seq1 = pF1KE5714.tfa, 2358 bp
seq2 = pF1KE5714/gi568815588f_69080292.tfa (gi568815588f:69080292_69309032), 228741 bp

>pF1KE5714 2358
>gi568815588f:69080292_69309032 (Chr10)

1-271  (100001-100271)   100% ->
272-349  (105696-105773)   100% ->
350-457  (106152-106259)   100% ->
458-572  (107351-107465)   100% ->
573-741  (108976-109144)   100% ->
742-853  (111364-111475)   100% ->
854-931  (114897-114974)   100% ->
932-1023  (116701-116792)   100% ->
1024-1204  (118081-118261)   100% ->
1205-1298  (118813-118906)   100% ->
1299-1518  (119989-120208)   100% ->
1519-1599  (122148-122228)   100% ->
1600-1776  (122576-122752)   100% ->
1777-1925  (127502-127650)   100% ->
1926-2358  (128309-128741)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCTTCTCCCGTGCCCTATTGTGGGCTCGGCTCCCGGCGGGGCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCTTCTCCCGTGCCCTATTGTGGGCTCGGCTCCCGGCGGGGCGCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCTGGCCACCGGGCAGCCATCTGCTCTGCCCTTCGTCCCCACTTTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCTGGCCACCGGGCAGCCATCTGCTCTGCCCTTCGTCCCCACTTTGGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTTTCCCGGGGTTCTGGGGCAAGTTTCTGTCCTTGCCACCGCCTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTTTCCCGGGGTTCTGGGGCAAGTTTCTGTCCTTGCCACCGCCTCCTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCTGCCTCCGGTGGCTCCAAAATACCAAACACGTCCTTGTTCGTGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCTGCCTCCGGTGGCTCCAAAATACCAAACACGTCCTTGTTCGTGCCCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GACTGTGAAACCTCAGGGCCCCAGCGCCGACGGCGACGTCGGGGCCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GACTGTGAAACCTCAGGGCCCCAGCGCCGACGGCGACGTCGGGGCCGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TAACCCGGCCTCTGGACAAGA         ATGAAGTAAAGAAGGTCTTA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100251 TAACCCGGCCTCTGGACAAGAGTG...TAGATGAAGTAAAGAAGGTCTTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GACAAATTTTACAAGAGGAAAGAAATTCAGAAACTGGGTGCTGATTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105716 GACAAATTTTACAAGAGGAAAGAAATTCAGAAACTGGGTGCTGATTATGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ACTTGATG         CTCGTCTCTTCCACCAAGCTTTCATAAGCTTTA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 105766 ACTTGATGGTA...CAGCTCGTCTCTTCCACCAAGCTTTCATAAGCTTTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GAAATTATATTATGCAGTCTCATTCCCTGGATGTGGACATTCACATTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106185 GAAATTATATTATGCAGTCTCATTCCCTGGATGTGGACATTCACATTGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTGAATGATATTTGCTTCGGTGCAG         CTCATGCGGATGATTT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 106235 TTGAATGATATTTGCTTCGGTGCAGGCA...CAGCTCATGCGGATGATTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ATTCCCATTTTTCTTGAGACATGCCAAACAAATATTTCCTGTGTTGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107367 ATTCCCATTTTTCTTGAGACATGCCAAACAAATATTTCCTGTGTTGGACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTAAGGATGATCTACGTAAAATCAGTGACTTAAGAATACCACCTAACTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 107417 GTAAGGATGATCTACGTAAAATCAGTGACTTAAGAATACCACCTAACTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    573         GTACCCAGATGCTAGAGCCATGCAGCGGAAGATAATATTTCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107467 TT...TAGGTACCCAGATGCTAGAGCCATGCAGCGGAAGATAATATTTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TTCAGGCCCCACAAACAGTGGAAAGACTTATCACGCAATCCAGAAATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109018 TTCAGGCCCCACAAACAGTGGAAAGACTTATCACGCAATCCAGAAATACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCTCAGCAAAGTCTGGAGTGTATTGTGGCCCTCTAAAATTACTGGCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109068 TCTCAGCAAAGTCTGGAGTGTATTGTGGCCCTCTAAAATTACTGGCACAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GAGATCTTCGAAAAGAGTAATGCTGCT         GGTGTGCCATGTGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 109118 GAGATCTTCGAAAAGAGTAATGCTGCTGTC...TAGGGTGTGCCATGTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTTGGTGACAGGTGAAGAGCGTGTGACAGTTCAGCCAAATGGGAAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111378 CTTGGTGACAGGTGAAGAGCGTGTGACAGTTCAGCCAAATGGGAAACAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTTCACATGTTTCTTGTACAGTTGAGATGTGCAGTGTTACAACTCCTT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 111428 CTTCACATGTTTCTTGTACAGTTGAGATGTGCAGTGTTACAACTCCTTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    854        ATGAAGTGGCTGTAATTGATGAAATTCAAATGATTAGAGATCC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111478 A...AAGATGAAGTGGCTGTAATTGATGAAATTCAAATGATTAGAGATCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGCCAGAGGATGGGCCTGGACCAGAGCACTTCTAG         GACTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 114940 AGCCAGAGGATGGGCCTGGACCAGAGCACTTCTAGGTT...CAGGACTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GTGCTGAAGAGGTTCATTTGTGTGGAGAACCTGCTGCTATTGACCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116707 GTGCTGAAGAGGTTCATTTGTGTGGAGAACCTGCTGCTATTGACCTGGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATGGAGCTTATGTACACAACGGGGGAGGAAGTGGAG         GTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 116757 ATGGAGCTTATGTACACAACGGGGGAGGAAGTGGAGGTA...TAGGTTCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AGACTATAAGAGGCTTACCCCCATTTCTGTGCTGGACCATGCACTAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118086 AGACTATAAGAGGCTTACCCCCATTTCTGTGCTGGACCATGCACTAGAAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CTTTAGATAACCTTCGGCCTGGGGACTGCATTGTCTGTTTTAGCAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118136 CTTTAGATAACCTTCGGCCTGGGGACTGCATTGTCTGTTTTAGCAAGAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GATATTTATTCTGTGAGTCGGCAGATTGAAATTCGGGGATTAGAATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118186 GATATTTATTCTGTGAGTCGGCAGATTGAAATTCGGGGATTAGAATCAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGTTATATATGGCAGTCTCCCACCTG         GGACCAAACTTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 118236 TGTTATATATGGCAGTCTCCCACCTGGTA...TAGGGACCAAACTTGCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AAGCAAAAAAGTTTAATGATCCCAATGACCCATGCAAAATCTTGGTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118828 AAGCAAAAAAGTTTAATGATCCCAATGACCCATGCAAAATCTTGGTTGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 ACAGATGCAATTGGCATGGGACTTAATTT         GAGCATAAGGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 118878 ACAGATGCAATTGGCATGGGACTTAATTTGTA...CAGGAGCATAAGGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 AATTATTTTTTACTCCCTTATAAAGCCCAGTATCAATGAAAAGGGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120001 AATTATTTTTTACTCCCTTATAAAGCCCAGTATCAATGAAAAGGGAGAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GAGAACTAGAACCAATCACAACCTCTCAAGCCCTGCAGATTGCTGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120051 GAGAACTAGAACCAATCACAACCTCTCAAGCCCTGCAGATTGCTGGCAGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GCTGGCAGATTCAGCTCACGGTTTAAAGAAGGAGAGGTTACAACAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120101 GCTGGCAGATTCAGCTCACGGTTTAAAGAAGGAGAGGTTACAACAATGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TCATGAAGATCTCAGTTTATTAAAGGAAATTTTGAAGAGGCCTGTGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120151 TCATGAAGATCTCAGTTTATTAAAGGAAATTTTGAAGAGGCCTGTGGATC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CTATAAGG         GCAGCTGGTCTTCATCCAACTGCTGAGCAGATT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 120201 CTATAAGGGTA...AAGGCAGCTGGTCTTCATCCAACTGCTGAGCAGATT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GAAATGTTTGCCTACCATCTCCCTGATGCAACACTGTCCAATCTCATT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 122181 GAAATGTTTGCCTACCATCTCCCTGATGCAACACTGTCCAATCTCATTGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1600        GATATTTTTGTAGACTTTTCACAAGTTGATGGGCAGTATTTTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122231 A...AAGGATATTTTTGTAGACTTTTCACAAGTTGATGGGCAGTATTTTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 TCTGCAATATGGATGATTTTAAATTTTCTGCAGAGTTGATCCAGCATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122619 TCTGCAATATGGATGATTTTAAATTTTCTGCAGAGTTGATCCAGCATATT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CCACTAAGTCTGCGAGTGAGGTATGTTTTCTGCACAGCTCCTATCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122669 CCACTAAGTCTGCGAGTGAGGTATGTTTTCTGCACAGCTCCTATCAACAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 GAAGCAGCCTTTTGTGTGTTCTTCACTGTTACAG         TTTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 122719 GAAGCAGCCTTTTGTGTGTTCTTCACTGTTACAGGTA...CAGTTTGCCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 GGCAGTATAGCAGGAATGAGCCCCTGACCTTTGCATGGTTACGCCGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127509 GGCAGTATAGCAGGAATGAGCCCCTGACCTTTGCATGGTTACGCCGATAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 ATCAAATGGCCTTTACTTCCACCTAAGAATATTAAAGACCTCATGGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127559 ATCAAATGGCCTTTACTTCCACCTAAGAATATTAAAGACCTCATGGATCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 TGAAGCTGTCCACGATGTCTTGGATCTTTACTTGTGGCTAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 127609 TGAAGCTGTCCACGATGTCTTGGATCTTTACTTGTGGCTAAGGTA...CA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1926  CTACCGATTTATGGATATGTTTCCAGATGCCAGCCTTATTCGAGATCTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128308 GCTACCGATTTATGGATATGTTTCCAGATGCCAGCCTTATTCGAGATCTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 CAGAAAGAACTAGATGGTATTATCCAAGATGGTGTGCACAATATCACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128358 CAGAAAGAACTAGATGGTATTATCCAAGATGGTGTGCACAATATCACTAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 ATTGATTAAAATGTCTGAGACGCATAAGCTGTTGAATTTGGAGGGCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128408 ATTGATTAAAATGTCTGAGACGCATAAGCTGTTGAATTTGGAGGGCTTTC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 CATCAGGGAGCCAGTCACGATTGTCAGGAACCTTAAAGAGCCAAGCTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128458 CATCAGGGAGCCAGTCACGATTGTCAGGAACCTTAAAGAGCCAAGCTAGA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 AGGACACGCGGCACCAAAGCTCTAGGGAGTAAAGCTACTGAGCCACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128508 AGGACACGCGGCACCAAAGCTCTAGGGAGTAAAGCTACTGAGCCACCCAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 CCCCGATGCAGGAGAGCTGTCCCTTGCTTCCAGATTGGTGCAGCAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128558 CCCCGATGCAGGAGAGCTGTCCCTTGCTTCCAGATTGGTGCAGCAAGGAC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 TCCTCACTCCAGACATGCTGAAACAGCTAGAAAAAGAGTGGATGACACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128608 TCCTCACTCCAGACATGCTGAAACAGCTAGAAAAAGAGTGGATGACACAA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2275 CAAACTGAACACAACAAAGAAAAAACAGAGTCTGGGACTCATCCAAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128658 CAAACTGAACACAACAAAGAAAAAACAGAGTCTGGGACTCATCCAAAAGG

   2450     .    :    .    :    .    :
   2325 GACGAGAAGAAAGAAGAAGGAACCTGATTCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128708 GACGAGAAGAAAGAAGAAGGAACCTGATTCGGAC