seq1 = pF1KE5740.tfa, 2106 bp
seq2 = pF1KE5740/gi568815597r_6425857.tfa (gi568815597r:6425857_6654502), 228646 bp

>pF1KE5740 2106
>gi568815597r:6425857_6654502 (Chr1)

(complement)

1-396  (100001-100396)   98% ->
397-616  (103888-104107)   100% ->
617-744  (104805-104932)   100% ->
745-880  (109323-109458)   100% ->
881-977  (109581-109677)   100% ->
978-1075  (112576-112673)   100% ->
1076-1237  (121062-121223)   100% ->
1238-1535  (121743-122040)   100% ->
1536-1647  (122424-122535)   100% ->
1648-1825  (125332-125509)   100% ->
1826-1959  (127674-127807)   100% ->
1960-2106  (128500-128646)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGACTCGGGACTGCTGCTAAAGTGGGGTTCCTGCCGTTCCACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGACTCGGGACTGCTGCTAAAGCGGGGTTCCTGCCGTTCCACTTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCGGGTCCGCAAGGCCCGGCCCCAGCTCATCCTCAGCCGCCGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGCGGGTCCGCAAGGCCCGGCCCCAGCTCATCCTCAGCCGCCGGCCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCGCCGGCTCGGGAGCCTGCGCTGGTGCGGTCGGCGGCGCCTACGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 100101 GCCGCCGGCTCGGGAGCCTGCGCTGGTGCGGTCGGCGGCGCCTACGGTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGGTTACTGCAAGCCCAGGCGGCCGGCGTGGACTGGAGGGAGGGAGCCCG
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGGTTACTGCAAGCCCAGGCGTCCGGCGTGGACTGGAGGGAGGGAGCCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCAGGTGTCGCGTGCGGCGGCGGCCCGGAGACCCAACACCGCGACCCCCA
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCAGGTGTCGCGCGCGGCGGCGGCCCGGAGACCCAACACCGCGACCCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCCCGATCCCTAGCCCGACCCCGGCCTCCGAACCCGAGTCCGAACCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCCCGATCCCTAGCCCGACCCCGGCCTCCGAACCCGAGTCCGAACCCGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTCGAATCCGCCTCGAGTTGCCACCGGCCTCTCCTCATCCCACCGGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTCGAATCCGCCTCGAGTTGCCACCGGCCTCTCCTCATCCCACCGGTGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCCCGTGGGCCCCGGCCGCGCGTTGCTGCTGCTGCCGGTCGAGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100351 GCCCGTGGGCCCCGGCCGCGCGTTGCTGCTGCTGCCGGTCGAGCAGGTA.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397      GGTTTTACTTTTAGTGGGATCTGTCGTGTGACTTGCCTCTATGGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ..TAGGGTTTTACTTTTAGTGGGATCTGTCGTGTGACTTGCCTCTATGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CAGGTGCAGGTATTTGGTTTTACCATCAGCCAAGGCCAGCCTGCCCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103933 CAGGTGCAGGTATTTGGTTTTACCATCAGCCAAGGCCAGCCTGCCCAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CATCTTCTCTGTGTATACCCACTCTTGCTTGAGTATCCATGCACTTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103983 CATCTTCTCTGTGTATACCCACTCTTGCTTGAGTATCCATGCACTTCACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACTCACAGCCTGAGAAAAGCAAGAAGGAACTGAAAAGGGAAGCCCGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104033 ACTCACAGCCTGAGAAAAGCAAGAAGGAACTGAAAAGGGAAGCCCGGAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TTGCTCAAATCTCATCTTAACCTTG         ATGACAGGCGTTGGTC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 104083 TTGCTCAAATCTCATCTTAACCTTGGTA...CAGATGACAGGCGTTGGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GATGCAGAATTTTTCTCCTCAGTGTTCCATTGTGTTGCTAGAACATCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104821 GATGCAGAATTTTTCTCCTCAGTGTTCCATTGTGTTGCTAGAACATCTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AAACTGCCACTGTAAACTTCATAACCAGCTATCCGGGTTCATCCTACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104871 AAACTGCCACTGTAAACTTCATAACCAGCTATCCGGGTTCATCCTACATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TTTGTGCAAGAG         AGTCCAACTCCCCAGATTAAACCTGAATA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 104921 TTTGTGCAAGAGGTA...CAGAGTCCAACTCCCCAGATTAAACCTGAATA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TTTAGCCTTGAGGTCTGTTGGCATCAGAAGAGAGAAAAAAAGGAAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109352 TTTAGCCTTGAGGTCTGTTGGCATCAGAAGAGAGAAAAAAAGGAAAGGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TTCAGTTAACTGAGAGTACCCTTTCAGCCCTGGAAGAGTTAGTCAATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109402 TTCAGTTAACTGAGAGTACCCTTTCAGCCCTGGAAGAGTTAGTCAATGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 TCCTGTG         AAGAAGTAGATGGCTGCCCTGTCATTCTAGTTTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109452 TCCTGTGGTG...CAGAAGAAGTAGATGGCTGCCCTGTCATTCTAGTTTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TGGATCCCAGGATGTTGGAAAGTCAACATTTAATAGATACCTGATTAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109615 TGGATCCCAGGATGTTGGAAAGTCAACATTTAATAGATACCTGATTAACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 ATTTGTTAAATAG         TCTTCCCTGCGTTGACTATTTGGAATGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 109665 ATTTGTTAAATAGGTA...CAGTCTTCCCTGCGTTGACTATTTGGAATGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GATCTGGGACAGACAGAATTTACCCCTCCTGGTTGCATTTCTTTGCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112604 GATCTGGGACAGACAGAATTTACCCCTCCTGGTTGCATTTCTTTGCTTAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TATTACAGAACCAGTTCTGG         GACCACCTTTCACTCACCTGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 112654 TATTACAGAACCAGTTCTGGGTA...TAGGACCACCTTTCACTCACCTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GGACTCCACAGAAGATGGTATATTATGGGAAACCTTCTTGTAAAAACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121083 GGACTCCACAGAAGATGGTATATTATGGGAAACCTTCTTGTAAAAACAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 TATGAGAATTATATTGACATAGTGAAATATGTGTTCAGCGCTTACAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121133 TATGAGAATTATATTGACATAGTGAAATATGTGTTCAGCGCTTACAAGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 AGAGTCCCCTCTCATCGTCAACACTATGGGATGGGTTTCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 121183 AGAGTCCCCTCTCATCGTCAACACTATGGGATGGGTTTCAGGTA...CAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 ACCAGGGGCTCCTGCTTCTCATTGATCTGATCCGATTGCTGTCTCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121743 ACCAGGGGCTCCTGCTTCTCATTGATCTGATCCGATTGCTGTCTCCCAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CACGTGGTTCAGTTCCGCTCTGACCACAGTAAATATATGCCAGACCTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121793 CACGTGGTTCAGTTCCGCTCTGACCACAGTAAATATATGCCAGACCTTAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CCCGCAGTATGTAGATGACATGGATGGCTTGTACACAAAAAGCAAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121843 CCCGCAGTATGTAGATGACATGGATGGCTTGTACACAAAAAGCAAGACCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 AGATGAGAAATCGACGTTTCAGACTCGCAGCATTTGCAGATGCTTTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121893 AGATGAGAAATCGACGTTTCAGACTCGCAGCATTTGCAGATGCTTTGGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 TTTGCTGATGAAGAAAAAGAGAGTCCAGTTGAGTTCACTGGACATAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121943 TTTGCTGATGAAGAAAAAGAGAGTCCAGTTGAGTTCACTGGACATAAACT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 GATAGGTGTTTATACAGACTTTGCATTCAGAATAACTCCAAGAAATAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 121993 GATAGGTGTTTATACAGACTTTGCATTCAGAATAACTCCAAGAAATAGGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1536        AGAGTCACATAACAAAATTCTTCGAGATCTGTCCATCTTGAGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122043 A...CAGAGAGTCACATAACAAAATTCTTCGAGATCTGTCCATCTTGAGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 TACCTTAGCCAGCTGCAGCCCCCGATGCCCAAACCACTTTCTCCTTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122467 TACCTTAGCCAGCTGCAGCCCCCGATGCCCAAACCACTTTCTCCTTTACA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 TAGCCTGACACCCTATCAG         GTCCCTTTCAATGCAGTCGCAC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 122517 TAGCCTGACACCCTATCAGGTA...CAGGTCCCTTTCAATGCAGTCGCAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 TCCGGATTACCCACTCTGATGTCGCCCCTACCCATATACTATATGCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125354 TCCGGATTACCCACTCTGATGTCGCCCCTACCCATATACTATATGCTGTA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 AACGCCAGCTGGGTTGGTCTTTGCAAGATCCAGGATGACGTCAGAGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125404 AACGCCAGCTGGGTTGGTCTTTGCAAGATCCAGGATGACGTCAGAGGATA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 CACGAATGGGCCCATCCTGCTTGCCCAGACTCCAATCTGTGACTGCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125454 CACGAATGGGCCCATCCTGCTTGCCCAGACTCCAATCTGTGACTGCTTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 GCTTTG         GCATCTGTAGAGGCATTGACATGGAGAAGCGGCTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125504 GCTTTGGTG...AAGGCATCTGTAGAGGCATTGACATGGAGAAGCGGCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 TACCACATCCTCACCCCTGTGCCCCCGGAAGAGCTAAGGACCGTGAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127709 TACCACATCCTCACCCCTGTGCCCCCGGAAGAGCTAAGGACCGTGAATTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 TCTGCTCGTTGGAGCTATTGCCATTCCACATTGTGTCCTTAAGTGCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 127759 TCTGCTCGTTGGAGCTATTGCCATTCCACATTGTGTCCTTAAGTGCCAGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1960         CGTGGGATCGAAGGGACAGTACCTTATGTCACAACGGATTAC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127809 TG...CAGCGTGGGATCGAAGGGACAGTACCTTATGTCACAACGGATTAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 AATTTTAAACTTCCTGGAGCATCAGAGAAAATTGGAGCAAGAGAACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128542 AATTTTAAACTTCCTGGAGCATCAGAGAAAATTGGAGCAAGAGAACCTGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 GGAGGCACATAAAGAGAAACCATACCGAAGACCTAAGTTCTGTCGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128592 GGAGGCACATAAAGAGAAACCATACCGAAGACCTAAGTTCTGTCGAAAAA

   2200     .
   2102 TGAAG
        |||||
 128642 TGAAG