seq1 = pF1KE5742.tfa, 2034 bp
seq2 = pF1KE5742/gi568815581r_42001764.tfa (gi568815581r:42001764_42211892), 210129 bp

>pF1KE5742 2034
>gi568815581r:42001764_42211892 (Chr17)

(complement)

1-168  (100001-100168)   100% ->
169-370  (100396-100597)   100% ->
371-561  (100980-101170)   100% ->
562-678  (102507-102623)   100% ->
679-805  (103785-103911)   100% ->
806-997  (104098-104289)   100% ->
998-1251  (105904-106157)   100% ->
1252-1401  (106726-106875)   100% ->
1402-1563  (106966-107127)   100% ->
1564-1754  (108095-108285)   100% ->
1755-1851  (109581-109677)   100% ->
1852-2034  (109947-110129)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCTTCGGTCCTACCAATGGGAGGTGATCATGCCTGCCCTGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCTTCGGTCCTACCAATGGGAGGTGATCATGCCTGCCCTGGAGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGAATATCATCATCTGGCTGCCCACGGGTGCCGGGAAGACCCGGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAGAATATCATCATCTGGCTGCCCACGGGTGCCGGGAAGACCCGGGCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGCTTATGTGGCCAAGCGGCACCTAGAGACTGTGGATGGAGCCAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGCTTATGTGGCCAAGCGGCACCTAGAGACTGTGGATGGAGCCAAGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTTGTATTGGTCAACAGG         GTGCACCTGGTGACCCAGCATGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100151 GTTGTATTGGTCAACAGGGTG...CAGGTGCACCTGGTGACCCAGCATGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAAGAGTTCAGGCGCATGCTGGATGGACGCTGGACCGTGACAACCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100419 TGAAGAGTTCAGGCGCATGCTGGATGGACGCTGGACCGTGACAACCCTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTGGGGACATGGGACCACGTGCTGGCTTTGGCCACCTGGCCCGGTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100469 GTGGGGACATGGGACCACGTGCTGGCTTTGGCCACCTGGCCCGGTGCCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GACCTGCTCATCTGCACAGCAGAGCTTCTGCAGATGGCACTGACCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100519 GACCTGCTCATCTGCACAGCAGAGCTTCTGCAGATGGCACTGACCAGCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CGAGGAGGAGGAGCACGTGGAGCTCACTG         TCTTCTCCCTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100569 CGAGGAGGAGGAGCACGTGGAGCTCACTGGTG...CAGTCTTCTCCCTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCGTGGTGGATGAGTGCCACCACACGCACAAGGACACCGTCTACAACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100992 TCGTGGTGGATGAGTGCCACCACACGCACAAGGACACCGTCTACAACGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATCATGAGCCAGTACCTAGAACTTAAACTCCAGAGGGCACAGCCGCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101042 ATCATGAGCCAGTACCTAGAACTTAAACTCCAGAGGGCACAGCCGCTACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCAGGTGCTGGGTCTCACAGCCTCCCCAGGCACTGGCGGGGCCTCCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101092 CCAGGTGCTGGGTCTCACAGCCTCCCCAGGCACTGGCGGGGCCTCCAAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCGATGGGGCCATCAACCACGTCCTGCAG         CTCTGTGCCAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 101142 TCGATGGGGCCATCAACCACGTCCTGCAGGTC...CAGCTCTGTGCCAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTGGACACGTGGTGCATCATGTCACCCCAGAACTGCTGCCCCCAGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102519 TTGGACACGTGGTGCATCATGTCACCCCAGAACTGCTGCCCCCAGCTGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGAGCACAGCCAACAGCCTTGCAAACAGTACAACCTCTGCCACAGGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102569 GGAGCACAGCCAACAGCCTTGCAAACAGTACAACCTCTGCCACAGGCGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCCAG         GATCCGTTTGGGGACTTGCTGAAGAAGCTCATGGAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102619 GCCAGGTA...CAGGATCCGTTTGGGGACTTGCTGAAGAAGCTCATGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CAAATCCATGACCACCTGGAGATGCCTGAGTTGAGCCGGAAATTTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103821 CAAATCCATGACCACCTGGAGATGCCTGAGTTGAGCCGGAAATTTGGGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCAAATGTATGAGCAGCAGGTGGTGAAGCTGAGTGAGGCTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 103871 GCAAATGTATGAGCAGCAGGTGGTGAAGCTGAGTGAGGCTGGTG...CAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CGGCTTTGGCTGGGCTTCAGGAGCAACGGGTGTATGCGCTTCACCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104098 CGGCTTTGGCTGGGCTTCAGGAGCAACGGGTGTATGCGCTTCACCTGAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CGCTACAATGACGCGCTGCTCATCCATGACACCGTCCGCGCCGTGGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104148 CGCTACAATGACGCGCTGCTCATCCATGACACCGTCCGCGCCGTGGATGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CTTGGCTGCGCTGCAGGATTTCTATCACAGGGAGCACGTCACTAAAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104198 CTTGGCTGCGCTGCAGGATTTCTATCACAGGGAGCACGTCACTAAAACCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AGATCCTGTGTGCCGAGCGCCGGCTGCTGGCCCTGTTCGATG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104248 AGATCCTGTGTGCCGAGCGCCGGCTGCTGGCCCTGTTCGATGGTG...CA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    998  ACCGCAAGAATGAGCTGGCCCACTTGGCAACTCATGGCCCAGAGAATCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105903 GACCGCAAGAATGAGCTGGCCCACTTGGCAACTCATGGCCCAGAGAATCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AAAACTGGAGATGCTGGAAAAGATCCTGCAAAGGCAGTTCAGTAGCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105953 AAAACTGGAGATGCTGGAAAAGATCCTGCAAAGGCAGTTCAGTAGCTCTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ACAGCCCTCGGGGTATCATCTTCACCCGCACCCGCCAAAGCGCACACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106003 ACAGCCCTCGGGGTATCATCTTCACCCGCACCCGCCAAAGCGCACACTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CTCCTGCTCTGGCTCCAGCAGCAGCAGGGCCTGCAGACTGTGGACATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106053 CTCCTGCTCTGGCTCCAGCAGCAGCAGGGCCTGCAGACTGTGGACATCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GGCCCAGCTACTGATTGGGGCTGGGAACAGCAGCCAGAGCACCCACATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106103 GGCCCAGCTACTGATTGGGGCTGGGAACAGCAGCCAGAGCACCCACATGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CCCAG         AGGGACCAGCAAGAAGTGATCCAGAAGTTCCAAGAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106153 CCCAGGTG...CAGAGGGACCAGCAAGAAGTGATCCAGAAGTTCCAAGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GGAACCCTGAACCTTCTGGTGGCCACGAGTGTGGCGGAGGAGGGGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106762 GGAACCCTGAACCTTCTGGTGGCCACGAGTGTGGCGGAGGAGGGGCTGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CATCCCACATTGCAATGTGGTGGTGCGTTATGGGCTCTTGACCAATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106812 CATCCCACATTGCAATGTGGTGGTGCGTTATGGGCTCTTGACCAATGAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TCTCCATGGTCCAG         GCCAGGGGCCGTGCCCGGGCCGATCAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 106862 TCTCCATGGTCCAGGTA...CAGGCCAGGGGCCGTGCCCGGGCCGATCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 AGTGTATACGCGTTTGTAGCAACTGAAGGTAGCCGGGAGCTGAAGCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106993 AGTGTATACGCGTTTGTAGCAACTGAAGGTAGCCGGGAGCTGAAGCGGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GCTGATCAACGAGGCGCTGGAGACGCTGATGGAGCAGGCAGTGGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107043 GCTGATCAACGAGGCGCTGGAGACGCTGATGGAGCAGGCAGTGGCTGCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 TGCAGAAAATGGACCAGGCCGAGTACCAGGCCAAG         ATCCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 107093 TGCAGAAAATGGACCAGGCCGAGTACCAGGCCAAGGTC...CAGATCCGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GATCTGCAGCAGGCAGCCTTGACCAAGCGGGCGGCCCAGGCAGCCCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108101 GATCTGCAGCAGGCAGCCTTGACCAAGCGGGCGGCCCAGGCAGCCCAGCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 GGAGAACCAGCGGCAGCAGTTCCCAGTGGAGCACGTGCAGCTACTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108151 GGAGAACCAGCGGCAGCAGTTCCCAGTGGAGCACGTGCAGCTACTCTGCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 TCAACTGCATGGTGGCTGTGGGCCATGGCAGCGACCTGCGGAAGGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108201 TCAACTGCATGGTGGCTGTGGGCCATGGCAGCGACCTGCGGAAGGTGGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 GGCACCCACCATGTCAATGTGAACCCCAACTTCTC         GAACTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 108251 GGCACCCACCATGTCAATGTGAACCCCAACTTCTCGTG...CAGGAACTA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 CTATAATGTCTCCAGGGATCCTGTGGTCATCAACAAAGTCTTCAAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109587 CTATAATGTCTCCAGGGATCCTGTGGTCATCAACAAAGTCTTCAAGGACT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 GGAAGCCTGGGGGTGTCATCAGCTGCAGGAACTGTGGGGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 109637 GGAAGCCTGGGGGTGTCATCAGCTGCAGGAACTGTGGGGAGGTA...CAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 GTCTGGGGTCTGCAGATGATCTACAAGTCAGTGAAGCTGCCAGTGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109947 GTCTGGGGTCTGCAGATGATCTACAAGTCAGTGAAGCTGCCAGTGCTCAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 AGTCCGCAGCATGCTGCTGGAGACCCCTCAGGGGCGGATCCAGGCCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109997 AGTCCGCAGCATGCTGCTGGAGACCCCTCAGGGGCGGATCCAGGCCAAAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 AGTGGTCCCGCGTGCCCTTCTCCGTGCCTGACTTTGACTTCCTGCAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110047 AGTGGTCCCGCGTGCCCTTCTCCGTGCCTGACTTTGACTTCCTGCAGCAT

   2100     .    :    .    :    .    :
   2002 TGTGCCGAGAACTTGTCGGACCTCTCCCTGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 110097 TGTGCCGAGAACTTGTCGGACCTCTCCCTGGAC