seq1 = pF1KE5730.tfa, 1890 bp
seq2 = pF1KE5730/gi568815588f_49519725.tfa (gi568815588f:49519725_49765043), 245319 bp

>pF1KE5730 1890
>gi568815588f:49519725_49765043 (Chr10)

1-33  (96846-96878)   100% ->
34-225  (100001-100192)   100% ->
226-344  (100771-100889)   100% ->
345-398  (102373-102426)   100% ->
399-579  (105749-105929)   100% ->
580-757  (107884-108061)   100% ->
758-927  (126781-126950)   100% ->
928-1028  (128783-128883)   99% ->
1029-1157  (129784-129912)   100% ->
1158-1280  (132160-132282)   100% ->
1281-1422  (135371-135512)   99% ->
1423-1485  (135662-135724)   100% ->
1486-1623  (142921-143058)   100% ->
1624-1890  (145053-145319)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCAAAAACTCCCAGCAGTGAGGAGTCT         GGGCTGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  96846 ATGGCAGCAAAAACTCCCAGCAGTGAGGAGTCTGTG...CAGGGGCTGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CAAACTGCCCGTGCCCCCGCTGCAGCAGACCCTGGCCACGTACCTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100009 CAAACTGCCCGTGCCCCCGCTGCAGCAGACCCTGGCCACGTACCTGCAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCATGCGACACTTGGTGTCTGAGGAGCAGTTCAGGAAGAGCCAGGCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100059 GCATGCGACACTTGGTGTCTGAGGAGCAGTTCAGGAAGAGCCAGGCCATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGCAGCAGTTTGGGGCCCCTGGTGGCCTCGGCGAGACCCTGCAGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100109 GTGCAGCAGTTTGGGGCCCCTGGTGGCCTCGGCGAGACCCTGCAGCAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACTCCTGGAGCGGCAGGAGAAGACAGCCAACTGG         GTGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100159 ACTCCTGGAGCGGCAGGAGAAGACAGCCAACTGGGTA...CAGGTGTCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGTACTGGCTGAATGACATGTATCTCAACAACCGCCTGGCCCTGCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100778 AGTACTGGCTGAATGACATGTATCTCAACAACCGCCTGGCCCTGCCTGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AACTCCAGCCCTGCCGTGATCTTTGCTCGGCAGCACTTCCCTGGCACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100828 AACTCCAGCCCTGCCGTGATCTTTGCTCGGCAGCACTTCCCTGGCACCGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGACCAGCTGAG         GTTTGCAGCCAGCCTCATCTCTGGTGTAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100878 TGACCAGCTGAGGTG...CAGGTTTGCAGCCAGCCTCATCTCTGGTGTAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCAGCTACAAGGCCCTGCTGGACAG         CCACTCCATTCCCACT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 102402 TCAGCTACAAGGCCCTGCTGGACAGGTA...CAGCCACTCCATTCCCACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GACTGTGCCAAAGGCCAGCTGTCAGGGCAGCCCCTTTGCATGAAGCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105765 GACTGTGCCAAAGGCCAGCTGTCAGGGCAGCCCCTTTGCATGAAGCAATA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTATGGGCTCTTCTCCTCCTACCGGCTCCCCGGCCATACCCAGGACACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105815 CTATGGGCTCTTCTCCTCCTACCGGCTCCCCGGCCATACCCAGGACACGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGGTGGCTCAGAACAGCAGCATCATGCCGGAGCCTGAGCACGTCATCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105865 TGGTGGCTCAGAACAGCAGCATCATGCCGGAGCCTGAGCACGTCATCGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCCTGCTGCAATCAG         TTCTTTGTCTTGGATGTTGTCATTAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 105915 GCCTGCTGCAATCAGGTA...CAGTTCTTTGTCTTGGATGTTGTCATTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TTTCCGCCGTCTCAGTGAGGGGGATCTGTTCACTCAGTTGAGAAAGATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107910 TTTCCGCCGTCTCAGTGAGGGGGATCTGTTCACTCAGTTGAGAAAGATAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCAAAATGGCTTCCAACGAGGACGAGCGTTTGCCTCCAATTGGCCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107960 TCAAAATGGCTTCCAACGAGGACGAGCGTTTGCCTCCAATTGGCCTGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACGTCTGACGGGAGGAGCGAGTGGGCCGAGGCCAGGACGGTCCTCGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108010 ACGTCTGACGGGAGGAGCGAGTGGGCCGAGGCCAGGACGGTCCTCGTGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AG         ACTCCACCAACCGGGACTCGCTGGACATGATTGAGCGCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108060 AGGTC...CAGACTCCACCAACCGGGACTCGCTGGACATGATTGAGCGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GCATCTGCCTTGTATGCCTGGACGCGCCAGGAGGCGTGGAGCTCAGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126820 GCATCTGCCTTGTATGCCTGGACGCGCCAGGAGGCGTGGAGCTCAGCGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ACCCACAGGGCACTCCAGCTCCTTCACGGCGGAGGCTACAGCAAGAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126870 ACCCACAGGGCACTCCAGCTCCTTCACGGCGGAGGCTACAGCAAGAACGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGCCAATCGCTGGTACGACAAGTCCCTGCAG         TTTGTGGTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 126920 GGCCAATCGCTGGTACGACAAGTCCCTGCAGGTA...CAGTTTGTGGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GCCGAGACGGCACCTGCGGTGTGGTGTGCGAACACTCCCCATTCGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128793 GCCGAGACGGCACCTGCGGTGTGGTGTGCGAACACTCCCCATTCGATGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATCGTCCTGGTGCAGTGCACTGAGCATCTGCTCAAGCACAT         
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |>>>...>>>
 128843 ATCGTCCTGGTGCAGTGCACTGAGCATCTGCTCAAGCACGTGTG...CAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GACGCAGAGCAGCAGGAAGCTGATCCGAGCAGACTCCGTCAGCGAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129784 GACGCAGAGCAGCAGGAAGCTGATCCGAGCAGACTCCGTCAGCGAGCTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CCGCCCCCCGGAGGCTGCGGTGGAAATGCTCCCCGGAAATTCAAGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129834 CCGCCCCCCGGAGGCTGCGGTGGAAATGCTCCCCGGAAATTCAAGGCCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TTAGCCTCCTCGGCAGAAAAACTTCAACG         AATAGTAAAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 129884 TTAGCCTCCTCGGCAGAAAAACTTCAACGGTA...CAGAATAGTAAAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CCTTGACTTCATTGTCTATAAGTTTGACAACTATGGGAAAACATTCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132172 CCTTGACTTCATTGTCTATAAGTTTGACAACTATGGGAAAACATTCATTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGAAGCAGAAATGCAGCCCTGATGCCTTCATCCAGGTGGCCCTCCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132222 AGAAGCAGAAATGCAGCCCTGATGCCTTCATCCAGGTGGCCCTCCAGCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GCCTTCTACAG         GCTCCACCGAAGACTGGTGCCCACCTACGA
        |||||||||||>>>...>>>|||||| |||||||||||||||||||||||
 132272 GCCTTCTACAGGTG...CAGGCTCCATCGAAGACTGGTGCCCACCTACGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GAGCGCGTCCATCCGCCGATTCCAGGAGGGACGCGTGGACAACATCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135401 GAGCGCGTCCATCCGCCGATTCCAGGAGGGACGCGTGGACAACATCAGAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CGGCCACTCCAGAGGCACTGGCTTTTGTGAGAGCCGTGACTGACCACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135451 CGGCCACTCCAGAGGCACTGGCTTTTGTGAGAGCCGTGACTGACCACAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GCTGCTGTGCCA         GCTTCTGAGAAGCTTCTGCTCCTGAAGGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 135501 GCTGCTGTGCCAGTA...CAGGCTTCTGAGAAGCTTCTGCTCCTGAAGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TGCCATCCGTGCCCAGACTGCATACACAGTCATG         GCCATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 135691 TGCCATCCGTGCCCAGACTGCATACACAGTCATGGTG...CAGGCCATAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CAGGGATGGCCATTGACAACCACCTGCTGGCACTGCGGGAGCTGGCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142928 CAGGGATGGCCATTGACAACCACCTGCTGGCACTGCGGGAGCTGGCCCGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GCCATGTGCAAGGAGCTGCCCGAGATGTTCATGGATGAAACCTACCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142978 GCCATGTGCAAGGAGCTGCCCGAGATGTTCATGGATGAAACCTACCTGAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GAGCAACCGGTTTGTCCTCTCCACTAGCCAG         GTGCCCACAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 143028 GAGCAACCGGTTTGTCCTCTCCACTAGCCAGGTA...CAGGTGCCCACAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 CCACGGAGATGTTCTGCTGCTATGGTCCTGTGGTCCCAAATGGGTATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145063 CCACGGAGATGTTCTGCTGCTATGGTCCTGTGGTCCCAAATGGGTATGGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GCCTGCTACAACCCCCAGCCAGAGACCATCCTTTTCTGCATCTCTAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145113 GCCTGCTACAACCCCCAGCCAGAGACCATCCTTTTCTGCATCTCTAGCTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 TCACAGCTGCAAAGAGACTTCTTCTAGCAAGTTTGCAAAAGCTGTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145163 TCACAGCTGCAAAGAGACTTCTTCTAGCAAGTTTGCAAAAGCTGTGGAAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 AAAGCCTCATTGACATGAGAGACCTCTGCAGTCTGCTGCCGCCTACTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145213 AAAGCCTCATTGACATGAGAGACCTCTGCAGTCTGCTGCCGCCTACTGAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 AGCAAGCCATTGGCAACAAAGGAAAAAGCCACGAGGCCCAGCCAGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145263 AGCAAGCCATTGGCAACAAAGGAAAAAGCCACGAGGCCCAGCCAGGGACA

   2000     .
   1884 CCAACCT
        |||||||
 145313 CCAACCT