seq1 = pF1KE5729.tfa, 1920 bp
seq2 = pF1KE5729/gi568815582f_23248600.tfa (gi568815582f:23248600_23480798), 232199 bp

>pF1KE5729 1920
>gi568815582f:23248600_23480798 (Chr16)

1-311  (100001-100311)   99% ->
312-585  (104202-104475)   100% ->
586-776  (106700-106890)   100% ->
777-880  (119257-119360)   100% ->
881-1044  (122700-122863)   100% ->
1045-1152  (123177-123284)   100% ->
1153-1270  (127139-127256)   100% ->
1271-1346  (128566-128641)   100% ->
1347-1404  (128730-128787)   100% ->
1405-1466  (130107-130168)   100% ->
1467-1542  (131495-131570)   100% ->
1543-1920  (131822-132199)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCACGTGAAGAAGTACCTGCTGAAGGGCCTGCATCGGCTGCAGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCACGTGAAGAAGTACCTGCTGAAGGGCCTGCATCGGCTGCAGAAGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCCGGCTACACGTACAAGGAGCTGCTGGTGTGGTACTGCGACAACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCCGGCTACACGTACAAGGAGCTGCTGGTGTGGTACTGCGACAACACCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACACCCACGGCCCCAAGCGCACCATCTGTGAGGGGCCCAAGAAGAAAGCC
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACACCCACGGCCCCAAGCGCATCATCTGTGAGGGGCCCAAGAAGAAAGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGTGGTTCCTGCTCACCCTGCTCTTCGCCGCCCTCGTCTGCTGGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATGTGGTTCCTGCTCACCCTGCTCTTCGCCGCCCTCGTCTGCTGGCAGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGCATCTTCATCAGGACCTACTTGAGCTGGGAGGTCAGCGTCTCCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGCATCTTCATCAGGACCTACTTGAGCTGGGAGGTCAGCGTCTCCCTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCGTAGGCTTCAAGACCATGGACTTCCCTGCCGTCACCATCTGCAATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCGTAGGCTTCAAGACCATGGACTTCCCTGCCGTCACCATCTGCAATGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGCCCCTTCAA         GTATTCCAAAATCAAGCATTTGCTGAAGGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGCCCCTTCAAGTA...CAGGTATTCCAAAATCAAGCATTTGCTGAAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCTGGATGAGCTGATGGAAGCTGTCCTGGAGAGAATCCTGGCTCCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104232 CCTGGATGAGCTGATGGAAGCTGTCCTGGAGAGAATCCTGGCTCCTGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TAAGCCATGCCAATGCCACCAGGAACCTGAACTTCTCCATCTGGAACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104282 TAAGCCATGCCAATGCCACCAGGAACCTGAACTTCTCCATCTGGAACCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ACACCCCTGGTCCTTATTGATGAACGGAACCCCCACCACCCCATGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104332 ACACCCCTGGTCCTTATTGATGAACGGAACCCCCACCACCCCATGGTCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGATCTCTTTGGAGACAACCACAATGGCTTAACAAGCAGCTCAGCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104382 TGATCTCTTTGGAGACAACCACAATGGCTTAACAAGCAGCTCAGCATCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AAAAGATCTGTAATGCCCACGGGTGCAAAATGGCCATGAGACTA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 104432 AAAAGATCTGTAATGCCCACGGGTGCAAAATGGCCATGAGACTAGTA...

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    586    TGTAGCCTCAACAGGACCCAGTGTACCTTCCGGAACTTCACCAGTGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106697 CAGTGTAGCCTCAACAGGACCCAGTGTACCTTCCGGAACTTCACCAGTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TACCCAGGCATTGACAGAGTGGTACATCCTGCAGGCCACCAACATCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106747 TACCCAGGCATTGACAGAGTGGTACATCCTGCAGGCCACCAACATCTTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CACAGGTGCCACAGCAGGAGCTAGTAGAGATGAGCTACCCCGGCGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106797 CACAGGTGCCACAGCAGGAGCTAGTAGAGATGAGCTACCCCGGCGAGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 ATGATCCTGGCCTGCCTATTCGGAGCTGAGCCCTGCAACTACCG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 106847 ATGATCCTGGCCTGCCTATTCGGAGCTGAGCCCTGCAACTACCGGTG...

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    777    GAACTTCACGTCCATCTTCTACCCTCACTATGGCAACTGTTACATCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119254 TAGGAACTTCACGTCCATCTTCTACCCTCACTATGGCAACTGTTACATCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TCAACTGGGGCATGACAGAGAAGGCACTTCCTTCGGCCAACCCTGGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119304 TCAACTGGGGCATGACAGAGAAGGCACTTCCTTCGGCCAACCCTGGAACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GAATTCG         GCCTGAAGTTGATCCTGGACATAGGCCAGGAAGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119354 GAATTCGGTG...CAGGCCTGAAGTTGATCCTGGACATAGGCCAGGAAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CTACGTCCCCTTCCTTGCGTCCACGGCCGGGGTCAGGCTGATGCTTCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122734 CTACGTCCCCTTCCTTGCGTCCACGGCCGGGGTCAGGCTGATGCTTCACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AGCAGAGGTCATACCCCTTCATCAGAGATGAGGGCATCTACGCCATGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122784 AGCAGAGGTCATACCCCTTCATCAGAGATGAGGGCATCTACGCCATGTCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GGGACAGAGACGTCCATCGGGGTACTCGTG         GACAAGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 122834 GGGACAGAGACGTCCATCGGGGTACTCGTGGTA...CAGGACAAGCTTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GCGCATGGGGGAGCCCTACAGCCCGTGCACCGTGAATGGTTCTGAGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123188 GCGCATGGGGGAGCCCTACAGCCCGTGCACCGTGAATGGTTCTGAGGTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CCGTCCAAAACTTCTACAGTGACTACAACACGACCTACTCCATCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 123238 CCGTCCAAAACTTCTACAGTGACTACAACACGACCTACTCCATCCAGGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1153       GCCTGTCTTCGCTCCTGCTTCCAAGACCACATGATCCGTAACTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123288 ...CAGGCCTGTCTTCGCTCCTGCTTCCAAGACCACATGATCCGTAACTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CAACTGTGGCCACTACCTGTACCCACTGCCCCGTGGGGAGAAATACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127183 CAACTGTGGCCACTACCTGTACCCACTGCCCCGTGGGGAGAAATACTGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 ACAACCGGGACTTCCCAGACTGGG         CCCATTGCTACTCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 127233 ACAACCGGGACTTCCCAGACTGGGGTG...CAGCCCATTGCTACTCAGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CTACAGATGAGCGTGGCGCAGAGAGAGACCTGCATTGGCATGTGCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128583 CTACAGATGAGCGTGGCGCAGAGAGAGACCTGCATTGGCATGTGCAAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GTCCTGCAA         TGACACCCAGTACAAGATGACCATCTCCATGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 128633 GTCCTGCAAGTG...CAGTGACACCCAGTACAAGATGACCATCTCCATGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CTGACTGGCCTTCTGAGGCCTCCGAG         GACTGGATTTTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 128762 CTGACTGGCCTTCTGAGGCCTCCGAGGTG...CAGGACTGGATTTTCCAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GTCTTGTCTCAGGAGCGGGACCAAAGCACCAATATCACCCTGAGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 130122 GTCTTGTCTCAGGAGCGGGACCAAAGCACCAATATCACCCTGAGCAGGTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1467       GAAGGGAATTGTCAAGCTCAACATCTACTTCCAAGAATTTAACT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130172 ...CAGGAAGGGAATTGTCAAGCTCAACATCTACTTCCAAGAATTTAACT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 ATCGCACCATTGAAGAATCAGCAGCCAATAAC         ATCGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 131539 ATCGCACCATTGAAGAATCAGCAGCCAATAACGTG...CAGATCGTCTGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 CTGCTCTCGAATCTGGGTGGCCAGTTTGGCTTCTGGATGGGGGGCTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131831 CTGCTCTCGAATCTGGGTGGCCAGTTTGGCTTCTGGATGGGGGGCTCTGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GCTGTGCCTCATCGAGTTTGGGGAGATCATCATCGACTTTGTGTGGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131881 GCTGTGCCTCATCGAGTTTGGGGAGATCATCATCGACTTTGTGTGGATCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 CCATCATCAAGCTGGTGGCCTTGGCCAAGAGCCTACGGCAGCGGCGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131931 CCATCATCAAGCTGGTGGCCTTGGCCAAGAGCCTACGGCAGCGGCGAGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 CAAGCCAGCTACGCTGGCCCACCGCCCACCGTGGCCGAGCTGGTGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131981 CAAGCCAGCTACGCTGGCCCACCGCCCACCGTGGCCGAGCTGGTGGAGGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 CCACACCAACTTTGGCTTCCAGCCTGACACGGCCCCCCGCAGCCCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132031 CCACACCAACTTTGGCTTCCAGCCTGACACGGCCCCCCGCAGCCCCAACA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 CTGGGCCCTACCCCAGTGAGCAGGCCCTGCCCATCCCAGGCACCCCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132081 CTGGGCCCTACCCCAGTGAGCAGGCCCTGCCCATCCCAGGCACCCCGCCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 CCCAACTATGACTCCCTGCGTCTGCAGCCGCTGGACGTCATCGAGTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132131 CCCAACTATGACTCCCTGCGTCTGCAGCCGCTGGACGTCATCGAGTCTGA

   2000     .    :    .
   1902 CAGTGAGGGTGATGCCATC
        |||||||||||||||||||
 132181 CAGTGAGGGTGATGCCATC