seq1 = pF1KE5744.tfa, 1878 bp
seq2 = pF1KE5744/gi568815594r_5953978.tfa (gi568815594r:5953978_6212850), 258873 bp

>pF1KE5744 1878
>gi568815594r:5953978_6212850 (Chr4)

(complement)

1-129  (100001-100129)   100% ->
130-624  (106884-107378)   99% ->
625-834  (127222-127431)   100% ->
835-954  (127886-128005)   100% ->
955-1101  (131096-131242)   100% ->
1102-1242  (132539-132679)   100% ->
1243-1302  (133853-133912)   100% ->
1303-1431  (147843-147971)   100% ->
1432-1560  (150411-150539)   100% ->
1561-1644  (152344-152427)   100% ->
1645-1707  (156092-156154)   100% ->
1708-1878  (158703-158873)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGAAGAAAGGCCGGAGCAAGGGCGAGAAGCCCGAGATGGAGACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGAAGAAAGGCCGGAGCAAGGGCGAGAAGCCCGAGATGGAGACGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCGGTGCAGATGGCCAACGAGGAGCTGCGGGCCAAGCTGACCAGCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCGGTGCAGATGGCCAACGAGGAGCTGCGGGCCAAGCTGACCAGCATTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGATCGAGTTCCAGCAGGAAAAAAGCAAG         GTGGGCAAACTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100101 AGATCGAGTTCCAGCAGGAAAAAAGCAAGGTG...CAGGTGGGCAAACTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGCGAGCGGCTGCAGGAGGCGAAGCTGGAGCGCGAGCAGGAGCAGCGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106896 CGCGAGCGGCTGCAGGAGGCGAAGCTGGAGCGCGAGCAGGAGCAGCGACG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCACACGGCCTACATTTCGGAGCTCAAGGCCAAGCTGCATGAGGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106946 GCACACGGCCTACATTTCGGAGCTCAAGGCCAAGCTGCATGAGGAGAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCAAGGAGCTGCAGGCGCTGCGCGAGGGGCTCATCCGGCAGCACGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106996 CCAAGGAGCTGCAGGCGCTGCGCGAGGGGCTCATCCGGCAGCACGAGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGGCGGCGCGCACCGCCAAGATCAAGGAGGGCGAGCTGCAGCGGCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 107046 GAGGCGGCGCGCACCGCCAAGATCAAGGAGGGCGAGCTGCAGCGGCTGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGCCACGCTGAACGTGCTGCGCGACGGCGCGGCCGACAAGGTCAAGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107096 GGCCACGCTGAACGTGCTGCGCGACGGCGCGGCCGACAAGGTCAAGACGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CGCTGCTGACCGAGGCGCGCGAGGAGGCGCGCAGGGCCTTCGATGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107146 CGCTGCTGACCGAGGCGCGCGAGGAGGCGCGCAGGGCCTTCGATGGAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CGCCTGCGGCTGCAGCAGGAGATCCTGGAGCTCAAGGCAGCGCGCAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 107196 CGCCTGCGGCTGCAGCAGGAGATCCTGGAGCTCAAGGCAGCGCGCAAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGCAGAGGAGGCGCTCAGTAACTGCATGCAGGCCGACAAGACCAAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 107246 GGCAGAGGAGGCGCTCAGTAACTGCATGCAGGCTGACAAGACCAAGGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCGACCTGCGTGCCGCCTACCAGGCGCACCAAGACGAGGTGCACCGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107296 CCGACCTGCGTGCCGCCTACCAGGCGCACCAAGACGAGGTGCACCGCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AAGCGCGAGTGCGAGCGCGACATCCGCAGGCTG         ATGGATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 107346 AAGCGCGAGTGCGAGCGCGACATCCGCAGGCTGGTA...CAGATGGATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GATCAAAGGGAAAGACCGTGTGATTCTGGCCTTGGAGAAGGAACTTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127230 GATCAAAGGGAAAGACCGTGTGATTCTGGCCTTGGAGAAGGAACTTGGCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TGCAGGCTGGGCAGACCCAGAAGCTGCTTCTGCAGAAAGAGGCTTTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127280 TGCAGGCTGGGCAGACCCAGAAGCTGCTTCTGCAGAAAGAGGCTTTGGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GAGCAGCTGGTTCAGGTCAAGGAGGCCGAGCGGCACCACAGTAGTCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127330 GAGCAGCTGGTTCAGGTCAAGGAGGCCGAGCGGCACCACAGTAGTCCAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GAGAGAGCTCCCGCCCGGGATCGGGGACATGGTGGAGCTCATGGGCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127380 GAGAGAGCTCCCGCCCGGGATCGGGGACATGGTGGAGCTCATGGGCGTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AG         GATCAACATATGGACGAGCGAGATGTGAGGCGATTTCAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127430 AGGTG...TAGGATCAACATATGGACGAGCGAGATGTGAGGCGATTTCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CTAAAAATTGCTGAACTGAATTCAGTGATACGGAAGCTGGAAGACAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127925 CTAAAAATTGCTGAACTGAATTCAGTGATACGGAAGCTGGAAGACAGAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TACGCTGTTGGCAGATGAGAGGAATGAACTG         CTGAAACGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 127975 TACGCTGTTGGCAGATGAGAGGAATGAACTGGTA...CAGCTGAAACGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CACGAGAGACCGAGGTTCAGCTGAAGCCCCTGGTGGAGAAGAACAAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131106 CACGAGAGACCGAGGTTCAGCTGAAGCCCCTGGTGGAGAAGAACAAGCGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 ATGAACAAGAAGAATGAGGATCTGTTGCAGAGTATCCAGAGGATGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131156 ATGAACAAGAAGAATGAGGATCTGTTGCAGAGTATCCAGAGGATGGAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GAAAATCAAGAACCTCACGCGGGAAAACGTGGAAATG         AAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 131206 GAAAATCAAGAACCTCACGCGGGAAAACGTGGAAATGGTG...CAGAAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 AAAAGCTGTCAGCGCAGGCGTCTCTGAAGCGGCATACCTCCTTGAATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132543 AAAAGCTGTCAGCGCAGGCGTCTCTGAAGCGGCATACCTCCTTGAATGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CTCAGCCTGACGAGGGATGAGCAGGAGATCGAGTTCCTGAGGCTGCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132593 CTCAGCCTGACGAGGGATGAGCAGGAGATCGAGTTCCTGAGGCTGCAGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GCTGGAGCAGCAGCACGTCATTGACGACCTCTCACTG         GAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 132643 GCTGGAGCAGCAGCACGTCATTGACGACCTCTCACTGGTA...TAGGAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GAGAACGGCTGTTGCGCTCCAAAAGGCATCGAGGGAAAAGTCTGAAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133857 GAGAACGGCTGTTGCGCTCCAAAAGGCATCGAGGGAAAAGTCTGAAACCG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 CCCAAG         AAGCATGTTGTGGAGACATTTTTTGGATTTGATGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133907 CCCAAGGTG...CAGAAGCATGTTGTGGAGACATTTTTTGGATTTGATGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GGAGTCTGTGGACTCAGAAACGTTGTCCGAAACATCCTACAACACAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147878 GGAGTCTGTGGACTCAGAAACGTTGTCCGAAACATCCTACAACACAGACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 GGACAGACAGGACCCCAGCCACGCCCGAAGAAGACTTGGACGAT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 147928 GGACAGACAGGACCCCAGCCACGCCCGAAGAAGACTTGGACGATGTA...

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1432    GCCACAGCCCGAGAGGAGGCTGACCTGCGCTTCTGCCAGCTGACCCG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150408 AAGGCCACAGCCCGAGAGGAGGCTGACCTGCGCTTCTGCCAGCTGACCCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GGAGTACCAGGCCCTGCAACGCGCCTACGCCCTGCTCCAGGAGCAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150458 GGAGTACCAGGCCCTGCAACGCGCCTACGCCCTGCTCCAGGAGCAGGTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 GAGGCACGCTGGACGCTGAGAGGGAGGCCCGG         ACTCGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 150508 GAGGCACGCTGGACGCTGAGAGGGAGGCCCGGGTG...CAGACTCGGGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 CAGCTACAAGCTGATCTGCTGAGGTGTCAGGCCAAAATCGAAGATTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152353 CAGCTACAAGCTGATCTGCTGAGGTGTCAGGCCAAAATCGAAGATTTGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 GAAGTTACTGGTTGAGAAGGGACAG         GATTCCAAGTGGGTTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 152403 GAAGTTACTGGTTGAGAAGGGACAGGTG...TAGGATTCCAAGTGGGTTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 AAGAGAAGCAGCTGCTCATCAGAACAAACCAAGACTTGCTGGAAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 156108 AAGAGAAGCAGCTGCTCATCAGAACAAACCAAGACTTGCTGGAAAAGGTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1708       ATTTACAGACTGGAAATGGAAGAGAACCAGCTGAAGAATGAAAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156158 ...TAGATTTACAGACTGGAAATGGAAGAGAACCAGCTGAAGAATGAAAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 GCAAGACGCCAAGGATCAGAACGAGCTGTTAGAATTCAGAGTGCTAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158747 GCAAGACGCCAAGGATCAGAACGAGCTGTTAGAATTCAGAGTGCTAGAAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 TCGAAGTAAGAGACTCTATCTGTTGTAAACTCTCAAACGGAGCAGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158797 TCGAAGTAAGAGACTCTATCTGTTGTAAACTCTCAAACGGAGCAGACATT

   1950     .    :    .    :    .
   1852 CTCTTTGAACCCAAACTGAAATTCATG
        |||||||||||||||||||||||||||
 158847 CTCTTTGAACCCAAACTGAAATTCATG