seq1 = pF1KE5710.tfa, 2535 bp
seq2 = pF1KE5710/gi568815592f_30471488.tfa (gi568815592f:30471488_30690698), 219211 bp

>pF1KE5710 2535
>gi568815592f:30471488_30690698 (Chr6)

1-73  (100001-100073)   100% ->
74-120  (105922-105968)   100% ->
121-216  (106331-106426)   100% ->
217-343  (106589-106715)   100% ->
344-381  (106861-106898)   100% ->
382-489  (106983-107090)   100% ->
490-564  (108444-108518)   98% ->
565-678  (108919-109032)   100% ->
679-792  (110907-111020)   100% ->
793-915  (111579-111701)   100% ->
916-1016  (112121-112221)   100% ->
1017-1102  (112318-112403)   100% ->
1103-1242  (112705-112844)   100% ->
1243-1391  (112931-113079)   100% ->
1392-1475  (113773-113856)   100% ->
1476-1600  (114071-114195)   100% ->
1601-1713  (114392-114504)   100% ->
1714-1885  (114647-114818)   100% ->
1886-1960  (114987-115061)   100% ->
1961-2031  (115154-115224)   100% ->
2032-2064  (118201-118233)   100% ->
2065-2233  (118319-118487)   100% ->
2234-2298  (118662-118726)   100% ->
2299-2371  (118819-118891)   100% ->
2372-2535  (119048-119211)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGAAGGCGCCCAAGCAGCAGCCGCCGGAGCCCGAGTGGATCGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGAAGGCGCCCAAGCAGCAGCCGCCGGAGCCCGAGTGGATCGGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGAGAGAGCACGAGCCCATCAG         ACAAAGTGGTGAAGAAAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100051 CGGAGAGAGCACGAGCCCATCAGGTG...TAGACAAAGTGGTGAAGAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGAAGAAGGACAAGAAGATCAAAAAAACG         TTCTTTGAAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 105940 GGAAGAAGGACAAGAAGATCAAAAAAACGGTG...TAGTTCTTTGAAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CTGGCAGTAGAAGATAAACAGGCTGGGGAAGAAGAGAAAGTGCTCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106343 CTGGCAGTAGAAGATAAACAGGCTGGGGAAGAAGAGAAAGTGCTCAAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAAGGAGCAGCAGCAGCAGCAACAGCAACAGCAG         CAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 106393 GAAGGAGCAGCAGCAGCAGCAACAGCAACAGCAGGTA...CAGCAAAAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AAAAGCGAGATACCCGAAAAGGCAGGCGGAAGAAGGATGTGGATGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106596 AAAAGCGAGATACCCGAAAAGGCAGGCGGAAGAAGGATGTGGATGATGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GGAGAAGAGAAAGAGCTCATGGAGCGTCTTAAGAAGCTCTCAGTGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106646 GGAGAAGAGAAAGAGCTCATGGAGCGTCTTAAGAAGCTCTCAGTGCCAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAGTGATGAGGAGGATGAAG         TACCCGCCCCAAAACCCCGCG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 106696 CAGTGATGAGGAGGATGAAGGTA...CAGTACCCGCCCCAAAACCCCGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GAGGGAAGAAAACCAAG         GGTGGTAATGTTTTTGCAGCCCTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 106882 GAGGGAAGAAAACCAAGGTA...TAGGGTGGTAATGTTTTTGCAGCCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 ATTCAGGATCAGAGTGAGGAAGAGGAGGAGGAAGAAAAACATCCTCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107007 ATTCAGGATCAGAGTGAGGAAGAGGAGGAGGAAGAAAAACATCCTCCTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GCCTGCCAAGCCGGAGAAGAATCGGATCAATAAG         GCCGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||| 
 107057 GCCTGCCAAGCCGGAGAAGAATCGGATCAATAAGGTG...CAGGCCGTAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 CTGAGGAACAGCAGCCTGCACTCAAGGGCAAAAAGGGAAAGGAAGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108451 CTGAGGAACAGCAGCCTGCACTCAAGGGCAAAAAGGGAAAGGAAGAGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TCAAAAGGGAAGGCTAAG         CCTCAAAATAAATTCGCTGCTCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 108501 TCAAAAGGGAAGGCTAAGGTG...TAGCCTCAAAATAAATTCGCTGCTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GGACAATGAAGAGGAGGATAAAGAAGAAGAAATTATAAAGGAAAAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108942 GGACAATGAAGAGGAGGATAAAGAAGAAGAAATTATAAAGGAAAAGGAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CTCCCAAACAAGGGAAGGAGAAGGCCAAGAAGGCAGAGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 108992 CTCCCAAACAAGGGAAGGAGAAGGCCAAGAAGGCAGAGCAGGTG...CAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GGTTCAGAGGAAGAAGGAGAAGGGGAAGAAGAGGAGGAGGAAGGAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110907 GGTTCAGAGGAAGAAGGAGAAGGGGAAGAAGAGGAGGAGGAAGGAGGAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GTCTAAGGCAGATGATCCCTATGCTCATCTTAGCAAAAAGGAGAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110957 GTCTAAGGCAGATGATCCCTATGCTCATCTTAGCAAAAAGGAGAAGAAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AGCTGAAAAAACAG         ATGGAGTATGAGCGCCAAGTGGCTTCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 111007 AGCTGAAAAAACAGGTA...CAGATGGAGTATGAGCGCCAAGTGGCTTCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 TTAAAAGCAGCCAATGCAGCTGAAAATGACTTCTCCGTGTCCCAGGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111606 TTAAAAGCAGCCAATGCAGCTGAAAATGACTTCTCCGTGTCCCAGGCGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GATGTCCTCCCGCCAAGCCATGTTAGAAAATGCATCTGACATCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 111656 GATGTCCTCCCGCCAAGCCATGTTAGAAAATGCATCTGACATCAAGGTA.

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    916      CTGGAGAAGTTCAGCATCTCCGCTCATGGCAAGGAGCTGTTCGTC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111706 ..CAGCTGGAGAAGTTCAGCATCTCCGCTCATGGCAAGGAGCTGTTCGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 AATGCAGACCTGTACATTGTAGCCGGCCGCCGCTACGGGCTGGTAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112166 AATGCAGACCTGTACATTGTAGCCGGCCGCCGCTACGGGCTGGTAGGACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CAATGG         CAAGGGCAAGACCACACTCCTCAAGCACATTGCCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112216 CAATGGGTG...CAGCAAGGGCAAGACCACACTCCTCAAGCACATTGCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 ACCGAGCCCTGAGCATCCCTCCCAACATTGATGTGTTGCTGTGTGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112353 ACCGAGCCCTGAGCATCCCTCCCAACATTGATGTGTTGCTGTGTGAGCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 G         AGGTGGTAGCAGATGAGACACCAGCAGTCCAGGCTGTTCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112403 GGTG...CAGAGGTGGTAGCAGATGAGACACCAGCAGTCCAGGCTGTTCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 TCGAGCTGACACCAAGCGATTGAAGCTGCTGGAAGAGGAGCGGCGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112745 TCGAGCTGACACCAAGCGATTGAAGCTGCTGGAAGAGGAGCGGCGGCTTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 AGGGACAGCTGGAACAAGGGGATGACACAGCTGCTGAGAGGCTAGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112795 AGGGACAGCTGGAACAAGGGGATGACACAGCTGCTGAGAGGCTAGAGAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243          GTGTATGAGGAATTGCGGGCCACTGGGGCGGCAGCTGCAGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112845 GTA...CAGGTGTATGAGGAATTGCGGGCCACTGGGGCGGCAGCTGCAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 GGCCAAAGCACGGCGGATCCTGGCTGGCCTGGGCTTTGACCCTGAAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112972 GGCCAAAGCACGGCGGATCCTGGCTGGCCTGGGCTTTGACCCTGAAATGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 AGAATCGACCCACACAGAAGTTCTCAGGGGGCTGGCGCATGCGTGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113022 AGAATCGACCCACACAGAAGTTCTCAGGGGGCTGGCGCATGCGTGTCTCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 CTGGCCAG         GGCACTGTTCATGGAGCCCACACTGCTGATGCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 113072 CTGGCCAGGTG...TAGGGCACTGTTCATGGAGCCCACACTGCTGATGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 GGATGAGCCCACCAACCACCTGGACCTCAACGCTGTCATCTGGCTTAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113806 GGATGAGCCCACCAACCACCTGGACCTCAACGCTGTCATCTGGCTTAATA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 A         CTACCTCCAGGGCTGGCGGAAGACCTTGCTGATCGTCTCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113856 AGTG...CAGCTACCTCCAGGGCTGGCGGAAGACCTTGCTGATCGTCTCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 CATGACCAGGGCTTCTTGGATGATGTCTGCACTGATATCATCCACCTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114111 CATGACCAGGGCTTCTTGGATGATGTCTGCACTGATATCATCCACCTCGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 TGCCCAGCGGCTCCACTACTATAGGGGCAATTACA         TGACCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 114161 TGCCCAGCGGCTCCACTACTATAGGGGCAATTACAGTA...CAGTGACCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 TCAAAAAGATGTACCAGCAGAAGCAGAAAGAACTGCTGAAACAGTATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114398 TCAAAAAGATGTACCAGCAGAAGCAGAAAGAACTGCTGAAACAGTATGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 AAGCAAGAGAAAAAGCTGAAGGAGCTGAAGGCAGGCGGGAAGTCCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114448 AAGCAAGAGAAAAAGCTGAAGGAGCTGAAGGCAGGCGGGAAGTCCACCAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 GCAGGCG         GAAAAACAAACGAAGGAAGCCCTGACTCGGAAGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114498 GCAGGCGGTG...CAGGAAAAACAAACGAAGGAAGCCCTGACTCGGAAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1748 AGCAGAAATGCCGACGGAAAAACCAAGATGAGGAATCCCAGGAGGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114681 AGCAGAAATGCCGACGGAAAAACCAAGATGAGGAATCCCAGGAGGCCCCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1798 GAGCTCCTGAAGCGCCCTAAGGAGTACACTGTGCGCTTCACTTTTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114731 GAGCTCCTGAAGCGCCCTAAGGAGTACACTGTGCGCTTCACTTTTCCAGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1848 CCCCCCACCACTCAGCCCTCCAGTGCTGGGTCTGCATG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 114781 CCCCCCACCACTCAGCCCTCCAGTGCTGGGTCTGCATGGTG...CAGGTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1889 TGACATTCGGCTACCAGGGACAGAAACCACTCTTTAAGAACTTGGATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114990 TGACATTCGGCTACCAGGGACAGAAACCACTCTTTAAGAACTTGGATTTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1939 GGCATCGACATGGATTCAAGGA         TTTGCATTGTGGGCCCTAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 115040 GGCATCGACATGGATTCAAGGAGTG...CAGTTTGCATTGTGGGCCCTAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1980 TGGTGTGGGGAAGAGTACGCTACTCCTGCTGCTGACTGGCAAGCTGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115173 TGGTGTGGGGAAGAGTACGCTACTCCTGCTGCTGACTGGCAAGCTGACAC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2030 CG         ACCCATGGGGAAATGAGAAAGAACCACCGGCTG      
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 115223 CGGTG...CAGACCCATGGGGAAATGAGAAAGAACCACCGGCTGGTA...

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2065    AAAATTGGCTTCTTCAACCAGCAGTATGCAGAGCAGCTGCGCATGGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118316 CAGAAAATTGGCTTCTTCAACCAGCAGTATGCAGAGCAGCTGCGCATGGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2112 GGAGACGCCCACTGAGTACCTGCAGCGGGGCTTCAACCTGCCCTACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118366 GGAGACGCCCACTGAGTACCTGCAGCGGGGCTTCAACCTGCCCTACCAGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2162 ATGCCCGCAAGTGCCTGGGCCGCTTCGGCCTGGAGAGTCACGCCCACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118416 ATGCCCGCAAGTGCCTGGGCCGCTTCGGCCTGGAGAGTCACGCCCACACC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2212 ATCCAGATCTGCAAACTCTCTG         GTGGTCAGAAGGCGCGAGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 118466 ATCCAGATCTGCAAACTCTCTGGTA...CAGGTGGTCAGAAGGCGCGAGT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2253 TGTGTTTGCTGAGCTGGCCTGTCGGGAACCTGATGTCCTCATCTTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 118681 TGTGTTTGCTGAGCTGGCCTGTCGGGAACCTGATGTCCTCATCTTGGTG.

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2299      GACGAGCCAACCAATAACCTGGACATAGAGTCTATTGATGCTCTA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118731 ..TAGGACGAGCCAACCAATAACCTGGACATAGAGTCTATTGATGCTCTA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2344 GGGGAGGCCATCAATGAATACAAGGGTG         CTGTGATCGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 118864 GGGGAGGCCATCAATGAATACAAGGGTGGTA...AAGCTGTGATCGTTGT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2385 CAGCCATGATGCCCGACTCATCACAGAAACCAATTGCCAGCTGTGGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119061 CAGCCATGATGCCCGACTCATCACAGAAACCAATTGCCAGCTGTGGGTGG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2435 TGGAGGAGCAGAGTGTTAGCCAAATCGATGGTGACTTTGAAGACTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119111 TGGAGGAGCAGAGTGTTAGCCAAATCGATGGTGACTTTGAAGACTACAAG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2485 CGGGAGGTGTTGGAGGCCCTGGGTGAAGTCATGGTCAGCCGGCCCCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119161 CGGGAGGTGTTGGAGGCCCTGGGTGAAGTCATGGTCAGCCGGCCCCGAGA

   2750 
   2535 G
        |
 119211 G