seq1 = pF1KE5663.tfa, 1557 bp
seq2 = pF1KE5663/gi568815594f_17477466.tfa (gi568815594f:17477466_17707586), 230121 bp

>pF1KE5663 1557
>gi568815594f:17477466_17707586 (Chr4)

1-102  (100001-100102)   100% ->
103-218  (102359-102474)   100% ->
219-273  (104295-104349)   100% ->
274-379  (104823-104928)   100% ->
380-539  (106018-106177)   100% ->
540-704  (107507-107671)   99% ->
705-863  (111354-111512)   100% ->
864-988  (117945-118069)   100% ->
989-1077  (119581-119669)   100% ->
1078-1180  (120991-121093)   100% ->
1181-1260  (127123-127202)   100% ->
1261-1370  (129364-129473)   100% ->
1371-1557  (129935-130121)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCTTGCTGCCTCTTCCGGCTGCGGGGCGAGTAGTCGTCCGACGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCTTGCTGCCTCTTCCGGCTGCGGGGCGAGTAGTCGTCCGACGTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCGTGAGACGTTTCGGGAGCCGGAGTCTCTCCACCGCAGACATGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCGTGAGACGTTTCGGGAGCCGGAGTCTCTCCACCGCAGACATGACGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AG         GGCCTTGTTTTAGGAATCTATTCCAAAGAAAAAGAAGAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGTG...CAGGGCCTTGTTTTAGGAATCTATTCCAAAGAAAAAGAAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATGTGCCACAGTTCACAAGTGCAGGAGAGAATTTTGATAAATTGTTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102398 GATGTGCCACAGTTCACAAGTGCAGGAGAGAATTTTGATAAATTGTTAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGAAAGCTGAGAGAGACTTTGAACAT         ATCTGGACCACCTC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 102448 TGGAAAGCTGAGAGAGACTTTGAACATGTA...TAGATCTGGACCACCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGAAGGCAGGGAAGACTCGAACCTTTTATGGTCTGCATCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 104309 TGAAGGCAGGGAAGACTCGAACCTTTTATGGTCTGCATCAGGTA...CAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GACTTCCCCAGCGTGGTGCTAGTTGGCCTCGGCAAAAAGGCAGCTGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104823 GACTTCCCCAGCGTGGTGCTAGTTGGCCTCGGCAAAAAGGCAGCTGGAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CGACGAACAGGAAAACTGGCATGAAGGCAAAGAAAACATCAGAGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104873 CGACGAACAGGAAAACTGGCATGAAGGCAAAGAAAACATCAGAGCTGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGCAG         CGGGGTGCAGGCAGATTCAAGACCTGGAGCTCTCG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104923 TTGCAGGTT...AAGCGGGGTGCAGGCAGATTCAAGACCTGGAGCTCTCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TCTGTGGAGGTGGATCCCTGTGGAGACGCTCAGGCTGCTGCGGAGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106053 TCTGTGGAGGTGGATCCCTGTGGAGACGCTCAGGCTGCTGCGGAGGGAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGTGCTTGGTCTCTATGAATACGATGACCTAAAGCAAAAAAAGAAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106103 GGTGCTTGGTCTCTATGAATACGATGACCTAAAGCAAAAAAAGAAGATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTGTGTCGGCAAAGCTCTATGGAAG         TGGGGATCAGGAGGCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 106153 CTGTGTCGGCAAAGCTCTATGGAAGGTG...CAGTGGGGATCAGGAGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TGGCAGAAAGGAGTCCTGTTTGCTTCTGGGCAGAACTTGGCACGCCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107523 TGGCAGAAAGGAGTCCTGTTTGCTTCTGGGCAGAACTTGGCACGCCAATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GATGGAGACGCCAGCCAATGAGATGACGCCAACCAGATTTGCCGAAATTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 107573 GATGGAGACGCCAGCCAATGAGATGACGCCAACCAGATTTGCTGAAATTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTGAGAAGAATCTCAAAAGTGCTAGTAGTAAAACCGAGGTCCATATCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 107623 TTGAGAAGAATCTCAAAAGTGCTAGTAGTAAAACCGAGGTCCATATCAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    705         ACCCAAGTCTTGGATTGAGGAACAGGCAATGGGATCATTCCT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107673 TA...TAGACCCAAGTCTTGGATTGAGGAACAGGCAATGGGATCATTCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CAGTGTGGCCAAAGGATCTGACGAGCCCCCAGTCTTCTTGGAAATTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111396 CAGTGTGGCCAAAGGATCTGACGAGCCCCCAGTCTTCTTGGAAATTCACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACAAAGGCAGCCCCAATGCAAACGAACCACCCCTGGTGTTTGTTGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111446 ACAAAGGCAGCCCCAATGCAAACGAACCACCCCTGGTGTTTGTTGGGAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GGAATTACCTTTGACAG         TGGTGGTATCTCCATCAAGGCTTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 111496 GGAATTACCTTTGACAGGTA...TAGTGGTGGTATCTCCATCAAGGCTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGCAAATATGGACCTCATGAGGGCTGACATGGGAGGAGCTGCAACTATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117969 TGCAAATATGGACCTCATGAGGGCTGACATGGGAGGAGCTGCAACTATAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GCTCAGCCATCGTGTCTGCTGCAAAGCTTAATTTGCCCATTAATATTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118019 GCTCAGCCATCGTGTCTGCTGCAAAGCTTAATTTGCCCATTAATATTATA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 G         GTCTGGCCCCTCTTTGTGAAAATATGCCCAGCGGCAAGGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118069 GGTA...TAGGTCTGGCCCCTCTTTGTGAAAATATGCCCAGCGGCAAGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CAACAAGCCGGGGGATGTTGTTAGAGCCAAAAACGGGAAGACCATCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 119621 CAACAAGCCGGGGGATGTTGTTAGAGCCAAAAACGGGAAGACCATCCAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1078         GTTGATAACACTGATGCTGAGGGGAGGCTCATACTGGCTGAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119671 TT...CAGGTTGATAACACTGATGCTGAGGGGAGGCTCATACTGGCTGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GCGCTCTGTTACGCACACACGTTTAACCCGAAGGTCATCCTCAATGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121033 GCGCTCTGTTACGCACACACGTTTAACCCGAAGGTCATCCTCAATGCCGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CACCTTAACAG         GTGCCATGGATGTAGCTTTGGGATCAGGTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 121083 CACCTTAACAGGTC...CAGGTGCCATGGATGTAGCTTTGGGATCAGGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CCACTGGGGTCTTTACCAATTCATCCTGGCTCTGGAACAAACTCTTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127153 CCACTGGGGTCTTTACCAATTCATCCTGGCTCTGGAACAAACTCTTCGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261          GCCAGCATTGAAACAGGGGACCGTGTCTGGAGGATGCCTCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127203 GTA...TAGGCCAGCATTGAAACAGGGGACCGTGTCTGGAGGATGCCTCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CTTCGAACATTATACAAGACAGGTTGTAGATTGCCAGCTTGCTGATGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129405 CTTCGAACATTATACAAGACAGGTTGTAGATTGCCAGCTTGCTGATGTTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 ACAACATTGGAAAATACAG         ATCTGCAGGAGCATGTACAGCT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 129455 ACAACATTGGAAAATACAGGTA...CAGATCTGCAGGAGCATGTACAGCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GCAGCATTCCTGAAAGAATTCGTAACTCATCCTAAGTGGGCACATTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129957 GCAGCATTCCTGAAAGAATTCGTAACTCATCCTAAGTGGGCACATTTAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CATAGCAGGCGTGATGACCAACAAAGATGAAGTTCCCTATCTACGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130007 CATAGCAGGCGTGATGACCAACAAAGATGAAGTTCCCTATCTACGGAAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GCATGACTGGGAGGCCCACAAGGACTCTCATTGAGTTCTTACTTCGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130057 GCATGACTGGGAGGCCCACAAGGACTCTCATTGAGTTCTTACTTCGTTTC

   1650     .    :    .
   1543 AGTCAAGACAATGCT
        |||||||||||||||
 130107 AGTCAAGACAATGCT