seq1 = pF1KE5734.tfa, 1980 bp
seq2 = pF1KE5734/gi568815590r_17199865.tfa (gi568815590r:17199865_17473242), 273378 bp

>pF1KE5734 1980
>gi568815590r:17199865_17473242 (Chr8)

(complement)

1-24  (59951-59974)   95% ->
25-147  (100003-100125)   99% ->
148-310  (102044-102206)   100% ->
311-468  (111969-112126)   99% ->
469-597  (124162-124290)   100% ->
598-732  (131746-131880)   100% ->
733-865  (141961-142093)   100% ->
866-975  (159842-159951)   100% ->
976-1101  (161607-161732)   100% ->
1102-1151  (163917-163966)   100% ->
1152-1352  (167286-167486)   100% ->
1353-1493  (168724-168864)   100% ->
1494-1620  (170963-171089)   100% ->
1621-1980  (173019-173378)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCACATCCGCACGCCCAAG         GTTGAAAATGTCCGCTT
        |||||||||||||| |||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
  59951 ATGGAGCACATCCGTACGCCCAAGGTT...TAGGTTGAAAATGTCCGCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGTAGATCGAGTGTCTCCTAAAAAAGCAGCTCTAGGTACTTTGTATTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100020 GGTAGATCGAGTGTCTCCTAAAAAAGCAGCTCTAGGTACTTTGTATTTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGGCTACCCATGTCATATTCGTGGAAAATTCACCTGACGCAAGAAAAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 100070 CGGCTACCCATGTCATATTCGTGGAAAATTCACCTGACCCAAGAAAAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACATGG         ATTCTTCACAGTCAGATTTCCACCATTGAGAAACA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100120 ACATGGGTA...TAGATTCTTCACAGTCAGATTTCCACCATTGAGAAACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGCAACAACCGCTACCGGATGCCCTCTGCTGATTCGCTGCAAGAACTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102079 GGCAACAACCGCTACCGGATGCCCTCTGCTGATTCGCTGCAAGAACTTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGATAATACAGCTCATCATACCTCAGGAAAGAGATTGCCACGACGTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102129 AGATAATACAGCTCATCATACCTCAGGAAAGAGATTGCCACGACGTGTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCTCCCTGATACGCCTTGCAAGGCCAG         TGAAATATGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 102179 ATCTCCCTGATACGCCTTGCAAGGCCAGGTA...CAGTGAAATATGAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTTATACTGCTTTTCATTCAACCCCATGCTGGATAAAGAAGAAAGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111982 GTTATACTGCTTTTCATTCAACCCCATGCTGGATAAAGAAGAAAGAGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGGCTGGGTGCTGATCGATCTTAGTGAAGAATACACGCGGATGGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112032 AAGGCTGGGTGCTGATCGATCTTAGTGAAGAATACACGCGGATGGGCCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCTAATCATTACTGGCAGCTCAGCGATGTGAATAGAGACTATAGA     
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||>>>..
 112082 CCTAATCATTACTGGCAGCTCAGCGATGTGAATAGAGACTACAGAGTG..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    469     GTCTGTGACTCTTATCCTACTGAACTGTACGTTCCCAAATCGGCCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112132 .CAGGTCTGTGACTCTTATCCTACTGAACTGTACGTTCCCAAATCGGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CGGCACACATCATAGTGGGGAGTTCCAAATTCCGGAGTAGACGGCGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124208 CGGCACACATCATAGTGGGGAGTTCCAAATTCCGGAGTAGACGGCGATTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCTGTCCTTTCTTACTATTATAAAGATAACCAC         GCCTCCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 124258 CCTGTCCTTTCTTACTATTATAAAGATAACCACGTA...TAGGCCTCCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTGCCGGAGCAGCCAGCCCCTGTCCGGCTTCAGTGCCCGGTGCCTAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131754 CTGCCGGAGCAGCCAGCCCCTGTCCGGCTTCAGTGCCCGGTGCCTAGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACGAGCAGATGCTCCAGGCCATTAGGAAAGCCAATCCAGGAAGTGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131804 ACGAGCAGATGCTCCAGGCCATTAGGAAAGCCAATCCAGGAAGTGACTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTTTATGTCGTTGACACCCGGCCTAAA         CTTAATGCAATGGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 131854 GTTTATGTCGTTGACACCCGGCCTAAAGTA...CAGCTTAATGCAATGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AAATCGTGCTGCAGGGAAAGGCTATGAGAATGAAGACAATTATTCCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141975 AAATCGTGCTGCAGGGAAAGGCTATGAGAATGAAGACAATTATTCCAATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCAAGTTTCAGTTTATCGGGATAGAGAACATCCATGTCATGAGGAACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142025 TCAAGTTTCAGTTTATCGGGATAGAGAACATCCATGTCATGAGGAACAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTGCAGAAAATGCTGGAAG         TGTGTGAACTTAAATCTCCCTC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 142075 CTGCAGAAAATGCTGGAAGGTA...CAGTGTGTGAACTTAAATCTCCCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CATGAGTGATTTCCTGTGGGGTCTGGAGAACTCTGGCTGGTTAAGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159864 CATGAGTGATTTCCTGTGGGGTCTGGAGAACTCTGGCTGGTTAAGGCACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTAAAGCCATAATGGATGCAGGAATCTTCATTGCAAAG         GCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 159914 TTAAAGCCATAATGGATGCAGGAATCTTCATTGCAAAGGTA...TAGGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GTGTCAGAGGAAGGGGCAAGTGTGCTTGTTCACTGTTCTGATGGCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161610 GTGTCAGAGGAAGGGGCAAGTGTGCTTGTTCACTGTTCTGATGGCTGGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CAGGACCGCTCAGGTGTGCTCGGTGGCAAGCCTGCTGCTGGACCCTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161660 CAGGACCGCTCAGGTGTGCTCGGTGGCAAGCCTGCTGCTGGACCCTCACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ACCGGACTCTGAAGGGCTTCATG         GTATTAATTGAAAAGGAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 161710 ACCGGACTCTGAAGGGCTTCATGGTG...TAGGTATTAATTGAAAAGGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TGGATTTCCTTTGGTCATAAGTTTAATCACCG         ATATGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 163935 TGGATTTCCTTTGGTCATAAGTTTAATCACCGGTA...TAGATATGGCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TCTAGATGGTGACCCAAAAGAAATCTCTCCAGTTATTGACCAGTTCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167295 TCTAGATGGTGACCCAAAAGAAATCTCTCCAGTTATTGACCAGTTCATTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AGTGTGTTTGGCAGTTAATGGAACAATTTCCCTGTGCCTTTGAGTTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167345 AGTGTGTTTGGCAGTTAATGGAACAATTTCCCTGTGCCTTTGAGTTCAAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GAGAGGTTTTTGATTCACATTCAACATCACATTTATTCCTGCCAGTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167395 GAGAGGTTTTTGATTCACATTCAACATCACATTTATTCCTGCCAGTTTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 AAACTTCCTATGTAACAGCCAAAAGGAGAGACGAGAACTCAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 167445 AAACTTCCTATGTAACAGCCAAAAGGAGAGACGAGAACTCAAGTA...CA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1353  GATTCAAGAAAGAACATACTCATTATGGGCTCACCTGTGGAAGAATCGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168723 GGATTCAAGAAAGAACATACTCATTATGGGCTCACCTGTGGAAGAATCGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GCCGACTACCTGAATCCTCTGTTTAGAGCTGATCACAGCCAGACTCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168773 GCCGACTACCTGAATCCTCTGTTTAGAGCTGATCACAGCCAGACTCAGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 AACCCTTCATCTCCCTACAACACCATGTAACTTCATGTACAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 168823 AACCCTTCATCTCCCTACAACACCATGTAACTTCATGTACAAGTA...CA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1494  GTTTTGGAGTGGAATGTATAACCGCTTTGAAAAGGGGATGCAGCCCCGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170962 GGTTTTGGAGTGGAATGTATAACCGCTTTGAAAAGGGGATGCAGCCCCGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CAGTCAGTTACAGATTACCTAATGGCAGTGAAGGAAGAAACTCAGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171012 CAGTCAGTTACAGATTACCTAATGGCAGTGAAGGAAGAAACTCAGCAGCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 AGAGGAAGAACTAGAGGCCCTGGAAGAA         AGGCTGGAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 171062 AGAGGAAGAACTAGAGGCCCTGGAAGAAGTA...TAGAGGCTGGAAAAAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TTCAAAAGGTCCAGTTAAATTGCACTAAGGTGAAGAGTAAGCAAAGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173032 TTCAAAAGGTCCAGTTAAATTGCACTAAGGTGAAGAGTAAGCAAAGTGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 CCCAGCAAGCACTCAGGGTTTTCTACCTCAGACAACAGCATAGCCAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173082 CCCAGCAAGCACTCAGGGTTTTCTACCTCAGACAACAGCATAGCCAACAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 TCCCCAGGATTACAGTGGGAATATGAAATCATTTCCATCCCGGAGCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173132 TCCCCAGGATTACAGTGGGAATATGAAATCATTTCCATCCCGGAGCCCTT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 CACAAGGCGATGAAGATTCTGCTCTGATTCTAACCCAAGACAATCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173182 CACAAGGCGATGAAGATTCTGCTCTGATTCTAACCCAAGACAATCTGAAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 AGTTCAGATCCAGATCTGTCAGCCAACAGTGACCAAGAGTCCGGGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173232 AGTTCAGATCCAGATCTGTCAGCCAACAGTGACCAAGAGTCCGGGGTGGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 GGATTTGAGCTGTCGGTCTCCAAGTGGTGGTGAGCATGCACCGAGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173282 GGATTTGAGCTGTCGGTCTCCAAGTGGTGGTGAGCATGCACCGAGTGAAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1934 ATAGTGGCAAGGACCGGGATTCTGATGAAGCCGTGTTTCTCACTGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173332 ATAGTGGCAAGGACCGGGATTCTGATGAAGCCGTGTTTCTCACTGCC