 G         GACACTGCTTCTACCGCCTCTACCAGGACCTGGAGACCCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106364 GGTG...AAGGACACTGCTTCTACCGCCTCTACCAGGACCTGGAGACCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CCGGCTCCCCTGTACCTCCCGCTGCCCCAGGCCCTGCAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 106493 CCGGCTCCCCTGTACCTCCCGCTGCCCCAGGCCCTGCAGGTG...CAGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AGTCTGCATTCAAGCTCTCCACTGGGACCTCCAGGTGGCCTTCCGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106615 AGTCTGCATTCAAGCTCTCCACTGGGACCTCCAGGTGGCCTTCCGCCAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TCAGCT         GGATGGACTCTGGCCACGCTAGGTGAACAGGGGCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106665 TCAGCTGTG...CAGGGATGGACTCTGGCCACGCTAGGTGAACAGGGGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GCCGCATCAGAGCCACAGACAGAG         GAGCAGCCTGGCCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 106906 GCCGCATCAGAGCCACAGACAGAGGTG...CAGGAGCAGCCTGGCCAAAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TCAACATCGTCTACCAGGAGCTCAACTACCGCTCAGTGGAGGAGGCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107058 TCAACATCGTCTACCAGGAGCTCAACTACCGCTCAGTGGAGGAGGCGCCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GTGTACTCG         GTGCCGCAGCTGCTCTCGGCCATGGGCAGCCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 107108 GTGTACTCGGTG...CAGGTGCCGCAGCTGCTCTCGGCCATGGGCAGCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CTGCAGCCTGTGGTTTGGGGCCTCCGTCCTCTCCCTCCTGGAGCTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107262 CTGCAGCCTGTGGTTTGGGGCCTCCGTCCTCTCCCTCCTGGAGCTCCTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 AGCTGCTGCTCGATGCTTCTGCCCTCACCCTGGTGCTAGGCGGCCGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107312 AGCTGCTGCTCGATGCTTCTGCCCTCACCCTGGTGCTAGGCGGCCGCCGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CTCCGCAGGGCGTGGTTCTCCTGGCCCAGAGCCAGCCCTGCCTCAGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107362 CTCCGCAGGGCGTGGTTCTCCTGGCCCAGAGCCAGCCCTGCCTCAGGGGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 GTCCAGCATCAAGCCAGAGGCCAGTCAGATGCCCCCGCCTGCAGGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107412 GTCCAGCATCAAGCCAGAGGCCAGTCAGATGCCCCCGCCTGCAGGCGGCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 CGTCAGATGACCCGGAGCCCAGCGGGCCTCATCTCCCACGGGTGATGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107462 CGTCAGATGACCCGGAGCCCAGCGGGCCTCATCTCCCACGGGTGATGCTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 CCAGGGGTTCTGGCGGGAGTCTCAGCCGAAGAGAGCTGGGCTGGGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107512 CCAGGGGTTCTGGCGGGAGTCTCAGCCGAAGAGAGCTGGGCTGGGCCCCA

   2000     .    :    .    :
   1893 GCCCCTTGAGACTCTGGACACC
        ||||||||||||||||||||||
 107562 GCCCCTTGAGACTCTGGACACC