seq1 = pF1KE5745.tfa, 1920 bp
seq2 = pF1KE5745/gi568815592r_41698680.tfa (gi568815592r:41698680_41906983), 208304 bp

>pF1KE5745 1920
>gi568815592r:41698680_41906983 (Chr6)

(complement)

1-1356  (100001-101356)   99% ->
1357-1561  (102974-103178)   100% ->
1562-1670  (107046-107154)   100% ->
1671-1920  (108055-108304)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATAGATGCAAACATGTAGGGCGGTTACGGCTCGCCCAGGACCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATAGATGCAAACATGTAGGGCGGTTACGGCTCGCCCAGGACCACTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCCTGAACCCTCAGAAGTGGTGCTGCTTAGAGTGTGCCACCACCGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCCTGAACCCTCAGAAGTGGTGCTGCTTAGAGTGTGCCACCACCGAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGTGTGGGCCTGCCTCAAGTGCTCCCACGTGGCCTGCGGCCGCTATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGTGTGGGCCTGCCTCAAGTGCTCCCACGTGGCCTGCGGCCGCTATATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGGACCACGCCCTGAAACACTTTGAGGAGACGGGACACCCGCTAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGGACCACGCCCTGAAACACTTTGAGGAGACGGGACACCCGCTAGCCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAAGTCCGGGATCTCTACGTGTTCTGTTACCTGTGCAAGGACTACGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGAAGTCCGGGATCTCTACGTGTTCTGTTACCTGTGCAAGGACTACGTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCAATGATAACCCAGAGGGGGACCTGAAGCTGCTAAGAAGCTCCCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCAATGATAACCCAGAGGGGGACCTGAAGCTGCTAAGAAGCTCCCTCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCGGTCCGGGGCCAGAAACAGGACACGCCGGTGAGACGTGGGCGGACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCGGTCCGGGGCCAGAAACAGGACACGCCGGTGAGACGTGGGCGGACGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCGGTCCATGGCTTCGGGTGAGGACGTGGTCCTGCCGCAGCGCGCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCGGTCCATGGCTTCGGGTGAGGACGTGGTCCTGCCGCAGCGCGCTCCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGGGACAGCCGCAGATGCTCACGGCTCTGTGGTACCGGCGTCAGCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGGGACAGCCGCAGATGCTCACGGCTCTGTGGTACCGGCGTCAGCGCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTGGCCAGGACGCTGCGGCTGTGGTTCGAGAAGAGCTCCCGGGGCCAGGC
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTGGCCAGGACGCTGCGGCTGTGGTTCGAGAAGAGCTCCCGGGGCCAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GAAGCTGGAGCAGCGGCGGCAGGAGGAGGCCCTGGAGCGCAAGAAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GAAGCTGGAGCAGCGGCGGCAGGAGGAGGCCCTGGAGCGCAAGAAGGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGGCGCGGAGGCGGCGGCGCGAGGTGAAACGGCGGCTGCTGGAGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGGCGCGGAGGCGGCGGCGCGAGGTGAAACGGCGGCTGCTGGAGGAGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCCAGCACCCCTCCGCGCAAGAGTGCACGGCTGCTCCTGCACACGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCCAGCACCCCTCCGCGCAAGAGTGCACGGCTGCTCCTGCACACGCCCCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CGACGCGGGCCCGGCTGCCTCGCGCCCCGCCGCCCTCCCTACCTCACGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CGACGCGGGCCCGGCTGCCTCGCGCCCCGCCGCCCTCCCTACCTCACGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GAGTGCCCGCCGCCACACTCAAGCTGCGTCGCCAGCCGGCCATGGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GAGTGCCCGCCGCCACACTCAAGCTGCGTCGCCAGCCGGCCATGGCCCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GGCGTCACGGGCCTGCGCAACCTGGGCAACACCTGCTACATGAACTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GGCGTCACGGGCCTGCGCAACCTGGGCAACACCTGCTACATGAACTCCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCTCCAGGTGCTCAGCCACCTCCAGAAGTTCCGAGAATGTTTCCTCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCTCCAGGTGCTCAGCCACCTCCAGAAGTTCCGAGAATGTTTCCTCAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TTGACCCTTCCAAAACGGAACATCTGTTTCCCAAAGCCACCAACGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TTGACCCTTCCAAAACGGAACATCTGTTTCCCAAAGCCACCAACGGGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ACTCAGCTTTCTGGCAAGCCAACCAACAGCTCGGCCACGGAGCTGTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ACTCAGCTTTCTGGCAAGCCAACCAACAGCTCGGCCACGGAGCTGTCCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GAGAAATGACAGGGCCGAGGCATGCGAGCGGGAGGGCTTCTGCTGGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GAGAAATGACAGGGCCGAGGCATGCGAGCGGGAGGGCTTCTGCTGGAACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GCAGGGCCTCCATTAGTCGGAGTCTGGAGCTCATCCAGAACAAGGAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GCAGGGCCTCCATTAGTCGGAGTCTGGAGCTCATCCAGAACAAGGAGCCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 AGTTCAAAGCACATTTCCCTCTGCCGTGAACTGCACACCCTCTTCCGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 AGTTCAAAGCACATTTCCCTCTGCCGTGAACTGCACACCCTCTTCCGAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CATGTGGTCCGGGAAGTGGGCCCTAGTGTCGCCCTTCGCCATGCTGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 101101 CATGTGGTCCGGGAAGTGGGCCCTAGTGTCGCCCTTCGCCATGCTCCACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CAGTGTGGAGCCTGATCCCTGCCTTCCGCGGCTACGACCAACAGGACGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 CAGTGTGGAGCCTGATCCCTGCCTTCCGCGGCTACGACCAACAGGACGCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CAGGAATTTCTCTGCGAGCTGCTGCACAAGGTGCAGCAGGAACTCGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 CAGGAATTTCTCTGCGAGCTGCTGCACAAGGTGCAGCAGGAACTCGAGTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 TGAGGGCACCACACGCCGGATCCTCATCCCCTTCTCCCAGAGGAAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 TGAGGGCACCACACGCCGGATCCTCATCCCCTTCTCCCAGAGGAAGCTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 CCAAACAGGTCTTAAAGGTGGTGAATACCATATTTCATGGGCAGCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 CCAAACAGGTCTTAAAGGTGGTGAATACCATATTTCATGGGCAGCTGCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 AGTCAG         GTCACATGTATATCATGCAATTACAAATCCAATAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 AGTCAGGTA...TAGGTCACATGTATATCATGCAATTACAAATCCAATAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 CATTGAGCCCTTTTGGGACCTATCCCTGGAATTCCCTGAACGCTATCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103009 CATTGAGCCCTTTTGGGACCTATCCCTGGAATTCCCTGAACGCTATCACT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 GCATAGAAAAGGGGTTTGTCCCTTTGAATCAAACAGAGTGCTTGCTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103059 GCATAGAAAAGGGGTTTGTCCCTTTGAATCAAACAGAGTGCTTGCTCACT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 GAGATGCTGGCCAAATTCACAGAGACAGAGGCCCTGGAAGGGAGAATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103109 GAGATGCTGGCCAAATTCACAGAGACAGAGGCCCTGGAAGGGAGAATCTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 CGCTTGTGACCAGTGTAACA         GCAAACGACGAAAATCCAATC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 103159 CGCTTGTGACCAGTGTAACAGTG...TAGGCAAACGACGAAAATCCAATC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 CCAAACCCCTTGTTCTGAGTGAAGCTAGAAAGCAGTTAATGATCTACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107067 CCAAACCCCTTGTTCTGAGTGAAGCTAGAAAGCAGTTAATGATCTACAGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 CTACCTCAGGTTCTCCGGCTGCACCTTAAAAGATTCAG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 107117 CTACCTCAGGTTCTCCGGCTGCACCTTAAAAGATTCAGGTG...TAGGTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 GTCTGGCCGTAATCATCGAGAGAAGATTGGGGTCCATGTCGTCTTTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108058 GTCTGGCCGTAATCATCGAGAGAAGATTGGGGTCCATGTCGTCTTTGACC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 AGGTATTAACCATGGAACCTTACTGCTGCAGGGACATGCTCTCCTCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108108 AGGTATTAACCATGGAACCTTACTGCTGCAGGGACATGCTCTCCTCTCTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 GACAAAGAGACCTTTGCCTATGATCTCTCCGCAGTGGTCATGCATCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108158 GACAAAGAGACCTTTGCCTATGATCTCTCCGCAGTGGTCATGCATCACGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1824 GAAAGGGTTTGGCTCAGGACACTACACAGCCTATTGCTACAACACAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108208 GAAAGGGTTTGGCTCAGGACACTACACAGCCTATTGCTACAACACAGAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1874 GAGGTGCGTGCGCTTTACTCTGTGGGGTGGGGGACACGGAAAGGGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108258 GAGGTGCGTGCGCTTTACTCTGTGGGGTGGGGGACACGGAAAGGGGT