seq1 = pF1KE5684.tfa, 1725 bp
seq2 = pF1KE5684/gi568815579r_3651029.tfa (gi568815579r:3651029_3860264), 209236 bp

>pF1KE5684 1725
>gi568815579r:3651029_3860264 (Chr19)

(complement)

1-576  (100001-100576)   100% ->
577-616  (100665-100704)   100% ->
617-762  (105925-106070)   100% ->
763-849  (106160-106246)   100% ->
850-1011  (106339-106500)   100% ->
1012-1182  (107275-107445)   100% ->
1183-1395  (107545-107757)   100% ->
1396-1515  (108712-108831)   100% ->
1516-1656  (108936-109076)   100% ->
1657-1725  (109168-109236)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACTTCCCCACAATTTCCCGATCCCCTTCGGGGCCTCCAGCCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACTTCCCCACAATTTCCCGATCCCCTTCGGGGCCTCCAGCCATGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTGGAGGGGCCCAGGGACATTCTTGTGCCTTCGGAGGACCTCACCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTGGAGGGGCCCAGGGACATTCTTGTGCCTTCGGAGGACCTCACCCCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACAGCCAGTGGGACCCTATGCCAGGAGGCCCCGGCAGCCTCAGTCGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACAGCCAGTGGGACCCTATGCCAGGAGGCCCCGGCAGCCTCAGTCGGATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAACTTGATGAGTCAAGCCTTCAGGAGCTGGTGCAGCAGTTTGAAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAACTTGATGAGTCAAGCCTTCAGGAGCTGGTGCAGCAGTTTGAAGCTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCCAGGCGATCTGGTGGGCCCATCCCCAGGTGGAGCCCCCTGTCCCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCCAGGCGATCTGGTGGGCCCATCCCCAGGTGGAGCCCCCTGTCCCCTAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACATTGCCACAGGCCATGGCCTGGCCTCCCAGGAGATTGCTGATGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACATTGCCACAGGCCATGGCCTGGCCTCCCAGGAGATTGCTGATGCCCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGGCTCCTGTCTGCCGAAGCTGGCCGGGATGACCTGCTGGGCCTCTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGGCTCCTGTCTGCCGAAGCTGGCCGGGATGACCTGCTGGGCCTCTTGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTGCGAGGAATGCCCGCCTTCCCAGACTGGTCCTGAAGAGCCTCTAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTGCGAGGAATGCCCGCCTTCCCAGACTGGTCCTGAAGAGCCTCTAGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTGCCCCCCGACTGTTGCAGCCCCCTGAGGACCCAGATGAGGATTCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CTGCCCCCCGACTGTTGCAGCCCCCTGAGGACCCAGATGAGGATTCTGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TCCCCAGAATGGGTGGAGGGGGCCTCTGCTGAGCAGGAGGGCAGCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TCCCCAGAATGGGTGGAGGGGGCCTCTGCTGAGCAGGAGGGCAGCAGGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTCAAGCAGTTCCCCGGAACCCTGGCTGGAGACGGTGCCTCTAGTCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTCAAGCAGTTCCCCGGAACCCTGGCTGGAGACGGTGCCTCTAGTCACAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CTGAAGAGCCACCCGCTGGTGCCCAG         AGCCCCGAGACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100551 CTGAAGAGCCACCCGCTGGTGCCCAGGTA...CAGAGCCCCGAGACCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GCTTCCTACCCTGCCCCCCAGGAGG         TGCCTGGTCCCTGTGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100680 GCTTCCTACCCTGCCCCCCAGGAGGGTG...CAGTGCCTGGTCCCTGTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCATGAAGACCTCCTGGACGGTGTCATATTTGGGGCCAGGTACCTGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105941 CCATGAAGACCTCCTGGACGGTGTCATATTTGGGGCCAGGTACCTGGGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CCACCCAGCTGGTGTCGGAACGGAACCCGCCCACCAGCACGCGCATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105991 CCACCCAGCTGGTGTCGGAACGGAACCCGCCCACCAGCACGCGCATGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CAGGCCCGGGAGGCCATGGACCGCGTCAAG         GCCCCCGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 106041 CAGGCCCGGGAGGCCATGGACCGCGTCAAGGTG...CAGGCCCCCGATGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GGAGACCCAGCCCATGACGGAGGTGGACCTGTTCGTCTCCACCAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106171 GGAGACCCAGCCCATGACGGAGGTGGACCTGTTCGTCTCCACCAAGAGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TCAAGGTCTTGACAGCGGACTCCCAG         GAGGCCATGATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 106221 TCAAGGTCTTGACAGCGGACTCCCAGGTA...CAGGAGGCCATGATGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CACGCCCTGCATACCATCTCCTACACAGCCGACATCGGCTGCGTGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106354 CACGCCCTGCATACCATCTCCTACACAGCCGACATCGGCTGCGTGCTGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GCTGATGGCGCGGCGGCGGCTGGCACGGAGGCCGGCACCCCAGGACCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106404 GCTGATGGCGCGGCGGCGGCTGGCACGGAGGCCGGCACCCCAGGACCACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GCCGCCGCCTCTACAAGATGCTCTGCCACGTATTCTACGCGGAGGAC   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 106454 GCCGCCGCCTCTACAAGATGCTCTGCCACGTATTCTACGCGGAGGACGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1012       GCCCAGCTCATCGCCCAGGCCATTGGCCAGGCCTTCGCCGCCGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106504 ...CAGGCCCAGCTCATCGCCCAGGCCATTGGCCAGGCCTTCGCCGCCGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CTACAGCCAGTTCCTACGGGAAAGCGGTATTGACCCCAGCCAGGTGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107319 CTACAGCCAGTTCCTACGGGAAAGCGGTATTGACCCCAGCCAGGTGGGCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TGCACCCGAGCCCAGGCGCCTGCCACCTCCATAATGGGGACCTGGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107369 TGCACCCGAGCCCAGGCGCCTGCCACCTCCATAATGGGGACCTGGACCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TTCTCCAACAGTGACAACTGCCGGGAG         GTGCACCTCGAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 107419 TTCTCCAACAGTGACAACTGCCGGGAGGTG...CAGGTGCACCTCGAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GCGGCGAGGGGAGGGCCTGGGCGTGGCCCTGGTGGAGTCGGGCTGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107559 GCGGCGAGGGGAGGGCCTGGGCGTGGCCCTGGTGGAGTCGGGCTGGGGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CCCTGCTGCCCACAGCCGTCATCGCCAACCTGCTGCACGGGGGGCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107609 CCCTGCTGCCCACAGCCGTCATCGCCAACCTGCTGCACGGGGGGCCTGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GAGCGCTCGGGGGCCCTCAGCATCGGGGACCGCCTGACCGCCATCAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107659 GAGCGCTCGGGGGCCCTCAGCATCGGGGACCGCCTGACCGCCATCAACGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 GACCAGCCTGGTGGGGCTGCCCCTGGCTGCGTGCCAGGCCGCTGTCCGC 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 107709 GACCAGCCTGGTGGGGCTGCCCCTGGCTGCGTGCCAGGCCGCTGTCCGCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1396         GAGACGAAGTCGCAGACGTCGGTGACACTCAGCATCGTCCAC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107759 TG...CAGGAGACGAAGTCGCAGACGTCGGTGACACTCAGCATCGTCCAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 TGCCCTCCCGTCACCACCGCCATCATCCACCGGCCCCACGCCCGCGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108754 TGCCCTCCCGTCACCACCGCCATCATCCACCGGCCCCACGCCCGCGAGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 GCTGGGCTTCTGCGTGGAGGACGGCATC         ATCTGCAGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 108804 GCTGGGCTTCTGCGTGGAGGACGGCATCGTG...CAGATCTGCAGCCTCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 TCCGTGGTGGCATCGCCGAGCGTGGGGGCATCCGCGTCGGCCACCGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108949 TCCGTGGTGGCATCGCCGAGCGTGGGGGCATCCGCGTCGGCCACCGCATC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 ATTGAGATCAATGGGCAGAGTGTGGTGGCCACGCCACACGCCCGCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108999 ATTGAGATCAATGGGCAGAGTGTGGTGGCCACGCCACACGCCCGCATCAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 CGAGCTGCTCACCGAGGCCTATGGCGAG         GTGCATATCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 109049 CGAGCTGCTCACCGAGGCCTATGGCGAGGTG...CAGGTGCATATCAAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 CGATGCCAGCTGCCACATATCGCCTCCTTACAGGCCAGGAGCAGCCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109181 CGATGCCAGCTGCCACATATCGCCTCCTTACAGGCCAGGAGCAGCCCGTG

   1800     .
   1720 TACCTG
        ||||||
 109231 TACCTG