seq1 = pF1KE5668.tfa, 1584 bp
seq2 = pF1KE5668/gi568815586f_49958767.tfa (gi568815586f:49958767_50181646), 222880 bp

>pF1KE5668 1584
>gi568815586f:49958767_50181646 (Chr12)

1-362  (100001-100362)   99% ->
363-558  (100993-101188)   100% ->
559-709  (118447-118597)   100% ->
710-837  (119234-119361)   100% ->
838-994  (119655-119811)   100% ->
995-1051  (120158-120214)   100% ->
1052-1205  (121136-121289)   100% ->
1206-1297  (121732-121823)   100% ->
1298-1377  (122336-122415)   100% ->
1378-1482  (122494-122598)   100% ->
1483-1584  (122779-122880)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAACTGAAGGCCGAGGAGGAGGAGGTGGGTGGCGTCCAGCCGGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAACTGAAGGCCGAGGAGGAGGAGGTGGGTGGCGTCCAGCCGGTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCCAGGCCTTCGCCAGCAGCTCCACACTGCACGGCCTGGCCCACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCCAGGCCTTCGCCAGCAGCTCCACACTGCACGGCCTGGCCCACATCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTCCTACGAGCGGCTGTCTCTGAAGCGGGCACTGTGGGCCCTGTGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTCCTACGAGCGGCTGTCTCTGAAGCGGGCACTGTGGGCCCTGTGCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGGCTCGCTGGCTGTGCTGCTGTGTGTGTGCACGGAGCGTGTGCAGTA
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGGCTCCCTGGCTGTGCTGCTGTGTGTGTGCACGGAGCGTGTGCAGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTACTTCCACTACCACCATGTCACCAAGCTCGACGAGGTGGCTGCCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTACTTCCACTACCACCATGTCACCAAGCTCGACGAGGTGGCTGCCTCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGCTTACCTTCCCTGCTGTCACGCTGTGCAACCTCAACGAGTTCCGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGCTTACCTTCCCTGCTGTCACGCTGTGCAACCTCAACGAGTTCCGCTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGCCAAGTCTCCAAGAATGACCTGTATCATGCTGGGGAGCTGCTGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGCCAAGTCTCCAAGAATGACCTGTATCATGCTGGGGAGCTGCTGGCCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTCAACAACAG         GTATGAGATACCAGACACACAGATGGCAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCTCAACAACAGGTG...CAGGTATGAGATACCAGACACACAGATGGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATGAAAAGCAGCTGGAGATACTGCAGGACAAAGCCAACTTCCGCAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101022 ATGAAAAGCAGCTGGAGATACTGCAGGACAAAGCCAACTTCCGCAGCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AAACCCAAACCCTTCAACATGCGTGAGTTCTACGACCGAGCTGGGCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101072 AAACCCAAACCCTTCAACATGCGTGAGTTCTACGACCGAGCTGGGCACGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CATTCGAGACATGCTGCTCTCCTGCCACTTCCGGGGGGAGGTCTGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101122 CATTCGAGACATGCTGCTCTCCTGCCACTTCCGGGGGGAGGTCTGCAGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CTGAAGACTTCAAGGTG         GTCTTCACACGCTATGGAAAGTGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 101172 CTGAAGACTTCAAGGTGGTG...CAGGTCTTCACACGCTATGGAAAGTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TACACGTTCAACTCGGGCCGAGATGGGCGGCCGCGGCTGAAGACCATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118471 TACACGTTCAACTCGGGCCGAGATGGGCGGCCGCGGCTGAAGACCATGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GGGTGGGACGGGCAATGGGCTGGAAATCATGCTGGACATCCAGCAGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118521 GGGTGGGACGGGCAATGGGCTGGAAATCATGCTGGACATCCAGCAGGACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGTACCTGCCTGTGTGGGGGGAGACTG         ACGAGACGTCCTTC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 118571 AGTACCTGCCTGTGTGGGGGGAGACTGGTA...TAGACGAGACGTCCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GAAGCAGGCATCAAAGTGCAGATCCATAGTCAGGATGAACCTCCTTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119248 GAAGCAGGCATCAAAGTGCAGATCCATAGTCAGGATGAACCTCCTTTCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CGACCAGCTGGGCTTTGGCGTGGCCCCAGGCTTCCAGACCTTTGTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119298 CGACCAGCTGGGCTTTGGCGTGGCCCCAGGCTTCCAGACCTTTGTGGCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GCCAGGAGCAGCGG         CTCATCTACCTGCCCCCACCCTGGGGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 119348 GCCAGGAGCAGCGGGTG...CAGCTCATCTACCTGCCCCCACCCTGGGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ACCTGCAAAGCTGTTACCATGGACTCGGATTTGGATTTCTTCGACTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119682 ACCTGCAAAGCTGTTACCATGGACTCGGATTTGGATTTCTTCGACTCCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CAGCATCACTGCCTGCCGCATCGACTGTGAGACGCGCTACCTGGTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119732 CAGCATCACTGCCTGCCGCATCGACTGTGAGACGCGCTACCTGGTGGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 ACTGCAACTGCCGCATGGTGCACATGCCAG         GGGATGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 119782 ACTGCAACTGCCGCATGGTGCACATGCCAGGTC...TAGGGGATGCCCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TACTGTACTCCAGAGCAGTACAAGGAGTGTGCAGATCCTGCTCTGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 120169 TACTGTACTCCAGAGCAGTACAAGGAGTGTGCAGATCCTGCTCTGGGTG.

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052      ACTTCCTGGTGGAGAAGGACCAGGAGTACTGCGTGTGTGAAATGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120219 ..CAGACTTCCTGGTGGAGAAGGACCAGGAGTACTGCGTGTGTGAAATGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CTTGCAACCTGACCCGCTATGGCAAAGAGCTGTCCATGGTCAAGATCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121181 CTTGCAACCTGACCCGCTATGGCAAAGAGCTGTCCATGGTCAAGATCCCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 AGCAAAGCCTCAGCCAAGTACCTGGCCAAGAAGTTCAACAAATCTGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121231 AGCAAAGCCTCAGCCAAGTACCTGGCCAAGAAGTTCAACAAATCTGAGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 ATACATAGG         GGAGAACATCCTGGTGCTGGACATTTTCTTTG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 121281 ATACATAGGGTA...CAGGGAGAACATCCTGGTGCTGGACATTTTCTTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AAGTCCTCAACTATGAGACCATTGAACAGAAGAAGGCCTATGAGATTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121764 AAGTCCTCAACTATGAGACCATTGAACAGAAGAAGGCCTATGAGATTGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GGGCTCCTGG         GTGACATCGGGGGCCAGATGGGGCTGTTCAT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 121814 GGGCTCCTGGGTG...CAGGTGACATCGGGGGCCAGATGGGGCTGTTCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CGGGGCCAGCATCCTCACGGTGCTGGAGCTCTTTGACTACGCCTACGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 122367 CGGGGCCAGCATCCTCACGGTGCTGGAGCTCTTTGACTACGCCTACGAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1378         GTCATTAAGCACAAGCTGTGCCGACGAGGAAAATGCCAGAAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122417 TA...TAGGTCATTAAGCACAAGCTGTGCCGACGAGGAAAATGCCAGAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GAGGCCAAAAGGAGCAGTGCGGACAAGGGCGTGGCCCTCAGCCTGGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122536 GAGGCCAAAAGGAGCAGTGCGGACAAGGGCGTGGCCCTCAGCCTGGACGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CGTCAAAAGACAC         AACCCGTGCGAGAGCCTTCGGGGCCACC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 122586 CGTCAAAAGACACGTG...CAGAACCCGTGCGAGAGCCTTCGGGGCCACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CTGCCGGGATGACATACGCTGCCAACATCCTACCTCACCATCCGGCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122807 CTGCCGGGATGACATACGCTGCCAACATCCTACCTCACCATCCGGCCCGA

   1650     .    :    .    :
   1561 GGCACGTTCGAGGACTTTACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||
 122857 GGCACGTTCGAGGACTTTACCTGC