seq1 = pF1KE5669.tfa, 1602 bp
seq2 = pF1KE5669/gi568815581f_74113588.tfa (gi568815581f:74113588_74360206), 246619 bp

>pF1KE5669 1602
>gi568815581f:74113588_74360206 (Chr17)

1-129  (100001-100129)   100% ->
130-302  (108898-109070)   100% ->
303-414  (117301-117412)   100% ->
415-635  (123707-123927)   100% ->
636-731  (129787-129882)   100% ->
732-804  (130390-130462)   100% ->
805-874  (135424-135493)   100% ->
875-930  (135757-135812)   100% ->
931-1023  (136349-136441)   100% ->
1024-1116  (136678-136770)   100% ->
1117-1259  (138647-138789)   100% ->
1260-1445  (139494-139679)   99% ->
1446-1524  (140168-140246)   100% ->
1525-1602  (146542-146619)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGGCGGCGCGCGTGGACTACATCGCTCCCTGGTGGGTCGTGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGGCGGCGCGCGTGGACTACATCGCTCCCTGGTGGGTCGTGTGGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCACAGCGTCCCGCACGTCGGCCTGCGCCTGCAGCCCGTGAACAGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCACAGCGTCCCGCACGTCGGCCTGCGCCTGCAGCCCGTGAACAGCACCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCAGCCCCGGCGACGAGAGTTACCAGGAG         TCGCTGCTGTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100101 TCAGCCCCGGCGACGAGAGTTACCAGGAGGTA...CAGTCGCTGCTGTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGGGGCTGGTGGCCGCCGTCTGCCTGGGCCTGAACCTCATCTTCCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108910 CTGGGGCTGGTGGCCGCCGTCTGCCTGGGCCTGAACCTCATCTTCCTTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCTTACCTGGTCTGTGCATGCCACTGCCGGCGGGACGATGCGGTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108960 GGCTTACCTGGTCTGTGCATGCCACTGCCGGCGGGACGATGCGGTGCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCAAGCAGCACCACTCCTGCTGCATCACCTGGACGGCCGTGGTGGCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109010 CCAAGCAGCACCACTCCTGCTGCATCACCTGGACGGCCGTGGTGGCCGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTCATCTGCTG         TGCTGCGGTGGGCGTTGGTTTCTATGGAAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 109060 CTCATCTGCTGGTG...TAGTGCTGCGGTGGGCGTTGGTTTCTATGGAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAGCGAGACCAACGATGGGGCGTACCAGCTGATGTACTCCTTGGACGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117331 CAGCGAGACCAACGATGGGGCGTACCAGCTGATGTACTCCTTGGACGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCAACCACACCTTCTCTGGGATCGATGCTCTG         GTTTCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 117381 CCAACCACACCTTCTCTGGGATCGATGCTCTGGTA...TAGGTTTCCGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACTACCCAGAAGATGAAGGTGGACCTAGAGCAGCACCTGGCCCGGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123716 ACTACCCAGAAGATGAAGGTGGACCTAGAGCAGCACCTGGCCCGGCTCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGAGATCTTTGCTGCCCGGGGCGATTACCTGCAGACCCTGAAGTTCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123766 TGAGATCTTTGCTGCCCGGGGCGATTACCTGCAGACCCTGAAGTTCATAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGCAGATGGCGGGCAGCGTTGTTGTTCAGCTCTCAGGACTGCCCGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123816 AGCAGATGGCGGGCAGCGTTGTTGTTCAGCTCTCAGGACTGCCCGTGTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AGGGAGGTCACCATGGAGCTGACCAAGCTATCCGACCAGACTGGCTACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123866 AGGGAGGTCACCATGGAGCTGACCAAGCTATCCGACCAGACTGGCTACGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGAGTACTACAG         GTGGCTCTCCTACCTCCTGCTCTTTATCC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 123916 GGAGTACTACAGGTG...CAGGTGGCTCTCCTACCTCCTGCTCTTTATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGGACCTGGTCATCTGCCTCATTGCCTGCCTGGGACTGGCCAAGCGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129816 TGGACCTGGTCATCTGCCTCATTGCCTGCCTGGGACTGGCCAAGCGCTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AAGTGTCTCCTGGCCTC         GATGCTGTGCTGTGGGGCACTGAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 129866 AAGTGTCTCCTGGCCTCGTG...TAGGATGCTGTGCTGTGGGGCACTGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCTGCTCCTCAGTTGGGCATCCCTGGCCGCTGATGGCTCTGCGGCAGTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 130414 CCTGCTCCTCAGTTGGGCATCCCTGGCCGCTGATGGCTCTGCGGCAGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    805         GCCACCAGTGACTTCTGTGTGGCTCCTGACACCTTCATCCTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130464 TG...CAGGCCACCAGTGACTTCTGTGTGGCTCCTGACACCTTCATCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AACGTCACGGAGGGCCAGATCAGCACAG         AGGTGACTCGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 135466 AACGTCACGGAGGGCCAGATCAGCACAGGTA...CAGAGGTGACTCGCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTACCTGTATTGCAGCCAGAGTGGAAGCAGCCCCTTCCAGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 135770 CTACCTGTATTGCAGCCAGAGTGGAAGCAGCCCCTTCCAGCAGGTA...C

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    931   ACCCTGACCACCTTCCAGCGCGCACTTACCACCATGCAGATCCAGGTC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136347 AGACCCTGACCACCTTCCAGCGCGCACTTACCACCATGCAGATCCAGGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GCGGGGCTGCTGCAGTTTGCCGTGCCCCTCTTCTCCACTGCAGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 136397 GCGGGGCTGCTGCAGTTTGCCGTGCCCCTCTTCTCCACTGCAGAGGTA..

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024     GAAGACCTGCTTGCAATCCAGCTCCTGCTGAACTCCTCAGAGTCCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136447 .CAGGAAGACCTGCTTGCAATCCAGCTCCTGCTGAACTCCTCAGAGTCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GCCTTCACCAGCTGACCGCCATGGTGGACTGCCGAGGGCTGCACAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 136724 GCCTTCACCAGCTGACCGCCATGGTGGACTGCCGAGGGCTGCACAAGGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1117       GATTATCTGGACGCTCTTGCTGGCATCTGCTACGACGGCCTCCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136774 ...CAGGATTATCTGGACGCTCTTGCTGGCATCTGCTACGACGGCCTCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGGCTTGCTGTACCTTGGCCTCTTCTCCTTCCTGGCCGCCCTCGCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138691 GGGCTTGCTGTACCTTGGCCTCTTCTCCTTCCTGGCCGCCCTCGCCTTCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CCACCATGATCTGTGCAGGGCCAAGGGCCTGGAAGCACTTCACCACCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 138741 CCACCATGATCTGTGCAGGGCCAAGGGCCTGGAAGCACTTCACCACCAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1260         AAACAGAGACTACGATGACATTGATGATGATGACCCCTTTAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138791 TG...TAGAAACAGAGACTACGATGACATTGATGATGATGACCCCTTTAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CCCCCAAGCCTGGTGCATGGCGGCTCACAGTCCCCCGAGGGGACAGCTTC
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139536 CCCCCAAGCCTGGCGCATGGCGGCTCACAGTCCCCCGAGGGGACAGCTTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 ACAGCTTCTGCAGCTACAGCAGTGGCCTGGGAAGTCAGACCAGCCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139586 ACAGCTTCTGCAGCTACAGCAGTGGCCTGGGAAGTCAGACCAGCCTGCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CCCCCGGCCCAGACCATCTCCAACGCCCCTGTCTCCGAGTACAT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 139636 CCCCCGGCCCAGACCATCTCCAACGCCCCTGTCTCCGAGTACATGTA...

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1446    GAACCAAGCCATGCTCTTTGGTAGGAACCCACGCTACGAGAACGTGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140165 CAGGAACCAAGCCATGCTCTTTGGTAGGAACCCACGCTACGAGAACGTGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CACTAATCGGGAGAGCCTCCCCTCCGCCTACG         TACTCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 140215 CACTAATCGGGAGAGCCTCCCCTCCGCCTACGGTA...CAGTACTCTCCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 AGCATGAGAGCCACCTACCTGTCTGTGGCGGATGAGCACCTGAGGCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146551 AGCATGAGAGCCACCTACCTGTCTGTGGCGGATGAGCACCTGAGGCACTA

   1700     .    :    .
   1584 CGGGAATCAGTTTCCAGCC
        |||||||||||||||||||
 146601 CGGGAATCAGTTTCCAGCC