seq1 = pF1KE5731.tfa, 1779 bp
seq2 = pF1KE5731/gi568815594r_40325907.tfa (gi568815594r:40325907_40538893), 212987 bp

>pF1KE5731 1779
>gi568815594r:40325907_40538893 (Chr4)

(complement)

1-1123  (100001-101123)   99% ->
1124-1330  (102247-102453)   99% ->
1331-1542  (106032-106243)   100% ->
1543-1779  (112751-112987)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCGCAGAGGATTCCACCGCAGCCATGAGCAGTGACTCGGCCGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCGCAGAGGATTCCACCGCAGCCATGAGCAGTGACTCGGCCGCCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCCTCGGCCAAGGTGCCCGAGGGCGTGGCGGGCGCGCCCAACGAGGCAG
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTCCTCCGCCAAGGTGCCCGAGGGCGTGGCGGGCGCGCCCAACGAGGCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CACTGCTGGCGCTGATGGAGCGCACGGGCTACAGCATGGTGCAAGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CACTGCTGGCGCTGATGGAGCGCACGGGCTACAGCATGGTGCAAGAGAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGCAGCGCAAGTACGGCGGCCCACCGCCCGGCTGGGAGGGCCCGCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGCAGCGCAAGTACGGCGGCCCACCGCCCGGCTGGGAGGGCCCGCACCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCAGCGTGGCTGCGAGGTCTTCGTGGGCAAGATCCCGCGCGACGTGTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCAGCGTGGCTGCGAGGTCTTCGTGGGCAAGATCCCGCGCGACGTGTACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGACGAGCTGGTGCCCGTGTTCGAGGCCGTGGGCCGCATCTACGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGGACGAGCTGGTGCCCGTGTTCGAGGCCGTGGGCCGCATCTACGAGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGCCTCATGATGGACTTTGACGGCAAGAACCGCGGCTACGCCTTCGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CGCCTCATGATGGACTTTGACGGCAAGAACCGCGGCTACGCCTTCGTCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GTACTGCCACAAGCACGAGGCCAAGCGCGCAGTGCGTGAGCTCAACAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GTACTGCCACAAGCACGAGGCCAAGCGCGCAGTGCGTGAGCTCAACAACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACGAGATCCGCCCGGGCCGCCTGCTCGGCGTGTGCTGCAGCGTGGACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACGAGATCCGCCCGGGCCGCCTGCTCGGCGTGTGCTGCAGCGTGGACAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TGCCGCCTCTTCATCGGCGGGATCCCCAAGATGAAGAAGCGCGAGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TGCCGCCTCTTCATCGGCGGGATCCCCAAGATGAAGAAGCGCGAGGAAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCTGGAGGAGATTGCCAAGGTCACCGAGGGCGTGCTGGACGTGATCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCTGGAGGAGATTGCCAAGGTCACCGAGGGCGTGCTGGACGTGATCGTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACGCCAGCGCGGCCGACAAGATGAAGAACCGCGGCTTCGCCTTCGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACGCCAGCGCGGCCGACAAGATGAAGAACCGCGGCTTCGCCTTCGTGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TACGAGAGCCACCGCGCGGCTGCCATGGCTCGCCGCAAGCTCATGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TACGAGAGCCACCGCGCGGCTGCCATGGCTCGCCGCAAGCTCATGCCTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCGCATCCAGCTGTGGGGCCACCAGATCGCCGTGGACTGGGCCGAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCGCATCCAGCTGTGGGGCCACCAGATCGCCGTGGACTGGGCCGAACCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGATCGACGTGGACGAGGACGTGATGGAGACCGTGAAGATCCTCTACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGATCGACGTGGACGAGGACGTGATGGAGACCGTGAAGATCCTCTACGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CGCAACCTCATGATCGAGACCACCGAGGACACCATCAAGAAGAGCTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CGCAACCTCATGATCGAGACCACCGAGGACACCATCAAGAAGAGCTTCGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCAGTTCAACCCCGGCTGCGTGGAGCGCGTCAAGAAGATCCGCGACTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCAGTTCAACCCCGGCTGCGTGGAGCGCGTCAAGAAGATCCGCGACTACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CCTTCGTGCACTTCACCAGCCGCGAGGATGCCGTGCATGCCATGAACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CCTTCGTGCACTTCACCAGCCGCGAGGATGCCGTGCATGCCATGAACAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTCAACGGCACTGAGCTGGAGGGCTCGTGCCTGGAGGTCACGCTGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTCAACGGCACTGAGCTGGAGGGCTCGTGCCTGGAGGTCACGCTGGCCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GCCCGTGGACAAGGAGCAGTACTCGCGCTACCAGAAGGCAGCCAGGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GCCCGTGGACAAGGAGCAGTACTCGCGCTACCAGAAGGCAGCCAGGGGCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GCGGCGCGGCTGAGGCAGCGCAGCAGCCCAGCTACGTGTACTCCTGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GCGGCGCGGCTGAGGCAGCGCAGCAGCCCAGCTACGTGTACTCCTGCGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CCCTACACACTGGCCTACTACGGCTACCCCTACAACGCGCTCATTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CCCTACACACTGGCCTACTACGGCTACCCCTACAACGCGCTCATTGGGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CAACAGGGACTACTTTGTGAAAG         CAGGCAGCATAAGAGGCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101101 CAACAGGGACTACTTTGTGAAAGGTT...AAGCAGGCAGCATAAGAGGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 GAGGGCGAGGTGCAGCTGGCAACAGAGCCCCAGGGCCTAGGGGTTCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102265 GAGGGCGAGGTGCAGCTGGCAACAGAGCCCCAGGGCCTAGGGGTTCCTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 CTCGGGGGATATTCTGCTGGCCGTGGTATATATAGCCGATATCATGAAGG
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 102315 CTCGGGGGATATTCTGCTGGTCGTGGTATATATAGCCGATATCATGAAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 GAAAGGAAAGCAGCAAGAAAAAGGATATGAACTGGTGCCGAATTTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102365 GAAAGGAAAGCAGCAAGAAAAAGGATATGAACTGGTGCCGAATTTGGAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 TCCCTACCGTCAACCCAGTTGCCATTAAACCTGGTACAG         TA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 102415 TCCCTACCGTCAACCCAGTTGCCATTAAACCTGGTACAGGTC...CAGTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 GCCATCCCTGCCATTGGGGCTCAGTATTCCATGTTTCCAGCAGCTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106034 GCCATCCCTGCCATTGGGGCTCAGTATTCCATGTTTCCAGCAGCTCCAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 CCCTAAAATGATTGAAGATGGCAAAATCCACACAGTGGAGCACATGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106084 CCCTAAAATGATTGAAGATGGCAAAATCCACACAGTGGAGCACATGATCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 GCCCCATTGCTGTGCAGCCAGACCCAGCCAGTGCTGCTGCCGCCGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106134 GCCCCATTGCTGTGCAGCCAGACCCAGCCAGTGCTGCTGCCGCCGCAGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 GCGGCCGCAGCCGCCGCAGCCGCTGTCATTCCCACTGTGTCGACGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106184 GCGGCCGCAGCCGCCGCAGCCGCTGTCATTCCCACTGTGTCGACGCCACC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 ACCTTTCCAG         GGCCGCCCAATAACTCCAGTATACACGGTGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 106234 ACCTTTCCAGGTA...CAGGGCCGCCCAATAACTCCAGTATACACGGTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 CTCCAAACGTTCAGAGAATTCCTACTGCCGGGATCTACGGGGCCAGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112782 CTCCAAACGTTCAGAGAATTCCTACTGCCGGGATCTACGGGGCCAGTTAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 GTGCCATTTGCTGCTCCAGCTACAGCCACGATCGCCACACTACAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112832 GTGCCATTTGCTGCTCCAGCTACAGCCACGATCGCCACACTACAGAAGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 CGCGGCAGCCGCGGCCGCCGTGTATGGAGGATACGCAGGCTACATACCTC
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 112882 CGCGGCAGCCGCGGCCGCCATGTATGGAGGATACGCAGGCTACATACCTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 AGGCCTTCCCTGCTGCTGCCATTCAGGTCCCCATCCCCGACGTCTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112932 AGGCCTTCCCTGCTGCTGCCATTCAGGTCCCCATCCCCGACGTCTACCAG

   1800     .
   1774 ACATAC
        ||||||
 112982 ACATAC