seq1 = pF1KE5675.tfa, 1674 bp
seq2 = pF1KE5675/gi568815589r_112123854.tfa (gi568815589r:112123854_112432843), 308990 bp

>pF1KE5675 1674
>gi568815589r:112123854_112432843 (Chr9)

(complement)

1-60  (100001-100060)   100% ->
61-136  (134928-135003)   100% ->
137-306  (156831-157000)   100% ->
307-453  (164649-164795)   100% ->
454-618  (170245-170409)   100% ->
619-729  (180056-180166)   100% ->
730-904  (181741-181915)   100% ->
905-982  (197947-198024)   100% ->
983-1122  (200606-200745)   100% ->
1123-1156  (201431-201464)   100% ->
1157-1249  (204372-204464)   100% ->
1250-1466  (205217-205433)   100% ->
1467-1544  (208634-208711)   100% ->
1545-1674  (208861-208990)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGCTTCCCCCTCACCTTTCTCTCTCCCCAAGAAACTTAATGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACGCTTCCCCCTCACCTTTCTCTCTCCCCAAGAAACTTAATGAATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCTGCCCGT         CGGGGATCTGATGAGCTTCTTTCTTCTGGCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATCTGCCCGTGTA...CAGCGGGGATCTGATGAGCTTCTTTCTTCTGGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCATTAACGGACCTTTTACCATGAATAGTTCTACTCCTTCTACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 134959 TCATTAACGGACCTTTTACCATGAATAGTTCTACTCCTTCTACAGGTG..

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    137     CTAATGGGAATGACAGCAAGAAATTTAAACGAGATAGACCTCCCTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135009 .TAGCTAATGGGAATGACAGCAAGAAATTTAAACGAGATAGACCTCCCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTCGCCTTCCCGTGTTCTCCATCTTCGAAAAATTCCATGTGATGTCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156877 TTCGCCTTCCCGTGTTCTCCATCTTCGAAAAATTCCATGTGATGTCACCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGCAGAGATCATATCATTAGGTCTACCATTTGGCAAAGTAACTAATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156927 AAGCAGAGATCATATCATTAGGTCTACCATTTGGCAAAGTAACTAATCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTGATGTTGAAAGGAAAAAGCCAG         GCTTTCTTAGAAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 156977 TTGATGTTGAAAGGAAAAAGCCAGGTA...CAGGCTTTCTTAGAAATGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TTCTGAGGAAGCTGCCGTTACTATGGTGAATTATTACACTCCTATTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164666 TTCTGAGGAAGCTGCCGTTACTATGGTGAATTATTACACTCCTATTACTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTCACCTTCGAAGCCAGCCTGTTTATATTCAGTATTCCAATCACAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164716 CTCACCTTCGAAGCCAGCCTGTTTATATTCAGTATTCCAATCACAGAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTTAAGACTGACAATCTACCTAATCAAGCT         CGAGCCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 164766 CTTAAGACTGACAATCTACCTAATCAAGCTGTA...TAGCGAGCCCAAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGCACTGCAGGCTGTCAGTGCCGTCCAATCAGGAAGCCTGGCCCTTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170256 TGCACTGCAGGCTGTCAGTGCCGTCCAATCAGGAAGCCTGGCCCTTTCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GAGGTCCTTCCAATGAAGGCACAGTCCTACCTGGGCAGAGCCCTGTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170306 GAGGTCCTTCCAATGAAGGCACAGTCCTACCTGGGCAGAGCCCTGTGCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CGAATAATTATTGAAAACCTCTTTTACCCTGTTACCCTGGAAGTTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170356 CGAATAATTATTGAAAACCTCTTTTACCCTGTTACCCTGGAAGTTCTTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCAG         ATATTTTCTAAATTTGGCACAGTCTTGAAGATTATCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170406 TCAGGTA...CAGATATTTTCTAAATTTGGCACAGTCTTGAAGATTATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCTTTACAAAGAATAATCAGTTTCAAGCCTTGCTTCAGTATGCTGACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180093 CCTTTACAAAGAATAATCAGTTTCAAGCCTTGCTTCAGTATGCTGACCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTAAATGCACATTATGCCAAAATG         GCTCTGGATGGCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 180143 GTAAATGCACATTATGCCAAAATGGTA...TAGGCTCTGGATGGCCAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TATCTATAATGCATGCTGCACTCTGCGCATTGACTTCTCCAAGCTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181758 TATCTATAATGCATGCTGCACTCTGCGCATTGACTTCTCCAAGCTCACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GCCTTAATGTGAAATATAATAATGACAAAAGCAGAGACTTCACTCGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181808 GCCTTAATGTGAAATATAATAATGACAAAAGCAGAGACTTCACTCGCTTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GACCTTCCTACTGGTGATGGCCAGCCATCCCTTGAACCCCCTATGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181858 GACCTTCCTACTGGTGATGGCCAGCCATCCCTTGAACCCCCTATGGCTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGCTTTTG         GTGCACCGGGTATAATTTCTTCACCATATGCAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 181908 TGCTTTTGGTG...TAGGTGCACCGGGTATAATTTCTTCACCATATGCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GGGCTGCTGGATTTGCCCCAGCCATTGGATTTCCTCAAGCTACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 197980 GGGCTGCTGGATTTGCCCCAGCCATTGGATTTCCTCAAGCTACAGGTG..

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983     GTCTATCAGTTCCAGCTGTTCCTGGAGCTCTTGGTCCTCTCACAAT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198030 .AAGGTCTATCAGTTCCAGCTGTTCCTGGAGCTCTTGGTCCTCTCACAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CACCTCTTCTGCTGTCACTGGAAGGATGGCCATTCCTGGGGCTAGTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200652 CACCTCTTCTGCTGTCACTGGAAGGATGGCCATTCCTGGGGCTAGTGGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TACCAGGAAATTCTGTTCTACTCGTCACAAATCTCAATCCTGAT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 200702 TACCAGGAAATTCTGTTCTACTCGTCACAAATCTCAATCCTGATGTG...

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1123    CTTATCACACCACATGGGCTTTTTATCCTATTTG         GAGT
        >>>||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 201428 CAGCTTATCACACCACATGGGCTTTTTATCCTATTTGGTA...TAGGAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CTATGGTGATGTACATCGAGTGAAGATTATGTTTAATAAGAAAGAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204376 CTATGGTGATGTACATCGAGTGAAGATTATGTTTAATAAGAAAGAAAATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CCTTGGTTCAGATGGCGGATGCAAATCAAGCTCAGCTAG         CA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 204426 CCTTGGTTCAGATGGCGGATGCAAATCAAGCTCAGCTAGGTA...TAGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 ATGAACCATCTAAGTGGTCAGAGACTTTATGGGAAAGTGCTTCGTGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205219 ATGAACCATCTAAGTGGTCAGAGACTTTATGGGAAAGTGCTTCGTGCTAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 ACTGTCCAAACATCAAGCAGTACAGCTTCCTCGAGAGGGACAAGAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205269 ACTGTCCAAACATCAAGCAGTACAGCTTCCTCGAGAGGGACAAGAAGACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AAGGTCTGACTAAGGATTTCAGCAATAGTCCTTTGCATCGCTTTAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205319 AAGGTCTGACTAAGGATTTCAGCAATAGTCCTTTGCATCGCTTTAAAAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CCGGGCTCTAAAAACTTCCAGAATATCTTTCCACCATCAGCCACTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205369 CCGGGCTCTAAAAACTTCCAGAATATCTTTCCACCATCAGCCACTCTGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TCTTTCCAACATTCC         CCCTTCTGTTACAGTGGATGATCTGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 205419 TCTTTCCAACATTCCGTA...CAGCCCTTCTGTTACAGTGGATGATCTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 AGAACCTTTTCATAGAAGCTGGATGTTCAGTGAAGGCTTTTAAATTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208660 AGAACCTTTTCATAGAAGCTGGATGTTCAGTGAAGGCTTTTAAATTCTTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CA         GAAAGATCGCAAAATGGCGCTCATTCAATTGGGATCTGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208710 CAGTA...CAGGAAAGATCGCAAAATGGCGCTCATTCAATTGGGATCTGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GGAAGAAGCAATTCAGGCCCTCATTGAGCTTCATAACCATGACCTTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208900 GGAAGAAGCAATTCAGGCCCTCATTGAGCTTCATAACCATGACCTTGGAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 AAAATCACCACCTCAGAGTTTCCTTCTCAAAATCTACAATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208950 AAAATCACCACCTCAGAGTTTCCTTCTCAAAATCTACAATC