seq1 = pF1KE5665.tfa, 1584 bp
seq2 = pF1KE5665/gi568815596f_232278828.tfa (gi568815596f:232278828_232559143), 280316 bp

>pF1KE5665 1584
>gi568815596f:232278828_232559143 (Chr2)

1-67  (177373-177439)   100% ->
68-184  (177522-177638)   100% ->
185-300  (177753-177868)   100% ->
301-475  (178072-178246)   100% ->
476-648  (178323-178495)   100% ->
649-783  (178738-178872)   100% ->
784-856  (178968-179040)   100% ->
857-991  (179171-179305)   100% ->
992-1183  (179390-179581)   100% ->
1184-1300  (179805-179921)   100% ->
1301-1584  (180033-180316)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGGGGCCCTGGGTGCTGCTGCTGCTGGGCCTGAGGCTACAGCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177373 ATGCAGGGGCCCTGGGTGCTGCTGCTGCTGGGCCTGAGGCTACAGCTCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGGGCGTCATCCCAG         CTGAGGAGGAGAACCCGGCCTTCT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 177423 CCTGGGCGTCATCCCAGGTA...CAGCTGAGGAGGAGAACCCGGCCTTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGAACCGCCAGGCAGCTGAGGCCCTGGATGCTGCCAAGAAGCTGCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177546 GGAACCGCCAGGCAGCTGAGGCCCTGGATGCTGCCAAGAAGCTGCAGCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCCAGAAGGTCGCCAAGAACCTCATCCTCTTCCTGGGCGATG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 177596 ATCCAGAAGGTCGCCAAGAACCTCATCCTCTTCCTGGGCGATGGTG...C

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    185   GGTTGGGGGTGCCCACGGTGACAGCCACCAGGATCCTAAAGGGGCAGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177751 AGGGTTGGGGGTGCCCACGGTGACAGCCACCAGGATCCTAAAGGGGCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGAATGGCAAACTGGGGCCTGAGACGCCCCTGGCCATGGACCGCTTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177801 AGAATGGCAAACTGGGGCCTGAGACGCCCCTGGCCATGGACCGCTTCCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TACCTGGCTCTGTCCAAG         ACATACAATGTGGACAGACAGGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 177851 TACCTGGCTCTGTCCAAGGTA...CAGACATACAATGTGGACAGACAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCCAGACAGCGCAGCCACAGCCACGGCCTACCTGTGCGGGGTCAAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178095 GCCAGACAGCGCAGCCACAGCCACGGCCTACCTGTGCGGGGTCAAGGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACTTCCAGACCATCGGCTTGAGTGCAGCCGCCCGCTTTAACCAGTGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178145 ACTTCCAGACCATCGGCTTGAGTGCAGCCGCCCGCTTTAACCAGTGCAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACGACACGCGGCAATGAGGTCATCTCCGTGATGAACCGGGCCAAGCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178195 ACGACACGCGGCAATGAGGTCATCTCCGTGATGAACCGGGCCAAGCAAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AG         GAAAGTCAGTAGGAGTGGTGACCACCACACGGGTGCAGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178245 AGGTG...CAGGAAAGTCAGTAGGAGTGGTGACCACCACACGGGTGCAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACGCCTCGCCAGCCGGCACCTACGCACACACAGTGAACCGCAACTGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178362 ACGCCTCGCCAGCCGGCACCTACGCACACACAGTGAACCGCAACTGGTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCAGATGCTGACATGCCTGCCTCAGCCCGCCAGGAGGGGTGCCAGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178412 TCAGATGCTGACATGCCTGCCTCAGCCCGCCAGGAGGGGTGCCAGGACAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CGCCACTCAGCTCATCTCCAACATGGACATTGAC         GTGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 178462 CGCCACTCAGCTCATCTCCAACATGGACATTGACGTG...CAGGTGATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTGGCGGAGGCCGCAAGTACATGTTTCCCATGGGGACCCCAGACCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178745 TTGGCGGAGGCCGCAAGTACATGTTTCCCATGGGGACCCCAGACCCTGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TACCCAGCTGATGCCAGCCAGAATGGAATCAGGCTGGACGGGAAGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178795 TACCCAGCTGATGCCAGCCAGAATGGAATCAGGCTGGACGGGAAGAACCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGTGCAGGAATGGCTGGCAAAGCACCAG         GGTGCCTGGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 178845 GGTGCAGGAATGGCTGGCAAAGCACCAGGTG...CAGGGTGCCTGGTATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGTGGAACCGCACTGAGCTCATGCAGGCGTCCCTGGACCAGTCTGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178981 TGTGGAACCGCACTGAGCTCATGCAGGCGTCCCTGGACCAGTCTGTGACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CATCTCATGG         GCCTCTTTGAGCCCGGAGACACGAAATATGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 179031 CATCTCATGGGTA...CAGGCCTCTTTGAGCCCGGAGACACGAAATATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GATCCACCGAGACCCCACACTGGACCCCTCCCTGATGGAGATGACAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179202 GATCCACCGAGACCCCACACTGGACCCCTCCCTGATGGAGATGACAGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CTGCCCTGCGCCTGCTGAGCAGGAACCCCCGCGGCTTCTACCTCTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179252 CTGCCCTGCGCCTGCTGAGCAGGAACCCCCGCGGCTTCTACCTCTTTGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAGG         GCGGCCGCATCGACCATGGTCATCATGAGGGTGTGGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179302 GAGGGTG...CAGGCGGCCGCATCGACCATGGTCATCATGAGGGTGTGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TTACCAGGCACTCACTGAGGCGGTCATGTTCGACGACGCCATTGAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179427 TTACCAGGCACTCACTGAGGCGGTCATGTTCGACGACGCCATTGAGAGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CGGGCCAGCTCACCAGCGAGGAGGACACGCTGACCCTCGTCACCGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179477 CGGGCCAGCTCACCAGCGAGGAGGACACGCTGACCCTCGTCACCGCTGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CACTCCCATGTCTTCTCCTTTGGTGGCTACACCTTGCGAGGGAGCTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179527 CACTCCCATGTCTTCTCCTTTGGTGGCTACACCTTGCGAGGGAGCTCCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CTTCG         GGTTGGCCCCCAGCAAGGCTCAGGACAGCAAAGCCT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179577 CTTCGGTA...CAGGGTTGGCCCCCAGCAAGGCTCAGGACAGCAAAGCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ACACGTCCATCCTGTACGGCAATGGCCCGGGCTACGTGTTCAACTCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179841 ACACGTCCATCCTGTACGGCAATGGCCCGGGCTACGTGTTCAACTCAGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GTGCGACCAGACGTGAATGAGAGCGAGAGCG         GGAGCCCCGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 179891 GTGCGACCAGACGTGAATGAGAGCGAGAGCGGTG...CAGGGAGCCCCGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TTACCAGCAGCAGGCGGCGGTGCCCCTGTCGTCCGAGACCCACGGAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180043 TTACCAGCAGCAGGCGGCGGTGCCCCTGTCGTCCGAGACCCACGGAGGCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AAGACGTGGCGGTGTTTGCGCGCGGCCCGCAGGCGCACCTGGTGCATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180093 AAGACGTGGCGGTGTTTGCGCGCGGCCCGCAGGCGCACCTGGTGCATGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GTGCAGGAGCAGAGCTTCGTAGCGCATGTCATGGCCTTCGCTGCCTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180143 GTGCAGGAGCAGAGCTTCGTAGCGCATGTCATGGCCTTCGCTGCCTGTCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GGAGCCCTACACGGCCTGCGACCTGGCGCCTCCCGCCTGCACCACCGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180193 GGAGCCCTACACGGCCTGCGACCTGGCGCCTCCCGCCTGCACCACCGACG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CCGCGCACCCAGTTGCCGCGTCGCTGCCACTGCTGGCCGGGACCCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180243 CCGCGCACCCAGTTGCCGCGTCGCTGCCACTGCTGGCCGGGACCCTGCTG

   1650     .    :    .    :
   1561 CTGCTGGGGGCGTCCGCTGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||
 180293 CTGCTGGGGGCGTCCGCTGCTCCC