seq1 = pF1KE5704.tfa, 1986 bp
seq2 = pF1KE5704/gi568815594f_78676671.tfa (gi568815594f:78676671_78978925), 302255 bp

>pF1KE5704 1986
>gi568815594f:78676671_78978925 (Chr4)

1-178  (99874-100051)   99% ->
179-297  (149367-149485)   100% ->
298-403  (156912-157017)   100% ->
404-546  (165715-165857)   100% ->
547-668  (168258-168379)   100% ->
669-750  (170518-170599)   100% ->
751-883  (174254-174386)   100% ->
884-987  (182914-183017)   100% ->
988-1067  (184719-184798)   98% ->
1068-1231  (188887-189050)   99% ->
1232-1509  (194113-194390)   99% ->
1510-1608  (195180-195278)   100% ->
1609-1798  (195944-196132)   98% ->
1799-1986  (202069-202255)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGAAGTTCTCTCGGATGCCCAAGTCGGAGGGCGGCAGCGGCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99874 ATGAAGAAGTTCTCTCGGATGCCCAAGTCGGAGGGCGGCAGCGGCGGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCGGCGGGTGGCGGGGCTGGCGGGGCCGGGGCCGGGGCCGGCTGCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99924 AGCGGCGGGTGGCGGGGCTGGCGGGGCCGGGGCCGGGGCCGGCTGCGGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGGCGGCTCGTCCGTGGGGGTCCGGGTGTTCGCGGTCGGCCGCCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99974 CCGGCGGCTCGTCCGTGGGGGTCCGGGTGTTCGCGGTCGGCCGCCACCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTCACACTGGAAGAGTCGCTGGCCGAAG         GTGGATTCTCCAC
        ||||| ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100024 GTCACCCTGGAAGAGTCGCTGGCCGAAGGTA...TAGGTGGATTCTCCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGTTTTCCTCGTGCGTACTCACGGTGGAATCCGATGTGCATTGAAGCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149380 AGTTTTCCTCGTGCGTACTCACGGTGGAATCCGATGTGCATTGAAGCGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGTATGTCAATAACATGCCAGACCTCAATGTTTGTAAAAGGGAAATTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149430 TGTATGTCAATAACATGCCAGACCTCAATGTTTGTAAAAGGGAAATTACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATTATG         AAAGAGCTATCTGGTCACAAAAATATTGTGGGCTA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149480 ATTATGGTA...CAGAAAGAGCTATCTGGTCACAAAAATATTGTGGGCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTTGGACTGTGCTGTTAATTCAATTAGTGATAATGTATGGGAAGTCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156947 TTTGGACTGTGCTGTTAATTCAATTAGTGATAATGTATGGGAAGTCCTTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCTTAATGGAATATTGTCGAG         CTGGACAGGTAGTGAATCAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 156997 TCTTAATGGAATATTGTCGAGGTA...TAGCTGGACAGGTAGTGAATCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATGAATAAGAAGCTACAGACGGGTTTTACAGAACCAGAAGTGTTACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165735 ATGAATAAGAAGCTACAGACGGGTTTTACAGAACCAGAAGTGTTACAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ATTCTGTGATACCTGTGAAGCTGTTGCAAGGTTGCATCAGTGTAAGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165785 ATTCTGTGATACCTGTGAAGCTGTTGCAAGGTTGCATCAGTGTAAGACTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAATAATTCACCGGGATCTGAAG         GTAGAAAATATTTTGTTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 165835 CAATAATTCACCGGGATCTGAAGGTA...AAGGTAGAAAATATTTTGTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AATGATGGTGGGAACTATGTACTTTGTGACTTTGGCAGTGCCACTAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168276 AATGATGGTGGGAACTATGTACTTTGTGACTTTGGCAGTGCCACTAATAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ATTTCTTAATCCTCAAAAAGATGGAGTTAATGTAGTAGAAGAAGAAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168326 ATTTCTTAATCCTCAAAAAGATGGAGTTAATGTAGTAGAAGAAGAAATTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAAA         GTATACAACTCTGTCATACAGAGCCCCTGAAATGATC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168376 AAAAGTA...CAGGTATACAACTCTGTCATACAGAGCCCCTGAAATGATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AACCTTTATGGAGGGAAACCCATCACCACCAAGGCTGATATCTGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 170555 AACCTTTATGGAGGGAAACCCATCACCACCAAGGCTGATATCTGGGTA..

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751     GCACTGGGATGTCTACTCTATAAACTTTGTTTCTTCACTCTTCCTT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170605 .CAGGCACTGGGATGTCTACTCTATAAACTTTGTTTCTTCACTCTTCCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTGGTGAGAGTCAGGTTGCTATCTGTGATGGCAACTTCACCATCCCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174300 TTGGTGAGAGTCAGGTTGCTATCTGTGATGGCAACTTCACCATCCCAGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AATTCTCGTTACTCCCGTAACATACATTGCTTAATAA         GGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 174350 AATTCTCGTTACTCCCGTAACATACATTGCTTAATAAGTA...CAGGGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CATGCTTGAACCAGATCCGGAACATAGACCTGATATATTTCAAGTGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182918 CATGCTTGAACCAGATCCGGAACATAGACCTGATATATTTCAAGTGTCAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATTTTGCATTTAAATTTGCCAAAAAGGATTGTCCAGTCTCCAACATCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182968 ATTTTGCATTTAAATTTGCCAAAAAGGATTGTCCAGTCTCCAACATCAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988          AATTCTTCTATTCCTTCAGCTCTTCCTGAACCGATGGCTGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 183018 GTA...AAGAATTCTTCTATTCCTTCAGCTCTTCCTGAACCGATGACTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TAGTGAAGCAGCTGCTAGGAAAAGCCAAATAAAAGCCAG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 184760 TAGTGAAGCAGCTGCTAGGAAAAGCCAAATAAAAGCCAGGTA...TAGAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TAACAGATACCATTGGACCAACAGAAACCTCAATTGCACCAAGACAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188889 TAACAGATACCATTGGACCAACAGAAACCTCAATTGCACCAAGACAAAGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CCAAAGGCCAACTCTGCTACTACTGCCACTCCCAGTGTGCTGACCATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188939 CCAAAGGCCAACTCTGCTACTACTGCCACTCCCAGTGTGCTGACCATTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AAGTTCAGCAACACCTGTTAAAGTCCTTGCTCCTGGTGAATTCAGTAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 188989 AAGTTCAGCAACACCTGTTAAAGTCCTTGCTCCTGGTGAATTCGGTAACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ATAGACCAAAAG         GGGCACTAAGACCTGGAAATGGCCCTGAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 189039 ATAGACCAAAAGGTA...TAGGGGCACTAAGACCTGGAAATGGCCCTGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ATTTTATTGGGTCAGGGACCTCCTCAGCAGCCGCCACAGCAGCATAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194142 ATTTTATTGGGTCAGGGACCTCCTCAGCAGCCGCCACAGCAGCATAGAGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 ACTCCAGCAACTACAGCAGGGAGATTGGAGATTACAGCAACTCCATTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194192 ACTCCAGCAACTACAGCAGGGAGATTGGAGATTACAGCAACTCCATTTAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AGCATCGTCATCCTCACCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194242 AGCATCGTCATCCTCACCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACAGCAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CAGCAGCAGCAGCAACAGCAACGGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCA
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 194292 CAGCAGCAGCAGCAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CCACCACCACCACCACCACCACCTACTTCAAGATGCTTATATGCAGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 194342 CCACCACCACCACCACCACCACCTACTTCAAGATGCTTATATGCAGCAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1510         TATCAACATGCAACACAGCAGCAACAGATGCTTCAACAACAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194392 TA...TAGTATCAACATGCAACACAGCAGCAACAGATGCTTCAACAACAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 TTTTTAATGCATTCGGTATATCAACCACAACCTTCTGCATCACAGTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195222 TTTTTAATGCATTCGGTATATCAACCACAACCTTCTGCATCACAGTATCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 TACAATG         ATGCCGCAGTATCAGCAGGCTTTCTTTCAACAGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195272 TACAATGGTA...CAGATGCCGCAGTATCAGCAGGCTTTCTTTCAACAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 AGATGCTAGCTCAACATCAGCCGTCTCAACAACAGGCATCACCTGAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195978 AGATGCTAGCTCAACATCAGCCGTCTCAACAACAGGCATCACCTGAATAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CTTACCTCCCCTCAAGAGTTCTCACCAGCCTTAGTTTCCTACACTTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196028 CTTACCTCCCCTCAAGAGTTCTCACCAGCCTTAGTTTCCTACACTTCATC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 ACTTCCAGCTCAGGTTGGAACCATAATGGACTCCTCCTATAGTGCCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196078 ACTTCCAGCTCAGGTTGGAACCATAATGGACTCCTCCTATAGTGCCAATA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 GGTCAG         TTGCTGATAAAGAGGCCATTGCAAATTTCACAAAT
        ||-|| >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196128 GG CAAGTA...CAGTTGCTGATAAAGAGGCCATTGCAAATTTCACAAAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 CAGAAGAACATCAGCAATCCACCTGATATGTCAGGGTGGAATCCTTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202104 CAGAAGAACATCAGCAATCCACCTGATATGTCAGGGTGGAATCCTTTTGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 AGAGGATAATTTCTCTAAGTTAACAGAAGAGGAACTATTGGACAGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202154 AGAGGATAATTTCTCTAAGTTAACAGAAGAGGAACTATTGGACAGAGAAT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 TTGACCTTCTAAGATCAAGTAAGGGACACTTGAAGGCTTATTTTGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202204 TTGACCTTCTAAGATCAAGTAAGGGACACTTGAAGGCTTATTTTGCTTCA

   2100 
   1984 CAA
        ||-
 202254 CA