seq1 = pF1KE5708.tfa, 2211 bp
seq2 = pF1KE5708/gi568815588f_68801385.tfa (gi568815588f:68801385_69046627), 245243 bp

>pF1KE5708 2211
>gi568815588f:68801385_69046627 (Chr10)

1-87  (100001-100087)   100% ->
88-384  (105327-105623)   100% ->
385-460  (108923-108998)   100% ->
461-639  (109684-109862)   100% ->
640-757  (111778-111895)   100% ->
758-943  (112007-112192)   100% ->
944-1089  (112675-112820)   100% ->
1090-1239  (118448-118597)   100% ->
1240-1401  (132815-132976)   100% ->
1402-1521  (133415-133534)   100% ->
1522-1595  (134622-134695)   100% ->
1596-1755  (135552-135711)   99% ->
1756-1890  (139676-139810)   100% ->
1891-1935  (141829-141873)   100% ->
1936-2211  (144968-145243)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTGGGAAACTCCTCTGGGGGGACATTATGGAGCTGGAAGCACCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTGGGAAACTCCTCTGGGGGGACATTATGGAGCTGGAAGCACCCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGGAGTCCGAGAGCCAGAAGAAGGAGAGGCAAAAG         AGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100051 GGAGGAGTCCGAGAGCCAGAAGAAGGAGAGGCAAAAGGTG...CAGAGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACAGAAGGAAGTCAAGGCACCATTATGACTCGGATGAGAAATCAGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105331 ACAGAAGGAAGTCAAGGCACCATTATGACTCGGATGAGAAATCAGAAACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGAGAAAATGGTGTTACAGATGACCTGGATGCTCCCAAGGCCAAAAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105381 AGAGAAAATGGTGTTACAGATGACCTGGATGCTCCCAAGGCCAAAAAATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TAAAATGAAAGAGAAGCTAAATGGAGACACTGAAGAAGGATTTAATAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105431 TAAAATGAAAGAGAAGCTAAATGGAGACACTGAAGAAGGATTTAATAGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTTCAGATGAATTCTCCAAATCTCATAAGTCAAGAAGAAAAGATCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105481 TTTCAGATGAATTCTCCAAATCTCATAAGTCAAGAAGAAAAGATCTACCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AATGGAGATATAGATGAATATGAAAAAAAATCAAAGCGAGTATCATCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105531 AATGGAGATATAGATGAATATGAAAAAAAATCAAAGCGAGTATCATCTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGATACTTCTACTCATAAATCAAGTGATAATAAACTAGAGGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 105581 AGATACTTCTACTCATAAATCAAGTGATAATAAACTAGAGGAGGTA...C

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    385   ACCTTAACACGTGAACAGAAAGAAGGAGCCTTCTCCAATTTTCCTATT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108921 AGACCTTAACACGTGAACAGAAAGAAGGAGCCTTCTCCAATTTTCCTATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TCTGAAGAGACTATAAAGCTTCTGAAAG         GTCGAGGGGTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 108971 TCTGAAGAGACTATAAAGCTTCTGAAAGGTA...CAGGTCGAGGGGTAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ATATCTCTTTCCTATTCAAGTTAAGACCTTTGGTCCTGTATATGAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109697 ATATCTCTTTCCTATTCAAGTTAAGACCTTTGGTCCTGTATATGAAGGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAGATTTAATAGCTCAAGCACGGACAGGAACAGGAAAGACATTCTCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109747 AAGATTTAATAGCTCAAGCACGGACAGGAACAGGAAAGACATTCTCTTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCCATCCCCTTAATTGAAAGACTCCAAAGAAATCAAGAAACAATTAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109797 GCCATCCCCTTAATTGAAAGACTCCAAAGAAATCAAGAAACAATTAAAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AAGCCGCTCACCAAAG         GTACTTGTTTTGGCTCCAACAAGGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 109847 AAGCCGCTCACCAAAGGTA...CAGGTACTTGTTTTGGCTCCAACAAGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AACTGGCAAACCAAGTAGCCAAAGACTTCAAAGATATAACTAGGAAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111803 AACTGGCAAACCAAGTAGCCAAAGACTTCAAAGATATAACTAGGAAACTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AGCGTGGCGTGTTTTTATGGTGGAACATCATATCAAAGCCAAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 111853 AGCGTGGCGTGTTTTTATGGTGGAACATCATATCAAAGCCAAAGTG...C

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    758   TTAATCATATTCGAAATGGTATTGACATCTTGGTTGGAACACCTGGTC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112005 AGTTAATCATATTCGAAATGGTATTGACATCTTGGTTGGAACACCTGGTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GTATCAAAGACCATCTGCAGAGTGGCCGATTGGATCTTTCTAAACTGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112055 GTATCAAAGACCATCTGCAGAGTGGCCGATTGGATCTTTCTAAACTGCGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CATGTTGTGCTTGATGAAGTGGATCAGATGTTAGATTTAGGTTTCGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112105 CATGTTGTGCTTGATGAAGTGGATCAGATGTTAGATTTAGGTTTCGCTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 ACAAGTTGAAGATATTATTCATGAATCCTACAAAACTG         ATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 112155 ACAAGTTGAAGATATTATTCATGAATCCTACAAAACTGGTA...AAGATT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CTGAAGACAATCCTCAGACTTTACTTTTTTCTGCAACTTGCCCACAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112678 CTGAAGACAATCCTCAGACTTTACTTTTTTCTGCAACTTGCCCACAGTGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GTATACAAAGTTGCAAAAAAATACATGAAATCCAGATATGAACAGGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112728 GTATACAAAGTTGCAAAAAAATACATGAAATCCAGATATGAACAGGTTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CCTTGTTGGAAAAATGACTCAAAAGGCTGCAACTACTGTGGAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 112778 CCTTGTTGGAAAAATGACTCAAAAGGCTGCAACTACTGTGGAAGTA...A

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1090   CATTTGGCCATCCAGTGTCATTGGTCTCAGAGGCCAGCAGTTATTGGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118446 AGCATTTGGCCATCCAGTGTCATTGGTCTCAGAGGCCAGCAGTTATTGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GATGTCCTTCAAGTCTACAGTGGGTCTGAAGGGAGGGCTATTATTTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118496 GATGTCCTTCAAGTCTACAGTGGGTCTGAAGGGAGGGCTATTATTTTCTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TGAGACCAAGAAGAATGTAACTGAAATGGCCATGAATCCACACATAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118546 TGAGACCAAGAAGAATGTAACTGAAATGGCCATGAATCCACACATAAAAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AG         AATGCCCAGTGTTTACATGGGGACATTGCACAGTCACAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118596 AGGTA...TAGAATGCCCAGTGTTTACATGGGGACATTGCACAGTCACAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AGAGAAATTACACTAAAAGGCTTCAGAGAAGGTAGTTTTAAAGTTTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132854 AGAGAAATTACACTAAAAGGCTTCAGAGAAGGTAGTTTTAAAGTTTTGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GGCAACCAATGTGGCTGCCCGTGGTTTGGACATTCCTGAAGTTGACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132904 GGCAACCAATGTGGCTGCCCGTGGTTTGGACATTCCTGAAGTTGACCTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TGATTCAAAGTTCTCCTCCTCAG         GATGTTGAGTCCTATATC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 132954 TGATTCAAAGTTCTCCTCCTCAGGTA...TAGGATGTTGAGTCCTATATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CATCGCTCTGGACGCACAGGTAGAGCTGGACGGACAGGGATTTGTATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133433 CATCGCTCTGGACGCACAGGTAGAGCTGGACGGACAGGGATTTGTATATG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TTTTTATCAACCAAGAGAAAGAGGTCAACTAAGATATGTGGAACAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133483 TTTTTATCAACCAAGAGAAAGAGGTCAACTAAGATATGTGGAACAAAAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CA         GGAATTACTTTTAAACGTGTAGGTGTTCCTTCTACAATG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133533 CAGTA...CAGGGAATTACTTTTAAACGTGTAGGTGTTCCTTCTACAATG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GATTTAGTTAAATCTAAAAGCATGGATGCCATCAG         GTCTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 134661 GATTTAGTTAAATCTAAAAGCATGGATGCCATCAGGTA...TAGGTCTCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GGCTTCCGTTTCTTATGCTGCTGTTGATTTTTTCCGACCATCAGCTCAGA
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135558 GGCTTCCGTTTCTTACGCTGCTGTTGATTTTTTCCGACCATCAGCTCAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 GACTGATAGAAGAGAAAGGTGCAGTGGATGCATTGGCTGCAGCTTTAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135608 GACTGATAGAAGAGAAAGGTGCAGTGGATGCATTGGCTGCAGCTTTAGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 CACATTTCTGGTGCATCAAGCTTTGAACCACGATCTTTGATCACCTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135658 CACATTTCTGGTGCATCAAGCTTTGAACCACGATCTTTGATCACCTCTGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 TAAG         GGGTTTGTGACCATGACTCTGGAAAGCCTAGAGGAAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135708 TAAGGTA...AAGGGGTTTGTGACCATGACTCTGGAAAGCCTAGAGGAAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 TACAGGATGTCAGCTGTGCTTGGAAAGAACTTAACAGAAAGCTGAGTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139713 TACAGGATGTCAGCTGTGCTTGGAAAGAACTTAACAGAAAGCTGAGTAGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 AATGCAGTGTCTCAGATTACCAGAATGTGCCTCCTGAAAGGAAATATG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 139763 AATGCAGTGTCTCAGATTACCAGAATGTGCCTCCTGAAAGGAAATATGGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1891        GGTGTTTGCTTTGATGTTCCTACAACTGAGTCAGAAAGGTTAC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139813 A...TAGGGTGTTTGCTTTGATGTTCCTACAACTGAGTCAGAAAGGTTAC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 AG         GCAGAGTGGCATGATTCCGACTGGATACTCTCAGTGCCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141872 AGGTA...CAGGCAGAGTGGCATGATTCCGACTGGATACTCTCAGTGCCA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 GCCAAATTACCTGAAATTGAAGAATATTATGATGGAAACACATCTTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145007 GCCAAATTACCTGAAATTGAAGAATATTATGATGGAAACACATCTTCTAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 TTCCAGACAGAGGAGTGGCTGGTCAAGTGGTCGATCAGGCCGGTCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145057 TTCCAGACAGAGGAGTGGCTGGTCAAGTGGTCGATCAGGCCGGTCAGGCC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 GGTCAGGTGGTCGATCTGGCGGCCGGTCAGGTAGACAGAGTCGACAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145107 GGTCAGGTGGTCGATCTGGCGGCCGGTCAGGTAGACAGAGTCGACAAGGA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 AGTCGCTCAGGAAGTCGACAAGATGGTAGAAGACGAAGTGGGAATAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145157 AGTCGCTCAGGAAGTCGACAAGATGGTAGAAGACGAAGTGGGAATAGAAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .
   2175 TCGATCAAGAAGTGGGGGCCACAAACGGAGTTTTGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145207 TCGATCAAGAAGTGGGGGCCACAAACGGAGTTTTGAC