seq1 = pF1KE5720.tfa, 1848 bp
seq2 = pF1KE5720/gi568815592f_133282392.tfa (gi568815592f:133282392_133628802), 346411 bp

>pF1KE5720 1848
>gi568815592f:133282392_133628802 (Chr6)

34-83  (100001-100050)   100% ->
84-208  (164239-164363)   100% ->
209-301  (174165-174257)   100% ->
302-368  (178723-178789)   100% ->
369-511  (179944-180086)   100% ->
512-655  (180230-180373)   100% ->
656-735  (182388-182467)   98% ->
736-901  (186175-186340)   100% ->
902-1038  (199072-199208)   100% ->
1039-1122  (200641-200724)   100% ->
1123-1212  (223715-223804)   100% ->
1213-1271  (230330-230388)   100% ->
1272-1432  (230487-230647)   100% ->
1433-1547  (232930-233044)   100% ->
1548-1669  (240665-240786)   100% ->
1670-1770  (242763-242863)   100% ->
1771-1848  (246334-246411)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     34 GTAAAGAAAACGTGCACAGAATCAGATGTTTCACAATCTCAGAATTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 GTAAAGAAAACGTGCACAGAATCAGATGTTTCACAATCTCAGAATTCCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     84          GTCTATGGAAATGCAGGACCTAGCAAGTCCTCATACTCTTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTA...CAGGTCTATGGAAATGCAGGACCTAGCAAGTCCTCATACTCTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    125 TTGGAGGTGGTGATACTCCAGGTAGCTCCAAACTGGAAAAATCTAATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164280 TTGGAGGTGGTGATACTCCAGGTAGCTCCAAACTGGAAAAATCTAATCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    175 AGCAGCACATCAGTTACTACAAATGGGACAGGAG         TGTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 164330 AGCAGCACATCAGTTACTACAAATGGGACAGGAGGTA...TAGTGTCTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    216 TCTTGCAGTCAAAACAGAGCCCTTGAACAGCAGTGAAACCACAGCCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174172 TCTTGCAGTCAAAACAGAGCCCTTGAACAGCAGTGAAACCACAGCCACGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    266 CTGGAGATGGAGCGCTTGACACTTTTACTGGGTCAG         TAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 174222 CTGGAGATGGAGCGCTTGACACTTTTACTGGGTCAGGTA...CAGTAATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    307 ACAAGTAGTGGCTACAGCCCCAGATCAGCACATCAGTATTCCCCACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178728 ACAAGTAGTGGCTACAGCCCCAGATCAGCACATCAGTATTCCCCACAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    357 GTATCCTTCCAA         GCCCTATCCACACATTCTTTCTACACCAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 178778 GTATCCTTCCAAGTA...TAGGCCCTATCCACACATTCTTTCTACACCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    398 CAGCTCAAACAATGTCTGCCTATGCAGGCCAGACTCAGTATTCGGGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179973 CAGCTCAAACAATGTCTGCCTATGCAGGCCAGACTCAGTATTCGGGGATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    448 CAGCAGCCAGCCGTCTACACAGCCTACTCACAGACAGGACAGCCCTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180023 CAGCAGCCAGCCGTCTACACAGCCTACTCACAGACAGGACAGCCCTACAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    498 CTTGCCCACTTACG         ATTTGGGTGTGATGTTGCCAGCCATCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 180073 CTTGCCCACTTACGGTA...CAGATTTGGGTGTGATGTTGCCAGCCATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    539 AGACAGAGAGTGGACTTTCCCAAACTCAGTCCCCATTACAGAGTGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180257 AGACAGAGAGTGGACTTTCCCAAACTCAGTCCCCATTACAGAGTGGCTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    589 CTCAGTTACAGCCCAGGGTTCTCTACCCCACAGCCAGGCCAGACACCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180307 CTCAGTTACAGCCCAGGGTTCTCTACCCCACAGCCAGGCCAGACACCTTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    639 TTCTTACCAAATGCCAG         GTTCTAGTTTTGCACCATCATCTA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 180357 TTCTTACCAAATGCCAGGTA...TAGGTTCTAGTTTTGCACCATCATCTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    680 CTATTTATGCAAATAATTCAGTTTCCAATTCAACAAATTTCAGTGGTTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 182412 CTATTTATGCAAATAATTCAGTTTCCAATTCAACGAATTTCAGTGGTTCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    730 CAACAG         GATTATCCATCCTATACAGCCTTTGGCCAAAACCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182462 CAACAGGTA...CAGGATTATCCATCCTATACAGCCTTTGGCCAAAACCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    771 GTATGCACAGTATTATTCAGCATCAACGTATGGAGCGTATATGACATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186210 GTATGCACAGTATTATTCAGCATCAACGTATGGAGCGTATATGACATCGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    821 ATAACACAGCCGATGGCACACCCTCTTCAACCTCTACTTATCAGTTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186260 ATAACACAGCCGATGGCACACCCTCTTCAACCTCTACTTATCAGTTGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    871 GAATCTCTCCCAGGACTGACTAACCAACCAG         GAGAGTTCGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 186310 GAATCTCTCCCAGGACTGACTAACCAACCAGGTA...TAGGAGAGTTCGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    912 TACCATGCAGAGTCCCTCCACACCCATCAAAGATCTTGATGAGAGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199082 TACCATGCAGAGTCCCTCCACACCCATCAAAGATCTTGATGAGAGAACCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    962 GTAGGAGTTCTGGGTCAAAGTCCAGAGGAAGAGGCCGGAAAAATAATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199132 GTAGGAGTTCTGGGTCAAAGTCCAGAGGAAGAGGCCGGAAAAATAATCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1012 TCCCCGCCTCCTGATAGTGACCTGGAG         CGTGTGTTTGTCTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 199182 TCCCCGCCTCCTGATAGTGACCTGGAGGTA...CAGCGTGTGTTTGTCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1053 GGATTTGGATGAAACCATCATTGTTTTTCACTCACTGCTCACCGGGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200655 GGATTTGGATGAAACCATCATTGTTTTTCACTCACTGCTCACCGGGTCTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1103 ATGCACAGAAGTATGGCAAG         GATCCCCCCATGGCTGTAACC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 200705 ATGCACAGAAGTATGGCAAGGTA...CAGGATCCCCCCATGGCTGTAACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1144 CTTGGACTCCGCATGGAAGAAATGATTTTTAATCTTGCTGATACTCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223736 CTTGGACTCCGCATGGAAGAAATGATTTTTAATCTTGCTGATACTCATTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1194 GTTTTTTAATGATTTAGAG         GAGTGTGATCAAGTTCATATAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 223786 GTTTTTTAATGATTTAGAGGTA...CAGGAGTGTGATCAAGTTCATATAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1235 ATGATGTTTCCTCTGATGATAATGGGCAGGACTTAAG         TACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 230352 ATGATGTTTCCTCTGATGATAATGGGCAGGACTTAAGGTA...CAGTACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1276 TACAGTTTTGCAACTGATGGCTTCCATGCAGCTGCAAGTAGTGCAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230491 TACAGTTTTGCAACTGATGGCTTCCATGCAGCTGCAAGTAGTGCAAACCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1326 TTGTTTGCCAACAGGTGTAAGAGGAGGGGTTGACTGGATGAGGAAGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230541 TTGTTTGCCAACAGGTGTAAGAGGAGGGGTTGACTGGATGAGGAAGTTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1376 CTTTTCGTTACAGAAGAGTAAAAGAATTATATAACACCTACAAGAACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230591 CTTTTCGTTACAGAAGAGTAAAAGAATTATATAACACCTACAAGAACAAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1426 GTTGGAG         GACTCCTTGGCCCTGCCAAGAGGGATGCCTGGCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230641 GTTGGAGGTA...CAGGACTCCTTGGCCCTGCCAAGAGGGATGCCTGGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1467 ACAGTTAAGGGCAGAGATTGAAGGTCTGACAGATTCCTGGCTAACAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232964 ACAGTTAAGGGCAGAGATTGAAGGTCTGACAGATTCCTGGCTAACAAATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1517 CACTTAAGTCTTTATCAATTATTAGCACTAG         GAGTAACTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 233014 CACTTAAGTCTTTATCAATTATTAGCACTAGGTA...TAGGAGTAACTGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1558 ATAAATGTCTTGGTAACGACAACTCAACTGATCCCAGCACTTGCGAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240675 ATAAATGTCTTGGTAACGACAACTCAACTGATCCCAGCACTTGCGAAGGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1608 TCTACTCTATAGTTTAGGAGGTGCTTTCCCCATTGAGAATATTTACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240725 TCTACTCTATAGTTTAGGAGGTGCTTTCCCCATTGAGAATATTTACAGTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1658 CAACTAAAATAG         GAAAAGAAAGTTGCTTTGAACGAATAATG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 240775 CAACTAAAATAGGTA...CAGGAAAAGAAAGTTGCTTTGAACGAATAATG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1699 CAAAGGTTTGGCAGAAAAGTAGTGTATGTTGTAATTGGGGATGGTGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242792 CAAAGGTTTGGCAGAAAAGTAGTGTATGTTGTAATTGGGGATGGTGTAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1749 AGAAGAACAGGCAGCAAAAAAG         CACAACATGCCCTTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 242842 AGAAGAACAGGCAGCAAAAAAGGTA...CAGCACAACATGCCCTTCTGGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1790 GGATATCCAGTCACTCAGACCTCCTGGCTCTCCACCAAGCACTGGAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246353 GGATATCCAGTCACTCAGACCTCCTGGCTCTCCACCAAGCACTGGAATTA

   1950     .
   1840 GAGTATTTG
        |||||||||
 246403 GAGTATTTG