seq1 = pF1KE5667.tfa, 1569 bp
seq2 = pF1KE5667/gi568815593f_137790480.tfa (gi568815593f:137790480_138036407), 245928 bp

>pF1KE5667 1569
>gi568815593f:137790480_138036407 (Chr5)

1-31  (99013-99043)   100% ->
32-133  (100002-100103)   100% ->
134-267  (102001-102134)   100% ->
268-524  (103874-104130)   100% ->
525-746  (109037-109258)   100% ->
747-975  (115727-115955)   100% ->
976-1146  (117263-117433)   100% ->
1147-1248  (132941-133042)   99% ->
1249-1313  (134561-134625)   100% ->
1314-1368  (135396-135450)   100% ->
1369-1481  (145318-145430)   100% ->
1482-1569  (145841-145928)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGAGGCGTCACGGTGGCACCGAGGCG         GGGCTTCGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
  99013 ATGGCTGAGGCGTCACGGTGGCACCGAGGCGGTG...CAGGGGCTTCGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ACATAAGTTGCATTACAGAAAGGAAGTAGAAATTACAACCACACTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100012 ACATAAGTTGCATTACAGAAAGGAAGTAGAAATTACAACCACACTTCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AATTGTTACTCTACTTTATTTTTTTAATAAACCTATGTATAT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100062 AATTGTTACTCTACTTTATTTTTTTAATAAACCTATGTATATGTA...TA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    134  TGACTTTTGGGATGGTAAACCCACATATGTATTACTTAAACAAGGTTAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102000 GTGACTTTTGGGATGGTAAACCCACATATGTATTACTTAAACAAGGTTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GTCATCTCTATTTTTGGACACTTCTGTGCCTGGTGAAGAAAGAACCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102050 GTCATCTCTATTTTTGGACACTTCTGTGCCTGGTGAAGAAAGAACCAACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTAAGTCCATTCGCAGCATAACTGATTTTTGGAAG         TTTATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 102100 TTAAGTCCATTCGCAGCATAACTGATTTTTGGAAGGTA...GAGTTTATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAAGGACCCCTTTTGGAAGGTCTGTACTGGGATTCATGGTACAATAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103880 GAAGGACCCCTTTTGGAAGGTCTGTACTGGGATTCATGGTACAATAACCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCAGCTGTATAATTTAAAGAACAGCAGTCGCATCTACTATGAAAATATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103930 GCAGCTGTATAATTTAAAGAACAGCAGTCGCATCTACTATGAAAATATAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTCTAGGAGTTCCCAGAGTTCGTCAACTAAAAGTCCGCAACAACACATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103980 TTCTAGGAGTTCCCAGAGTTCGTCAACTAAAAGTCCGCAACAACACATGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAAGTCTATTCATCTTTTCAGTCTTTGATGAGTGAATGTTATGGCAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104030 AAAGTCTATTCATCTTTTCAGTCTTTGATGAGTGAATGTTATGGCAAATA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TACTTCTGCAAATGAAGACCTCTCTAATTTTGGCCTTCAAATTAATACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104080 TACTTCTGCAAATGAAGACCTCTCTAATTTTGGCCTTCAAATTAATACTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 A         ATGGAGATATTCTACTTCTAATACCAACTCCCCTTGGCAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104130 AGTA...CAGATGGAGATATTCTACTTCTAATACCAACTCCCCTTGGCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TGGGGATTTCTTGGTGTTTACCGAAATGGGGGATACATTTTCACTTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109077 TGGGGATTTCTTGGTGTTTACCGAAATGGGGGATACATTTTCACTTTATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AAAATCGAAATCTGAAACCAAAAACAAGTTCATTGACCTTCGACTGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109127 AAAATCGAAATCTGAAACCAAAAACAAGTTCATTGACCTTCGACTGAACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCTGGATCACAAGAGGGACTAGAGTTATTTTTATTGATTTTTCCTTATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109177 GCTGGATCACAAGAGGGACTAGAGTTATTTTTATTGATTTTTCCTTATAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AATGCTAATGTAAATCTATTTTGTATTATCAG         ATTGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 109227 AATGCTAATGTAAATCTATTTTGTATTATCAGGTG...CAGATTGGTGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGAATTCCCTGCAACTGGAGGAATACTTACTTCATGGCAGTTTTACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115736 AGAATTCCCTGCAACTGGAGGAATACTTACTTCATGGCAGTTTTACTCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGAAGCTCCTCAGATATGTTAGCTACTATGACTATTTTATTGCTTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115786 TGAAGCTCCTCAGATATGTTAGCTACTATGACTATTTTATTGCTTCCTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GAAATCACATTCTGTATTTTTCTTTTTGTCTTCACAACACAAGAAGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115836 GAAATCACATTCTGTATTTTTCTTTTTGTCTTCACAACACAAGAAGTCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AAAAATAAAAGAATTTAAGTCTGCCTATTTCAAAAGTATTTGGAACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115886 AAAAATAAAAGAATTTAAGTCTGCCTATTTCAAAAGTATTTGGAACTGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TAGAATTGCTACTTTTGCTG         TTGTGTTTTGTGGCTGTTTCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 115936 TAGAATTGCTACTTTTGCTGGTG...TAGTTGTGTTTTGTGGCTGTTTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TTCAACACATACTATAATGTACAAATTTTTCTCTTACTTGGACAGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117284 TTCAACACATACTATAATGTACAAATTTTTCTCTTACTTGGACAGCTGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GAAAAGTACTGAAAAATATTCAGATTTCTATTTTCTTGCATGCTGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117334 GAAAAGTACTGAAAAATATTCAGATTTCTATTTTCTTGCATGCTGGCACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TTTATTACAATAATATAATTGCTATTACCATCTTTTTTGCATGGATAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117384 TTTATTACAATAATATAATTGCTATTACCATCTTTTTTGCATGGATAAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147          AATATGTTCTTGGCAATTATTAATGATACCTATTCTGAAGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117434 GTA...TAGAATATGTTCTTGGCAATTATTAATGATACCTATTCTGAAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GAAAGCTGACTATTCAATAGGCAGAAGGCCAGATTTTGAACTTGGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 132982 GAAAGCTGACTATTCAATAGGCAGAAGGCTAGATTTTGAACTTGGCAAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TGATTAAACAG         AGTTACAAAAATGTTCTCGAGAAATTCAGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 133032 TGATTAAACAGGTA...CAGAGTTACAAAAATGTTCTCGAGAAATTCAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CTGAAGAAAGCTCAAAAAGATGAAGACAAGAAAAC         CAAAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 134591 CTGAAGAAAGCTCAAAAAGATGAAGACAAGAAAACGTA...TAGCAAAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CAGCGGAGATTTGGCTGAACAAGCCAGAAGAGAAGGCTTTGACGAAAAT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 135402 CAGCGGAGATTTGGCTGAACAAGCCAGAAGAGAAGGCTTTGACGAAAATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1369         GAGATTCAAAACGCAGAGCAGATGAAAAAATGGAAAGAGAGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135452 TA...CAGGAGATTCAAAACGCAGAGCAGATGAAAAAATGGAAAGAGAGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CTTGAGAAAAAGTATTATTCTATGGAAATTCAAGATGACTACCAGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145360 CTTGAGAAAAAGTATTATTCTATGGAAATTCAAGATGACTACCAGCCTGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CACTCAAGAAGAATTTCGAGA         ACTTTTTTTATATGCTGTGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 145410 CACTCAAGAAGAATTTCGAGAGTA...TAGACTTTTTTTATATGCTGTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 AGCTGGAGAAGGAATTACACTACATCAATTTGAAGCTAAATCAAGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145861 AGCTGGAGAAGGAATTACACTACATCAATTTGAAGCTAAATCAAGTGGTG

   1650     .    :    .
   1552 AGAAAGGTTTCAGCTCTA
        ||||||||||||||||||
 145911 AGAAAGGTTTCAGCTCTA