seq1 = pF1KE5712.tfa, 2196 bp
seq2 = pF1KE5712/gi568815595f_49574486.tfa (gi568815595f:49574486_49783339), 208854 bp

>pF1KE5712 2196
>gi568815595f:49574486_49783339 (Chr3)

7-145  (99999-100136)   99% ->
146-272  (100698-100824)   100% ->
273-366  (101209-101302)   100% ->
367-442  (101406-101481)   100% ->
443-606  (101571-101734)   100% ->
607-744  (101893-102030)   100% ->
745-836  (102124-102215)   100% ->
837-877  (102292-102332)   97% ->
878-999  (102418-102539)   100% ->
1000-1060  (103088-103148)   100% ->
1061-1158  (104367-104464)   100% ->
1159-1210  (105108-105159)   100% ->
1211-1299  (106056-106144)   100% ->
1300-1438  (106616-106754)   100% ->
1439-1522  (107237-107320)   100% ->
1523-1603  (107402-107482)   100% ->
1604-1692  (107863-107951)   100% ->
1693-1883  (108061-108251)   100% ->
1884-1986  (108358-108460)   100% ->
1987-2093  (108555-108661)   100% ->
2094-2196  (108752-108854)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      7 CGTCAGGTGCTGCTGAGCGAGCCCGAGGAGGCGGCGGCTCTGTATCGGGG
        ||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99999 CG CAGGTGCTGCTGAGCGAGCCCGAGGAGGCGGCGGCTCTGTATCGGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     57 CCTTAGCCGCCAGCCCGCGCTGAGCGCCGCCTGCCTGGGCCCGGAGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100048 CCTTAGCCGCCAGCCCGCGCTGAGCGCCGCCTGCCTGGGCCCGGAGGTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    107 CCACGCAGTACGGCGGCCAATACCGGACGGTGCACACTG         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100098 CCACGCAGTACGGCGGCCAATACCGGACGGTGCACACTGGTG...CAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    148 TGGACCCAGAGGGACCTGGAACGCATGGAGAACATTCGATTCTGCCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100700 TGGACCCAGAGGGACCTGGAACGCATGGAGAACATTCGATTCTGCCGCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    198 ATACCTGGTGTTCCATGACGGGGACTCAGTGGTGTTTGCAGGACCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100750 ATACCTGGTGTTCCATGACGGGGACTCAGTGGTGTTTGCAGGACCTGCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    248 GCAACAGTGTGGAGACCCGGGGGGA         ACTGCTGAGCAGAGAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100800 GCAACAGTGTGGAGACCCGGGGGGAGTA...CAGACTGCTGAGCAGAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    289 TCTCCTTCAGGCACCATGAAAGCTGTGCTGCGCAAGGCTGGAGGCACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101225 TCTCCTTCAGGCACCATGAAAGCTGTGCTGCGCAAGGCTGGAGGCACGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    339 CCCTGGGGAAGAGAAGCAGTTCCTGGAG         GTCTGGGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101275 CCCTGGGGAAGAGAAGCAGTTCCTGGAGGTG...CAGGTCTGGGAGAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    380 ACCGGAAGCTCAAGAGCTTCAACCTGTCAGCGCTGGAGAAACATGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101419 ACCGGAAGCTCAAGAGCTTCAACCTGTCAGCGCTGGAGAAACATGGGCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    430 GTTTATGAGGATG         ACTGCTTTGGCTGCCTGTCCTGGTCGCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101469 GTTTATGAGGATGGTG...CAGACTGCTTTGGCTGCCTGTCCTGGTCGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    471 CTCGGAGACACACTTGTTGTATGTGGCAGAGAAGAAGCGCCCCAAGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101599 CTCGGAGACACACTTGTTGTATGTGGCAGAGAAGAAGCGCCCCAAGGCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    521 AGTCCTTCTTTCAGACCAAAGCCTTGGACGTCAGTGCCAGCGATGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101649 AGTCCTTCTTTCAGACCAAAGCCTTGGACGTCAGTGCCAGCGATGATGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    571 ATAGCCAGGCTGAAGAAGCCAGACCAAGCCATCAAG         GGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 101699 ATAGCCAGGCTGAAGAAGCCAGACCAAGCCATCAAGGTG...CAGGGGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    612 TCAGTTTGTGTTTTATGAAGACTGGGGAGAAAACATGGTTTCCAAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101898 TCAGTTTGTGTTTTATGAAGACTGGGGAGAAAACATGGTTTCCAAAAGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    662 TCCCTGTGCTCTGCGTGCTGGATGTCGAGAGTGGCAACATCTCTGTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101948 TCCCTGTGCTCTGCGTGCTGGATGTCGAGAGTGGCAACATCTCTGTGCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    712 GAGGGGGTCCCTGAGAATGTGTCCCCTGGACAG         GCATTTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101998 GAGGGGGTCCCTGAGAATGTGTCCCCTGGACAGGTC...CAGGCATTTTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    753 GGCCCCTGGAGATGCTGGTGTGGTGTTTGTGGGCTGGTGGCATGAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102132 GGCCCCTGGAGATGCTGGTGTGGTGTTTGTGGGCTGGTGGCATGAGCCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    803 TCCGGTTGGGCATCCGCTTTTGCACCAATCGCAG         GTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 102182 TCCGGTTGGGCATCCGCTTTTGCACCAATCGCAGGTG...CAGGTCAGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    844 CTGTATTACGTGGACCTCATCGGGGGGAAGTGTG         AGCTCCT
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 102299 CTGTATTATGTGGACCTCATCGGGGGGAAGTGTGGTA...CAGAGCTCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    885 CTCGGATGACTCCCTGGCTGTCTCTTCTCCCCGGCTGAGCCCAGACCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102425 CTCGGATGACTCCCTGGCTGTCTCTTCTCCCCGGCTGAGCCCAGACCAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    935 GTCGCATTGTCTACCTGCAGTACCCATCTCTGATCCCCCATCACCAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102475 GTCGCATTGTCTACCTGCAGTACCCATCTCTGATCCCCCATCACCAATGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    985 AGCCAGCTGTGCCTG         TATGACTGGTATACCAAGGTTACCTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 102525 AGCCAGCTGTGCCTGGTG...CAGTATGACTGGTATACCAAGGTTACCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1026 AGTGGTGGTAGATGTTGTGCCTCGGCAGCTGGGAG         AGAACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 103114 AGTGGTGGTAGATGTTGTGCCTCGGCAGCTGGGAGGTA...CAGAGAACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1067 TCTCTGGGATCTACTGCAGCCTTCTGCCTTTGGGATGCTGGTCAGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104373 TCTCTGGGATCTACTGCAGCCTTCTGCCTTTGGGATGCTGGTCAGCTGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1117 AGCCAGAGAGTGGTCTTTGACTCGGCTCAGCGCAGCCGGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104423 AGCCAGAGAGTGGTCTTTGACTCGGCTCAGCGCAGCCGGCAGGTG...CA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1159  GACCTGTTTGCTGTGGACACCCAAGTGGGCACTGTGACCTCCCTCACAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105107 GGACCTGTTTGCTGTGGACACCCAAGTGGGCACTGTGACCTCCCTCACAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1208 CTG         GAGGGTCAGGTGGGAGCTGGAAGTTGCTCACAATTGAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105157 CTGGTG...CAGGAGGGTCAGGTGGGAGCTGGAAGTTGCTCACAATTGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1249 CAGGACCTCATGGTGGCACAGTTTTCCACACCCAGCCTACCTCCAACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106094 CAGGACCTCATGGTGGCACAGTTTTCCACACCCAGCCTACCTCCAACCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1299 G         AAAGTTGGGTTCCTGCCTTCTGCAGGGAAGGAGCAGTCAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106144 GGTG...CAGAAAGTTGGGTTCCTGCCTTCTGCAGGGAAGGAGCAGTCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1340 TGTTGTGGGTGTCCCTGGAGGAGGCCGAGCCCATTCCCGACATCCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106656 TGTTGTGGGTGTCCCTGGAGGAGGCCGAGCCCATTCCCGACATCCACTGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1390 GGCATCCGGGTGCTACAGCCACCCCCAGAGCAAGAGAATGTGCAGTATG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 106706 GGCATCCGGGTGCTACAGCCACCCCCAGAGCAAGAGAATGTGCAGTATGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1439         CTGGCCTTGACTTTGAAGCAATCCTGCTGCAGCCTGGCAGCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106756 TG...CAGCTGGCCTTGACTTTGAAGCAATCCTGCTGCAGCCTGGCAGCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1481 CTCCAGATAAGACCCAAGTGCCCATGGTGGTCATGCCCCACG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 107279 CTCCAGATAAGACCCAAGTGCCCATGGTGGTCATGCCCCACGGTA...CA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1523  GGGGGCCCCATTCATCCTTTGTCACTGCCTGGATGCTGTTCCCAGCCAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107401 GGGGGGCCCCATTCATCCTTTGTCACTGCCTGGATGCTGTTCCCAGCCAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1572 GCTTTGCAAGATGGGCTTTGCGGTACTACTAG         TGAACTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 107451 GCTTTGCAAGATGGGCTTTGCGGTACTACTAGGTG...CAGTGAACTATC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1613 GTGGCTCCACGGGCTTTGGCCAGGACAGCATCCTCTCCCTCCCAGGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107872 GTGGCTCCACGGGCTTTGGCCAGGACAGCATCCTCTCCCTCCCAGGCAAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1663 GTGGGCCACCAGGATGTGAAGGATGTCCAG         TTTGCAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 107922 GTGGGCCACCAGGATGTGAAGGATGTCCAGGTA...CAGTTTGCAGTGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1704 ACAGGTGCTCCAGGAGGAACACTTTGATGCAAGCCATGTGGCCCTTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108072 ACAGGTGCTCCAGGAGGAACACTTTGATGCAAGCCATGTGGCCCTTATGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1754 GTGGTTCCCATGGTGGCTTCATTTCCTGCCACTTGATTGGTCAGTACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108122 GTGGTTCCCATGGTGGCTTCATTTCCTGCCACTTGATTGGTCAGTACCCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1804 GAGACCTACAGGGCCTGCGTGGCCCGGAACCCCGTGATCAACATCGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108172 GAGACCTACAGGGCCTGCGTGGCCCGGAACCCCGTGATCAACATCGCCTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1854 CATGTTGGGCTCCACTGACATCCCTGACTG         GTGCGTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 108222 CATGTTGGGCTCCACTGACATCCCTGACTGGTA...CAGGTGCGTGGTGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1895 AGGCTGGCTTTCCTTTCAGCAGTGACTGCCTGCCAGACCTCAGCGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108369 AGGCTGGCTTTCCTTTCAGCAGTGACTGCCTGCCAGACCTCAGCGTGTGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1945 GCTGAGATGCTGGACAAATCGCCCATCAGATACATCCCTCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 108419 GCTGAGATGCTGGACAAATCGCCCATCAGATACATCCCTCAGGTA...CA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1987  GTGAAGACACCACTGTTACTGATGTTGGGCCAGGAGGACCGGCGTGTGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108554 GGTGAAGACACCACTGTTACTGATGTTGGGCCAGGAGGACCGGCGTGTGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2036 CCTTCAAGCAGGGCATGGAGTATTACCGTGCCCTCAAGACCCGGAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108604 CCTTCAAGCAGGGCATGGAGTATTACCGTGCCCTCAAGACCCGGAATGTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2086 CCTGTTCG         GCTCCTGCTCTATCCCAAAAGCACCCACGCATT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 108654 CCTGTTCGGTG...CAGGCTCCTGCTCTATCCCAAAAGCACCCACGCATT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2127 ATCAGAGGTGGAGGTGGAGTCAGACAGCTTCATGAATGCTGTGCTCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108785 ATCAGAGGTGGAGGTGGAGTCAGACAGCTTCATGAATGCTGTGCTCTGGC

   2350     .    :    .    :
   2177 TACGCACACACTTGGGCAGC
        ||||||||||||||||||||
 108835 TACGCACACACTTGGGCAGC