seq1 = pF1KE5739.tfa, 1827 bp
seq2 = pF1KE5739/gi568815591f_104940953.tfa (gi568815591f:104940953_105191419), 250467 bp

>pF1KE5739 1827
>gi568815591f:104940953_105191419 (Chr7)

1-71  (100001-100071)   100% ->
72-186  (121212-121326)   100% ->
187-416  (122399-122628)   100% ->
417-497  (125775-125855)   100% ->
498-556  (132667-132725)   100% ->
557-729  (133691-133863)   100% ->
730-768  (135091-135129)   100% ->
769-999  (136011-136241)   100% ->
1000-1130  (136351-136481)   100% ->
1131-1248  (137894-138011)   100% ->
1249-1358  (140736-140845)   100% ->
1359-1623  (149057-149321)   100% ->
1624-1827  (150264-150467)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCATAGTGATCCCATTGGGGGTTGATACAGCAGAGACGTCATACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCATAGTGATCCCATTGGGGGTTGATACAGCAGAGACGTCATACTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAAATGGCTGCAGGTTCAGA         ACCAGAATCCGTAGAAGCTA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100051 GGAAATGGCTGCAGGTTCAGAGTA...CAGACCAGAATCCGTAGAAGCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCCTGTGGTAGTTGAGAAATCCAACAGTTATCCCCACCAGTTATATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121232 GCCCTGTGGTAGTTGAGAAATCCAACAGTTATCCCCACCAGTTATATACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCAGCTCACATCATTCACACAGTTACATTGGTTTGCCCTATGCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 121282 AGCAGCTCACATCATTCACACAGTTACATTGGTTTGCCCTATGCGGTA..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    187     GACCATAATTATGGTGCTCGTCCTCCTCCGACACCTCCGGCTTCCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121332 .CAGGACCATAATTATGGTGCTCGTCCTCCTCCGACACCTCCGGCTTCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTCCTCCATCAGTCCTTATTAGCAAAAATGAAGTAGGCATATTTACCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122445 CTCCTCCATCAGTCCTTATTAGCAAAAATGAAGTAGGCATATTTACCACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCTAATTTTGATGAAACTTCCAGTGCTACTACAATCAGCACATCTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122495 CCTAATTTTGATGAAACTTCCAGTGCTACTACAATCAGCACATCTGAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGGAAGTTATGGTACTGATGTAACCAGGTGCATATGTGGTTTTACACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122545 TGGAAGTTATGGTACTGATGTAACCAGGTGCATATGTGGTTTTACACATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGATGGATACATGATCTGTTGTGACAAATGCAG         CGTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 122595 ATGATGGATACATGATCTGTTGTGACAAATGCAGGTA...AAGCGTTTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAACATATTGACTGCATGGGGATTGATAGGCAGCATATTCCTGATACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125782 CAACATATTGACTGCATGGGGATTGATAGGCAGCATATTCCTGATACATA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCTATGTGAACGTTGTCAGCCTAG         GAATTTGGATAAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 125832 TCTATGTGAACGTTGTCAGCCTAGGTA...TAGGAATTTGGATAAAGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGGCAGTGCTACTACAACGCCGGAAAAGGGAAAATATGTCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 132684 GGGCAGTGCTACTACAACGCCGGAAAAGGGAAAATATGTCAGGTA...AA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    557  ATGGTGATACCAGTGCAACTGAGAGTGGTGATGAGGTTCCTGTGGAATT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133690 GATGGTGATACCAGTGCAACTGAGAGTGGTGATGAGGTTCCTGTGGAATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ATATACTGCATTTCAGCATACTCCAACATCAATTACTTTAACTGCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133740 ATATACTGCATTTCAGCATACTCCAACATCAATTACTTTAACTGCTTCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GAGTTTCCAAAGTTAATGATAAAAGAAGGAAAAAAAGCGGGGAGAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133790 GAGTTTCCAAAGTTAATGATAAAAGAAGGAAAAAAAGCGGGGAGAAAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CAACACATTTCAAAATGTAAAAAG         GCATTTCGTGAAGGATC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 133840 CAACACATTTCAAAATGTAAAAAGGTA...TAGGCATTTCGTGAAGGATC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TAGGAAGTCATCAAGAGTTAAG         GGTTCAGCTCCAGAGATTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 135108 TAGGAAGTCATCAAGAGTTAAGGTA...TAGGGTTCAGCTCCAGAGATTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATCCTTCATCTGATGGTTCAAATTTTGGATGGGAGACAAAGATCAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136030 ATCCTTCATCTGATGGTTCAAATTTTGGATGGGAGACAAAGATCAAAGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TGGATGGATCGATATGAAGAAGCAAATAACAACCAGTACAGTGAGGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136080 TGGATGGATCGATATGAAGAAGCAAATAACAACCAGTACAGTGAGGGTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TCAGAGGGAGGCACAAAGAATAGCTCTGAGATTAGGCAATGGAAATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136130 TCAGAGGGAGGCACAAAGAATAGCTCTGAGATTAGGCAATGGAAATGACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AAAAAGAGATGAATAAATCCGATTTGAATACCAACAATTTGCTCTTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136180 AAAAAGAGATGAATAAATCCGATTTGAATACCAACAATTTGCTCTTCAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCTCCTGTAGAG         AGCCATATACAAAAGAATAAGAAAATTCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 136230 CCTCCTGTAGAGGTA...TAGAGCCATATACAAAAGAATAAGAAAATTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TAAATCTGCAAAAGATTTGCCTCCTGATGCACTTATCATTGAATACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136380 TAAATCTGCAAAAGATTTGCCTCCTGATGCACTTATCATTGAATACAGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GGAAGTTTATGCTGAGAGAACAGTTTGAAGCAAATGGGTATTTCTTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136430 GGAAGTTTATGCTGAGAGAACAGTTTGAAGCAAATGGGTATTTCTTTAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AG         ACCATACCCTTTTGTGTTATTCTACTCTAAATTTCATGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136480 AGGTA...TAGACCATACCCTTTTGTGTTATTCTACTCTAAATTTCATGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GCTAGAAATGTGTGTTGATGCAAGGACTTTTGGGAATGAGGCTCGATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137933 GCTAGAAATGTGTGTTGATGCAAGGACTTTTGGGAATGAGGCTCGATTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TCAGGCGGTCTTGTACACCCAATGCAGAG         GTGAGGCATGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 137983 TCAGGCGGTCTTGTACACCCAATGCAGAGGTA...TAGGTGAGGCATGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ATTCAAGATGGAACCATACATCTTTATATTTATTCTATACACAGTATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140748 ATTCAAGATGGAACCATACATCTTTATATTTATTCTATACACAGTATTCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 AAAGGGAACTGAAATTACTATTGCCTTTGATTTTGACTATGGAAATTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 140798 AAAGGGAACTGAAATTACTATTGCCTTTGATTTTGACTATGGAAATTGGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1359        TAAGTACAAGGTGGACTGTGCATGCCTCAAAGAAAACCCAGAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140848 G...CAGTAAGTACAAGGTGGACTGTGCATGCCTCAAAGAAAACCCAGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TGCCCTGTTCTAAAACGTAGTTCTGAATCCATGGAAAATATCAATAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149100 TGCCCTGTTCTAAAACGTAGTTCTGAATCCATGGAAAATATCAATAGTGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TTATGAGACCAGACGGAAAAAAGGAAAAAAAGACAAAGATATTTCAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149150 TTATGAGACCAGACGGAAAAAAGGAAAAAAAGACAAAGATATTTCAAAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 AAAAAGATACACAAAATCAGAATATTACTTTGGATTGTGAAGGAACGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149200 AAAAAGATACACAAAATCAGAATATTACTTTGGATTGTGAAGGAACGACC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AACAAAATGAAGAGCCCAGAAACTAAACAAAGAAAGCTTTCTCCACTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149250 AACAAAATGAAGAGCCCAGAAACTAAACAAAGAAAGCTTTCTCCACTGAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 ACTATCAGTATCAAATAATCAG         GAACCAGATTTTATTGATG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 149300 ACTATCAGTATCAAATAATCAGGTA...CAGGAACCAGATTTTATTGATG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 ATATAGAAGAAAAAACTCCTATTAGTAATGAAGTAGAAATGGAATCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150283 ATATAGAAGAAAAAACTCCTATTAGTAATGAAGTAGAAATGGAATCAGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GAGCAGATTGCAGAAAGGAAAAGGAAGATGGTAAGTTGGGAAGCCAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150333 GAGCAGATTGCAGAAAGGAAAAGGAAGATGGTAAGTTGGGAAGCCAGTAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 TTTGGGCTTAGTGACAGCTGCTCTGCATATGGTAATTGTTGCTGCCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150383 TTTGGGCTTAGTGACAGCTGCTCTGCATATGGTAATTGTTGCTGCCTTTA

   1900     .    :    .    :    .    :    .
   1793 CATGGGCTTTTACATTATTCTTTGAAGTTAGCGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150433 CATGGGCTTTTACATTATTCTTTGAAGTTAGCGAA