seq1 = pF1KE5722.tfa, 2610 bp
seq2 = pF1KE5722/gi568815587r_83359821.tfa (gi568815587r:83359821_85023118), 1663298 bp

>pF1KE5722 2610
>gi568815587r:83359821_85023118 (Chr11)

(complement)

41-205  (488386-488550)   100% ==
309-434  (924071-924196)   100% ->
435-604  (963635-963804)   100% ->
605-741  (1042477-1042613)   100% ->
742-886  (1057651-1057795)   100% ->
887-1025  (1060096-1060234)   100% ->
1026-1181  (1092636-1092791)   100% ->
1182-1250  (1148631-1148699)   100% ->
1251-1407  (1189349-1189505)   100% ->
1408-1510  (1236327-1236429)   100% ->
1511-1625  (1389794-1389908)   100% ->
1626-1802  (1481261-1481437)   100% ->
1803-1878  (1490336-1490411)   100% ->
1879-1978  (1538891-1538990)   100% ->
1979-2029  (1550342-1550392)   100% ->
2030-2131  (1551392-1551493)   100% ->
2132-2304  (1553746-1553918)   100% ->
2305-2414  (1556302-1556411)   100% ->
2415-2506  (1561026-1561117)   100% ->
2507-2610  (1563195-1563298)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     41 AGAAGTATCGATATCAAGATGAGGACGCTCCACATGATCATTCCTTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 488386 AGAAGTATCGATATCAAGATGAGGACGCTCCACATGATCATTCCTTACCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     91 CGACTAACCCACGAAGTAAGAGGCCCAGAACTCGTGCATGTATCAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 488436 CGACTAACCCACGAAGTAAGAGGCCCAGAACTCGTGCATGTATCAGAAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141 GAACCTCTCTCAAATAGAAAATGTCCATGGATATGTCTTGCAGTCTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 488486 GAACCTCTCTCAAATAGAAAATGTCCATGGATATGTCTTGCAGTCTCATA

    150     .    :    .
    191 TTTCTCCTCTGAAGG
        |||||||||||||||
 488536 TTTCTCCTCTGAAGG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    309 GGGGAATTCTGGCCTGGGATTCAGTATTGCTGGGGGGACAGATAATCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 924071 GGGGAATTCTGGCCTGGGATTCAGTATTGCTGGGGGGACAGATAATCCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    359 ACATTGGAGATGACCCTGGCATATTTATTACGAAGATTATACCAGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 924121 ACATTGGAGATGACCCTGGCATATTTATTACGAAGATTATACCAGGAGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    409 GCTGCAGCAGAGGATGGCAGACTCAG         GGTCAATGATTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 924171 GCTGCAGCAGAGGATGGCAGACTCAGGTA...CAGGGTCAATGATTGTAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    450 CTTGCGGGTGAATGAGGTTGATGTGTCAGAGGTTTCCCACAGTAAAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 963650 CTTGCGGGTGAATGAGGTTGATGTGTCAGAGGTTTCCCACAGTAAAGCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    500 TGGAAGCCCTGAAGGAAGCAGGGTCTATCGTTCGGCTGTATGTGCGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 963700 TGGAAGCCCTGAAGGAAGCAGGGTCTATCGTTCGGCTGTATGTGCGTAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    550 AGACGACCTATTTTGGAGACCGTTGTGGAAATCAAACTGTTCAAAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 963750 AGACGACCTATTTTGGAGACCGTTGTGGAAATCAAACTGTTCAAAGGCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    600 TAAAG         GTTTAGGCTTCAGTATTGCAGGAGGTGTGGGGAACC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 963800 TAAAGGTA...TAGGTTTAGGCTTCAGTATTGCAGGAGGTGTGGGGAACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    641 AACACATTCCTGGAGACAACAGCATTTATGTAACTAAAATTATAGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1042513 AACACATTCCTGGAGACAACAGCATTTATGTAACTAAAATTATAGATGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    691 GGAGCTGCACAAAAAGATGGAAGGTTGCAAGTAGGAGATAGACTACTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1042563 GGAGCTGCACAAAAAGATGGAAGGTTGCAAGTAGGAGATAGACTACTAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    741 G         GTAAACAACTACAGTTTAGAAGAAGTAACACACGAAGAGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1042613 GGTG...CAGGTAAACAACTACAGTTTAGAAGAAGTAACACACGAAGAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    782 CAGTAGCAATATTAAAGAACACATCAGAGGTAGTTTATTTAAAAGTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1057691 CAGTAGCAATATTAAAGAACACATCAGAGGTAGTTTATTTAAAAGTTGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    832 AAACCCACTACCATTTATATGACTGATCCTTATGGTCCACCTGATATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1057741 AAACCCACTACCATTTATATGACTGATCCTTATGGTCCACCTGATATTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    882 TCACT         CTTATTCTCCACCAATGGAAAACCATCTACTCTCTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1057791 TCACTGTA...TAGCTTATTCTCCACCAATGGAAAACCATCTACTCTCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    923 GCAACAATGGCACTTTAGAATATAAAACCTCCCTGCCACCCATCTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1060132 GCAACAATGGCACTTTAGAATATAAAACCTCCCTGCCACCCATCTCTCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    973 GGAAGGTACTCACCAATTCCAAAGCACATGCTTGTTGACGACGACTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1060182 GGAAGGTACTCACCAATTCCAAAGCACATGCTTGTTGACGACGACTACAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1023 CAG         GCCTCCGGAACCTGTTTACAGCACTGTGAACAAACTAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1060232 CAGGTC...CAGGCCTCCGGAACCTGTTTACAGCACTGTGAACAAACTAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1064 GTGATAAGCCTGCTTCTCCCAGGCACTATTCCCCTGTTGAGTGTGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1092674 GTGATAAGCCTGCTTCTCCCAGGCACTATTCCCCTGTTGAGTGTGACAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1114 AGCTTCCTCCTCTCAGCTCCCTATTCCCACTACCACCTAGGCCTGCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1092724 AGCTTCCTCCTCTCAGCTCCCTATTCCCACTACCACCTAGGCCTGCTACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1164 TGACTCTGAGATGACCAG         TCATTCCCAACATAGCACCGCAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
1092774 TGACTCTGAGATGACCAGGTA...CAGTCATTCCCAACATAGCACCGCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1205 CTCGTCAGCCTTCAATGACTCTCCAACGGGCCGTCTCCCTGGAAGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
1148654 CTCGTCAGCCTTCAATGACTCTCCAACGGGCCGTCTCCCTGGAAGGGTA.

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251      AGAGCCTCGCAAGGTAGTCCTGCACAAAGGCTCCACTGGCCTGGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1148704 ..CAGAGAGCCTCGCAAGGTAGTCCTGCACAAAGGCTCCACTGGCCTGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1296 CTTCAACATTGTCGGTGGGGAAGATGGAGAAGGTATTTTTGTGTCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1189394 CTTCAACATTGTCGGTGGGGAAGATGGAGAAGGTATTTTTGTGTCCTTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1346 TTCTGGCTGGTGGACCAGCAGACCTAAGTGGGGAGCTCCAGAGAGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1189444 TTCTGGCTGGTGGACCAGCAGACCTAAGTGGGGAGCTCCAGAGAGGAGAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1396 CAGATCCTATCG         GTGAATGGCATTGACCTCCGTGGTGCATC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
1189494 CAGATCCTATCGGTG...CAGGTGAATGGCATTGACCTCCGTGGTGCATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1437 CCACGAGCAGGCAGCTGCTGCACTAAAGGGGGCTGGACAGACAGTGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1236356 CCACGAGCAGGCAGCTGCTGCACTAAAGGGGGCTGGACAGACAGTGACGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1487 TTATAGCACAATATCAACCTGAAG         ATTACGCTCGATTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
1236406 TTATAGCACAATATCAACCTGAAGGTC...CAGATTACGCTCGATTTGAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1528 GCCAAAATCCATGACCTACGAGAGCAGATGATGAACCACAGCATGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1389811 GCCAAAATCCATGACCTACGAGAGCAGATGATGAACCACAGCATGAGCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1578 CGGGTCCGGATCCCTGCGAACCAATCAGAAACGCTCCCTCTACGTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
1389861 CGGGTCCGGATCCCTGCGAACCAATCAGAAACGCTCCCTCTACGTCAGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1626        AGCCATGTTCGACTACGACAAGAGCAAGGACAGTGGGCTGCCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1389911 A...CAGAGCCATGTTCGACTACGACAAGAGCAAGGACAGTGGGCTGCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1669 AGTCAAGGACTTAGTTTTAAATATGGAGATATTCTCCACGTTATCAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1481304 AGTCAAGGACTTAGTTTTAAATATGGAGATATTCTCCACGTTATCAATGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1719 CTCTGATGATGAGTGGTGGCAAGCCAGGAGAGTCATGCTGGAGGGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1481354 CTCTGATGATGAGTGGTGGCAAGCCAGGAGAGTCATGCTGGAGGGAGACA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1769 GTGAGGAGATGGGGGTCATCCCCAGCAAAAGGAG         GGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
1481404 GTGAGGAGATGGGGGTCATCCCCAGCAAAAGGAGGTA...TAGGGTGGAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1810 AGAAAGGAACGTGCCCGATTGAAGACAGTGAAGTTTAATGCCAAACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1490343 AGAAAGGAACGTGCCCGATTGAAGACAGTGAAGTTTAATGCCAAACCTGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1860 AGTGATTGATTCGAAAGGG         TCATTCAATGACAAGCGTAAAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
1490393 AGTGATTGATTCGAAAGGGGTA...CAGTCATTCAATGACAAGCGTAAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1901 AGAGCTTCATCTTTTCACGAAAATTCCCATTCTACAAGAACAAGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1538913 AGAGCTTCATCTTTTCACGAAAATTCCCATTCTACAAGAACAAGGAGCAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1951 AGTGAGCAGGAAACCAGTGATCCTGAAC         GAGGACAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
1538963 AGTGAGCAGGAAACCAGTGATCCTGAACGTA...CAGGAGGACAAGAAGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1992 CCTCATTCTTTCCTATGAGCCTGTTACAAGGCAGGAAA         TAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
1550355 CCTCATTCTTTCCTATGAGCCTGTTACAAGGCAGGAAAGTA...CAGTAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2033 ACTACACCCGGCCGGTGATTATCCTGGGGCCCATGAAGGATCGGATCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1551395 ACTACACCCGGCCGGTGATTATCCTGGGGCCCATGAAGGATCGGATCAAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2083 GACGACTTGATATCTGAATTCCCTGATAAATTTGGCTCCTGTGTGCCTC 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
1551445 GACGACTTGATATCTGAATTCCCTGATAAATTTGGCTCCTGTGTGCCTCG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2132         ATACTACGAGGCCAAAGCGAGACTACGAGGTGGATGGCAGAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1551495 TA...AAGATACTACGAGGCCAAAGCGAGACTACGAGGTGGATGGCAGAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2174 ACTATCACTTTGTCATTTCCAGAGAACAAATGGAGAAAGATATCCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1553788 ACTATCACTTTGTCATTTCCAGAGAACAAATGGAGAAAGATATCCAAGAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2224 CACAAGTTTATAGAAGCCGGCCAGTACAATGACAATTTATATGGAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1553838 CACAAGTTTATAGAAGCCGGCCAGTACAATGACAATTTATATGGAACCAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2274 TGTGCAGTCTGTGAGATTTGTAGCAGAAAGA         GGCAAACACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
1553888 TGTGCAGTCTGTGAGATTTGTAGCAGAAAGAGTA...CAGGGCAAACACT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2315 GTATACTTGATGTATCAGGAAATGCTATCAAGCGGTTACAAGTTGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1556312 GTATACTTGATGTATCAGGAAATGCTATCAAGCGGTTACAAGTTGCCCAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2365 CTCTATCCCATTGCCATCTTCATAAAACCCAGGTCTCTGGAACCTCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1556362 CTCTATCCCATTGCCATCTTCATAAAACCCAGGTCTCTGGAACCTCTTAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2415          GGAGATGAATAAGCGTCTAACAGAGGAACAAGCCAAGAAAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1556412 GTG...CAGGGAGATGAATAAGCGTCTAACAGAGGAACAAGCCAAGAAAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2456 CCTATGATCGAGCAATTAAGCTAGAACAAGAATTTGGAGAATATTTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1561067 CCTATGATCGAGCAATTAAGCTAGAACAAGAATTTGGAGAATATTTTACA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2506 G         CTATTGTCCAAGGAGATACTTTAGAAGATATATATAACCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1561117 GGTA...CAGCTATTGTCCAAGGAGATACTTTAGAAGATATATATAACCA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2547 ATGCAAGCTTGTTATTGAAGAGCAATCTGGGCCTTTCATCTGGATTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1563235 ATGCAAGCTTGTTATTGAAGAGCAATCTGGGCCTTTCATCTGGATTCCCT

   2450     .    :
   2597 CAAAGGAAAAGTTA
        ||||||||||||||
1563285 CAAAGGAAAAGTTA