seq1 = pF1KE5732.tfa, 1908 bp
seq2 = pF1KE5732/gi568815593f_150094726.tfa (gi568815593f:150094726_150309612), 214887 bp

>pF1KE5732 1908
>gi568815593f:150094726_150309612 (Chr5)

1-33  (95603-95635)   100% ->
34-217  (100003-100186)   100% ->
218-349  (101991-102122)   100% ->
350-584  (102317-102551)   100% ->
585-723  (104503-104641)   100% ->
724-858  (106364-106498)   100% ->
859-962  (107622-107725)   100% ->
963-1087  (107854-107978)   100% ->
1088-1200  (108942-109054)   99% ->
1201-1332  (109182-109313)   100% ->
1333-1432  (109807-109906)   100% ->
1433-1533  (110102-110202)   100% ->
1534-1701  (110731-110898)   99% ->
1702-1908  (114681-114887)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGAAGCTCCAGGGAGCTCACCTCCGCAAG         CCTGTCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  95603 ATGAAGAAGCTCCAGGGAGCTCACCTCCGCAAGGTA...CAGCCTGTCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCCAGACCTGCTGATGACCCCCAGTGACCAGGGCGATGTCGACCTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100011 CCCAGACCTGCTGATGACCCCCAGTGACCAGGGCGATGTCGACCTGGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGACTTTGCTGCACACCGGGGGAACTGGACAGGCAAGCTGGACTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100061 TGGACTTTGCTGCACACCGGGGGAACTGGACAGGCAAGCTGGACTTCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGTCCTGCATTGGCTACTGTGTAGGCCTGGGGAATGTCTGGCGCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100111 CTGTCCTGCATTGGCTACTGTGTAGGCCTGGGGAATGTCTGGCGCTTCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTATCGAGCGTACACCAATGGAGGAG         GCGCCTTCCTCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100161 CTATCGAGCGTACACCAATGGAGGAGGTA...CAGGCGCCTTCCTCGTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCTACTTCCTCATGCTGGCCATCTGTGGCATCCCCCTCTTCTTCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102006 CCTACTTCCTCATGCTGGCCATCTGTGGCATCCCCCTCTTCTTCCTGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTCTCCCTGGGCCAGTTCTCCAGCCTAGGGCCCCTGGCTGTCTGGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102056 CTCTCCCTGGGCCAGTTCTCCAGCCTAGGGCCCCTGGCTGTCTGGAAAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAGCCCTCTCTTCAAAG         GCGCCGGCGCAGCCATGCTGCTCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 102106 CAGCCCTCTCTTCAAAGGTG...CAGGCGCCGGCGCAGCCATGCTGCTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCGTGGGCTTGGTGGCCATCTACTACAACATGATCATCGCCTACGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102341 TCGTGGGCTTGGTGGCCATCTACTACAACATGATCATCGCCTACGTGCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTCTACCTCTTCGCCTCCCTCACCAGCGACCTACCCTGGGAGCACTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102391 TTCTACCTCTTCGCCTCCCTCACCAGCGACCTACCCTGGGAGCACTGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAACTGGTGGAACACAGAACTCTGCCTGGAGCACAGAGTCTCCAAGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102441 CAACTGGTGGAACACAGAACTCTGCCTGGAGCACAGAGTCTCCAAGGACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCAACGGGGCCCTGCCCCTCAACCTCACCTGCACCGTCAGCCCCAGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102491 GCAACGGGGCCCTGCCCCTCAACCTCACCTGCACCGTCAGCCCCAGCGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAGTACTGGAG         CCGCTACGTCCTCCACATCCAAGGCAGCCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102541 GAGTACTGGAGGTC...CAGCCGCTACGTCCTCCACATCCAAGGCAGCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGGCATCGGCAGCCCTGGGGAGATCCGCTGGAACCTCTGCCTCTGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104533 GGGCATCGGCAGCCCTGGGGAGATCCGCTGGAACCTCTGCCTCTGCCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGCTGGCCTGGGTCATCGTGTTCCTCTGTATCCTCAAGGGTGTGAAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104583 TGCTGGCCTGGGTCATCGTGTTCCTCTGTATCCTCAAGGGTGTGAAGTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TCGGGCAAG         GTGGTGTATTTCACGGCCACGTTCCCCTACCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 104633 TCGGGCAAGGTG...CAGGTGGTGTATTTCACGGCCACGTTCCCCTACCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CATCCTGCTCATGCTGCTGGTCCGCGGAGTCACCCTCCCAGGGGCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106396 CATCCTGCTCATGCTGCTGGTCCGCGGAGTCACCCTCCCAGGGGCCTGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGGGCATCCAGTTCTATCTCACCCCCCAGTTCCACCACTTGTTGTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106446 AGGGCATCCAGTTCTATCTCACCCCCCAGTTCCACCACTTGTTGTCTTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AAG         GTGTGGATTGAAGCTGCTCTTCAGATCTTCTATTCCCT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106496 AAGGTG...CAGGTGTGGATTGAAGCTGCTCTTCAGATCTTCTATTCCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGGTGTGGGCTTCGGGGGGCTCCTCACCTTTGCCTCCTACAACACGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107660 GGGTGTGGGCTTCGGGGGGCTCCTCACCTTTGCCTCCTACAACACGTTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACCAGAACATCTATAG         AGACACTTTCATCGTCACTCTGGGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 107710 ACCAGAACATCTATAGGTC...TAGAGACACTTTCATCGTCACTCTGGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AACGCCATCACCAGCATCCTGGCTGGCTTTGCCATCTTCTCCGTGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107879 AACGCCATCACCAGCATCCTGGCTGGCTTTGCCATCTTCTCCGTGCTGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CTACATGTCTCAGGAGCTGGGCGTGCCTGTGGACCAAGTAGCCAAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107929 CTACATGTCTCAGGAGCTGGGCGTGCCTGTGGACCAAGTAGCCAAAGCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088          GCCCTGGCCTGGCCTTTGTCGTCTACCCACAGGCCATGACC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107979 GTG...CAGGCCCTGGCCTGGCCTTTGTCGTCTACCCACAGGCCATGACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ATGCTGCCTCTGTCACCCTTCTGGTCCTTTCTCTTCTTCTTCATGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108983 ATGCTGCCTCTGTCACCCTTCTGGTCCTTTCTCTTCTTCTTCATGCTTCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GACTCTCGGCCTAGACAGCCAG         TTTGCTTTTCTGGAGACCA
        ||||||||||||||| ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 109033 GACTCTCGGCCTAGATAGCCAGGTG...CAGTTTGCTTTTCTGGAGACCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TTGTGACAGCTGTGACAGATGAGTTCCCATACTACCTGCGGCCCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109201 TTGTGACAGCTGTGACAGATGAGTTCCCATACTACCTGCGGCCCAAGAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GCGGTGTTCTCAGGGCTCATCTGCGTGGCCATGTACCTGATGGGGCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109251 GCGGTGTTCTCAGGGCTCATCTGCGTGGCCATGTACCTGATGGGGCTGAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CCTCACCACTGAT         GGGGGCATGTACTGGCTGGTCCTTCTGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 109301 CCTCACCACTGATGTG...TAGGGGGGCATGTACTGGCTGGTCCTTCTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ATGACTACAGCGCCAGCTTCGGGCTGATGGTGGTGGTTATCACCACGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109835 ATGACTACAGCGCCAGCTTCGGGCTGATGGTGGTGGTTATCACCACGTGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CTTGCCGTGACACGGGTGTATG         GCATTCAGAGGTTCTGCCG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 109885 CTTGCCGTGACACGGGTGTATGGTG...CAGGCATTCAGAGGTTCTGCCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 AGACATCCACATGATGCTGGGCTTCAAGCCGGGCCTCTACTTCAGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110121 AGACATCCACATGATGCTGGGCTTCAAGCCGGGCCTCTACTTCAGGGCCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GCTGGCTGTTCCTGTCCCCAGCCACGCTCTTG         GCCCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||| ||
 110171 GCTGGCTGTTCCTGTCCCCAGCCACGCTCTTGGTA...CAGGCCCTCATG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GTGTATAGCATCGTCAAGTACCAGCCCTCGGAGTATGGCAGTTACCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110740 GTGTATAGCATCGTCAAGTACCAGCCCTCGGAGTATGGCAGTTACCGCTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CCCGCCCTGGGCTGAGCTGCTGGGCATCCTGATGGGCCTGCTGTCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110790 CCCGCCCTGGGCTGAGCTGCTGGGCATCCTGATGGGCCTGCTGTCCTGCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 TCATGATCCCAGCTGGCATGCTGGTGGCTGTGCTTCGAGAAGAGGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110840 TCATGATCCCAGCTGGCATGCTGGTGGCTGTGCTTCGAGAAGAGGGCTCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CTCTGGGAG         CGGCTCCAACAGGCCAGCCGGCCGGCCATGGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 110890 CTCTGGGAGGTG...CAGCGGCTCCAACAGGCCAGCCGGCCGGCCATGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 CTGGGGACCATCACTGGAGGAGAACCGGACGGGCATGTATGTGGCCACGC
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114713 CTGGGGACCATCGCTGGAGGAGAACCGGACGGGCATGTATGTGGCCACGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 TGGCTGGGAGCCAGTCACCAAAGCCACTGATGGTGCACATGCGCAAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114763 TGGCTGGGAGCCAGTCACCAAAGCCACTGATGGTGCACATGCGCAAGTAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 GGGGGCATCACCAGCTTCGAGAACACGGCCATCGAGGTGGACCGTGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114813 GGGGGCATCACCAGCTTCGAGAACACGGCCATCGAGGTGGACCGTGAGAT

   2000     .    :    .    :    .
   1884 TGCAGAGGAGGAGGAGTCGATGATG
        |||||||||||||||||||||||||
 114863 TGCAGAGGAGGAGGAGTCGATGATG