seq1 = pF1KE5741.tfa, 1869 bp
seq2 = pF1KE5741/gi568815591f_114528558.tfa (gi568815591f:114528558_114789923), 261366 bp

>pF1KE5741 1869
>gi568815591f:114528558_114789923 (Chr7)

1-120  (100001-100120)   100% ->
121-321  (101248-101448)   100% ->
322-499  (102971-103148)   100% ->
500-713  (113853-114066)   100% ->
714-818  (116128-116232)   100% ->
819-906  (123646-123733)   100% ->
907-990  (125369-125452)   100% ->
991-1192  (129509-129710)   100% ->
1193-1269  (130799-130875)   100% ->
1270-1371  (131015-131116)   100% ->
1372-1493  (133508-133629)   100% ->
1494-1563  (134893-134962)   100% ->
1564-1727  (135716-135879)   100% ->
1728-1869  (161225-161366)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGACTCCCCAGGTGATCACCCCTCAGCAAATGCAGCAGATCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGACTCCCCAGGTGATCACCCCTCAGCAAATGCAGCAGATCCTTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAACAAGTCCTGTCTCCTCAGCAGCTACAAGCCCTTCTCCAACAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAACAAGTCCTGTCTCCTCAGCAGCTACAAGCCCTTCTCCAACAACAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGCTGTCATGCTGCAGCAG         CAACAACTACAAGAGTTTTAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100101 AGGCTGTCATGCTGCAGCAGGTA...CAGCAACAACTACAAGAGTTTTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGAAACAGCAAGAGCAGTTACATCTTCAGCTTTTGCAGCAGCAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101269 AAGAAACAGCAAGAGCAGTTACATCTTCAGCTTTTGCAGCAGCAGCAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACAGCAGCAGCAGCAACAACAGCAGCAACAACAGCAGCAGCAACAACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101319 ACAGCAGCAGCAGCAACAACAGCAGCAACAACAGCAGCAGCAACAACAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AACAACAGCAGCAACAACAGCAGCAGCAGCAGCAACAGCAGCAGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101369 AACAACAGCAGCAACAACAGCAGCAGCAGCAGCAACAGCAGCAGCAGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAACAGCATCCTGGAAAGCAAGCGAAAGAG         CAGCAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 101419 CAACAGCATCCTGGAAAGCAAGCGAAAGAGGTA...CAGCAGCAGCAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCAGCAGCAGCAACAGCAATTGGCAGCCCAGCAGCTTGTCTTCCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102982 GCAGCAGCAGCAACAGCAATTGGCAGCCCAGCAGCTTGTCTTCCAGCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGCTTCTCCAGATGCAACAACTCCAGCAGCAGCAGCATCTGCTCAGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103032 AGCTTCTCCAGATGCAACAACTCCAGCAGCAGCAGCATCTGCTCAGCCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGCGTCAGGGACTCATCTCCATTCCACCTGGCCAGGCAGCACTTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103082 CAGCGTCAGGGACTCATCTCCATTCCACCTGGCCAGGCAGCACTTCCTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCAATCGCTGCCTCAAG         CTGGCTTAAGTCCTGCTGAGATTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 103132 CCAATCGCTGCCTCAAGGTA...TAGCTGGCTTAAGTCCTGCTGAGATTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGCAGTTATGGAAAGAAGTGACTGGAGTTCACAGTATGGAAGACAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113877 AGCAGTTATGGAAAGAAGTGACTGGAGTTCACAGTATGGAAGACAATGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATTAAACATGGAGGGCTAGACCTCACTACTAACAATTCCTCCTCGACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113927 ATTAAACATGGAGGGCTAGACCTCACTACTAACAATTCCTCCTCGACTAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTCCTCCAACACTTCCAAAGCATCACCACCAATAACTCATCATTCCATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113977 CTCCTCCAACACTTCCAAAGCATCACCACCAATAACTCATCATTCCATAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGAATGGACAGTCTTCAGTTCTAAGTGCAAGACGAGACAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 114027 TGAATGGACAGTCTTCAGTTCTAAGTGCAAGACGAGACAGGTA...CAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TCGTCACATGAGGAGACTGGGGCCTCTCACACTCTCTATGGCCATGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116129 TCGTCACATGAGGAGACTGGGGCCTCTCACACTCTCTATGGCCATGGAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TTGCAAATGGCCAGGCTGTGAAAGCATTTGTGAAGATTTTGGACAGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116179 TTGCAAATGGCCAGGCTGTGAAAGCATTTGTGAAGATTTTGGACAGTTTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TAAA         GCACCTTAACAATGAACACGCATTGGATGACCGAAGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116229 TAAAGTA...TAGGCACCTTAACAATGAACACGCATTGGATGACCGAAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ACTGCTCAGTGTCGAGTGCAAATGCAGGTGGTGCAACAGTTAGAAATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123683 ACTGCTCAGTGTCGAGTGCAAATGCAGGTGGTGCAACAGTTAGAAATACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 G         CTTTCTAAAGAACGCGAACGTCTTCAAGCAATGATGACCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123733 GGTT...CAGCTTTCTAAAGAACGCGAACGTCTTCAAGCAATGATGACCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACTTGCACATGCGACCCTCAGAGCCCAAACCATCTCCCAAACCT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 125409 ACTTGCACATGCGACCCTCAGAGCCCAAACCATCTCCCAAACCTGTA...

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    991    CTAAATCTGGTGTCTAGTGTCACCATGTCGAAGAATATGTTGGAGAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129506 CAGCTAAATCTGGTGTCTAGTGTCACCATGTCGAAGAATATGTTGGAGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 ATCCCCACAGAGCTTACCTCAAACCCCTACCACACCAACGGCCCCAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129556 ATCCCCACAGAGCTTACCTCAAACCCCTACCACACCAACGGCCCCAGTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CCCCGATTACCCAGGGACCCTCAGTAATCACCCCAGCCAGTGTGCCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129606 CCCCGATTACCCAGGGACCCTCAGTAATCACCCCAGCCAGTGTGCCCAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GTGGGAGCCATACGAAGGCGACATTCAGACAAATACAACATTCCCATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129656 GTGGGAGCCATACGAAGGCGACATTCAGACAAATACAACATTCCCATGTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 ATCAG         AAATTGCCCCAAACTATGAATTTTATAAAAATGCAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129706 ATCAGGTA...TAGAAATTGCCCCAAACTATGAATTTTATAAAAATGCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ATGTCAGACCTCCATTTACTTATGCAACTCTCATAAGGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 130835 ATGTCAGACCTCCATTTACTTATGCAACTCTCATAAGGCAGGTA...CAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GCTATCATGGAGTCATCTGACAGGCAGTTAACACTTAATGAAATTTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131015 GCTATCATGGAGTCATCTGACAGGCAGTTAACACTTAATGAAATTTACAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CTGGTTTACACGGACATTTGCTTACTTCAGGCGTAATGCAGCAACTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131065 CTGGTTTACACGGACATTTGCTTACTTCAGGCGTAATGCAGCAACTTGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AG         AATGCAGTACGTCATAATCTTAGCCTGCACAAGTGTTTT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131115 AGGTA...TAGAATGCAGTACGTCATAATCTTAGCCTGCACAAGTGTTTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GTTCGAGTAGAAAATGTTAAAGGAGCAGTATGGACTGTGGATGAAGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133547 GTTCGAGTAGAAAATGTTAAAGGAGCAGTATGGACTGTGGATGAAGTAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 ATACCAGAAGCGAAGGTCACAAAAGATAACAGG         AAGTCCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 133597 ATACCAGAAGCGAAGGTCACAAAAGATAACAGGGTA...CAGAAGTCCAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CCTTAGTAAAAAATATACCTACCAGTTTAGGCTATGGAGCAGCTCTTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134901 CCTTAGTAAAAAATATACCTACCAGTTTAGGCTATGGAGCAGCTCTTAAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GCCAGTTTGCAG         GCTGCCTTGGCAGAGAGCAGTTTACCTTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 134951 GCCAGTTTGCAGGTA...TAGGCTGCCTTGGCAGAGAGCAGTTTACCTTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GCTAAGTAATCCTGGACTGATAAATAATGCATCCAGTGGCCTACTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135745 GCTAAGTAATCCTGGACTGATAAATAATGCATCCAGTGGCCTACTGCAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 CCGTCCACGAAGACCTCAATGGTTCTCTGGATCACATTGACAGCAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135795 CCGTCCACGAAGACCTCAATGGTTCTCTGGATCACATTGACAGCAATGGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 AACAGTAGTCCGGGCTGCTCACCTCAGCCGCACAT         ACATTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 135845 AACAGTAGTCCGGGCTGCTCACCTCAGCCGCACATGTA...CAGACATTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 AATCCACGTCAAGGAAGAGCCAGTGATTGCAGAGGATGAAGACTGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161231 AATCCACGTCAAGGAAGAGCCAGTGATTGCAGAGGATGAAGACTGCCCAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 TGTCCTTAGTGACAACAGCTAATCACAGTCCAGAATTAGAAGACGACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161281 TGTCCTTAGTGACAACAGCTAATCACAGTCCAGAATTAGAAGACGACAGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .
   1834 GAGATTGAAGAAGAGCCTTTATCTGAAGATCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161331 GAGATTGAAGAAGAGCCTTTATCTGAAGATCTGGAA